一种用于高分辨空间转录组测序芯片制造技术

组织的空间转录组测序技术对于生物科学以及医学研究例如细胞分化，致病机理等都具有重大的意义；本专利开发出一种基于微米级光锥的高分辨率组织空间转录组信使核糖核酸测序芯片的制备方法，该测序芯片在光锥端面的不同光纤位置结合了一段包含有空间位置标签和逆转录寡聚胸腺嘧啶核苷酸的mRNA捕获探针，以此构建的芯片，使光锥中的每一个光纤单位在端面都带有特定的位置标签来标记出所捕获mRNA的位置信息；组织切片贴于该光锥芯片上，经过透化后组织细胞中的转录组mRNA与光锥芯片上的捕获探针相结合，再通过逆转录，体外扩增和聚合酶链式反应等技术扩增转录组，最后通过Illumina测序平台进行测序并分析。

A high resolution space transcriptome sequencing chip

【技术实现步骤摘要】
一种用于高分辨空间转录组测序芯片
本专利技术涉及的是一种用于高分辨空间转录组测序芯片及其应用方法，属于生物

技术介绍
单细胞分析相较于传统细胞分析技术而言，实现了对单个细胞的检测，突出了细胞的异质性研究，对探究细胞内外分子调控机理，细胞分化过程，癌细胞形成过程都具有重要意义。形成细胞异质性的原因在于基因信息流中的特异性转录形成了不同的mRNA体系，即细胞转录组，相较于基因组而言更具有空间性和时间性。目前分析单细胞转录组的主流技术包括单分子荧光原位杂交（smFISH）和单细胞mRNA测序技术，相较于单分子荧光原位杂交技术只能分析已知序列的局限性，单细胞mRNA测序理论上实现了全转录组分析。单细胞分析可以大致分为单细胞有效分离，全基因组扩增（WGA），测序和序列数据分析这4个部分。目前基于微流控和微孔阵列实现了平行大规模的单细胞分离和利用条形码mRNA捕获珠子实现单细胞组合标记测序。但是通过单细胞分离实现的单细胞测序，失去了细胞在组织中原本的位置信息，细胞的位置信息对探究微环境对细胞分化形成以及细胞之间的调控机理具有重要的意义。因本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于高分辨率空间转录组测序芯片，其特征在于：组成光锥缩小端面的光纤表面上化学修饰了用于编码所捕获mRNA位置信息的核苷酸序列。/n

【技术特征摘要】
1.一种用于高分辨率空间转录组测序芯片，其特征在于：组成光锥缩小端面的光纤表面上化学修饰了用于编码所捕获mRNA位置信息的核苷酸序列。


2.根据权利要求1所述的一种高分辨率空间转录组测序芯片，其特征在于：单根光纤表面上所修饰的核苷酸序列通过原位光脱保护基团合成法所获得。


3.根据权利要求2所述的一种高分辨率空间转录组测序芯片，其特征在于，原位光脱保护基团合成法的步骤如下：通过光锥放大端面光源的控制使光源在光纤中传导至光锥缩小端面，从而使光锥缩小端面上的保护基团脱落，激活光纤表面上的核酸序列合成反应的发生。


4.根据权利要求3所述的一种高分辨率空间转录组测序芯片，其特征在于：保护基团为对光不稳定的基团、光敏保护基团中任意一种。


5.根据权利要求4所述的一种高分辨率空间转录组测序芯片，其特征在于：光敏保护基团为4,4’-二甲氧三苯甲基、二硫苏糖醇、2-(2-硝基苯基)氯甲酸丙酯、α-甲基-6-硝基胡椒基氧羰基中任意一种。


6.根据权利要求3所述的一种高分辨率空间转录组测序芯片，其特征在于：光锥缩小端面经过原位光脱保护基团合成法后在光纤表面形成探针序列，探针序列的序...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵祥伟，叶凯强，葛芹玉，汪柳菁，
申请(专利权)人：东南大学，
类型：发明
国别省市：江苏;32