包含共选择的微生物群的组合物及其使用方法技术

本发明专利技术公开了包含共选择的微生物群的无水组合物和使用其治疗与生态失调相关的疾病(栖居在个体中或栖居在个体中的特定组织中的微生物群落的失衡)的方法。具体而言，设想了包含共选择的微生物群的无水组合物和用于治疗与生态失调相关的胃肠道疾病的方法。本文还公开了这种包含共选择的微生物群的无水组合物在治疗与生态失调(例如，与生态失调相关的胃肠道疾病)相关的疾病中的用途，以及这种包含共选择的微生物群的无水组合物在制备用于治疗与生态失调(例如，与生态失调相关的胃肠道疾病)相关的疾病的药物中的用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】包含共选择的微生物群的组合物及其使用方法相关申请本申请要求于2018年1月5日提交的第62/614,151号美国临时申请和于2018年6月12日提交的第62/683,850号美国临时申请的优先权，出于所有目的，其全部内容通过引用整体并入本文。序列表本申请包含序列表，该序列表已经以ASCII格式电子提交，并且通过引用整体并入本文。
本专利技术的领域涉及用于治疗与生态失调(栖居在个体中或栖居在个体中的特定组织中的微生物群落的失衡)相关的疾病的组合物和方法。特别地，设想了用于治疗与生态失调相关的胃肠道疾病的组合物和方法。
技术介绍
生态失调(Dysbiosis)与多种疾病和病症有关。因此，需要药剂(reagent)和使用其恢复包含健康微生物组(microbiome)的微生物的健康平衡的方法。
技术实现思路
本文描述了微生物生态系统治疗剂(指定为MET-2)。本文还阐述了MET-2的示例性亚组(例如，MET-2A和MET-2B)。在例如本文提供的表3-表5中阐述了MET-2的其他示例性亚组、MET-2A和MET-2B。MET-2的其他示例性亚组包括：表1中的NB2B-6-CNA、NB2A-9-NA、NB2A-14-FMU、NB2A-8-WC、NB2A-12-BBE、NB2B-16-TSAB、NB2B-11-FAA、NB2B-13-DCM、NB2A-2-FAA、NB2A-3-NA、NB2B-BHI-1、NB2A-17-FMU、NB2B-19-DCM、NB2B-AER-MRS-02和NB2A-10-MRS，以及表1中的NB2B-20-GAM、NB2B-6-CNA、NB2A-9-NA、14LG、NB2A-8-WC、NB2A-12-BBE、NB2A-3-NA、NB2A-17-FMU、NB2B-19-DCM、NB2B-10-FAA、NB2B-26-FMU。如本文所述，涵盖了至少一种MET-2和其示例性亚组以及包含至少一种MET-2和其示例性亚组的组合物，其中MET-2或其亚组的种(species)的总数由MET-2或所示的特定亚组中包括的种的总数组成。在某些实施方案中，表1中列出的细菌菌种的子集(subset)由1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个种(species)组成。在某些实施方案中，无水组合物包含表1中列出的细菌菌种中的至少1种、至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少11种、至少12种、至少13种、至少14种、至少15种、至少16种、至少17种、至少18种、至少19种、至少20种、至少21种、至少22种、至少23种、至少24种、至少25种、至少26种、至少27种、至少28种、至少29种、至少30种、至少31种、至少32种、至少33种、至少34种、至少35种、至少36种、至少37种、至少38种、至少39种或至少40种。因此，提供了至少一种MET-2和至少一种MET-2的示例性亚组，以及包含至少一种MET-2和至少一种MET-2的示例性亚组的组合物作为用于治疗多种胃肠道疾病(例如溃疡性结肠炎)的治疗剂。本文还描述了通过向有需要的个体施用MET-2的至少一种细菌菌种和/或MET-2的示例性亚组的至少一种细菌菌种，或包含MET-2的至少一种细菌菌种和/或MET-2的示例性亚组的至少一种细菌菌种的组合物来治疗多种胃肠道疾病的方法。还涵盖了MET-2的至少一种细菌菌种和/或MET-2的示例性亚组的至少一种细菌菌种用于治疗多种胃肠道疾病的用途，以及MET-2的至少一种细菌菌种和/或MET-2的示例性亚组的至少一种细菌菌种在制备用于治疗多种胃肠道疾病的药物中的用途。此类胃肠道疾病包括与生态失调相关的疾病或病症，例如艰难梭菌(Clostridioidesdifficile)感染、克罗恩氏病、肠易激综合征(IBS)或痉挛性结肠、特发性溃疡性结肠炎、粘液性结肠炎、胶原性结肠炎、一般炎症性肠病、微观结肠炎、抗生素相关性结肠炎、特发性或单纯性便秘、憩室病或艾滋性肠病。在一个方面，提供了一种无水组合物，其包含共选择的(co-selected)微生物群，其中所述共选择的微生物群包含多种细菌菌种，所述多种细菌菌种由表1中所列的每种细菌菌种和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，其中表1中所列的细菌菌种为粉末形式，其中在所述无水组合物中所述粉末形式的水分含量小于5％重量/重量，其中所述共选择的微生物群表现出对扰动应激(perturbationalstress)的抗性。在另一方面，提供了一种无水组合物，其包含共选择的微生物群，其中所述共选择的微生物群包含表1中所列的细菌菌种中的至少一种，其中所述共选择的微生物群由表1中所列的细菌菌种和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，其中表1中所列的细菌菌种为粉末形式，其中在所述无水组合物中所述粉末形式的水分含量小于5％重量/重量，其中所述共选择的微生物群表现出对扰动应激的抗性。在另一方面，提供了一种无水组合物，其包含共选择的微生物群，其中所述共选择的微生物群包含多种细菌菌种，所述多种细菌菌种由来自表1中列出的每个细菌门的至少一种细菌菌种和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，其中表1中所列的细菌菌种为粉末形式，其中在所述无水组合物中所述粉末形式的水分含量小于5％重量/重量，其中所述共选择的微生物群表现出对扰动应激的抗性。在另一方面，提供了一种无水组合物，其包含共选择的微生物群，其中所述共选择的微生物群包含表3中所列的MET-2A细菌菌种中的至少一种，其中所述共选择的微生物群由表3中所列的MET-2A细菌菌种和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，其中表3中所列的MET-2A细菌菌种为粉末形式，其中在所述无水组合物中所述粉末形式的水分含量小于5％重量/重量，其中所述共选择的微生物群表现出对扰动应激的抗性。在另一方面，提供了一种无水组合物，其包含共选择的微生物群，其中所述共选择的微生物群包含表3中所列的MET-2B细菌菌种中的至少一种，其中所述共选择的微生物群由表3中所列的MET-2B细菌菌种和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，其中表3中所列的MET-2B细菌菌种为粉末形式，其中在所述无水组合物中所述粉末形式的水分含量小于5％重量/重量，其中所述共选择的微生物群表现出对扰动应激的抗性。在另一方面，提供了一种无水组合物，其包含共选择的微生物群，其中所述共选择的微生物群包含表3中所列的以MET-2、MET-2A和MET-2B中的每一种存在的细菌菌种中的至少一种，其中所述共选择的微生物群由表3中所列的以MET-2、MET-2A和MET-2B中的每一种存在的全部细菌菌种和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，其中所述以MET-2、MET-2A和MET-2B中的每一种存在的细菌菌种为粉末形式，其中在所述无水组合物中所述粉末形式的水分含量小于5％重本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种无水组合物，其包含共选择的微生物群，其中所述共选择的微生物群包含多种细菌菌种，所述多种细菌菌种由表1中所列的每种细菌菌种和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，/n其中表1中所列的细菌菌种为粉末形式，/n其中在所述无水组合物中所述粉末形式的水分含量小于5％重量/重量，/n其中所述共选择的微生物群表现出对扰动应激的抗性。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180105 US 62/614,151;20180612 US 62/683,8501.一种无水组合物，其包含共选择的微生物群，其中所述共选择的微生物群包含多种细菌菌种，所述多种细菌菌种由表1中所列的每种细菌菌种和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，
其中表1中所列的细菌菌种为粉末形式，
其中在所述无水组合物中所述粉末形式的水分含量小于5％重量/重量，
其中所述共选择的微生物群表现出对扰动应激的抗性。


2.一种无水组合物，其包含共选择的微生物群，其中所述共选择的微生物群包含表1中所列的细菌菌种中的至少一种，其中所述共选择的微生物群由表1中所列的细菌菌种和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，
其中所述表1中所列的细菌菌种为粉末形式，
其中在所述无水组合物中所述粉末形式的水分含量小于5％重量/重量，
其中所述共选择的微生物群表现出对扰动应激的抗性。


3.一种无水组合物，其包含共选择的微生物群，其中所述共选择的微生物群包含多种细菌菌种，所述多种细菌菌种由来自表1中所列的每个细菌门的至少一种细菌菌种和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，
其中表1中所列的细菌菌种为粉末形式，
其中在所述无水组合物中所述粉末形式的水分含量小于5％重量/重量，
其中所述共选择的微生物群表现出对扰动应激的抗性。


4.一种无水组合物，其包含共选择的微生物群，其中所述共选择的微生物群包含表3中所列的MET-2A细菌菌种中的至少一种，其中所述共选择的微生物群由表3中所列的MET-2A细菌菌种和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，
其中所述表3中所列的MET-2A细菌菌种为粉末形式，
其中在所述无水组合物中所述粉末形式的水分含量小于5％重量/重量，
其中所述共选择的微生物群表现出对扰动应激的抗性。


5.一种无水组合物，其包含共选择的微生物群，其中所述共选择的微生物群包含表3中所列的MET-2B细菌菌种中的至少一种，其中所述共选择的微生物群由表3中所列的MET-2B细菌菌种和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，
其中所述表3中所列的MET-2B细菌菌种为粉末形式，
其中在所述无水组合物中所述粉末形式的水分含量小于5％重量/重量，
其中所述共选择的微生物群表现出对扰动应激的抗性。


6.一种无水组合物，其包含共选择的微生物群，其中所述共选择的微生物群包含表3中所列的以MET-2、MET-2A和MET-2B中的每一种存在的细菌菌种中的至少一种，其中所述共选择的微生物群由表3中所列的以MET-2、MET-2A和MET-2B中的每一种存在的全部细菌菌种和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，
其中以MET-2、MET-2A和MET-2B中的每一种存在的细菌菌种为粉末形式，
其中在所述无水组合物中所述粉末形式的水分含量小于5％重量/重量，
其中所述共选择的微生物群表现出对扰动应激的抗性。


7.一种无水组合物，其包含共选择的微生物群，其中所述共选择的微生物群包含表1中所列的细菌菌种中的至少一种，其中所述共选择的微生物群由表1中所列的细菌菌种NB2B-20-GAM、NB2B-6-CNA、NB2A-9-NA、14LG、NB2A-8-WC、NB2A-12-BBE、NB2A-3-NA、NB2A-17-FMU、NB2B-19-DCM、NB2B-10-FAA、NB2B-26-FMU和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，
其中表1中所列的细菌菌种NB2B-20-GAM、NB2B-6-CNA、NB2A-9-NA、14LG、NB2A-8-WC、NB2A-12-BBE、NB2A-3-NA、NB2A-17-FMU、NB2B-19-DCM、NB2B-10-FAA、NB2B-26-FMU为粉末形式，
其中在所述无水组合物中所述粉末形式的水分含量小于5％重量/重量，
其中所述共选择的微生物群表现出对扰动应激的抗性。


8.根据前述权利要求中任一项所述的无水组合物，其中所述共选择的微生物群包含至少25％的革兰氏阴性细菌菌种。


9.根据前述权利要求中任一项所述的无水组合物，其中所述共选择的微生物群包含至少50％的革兰氏阳性细菌菌种。


10.根据前述权利要求中任一项所述的无水组合物，其中所述共选择的微生物群包含至少65％的厚壁菌门的细菌菌种。


11.根据前述权利要求中任一项所述的无水组合物，其中所述共选择的微生物群包含至少5％的拟杆菌门的细菌菌种。


12.根据前述权利要求中任一项所述的无水组合物，其中所述共选择的微生物群包含如表3、表4或表5中任一个所述的关于类别和/或功能特性的亚组。


13.根据前述权利要求中任一项所述的无水组合物，其中所述细菌菌种处于蛰伏状态。


14.根据前述权利要求中任一项所述的无水组合物，其进一步包含药学上可接受的载体。


15.根据权利要求14所述的无水组合物，其中所述药学上可接受的载体是纤维素。


16.根据前述权利要求中任一项所述的无水组合物，其中所述无水组合物被包封在胶囊中。


17.根据权利要求16所述的无水组合物，其中所述无水组合物被包封在双胶囊中。


18.根据前述权利要求中任一项所述的无水组合物，其中所述至少一种其他的细菌菌种是氨基酸球菌属(Acidaminococcus)的菌种。


19.根据权利要求18所述的无水组合物，其中所述氨基酸球菌属的菌种是肠氨基酸球菌(Acidaminococcusintestini)或发酵氨基酸球菌(Acidaminococcusfermentans)。


20.根据前述权利要求中任一项所述的无水组合物，其进一步包含益生元。


21.一种用于治疗患有与生态失调相关的疾病或病症的哺乳动物个体的方法，所述方法包括：向所述哺乳动物个体施用治疗有效量的前述权利要求中任一项所述的无水组合物，其中所述治疗有效量改善所述哺乳动物个体中微生物的相对比例，从而治疗所述哺乳动物个体。


22.根据权利要求21所述的方法，其中所述与生态失调相关的疾病或病症是艰难梭菌(Clostridioidesdifficile)感染、克罗恩氏病、肠易激综合征(IBS)或痉挛性结肠、特发性溃疡性结肠炎、粘液性结肠炎、胶原性结肠炎、一般炎症性肠病、微观结肠炎、抗生素相关性结肠炎、特发性或单纯性便秘、憩室病或艾滋性肠病。


23.前述权利要求中任一项所述的无水组合物在治疗与生态失调相关的疾病或病症中的用途，其中有效量的所述无水组合物改善了微生物的相对比例，从而治疗所述与生态失调相关的疾病或病症。


24.根据权利要求23所述的方法，其中所述与生态失调相关的疾病或病症是艰难梭菌(Clostridioidesdifficile)感染、克罗恩氏病、肠易激综合症(IBS)或痉挛性结肠、特发性溃疡性结肠炎、粘液性结肠炎、胶原性结肠炎、一般炎症性肠病、微观结肠炎、抗生素相关性结肠炎、特发性或单纯性便秘、憩室病或艾滋性肠病。


25.前述权利要求中任一项所述的无水组合物在制备用于治疗与生态失调相关的疾病或病症的药物中的用途，其中有效量的所述药物改善微生物的相对比例，从而治疗所述与生态失调相关的疾病或病症。


26.根据权利要求25所述的方法，其中所述与生态失调相关的疾病或病症是艰难梭菌(Clostridioidesdifficile)感染、克罗恩氏病、肠易激综合征(IBS)或痉挛性结肠、特发性溃疡性结肠炎、粘液性结肠炎、胶原性结肠炎、一般炎症性肠病、微观结肠炎、抗生素相关性结肠炎、特发性或单纯性便秘、憩室病或艾滋性肠病。


27.一种无水组合物，其包含多种细菌菌种，所述多种细菌菌种由表1中所列的每种细菌菌种和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，其中表1所中列的细菌菌种为
(a)粉末形式，其中在所述无水组合物中所述粉末形式的水分含量小于5％重量/重量，
其中当通过恒化器模型测定法进行测试时，所述无水组合物：
(b)悬浮在第一生长培养基中并进行培养以在所述第一生长培养基中实现所述多种细菌菌种的稳态生长，其中在所述第一生长培养基中处于稳态生长的所述多种细菌菌种的相对丰度被确定为第一相对丰度，
(c)在所述第一生长培养基中处于稳态生长的所述多种细菌菌种受到扰动应激的挑战，其中所述扰动应激是底物类型、底物可利用性中的至少一种的变化或外源性挑战，
当受到所述扰动应激挑战时，所述多种细菌菌种表现出鲁棒性，其中通过在受到所述扰动应激挑战后维持所述多种细菌菌种的所述第一相对丰度来表现所述鲁棒性。


28.一种无水组合物，其包含多种细菌菌种，所述多种细菌菌种由表1所列的每种细菌菌种和任选的至少一种其他的细菌菌种组成，其中表1中所列的细菌菌种为
(a)粉末形式，其中在所述无水组合物中所述粉末...

【专利技术属性】
技术研发人员：艾玛·艾伦费尔科，
申请(专利权)人：努比亚塔有限责任公司，
类型：发明
国别省市：美国;US