用于线性样品加工的方法技术

技术编号:26535721 阅读:17 留言:0更新日期:2020-12-01 14:27
本发明专利技术提供了用于通过一系列反应对多个样品进行线性加工的方法。所述方法允许通过一系列反应来并行加工多个样品。还提供了用于执行所述方法的系统。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于线性样品加工的方法相关申请的交叉引用本申请要求于2018年3月20日提交的美国临时申请序列号62/645,405的优先权,所述美国临时申请的内容通过引用的方式并入本文。
本专利技术涉及用于通过一系列反应来加工样品的方法和系统。
技术介绍
健康专业人员和研究科学家在实验室里花费数年时间学习实践基础。这些专业人员被教导这样的原则:始终丢弃如移液管尖端和试剂管等消耗品,而不重复使用,以避免样品污染,并且在纯化后绝不将样品返回到收集管。这些规则在大学实验室学习如DNA提取和聚合酶链反应等基础知识时适用并且在执行原创研究时得到加强。事实上,这些基本的样品处理原则是自动化环境中高通量液体处理系统的操作的基础。分子生物学方法的自动化需要分配和递送少量精确体积的许多试剂。试剂递送方法通常分为两类:复杂的机器人流体处理器或微流体装置。两者通常从中央储液器分配流体。机器人流体处理器有许多移动部件、价格昂贵、维护困难且尺寸大,但使用现成的消耗品,如移液管尖端和反应试管。控制微流体芯片的硬件更简单、更便宜且更小,但用于分配和反应的芯片可能会很贵。微流体芯片不如液体处理机器人灵活、价格昂贵并且难以定制。由于设置时间和试剂过量,机器人平台更适用于大量样品。然而,在通过同样多的步骤来加工数百或数千个样品时,至少部分地由于即使是在繁琐的情况下也需要维持良好的实验室实践,因此设置并维护机器人流体处理器以加工数百个样品是耗时的并且容易出现故障。
技术实现思路
本公开提供了用于加工多个样品的方法和系统,其中每个样品由其自己专用的试剂等分试样服务并由其自己专用的移液管管理。每个移液管服务一个样品和其专用试剂并且因此不会交叉污染样品。因为移液管不会在样品或其试剂之间交叉,所以移液管尖端不需要在每个步骤之间丢弃和更换,并且一些反应器皿可以重复使用。即使在本公开的自动化的机器人实施例中,每个移液管也程序性地有仅一个样品并与其一起工作,即使在所述样品经历样品制备反应例如以用于文库制备时。使用其中每个样品获得其自己的一行文库制备试剂、珠粒、酶和缓冲液的经过预先平板接种的试剂,移液管通过文库制备有核酸样品。当核酸被洗涤时,移液管尖端被洗涤。移液管尖端不跨行行进以用于其它不相关的样品中。移液管尖端不会污染样品并且在文库制备期间无需更换。所述多个样品可以并行加工,因为每个样品通过仅与所述样品接触的专用移液管和同样专用于所述样品的试剂等分试样进行一系列反应。在一些实施例中,用于一系列反应的每个样品和试剂预先填充在如沿着多孔板的行的专用孔中。专用移液管从样品孔和专用试剂孔中抽出,但移液管永远不穿过板的另一行并且因此不进入与不同样品相关的任何孔。通过将试剂孔专用于一个特定样品并将移液管专用于所述样品和其相关孔,移液管不交叉污染样品。因为使用专用的特定于样品的试剂孔和特定于样品的移液管避免了交叉污染,所以可以将通常用于防止交叉污染的液体处理步骤排除在样品加工方案之外。因为试剂孔和移液管可以作为例如多孔板和多通道移液管来提供,所以本公开的系统和方法非常适合自动化。当系统和方法自动化以用于高通量样品加工时,省略先前所需步骤的能力大大减少了机器设置的复杂性、所用材料、时间和因污染而损失的材料。本专利技术提供了用于通过一系列反应对多个样品进行线性加工的方法。所述方法允许对如从血液中分离的核酸等样品顺序地执行许多反应。根据所述方法,为每个样品提供执行反应所必需的组分如酶或底物的单独等分试样。因为所述方法避免了使用共享的反应组分源,因此如试管和移液管尖端等可消耗的供应品可以重复用于样品上的许多反应,而不会有来自其它样品的材料污染样品的风险。因此,所述方法允许使用最少量的供应品、反应组分和样品材料对多个样品并行执行复杂的反应顺序。本专利技术还提供了用于执行所述方法的系统。本专利技术的方法提供了许多优于用于样品的分子分析的现有方法的优点。临床或研究环境中常用的分析技术涉及大量步骤顺序,如核酸的提取、纯化、消化、连接、修饰、扩增和测序。一些现有的多步骤加工方法依赖于必须被定制设计成用于特定操纵顺序的流体盒。相比之下,本专利技术的方法可以在机器人液体处理器上执行,并且反应的顺序可以通过修改反应组分的配置来容易地调整。同时,所述方法比现有的机器人多步骤加工方法更简单、更快速且更便宜,因为所述方法使用更少的消耗品并且需要更少的丢弃步骤。另外,本文提供的方法仅使用执行每个反应所必需的样品和反应组分量。因此,所述方法有利于分析稀有样品材料或执行需要昂贵反应组分的操纵。在某些方面,本公开提供了一种加工样品的方法。所述方法包含提供多个样品、为每个样品提供移液管和多种试剂以及使用用于所述样品的所述移液管和所述试剂对每个样品执行一系列转移和/或反应,而不更换移液管尖端。每个移液管可以具有移液管尖端,并且所述方法可以包含将所述移液管和相应的移液管尖端用于每个样品的所述一系列反应。在样品包含核酸并且所述一系列反应提供了含有与所述核酸的各部分相对应的序列的DNA片段文库的情况下,方法是有用的。在一些实施例中,同时且并行地对所述样品中的每个样品执行所述一系列转移。可以在沿着多孔板的一行孔中提供用于每个样品的所述多种试剂。用于每个样品的所述移液管作为多通道移液管的一个构件提供。执行步骤可以包含将所述多孔板和所述多通道移液管装载到处理装置中,其中所述处理装置操作以滑动所述多孔板以将预定列的孔定位在所述多孔板下面;借助于所述多通道移液管在所述板的孔行内的孔之间转移液体;并且使至少一列所述多孔板与加热装置接触,以促进所述至少一列的孔中的反应。任选地,每个样品包含核酸,并且执行所述一系列转移导致产生DNA片段文库的一系列反应,其中每个片段包含与所述核酸的一部分相对应的序列以及衔接子。本公开的各方面提供了一种样品加工系统,所述样品加工系统包含多通道移液管;多个试剂孔;以及多种试剂,所述多种试剂在所述多个试剂孔的子集中被复制。优选地,所述多个试剂孔作为至少一个多孔板提供。所述系统可以可操作以在所述多种试剂的每个复制品内使用所述多通道移液管中的用于所述复制品的一个移液管转移试剂。所述多种试剂的每个复制品可以被限制在所述多孔板的一行。任选地,所述系统被编程成将所述多通道移液管移动到所述多孔板的不同列,同时将所述多通道移液管的各个移液管尖端保持在所述多孔板的行内。在一些实施例中,所述系统包含处理装置,所述处理装置包括至少一个装载台,所述多孔板可以可移除地装载到所述装载台上,其中当所述多孔板被装载到所述装载台上时,所述多通道移液管被处理装置安置成进入所述多孔板的孔。所述处理装置可以可操作以滑动所述多孔板以将预定列的孔定位在所述多孔板下面;借助于所述多通道移液管在所述板的孔行内的孔之间转移液体;并且使至少一列所述多孔板与加热装置接触,以促进所述至少一列的孔中的反应。在某些实施例中,所述多种试剂的每个复制品包括用于捕获和分离核酸片段的珠粒;扩增酶;测序衔接子;以及连接酶。所述多个试剂孔可以作为至少一个多孔板提供,并且所述系统包含跨一列孔分布的多个样品。每个样品可以包含核酸,并且所述系统可以本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种加工样品的方法,所述方法包括:/n提供多个样品;/n为每个样品提供移液管和多种试剂;以及/n使用用于每个样品的所述移液管和所述试剂对所述样品执行一系列转移,而无需更换移液管尖端。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180320 US 62/645,4051.一种加工样品的方法,所述方法包括:
提供多个样品;
为每个样品提供移液管和多种试剂;以及
使用用于每个样品的所述移液管和所述试剂对所述样品执行一系列转移,而无需更换移液管尖端。


2.根据权利要求1所述的方法,其中每个移液管有一个移液管尖端,并且所述方法包含将所述移液管和所述移液管尖端用于每个样品的所述一系列转移。


3.根据权利要求1所述的方法,其中每个样品包含核酸。


4.根据权利要求3所述的方法,其中所述一系列转移提供了含有与所述核酸的各部分相对应的序列的DNA片段库。


5.根据权利要求1所述的方法,其中同时且并行地对所述多个样品中的每个样品执行所述一系列转移。


6.根据权利要求1所述的方法,其中在沿着多孔板的一行孔中提供用于每个样品的所述多种试剂。


7.根据权利要求6所述的方法,其中用于每个样品的所述移液管是作为多通道移液管的一个构件来提供。


8.根据权利要求7所述的方法,其中执行步骤进一步包含将所述多孔板和多通道装载到处理装置中,其中所述处理装置经操作以
滑动所述多孔板以将预定列的孔定位在所述多通道移液管下面,
借助于所述多通道移液管在所述板的孔行内的孔之间转移液体,并且
使至少一列所述多孔板与加热装置接触以促进所述至少一列的孔中的反应。


9.根据权利要求8所述的方法,其中每个样品包含核酸,并且执行所述一系列转移导致产生DNA片段库的一系列反应,其中每个片段包括与所述核酸的一部分相对应的序列以及衔接子。


10.根据权利要求1所述的方法,其中在沿着多孔板的一排孔中提供用于每个样品的所述多种试剂,其中用于每个样品的所述移液管是作为多通道移液管的一个构件来提供,并且其中同时且并行地对所述多个样品中的每个样品执行所述一系列转移,并且所述一系列转移包含在所述多孔板之上平移所述多通道移液管。


11.一种样品加工系统,其包括:
多通道移液管;
多个试剂孔;以及
多种试剂,所述多种试剂在所述多个试剂孔的子集中被复制。


12.根据权利要求11所述的系统,其中所述多个试剂孔是作为至少一个多孔板来提供。


13.根据权利要求12所述的系统,其中所述系统能够操作以在所述多种试剂的每个复制品内使用所述多通道移液管中的用于所述复制品的一个移液管转移试剂。


14.根据权利要求13所述的系统,其中所述多种试剂的每个复制品被限制在所述多孔板的一行。


15.根据权利要求14所述的系统,其中所述系统被编程成将所述多通道移液管移动到所述多孔板的不同列,同时将所述多通道移液管的各个移液管尖端保持在所述多孔板的行内。


16.根据权利要求15所述的系统,其进一步包括处理装置,所述处理装置包括至少一个装载台,所述多孔板能够可移除地装载到所述装载台上,其中当所述多孔板被装载到所述装载台上时,所述多通道移液管被处理装置安置成进入所述多孔板的孔。


17.根据权利要求16所述的系统,其中所述处理装置进一步能够操作以:
滑动所述多孔板以将预定列的孔定位在所述多通道移液管下面,
借助于所述多通道移液管在所述板的孔行内的孔之间转移液体,并且
使至少一列所述多孔板与加热装置接触以促进所述至少一列的孔中的反应。


18.根据权利要求11所述的系统,其中所述多种试剂的每个复制品包括:用于捕获和分离核酸片段的珠粒;扩增酶;测序衔接子;以及连接酶。


19.根据权利要求18所述的系统,其中所述多个试剂孔是作为至少一个多孔板来提供,并且所述系统进一步包括跨一列孔分布的多个样品。


20.根据权利要求19所述的系统,其中每个样品包含核酸,并且所述系统能够操作以产生DNA片段库,其中每个片段包括与所述核酸的一部分相对应的序列以及衔接子。


21.一种执行反应的方法,所述方法包括:
使用转移容器将与试剂结合的第一多个颗粒转移到包括第一液体的第一储液器,从而允许所述试剂从所述第一多个颗粒中释放;
使用所述转移容器将所述试剂从所述第一储液器转移到第二储液器,所述转移将基本上所有所述第一多个颗粒留在所述第一储液器中;
使用所述转移容器将包括反应物的第二液体从第三储液器转移到所述第二储液器,从而允许所述试剂和所述反应物反应;以及
使用所述转移容器将第二多个颗粒从第四储液器转移到所述第二储液器,从而允许所述试剂与所述第二多个颗粒结合,
其中转移步骤按顺序执行。


22.根据权...

【专利技术属性】
技术研发人员:D·A·阿莫雷塞
申请(专利权)人:纽亘技术公司
类型:发明
国别省市:美国;US

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