【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用的水凝胶珠和流动池的遗传物质的空间索引和文库制备相关申请本专利申请要求于2018年4月26日提交的美国临时专利申请号62/663,129和2017年8月1日提交的美国临时专利申请号62/539,949的优先权，其全部内容通过引用合并于此。
技术介绍
边合成边测序(SBS)技术提供高质量的测序数据。但是，SBS方法可能受序列读出长度的限制，因为在某些情况下，SBS测序读出的长度不超过300个核苷酸。SBS技术的短读长度可能涉及大量数据分析，以从SBS程序期间生成的多个重叠的短序列读出进行对齐和重建长核酸序列。预测序步骤(例如对特定核酸分子进行加条形码编码)可以简化数据分析，但也会增加SBS方法的复杂性。
技术实现思路
本文提供了用于在测序流动池上播种由遗传物质(例如靶核酸分子或含有靶核酸分子的细胞或细胞裂解物)产生的测序文库的方法的示例，其允许在流动池上各个文库的空间隔离。空间隔离可用于索引来自各个测序文库的序列读出，以提高后续数据分析的效率。测序文库的这种“空间索引”允许简化从中产生测序文库的遗传物质的处理和序列重...
【技术保护点】
1.一种方法，其包括：/n在足以将可降解水凝胶珠捕获在测序流动池的表面上的条件下，将可降解水凝胶珠加载到测序流动池上，其中：/n可降解水凝胶珠容纳由包封的遗传物质制备的测序文库；或/n可降解水凝胶珠容纳包封的遗传物质，并且所述方法进一步包括在所捕获的可降解水凝胶珠中从遗传物质制备测序文库；和/n将液体扩散屏障加载到测序流动池上，其包围水凝胶珠；和/n在存在液体扩散屏障的情况下降解所捕获的水凝胶珠，以允许将测序文库转运和播种到测序流动池的表面上。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170801 US 62/539,949;20180426 US 62/663,1291.一种方法，其包括：
在足以将可降解水凝胶珠捕获在测序流动池的表面上的条件下，将可降解水凝胶珠加载到测序流动池上，其中：
可降解水凝胶珠容纳由包封的遗传物质制备的测序文库；或
可降解水凝胶珠容纳包封的遗传物质，并且所述方法进一步包括在所捕获的可降解水凝胶珠中从遗传物质制备测序文库；和
将液体扩散屏障加载到测序流动池上，其包围水凝胶珠；和
在存在液体扩散屏障的情况下降解所捕获的水凝胶珠，以允许将测序文库转运和播种到测序流动池的表面上。
2.权利要求1的方法，其中遗传物质选自靶核酸分子、或含有靶核酸分子的细胞和细胞裂解物中的至少一种。
3.权利要求1或2的方法，其中测序文库包含长度为至少150个核苷酸的DNA或RNA。
4.权利要求2的方法，其中靶核苷酸分子是基因组DNA。
5.前述权利要求中任一项的方法，其中液体扩散屏障是油、粘稠水溶液、或其组合。
6.权利要求5的方法，其中油是矿物油、硅酮油、全氟化油、或它们中两种或更多种的组合。
7.权利要求5的方法，其中粘稠水溶液是包含聚乙二醇(PEG)、聚乙烯基吡咯烷酮、普罗尼克葡聚糖、蔗糖、聚(N-异丙基丙烯酰胺)或聚环氧乙烷-聚环氧丙烷-聚环氧乙烷(PEO-PPO-PEO)/锂皂土、或它们中两种或多种的组合的溶液。
8.前述权利要求中任一项的方法，其中水凝胶珠通过下述中的一种或多种降解：
(a)使水凝胶珠与剪切可逆交联剂的试剂接触，所述交联剂将水凝胶的聚合物交联；
(b)将水凝胶珠加热至约90℃；
(c)将水凝胶珠暴露于剪切光可剪切交联剂的波长的光下，所述交联剂将水凝胶的聚合物交联；或
(d)(a)和(b)；(a)和(c)；(b)和(c)；或(a)、(b)和(c)的组合。
9.权利要求8的方法，其中试剂包含二硫苏糖醇(DTT)、三(2-羧基乙基)膦(TCEP)、三(3-羟基丙基)膦(THP)、或它们中两种或更多种的组合。
10.前述权利要求中任一项的方法，其中水凝胶珠的直径为约5μm至约120μm。
11.前述权利要求中任一项的方法，其中水凝胶珠是包含容纳遗传物质的中空核的中空水凝胶珠。
12.前述权利要求中任一项的方法，其...
【专利技术属性】
技术研发人员：T·K·库拉纳，吴怡萱，陈锡君，F·戈尔佩亚萨尔，林彦佑，V·波皮克，E·B·耶格，M·罗纳格希，
申请(专利权)人：伊鲁米纳公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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