基于引入额外碱基错配的阻滞物进行阻滞取代扩增富集检测目标突变的方法技术

本发明专利技术涉及一种对目标区域基因突变进行富集和检测的方法。该富集方法包括：将含有待检测目标区域的核酸样本和第一引物、第二引物、阻滞扩增序列混合，进行第一PCR扩增获得第一扩增产物；基于第一扩增产物利用第一引物和第二引物进行第二PCR扩增获得第二扩增产物；阻滞扩增序列的3’末端含有阻滞基团，阻滞扩增序列和第一引物含有部分重叠序列，待检测目标区域位于阻滞扩增序列与核酸样本的匹配区域内，第一引物的3’末端位于待检测目标区域的上游，阻滞扩增序列与核酸样本之间存在至少一个碱基不匹配位点，所述至少一个碱基不匹配位点不同于待检测目标区域位点。由此可以实现对于低频基因突变的高精度检测。

Detection of target mutation based on block substitution amplification and enrichment by introducing extra base mismatch block

【技术实现步骤摘要】
基于引入额外碱基错配的阻滞物进行阻滞取代扩增富集检测目标突变的方法
本专利技术涉及基因测序领域，具体涉及一种对目标区域基因突变进行富集和检测的方法，尤其涉及一种基于引入额外碱基错配的阻滞物进行阻滞取代扩增富集检测目标突变的方法。
技术介绍
随着时代和科技的快速发展，癌症治疗观念正在发生根本性的改变。国际抗癌联盟认为，1/3的癌症是可以预防的，1/3的癌症如能早期诊断是可以治愈的，1/3的癌症可以通过正确治疗减轻痛苦，延长生命。癌症的治疗手段也由经验科学向循证医学、由细胞攻击模式向靶向性治疗模式转变。早期传统的治疗方式为手术切除、化疗和放疗，其中化疗和放疗不能区分肿瘤细胞和正常细胞，对人体伤害较大。肿瘤靶向治疗技术能够在无创或微创条件下以肿瘤为目标，采用有选择、针对性较强、患者易于接受、反应小的局部或全身治疗，最终达到有效控制肿瘤的目的，对人体伤害较小。现代的癌症精准医疗就是在患者确诊癌症后进行基因检测来确定基因突变种类，寻找适用于该种突变的靶向治疗药物，最后通过结合患者临床表现来制定正确的靶向治疗方案来治疗癌症。基因检测作为靶向本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种对目标区域基因突变进行富集的方法，其特征在于，包括：/n(1)将含有待检测目标区域的核酸样本和第一引物、第二引物、阻滞扩增序列混合，进行第一PCR扩增，以便获得第一扩增产物；/n(2)基于所述第一扩增产物，利用所述第一引物和第三引物进行第二PCR扩增，以便获得第二扩增产物；/n其中，所述阻滞扩增序列的3’末端含有阻滞基团，所述阻滞扩增序列和所述第一引物含有部分重叠序列，/n所述待检测目标区域位于所述阻滞扩增序列与所述核酸样本的匹配区域内，所述第一引物的3’末端位于所述待检测目标区域的上游，/n所述阻滞扩增序列与所述核酸样本之间存在至少一个碱基不匹配位点，所述至少一个碱基不匹配位点不同于...

【技术特征摘要】
1.一种对目标区域基因突变进行富集的方法，其特征在于，包括：
(1)将含有待检测目标区域的核酸样本和第一引物、第二引物、阻滞扩增序列混合，进行第一PCR扩增，以便获得第一扩增产物；
(2)基于所述第一扩增产物，利用所述第一引物和第三引物进行第二PCR扩增，以便获得第二扩增产物；
其中，所述阻滞扩增序列的3’末端含有阻滞基团，所述阻滞扩增序列和所述第一引物含有部分重叠序列，
所述待检测目标区域位于所述阻滞扩增序列与所述核酸样本的匹配区域内，所述第一引物的3’末端位于所述待检测目标区域的上游，
所述阻滞扩增序列与所述核酸样本之间存在至少一个碱基不匹配位点，所述至少一个碱基不匹配位点不同于所述待检测目标区域位点。


2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述阻滞扩增序列与所述核酸样本之间存在2～5个碱基不匹配位点，优选存在2～3个碱基不匹配位点；
任选地，所述至少一个碱基不匹配位点的碱基类型为由C/G碱基突变为A/T碱基。


3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述阻滞扩增序列的Tm值高于所述第一引物的Tm值；
优选地，所述阻滞扩增序列的Tm值为60摄氏度～70摄氏度，优选为60摄氏度，所述第一引物的Tm值为55摄氏度～60摄氏度。


4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述阻滞扩增序列去除所述部分重叠序列后序列的Tm值高于所述第一引物去除所述部分重叠序列后序列的Tm值。


5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述阻滞基团包括...

【专利技术属性】
技术研发人员：濮悦，王倩雯，王涛，
申请(专利权)人：杭州瑞普基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江;33