一种基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法及装置制造方法及图纸

本发明专利技术公开了一种基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法及装置，利用单肿瘤组织样本的二代测序数据，将测序数据与公共dbSNP数据库提供的位点信息和突变频率信息比对后，由统计模型估算不同区域胚系、体细胞突变频率以判断突变属性，最后计算TMB值，本方法达到了单样本数据准确检测TMB的目的。摒弃了以往需要在取病人癌组织的同时，摄取癌旁健康组织的需求，减轻了病人的身体负担、痛苦和风险，提高了检测效率，降低了检测成本，还可更精确地检测该生物标志物，指导病人的免疫用药。

【技术实现步骤摘要】
一种基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法及装置
本专利技术属于细胞生物学及生物信息学
，涉及一种肿瘤突变负荷的检测方法及装置，具体地说涉及一种基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法及装置。
技术介绍
肿瘤是指机体在各种致瘤因子的作用下，局部组织细胞增生所形成的新生物，由于这种新生物多呈占位性块状突起，也称赘生物，目前肿瘤已成为世界第一大病，并且近些发病率有增无减。为解决肿瘤对人体健康的危害，近些年逐渐发展出一种肿瘤免疫治疗方法，其是一种通过重新启动并维持肿瘤-免疫循环、恢复机体正常的抗肿瘤免疫反应，从而控制与清除肿瘤的方法。该方法采用单克隆抗体类免疫检查点抑制剂、治疗性抗体、癌症疫苗、细胞治疗和小分子抑制剂等，近些年已在多种肿瘤如黑色素瘤、非小细胞肺癌、肾癌和前列腺癌等实体瘤的治疗中展现出了强大的抗肿瘤活性。采用肿瘤抗程序性死亡蛋白1(programmeddeath1,PD-1)抗体的疗法是目前研究最多、临床发展最快的一种免疫疗法，PD-1在免疫反应的效应阶段起作用，其表达于活化的T细胞、B细胞及髓系细胞。PD-1有两个配体，即本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法，其特征在于，包括如下步骤：/n对由肿瘤组织样本中提取的DNA进行二代测序分析，得到测序结果；/n对所述测序结果进行数据过滤，并与参考基因组进行比对，得到比对结果；/n根据比对结果确定DNA样本中单个核苷酸和插入缺失变异结果；/n对所述变异结果进行假阳性和胚系数据库过滤，得到过滤后的突变结果；/n对所述突变结果进行数据过滤，得到体细胞突变结果；/n根据所述体细胞突变结果计算TMB值。/n

【技术特征摘要】
1.一种基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法，其特征在于，包括如下步骤：
对由肿瘤组织样本中提取的DNA进行二代测序分析，得到测序结果；
对所述测序结果进行数据过滤，并与参考基因组进行比对，得到比对结果；
根据比对结果确定DNA样本中单个核苷酸和插入缺失变异结果；
对所述变异结果进行假阳性和胚系数据库过滤，得到过滤后的突变结果；
对所述突变结果进行数据过滤，得到体细胞突变结果；
根据所述体细胞突变结果计算TMB值。


2.根据权利要求1所述的基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法，其特征在于，所述根据比对结果确定DNA样本中单个苷酸和插入缺失变异结果包括：
根据杂合多肽位点的突变频率和深度信息，得到肿瘤样本纯度、拷贝数和倍体数；
利用所述纯度、拷贝数和倍体数，通过式I、式II预测样本DNA各区域的胚系及细胞突变频率，其中，式I为：



式II为：
其中，C是拷贝数；Ψ是倍体数；p是纯度；Mi是突变型等位DNA片段的拷贝数；σri是CBS得到的片段Si中log值的标准差；σfi为片段Si中snp位点的频率。


3.根据权利要求1所述的基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法，其特征在于，对所述测序结果进行数据过滤，并与参考基因组进行比对，得到比对结果包括：
利用正常组织样本突变结果构建参考基因组数据库；
将所述测序进行数据过滤，并与所述参考基因组数据库内的突变结果比对，统计出现次数大于或等于5次的突变结果，构建用于过滤假阳性突变的数据库。


4.根据权利要求3所述的基于二代测序的肿瘤单样本TMB检测方法，其特征在于，对所述变异结果进行假阳性和胚系数据库过滤，得到过滤后的突变结果包括：筛选出突变频率大于或等于5％的突变结果。


5.根据权利要求4所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：但旭，李淼，胡郧波，
申请(专利权)人：深圳裕策生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44