CD47结合剂制造技术

本文提供了与CD47特异性结合的抗体分子以及相关核酸分子、载体和宿主细胞。本文还提供了此类抗体分子的医学用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】CD47结合剂相关申请的交叉引用本申请要求于2018年8月22日提交的英国专利申请第1813693.7号和于2018年3月27日提交的英国专利申请第1804860.3号的权益，这些英国专利申请的公开内容特此通过引用整体并入。以电子方式提交的文本文件的说明与本申请一起以电子方式提交的文本文件的内容通过引用整体并入本文：序列表的计算机可读格式副本(文件名：ULTW_001_02WO_SeqList_ST25.txt；记录日期：2019年3月26日；文件大小：145,923字节)。
本专利技术涉及与CD47(分化簇47，也被称为整合素相关蛋白[IAP])特异性结合的抗体分子及其医学用途。
技术介绍
CD47(也被称为整合素相关蛋白[IAP])是属于免疫球蛋白超家族并且与包含以下的若干已知配偶体结合的跨膜蛋白：膜整合素、血小板反应蛋白1(TSP-1)和信号调节蛋白α(SIRPα)。CD47与一系列细胞过程相关，包含细胞凋亡、细胞增殖、细胞粘附和细胞迁移，并且重要的是，其在免疫应答和血管生成应答中起关键作用。CD47-SIRPα信号传导是一种抑制巨噬细胞和其它骨髓细胞的吞噬作用的激活的关键的分子相互作用。这促进肿瘤细胞的存活，并且因此充当髓系特异性免疫检查点。临床前证据表明，在血液和实体恶性肿瘤两者的众多实验模型中，阻断CD47-SIRPα信号传导可以增强巨噬细胞的吞噬活性并抑制异种移植物的生长。由于巨噬细胞活性还是炎症相关的组织重塑(如组织纤维化和动脉粥样硬化斑块的形成)的生物学中的公认因素，因此CD47-SIRPα信号传导轴在非癌性疾病中也具有相当大的治疗潜力。因此，抗CD47mAb有可能充当癌症和其它环境中的免疫治疗剂，并可以扩大目前确立的疗法的有效性。大多数目前经批准的抗体治疗剂均源自经过免疫的啮齿动物。通过将鼠CDR“移植”到人v基因骨架序列中，那些抗体中的许多抗体已经经历了被称为“人源化”的过程(参见Nelson等人,2010,《自然综述：药物发现(NatRevDrugDiscov)》9:767-774)。此过程通常不准确，并且导致所得抗体的靶结合亲和力降低。为了恢复原始抗体的结合亲和力，通常在所移植v结构域的可变结构域骨架的关键位置处引入鼠残基(也被称为“回复突变”)。尽管已经显示，与具有完全鼠v结构域的抗体相比，通过CDR移植和回复突变进行人源化的抗体在临床上诱导的免疫应答率较低，但使用这种基本移植方法进行人源化的抗体仍具有显著的临床开发风险，因为在所移植CDR环中仍然具有潜在的物理不稳定性和免疫原性基序。如抗CD47等抗体(其可能以其作用机制的一部分的形式参与免疫效应子功能)具有特别高的免疫原性风险，这是因为所述抗体可以促进CD47+靶细胞的吞噬作用，从而导致抗体连同靶细胞的抗原加工。患者的这些抗药物抗体应答可能会缩短药物在临床使用期间的半衰期并且降低药物在临床使用期间的效力和安全性。由于对蛋白质免疫原性的动物测试通常无法预测人的免疫应答，因此针对治疗用途的抗体工程集中于使经过纯化的蛋白质中的预测的人T细胞表位含量、非人种系氨基酸含量和聚集潜力最小化。因此，理想的人源化激动性抗CD47抗体在v结构域中具有尽可能多的与充分表征的人种系序列的骨架和CDR两者中存在的残基相同的残基。Townsend等人(2015；《美国国家科学院院刊(PNAS)》112:15354-15359)描述了一种用于产生抗体的方法，其中将源自大鼠、兔和小鼠抗体的CDR移植到优选的人骨架中，然后对所述CDR进行被称为“增强型二元取代(AugmentedBinarySubstitution)”的人种系化方法。尽管所述方法证明了原始抗体互补位中的基本可塑性，但在缺乏高度准确的抗体-抗原共晶体结构数据的情况下，仍然无法可靠地预测任何给定抗体的CDR环中的哪些单独的残基可以转换成人种系，以及以什么组合进行转换。此外，Townsend等人的研究未解决人种系中在去除开发风险基序可能有益的位置处存在的残基之外加入诱变。这是使所述过程本质上效率低下的技术限制，从而使得出现抗体开发困难的风险很高。另外，目前无法准确预测单独的v结构域的蛋白质序列的远端位置中或者甚至配偶体v结构域上的什么修饰可以有助于在维持抗原结合亲和力和特异性的同时去除风险基序。因此，CDR种系化和开发质量优化是一个复杂的多因素问题，因为应优选地维持分子的多种功能性质，在这种情况下包含：靶结合特异性、对来自人和动物测试物种(例如，食蟹猴(cynomolgusmonkey)，也被称为食蟹猕猴(crab-eatingmacaque)，即，食蟹猕猴(Macacafascicularis))两者的CD47的亲和力、v结构域生物物理稳定性和/或IgG表达产量。抗体工程化研究已经表明，关键CDR中甚至单一残基位置的突变都可能对所有这些期望的分子性质具有显著影响。WO2011143624A2描述了一种被称为“5F9G4”的拮抗性鼠抗CD47IgG分子，并且还描述了5F9G4(h5F9G4)的人源化形式的制备。5F9G4的那些人源化形式是使用经典人源化技术产生的，即，通过将Kabat定义的鼠CDR移植到人重链和轻链骨架序列中，其中人骨架残基中的一些人骨架残基可能被回复突变为对应定位的5F9G4鼠残基。由于上述原因，WO2011143624A2中描述的5F9G4的这种人源化形式并不理想。
技术实现思路
本专利技术提供了多种抗CD47抗体及其医学用途。根据本专利技术的一个方面，提供了一种抗体分子或其抗原结合部分，所述抗体分子与人CD47并且任选地还与食蟹猴CD47特异性结合，其中所述抗体包括重链可变(VH)区和轻链可变(VL)区。在一些实施例中，所述VH区包括基于IGHV5-51或基于IGHV1-3的骨架。在一些实施例中，所述VL区包括基于IGKV2-28的骨架。在IGHV5-51背景下，抗CD47抗体分子或抗原结合部分可以包括具有以下的重链可变区：具有遵循以下顺序的氨基酸序列的HCDR1：G-Y-S-F-T-N或N的保守取代(如S)-Y-N或N的保守取代(如S)-M或M的保守取代(如I)-H或任何氨基酸(如G)(SEQIDNO:28)；具有遵循以下顺序的氨基酸序列的HCDR2：M或M的保守取代(例如，I)-G-T或任何氨基酸(如I)-I-Y-P-G-N或任何氨基酸(如D)-D或任何氨基酸(如S)-D-T-S或任何氨基酸(如R)-Y-N或任何氨基酸(如S、H)-Q或任何氨基酸(如P)-K或任何氨基酸(如S)-F-Q/K-G/D(SEQIDNO:29)；以及具有遵循以下顺序的氨基酸序列的HCDR3：G或任何氨基酸(如Q)-G-Y或任何氨基酸(如A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、Q、R、S、T、V、W)-R-A或任何氨基酸(如I、T、V、W)-M或任何氨基酸(如A、E、K、L、P、Q、R、S、T、V、W)-D-Y(SEQIDNO:30)。在IGHV1-3背景下，抗CD47抗体分子或抗原结合部分可以包本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种抗CD47抗体或其抗原结合部分，其中所述抗体包括重链可变(VH)区和轻链可变(VL)区，其中/n(a)VH区氨基酸序列包括GYTFTNYAMH(SEQ ID NO:48)的HCDR1、MGTIYPGNDDTKYNQKFQG(SEQ ID NO:49)的HCDR2和GGFRAMDY(SEQ ID NO:50)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNANTYLG(SEQ ID NO:55)的LCDR1、KGSNRFS(SEQ ID NO:52)的LCDR2和FQASHVPYT(SEQ ID NO:53)的LCDR3；/n(b)VH区氨基酸序列包括GYTFTNYAMH(SEQ ID NO:48)的HCDR1、MGTIYPGNDDTKYNQKFQG(SEQ ID NO:49)的HCDR2和GGFRAMDY(SEQ ID NO:50)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNGNTYLG(SEQ ID NO:51)的LCDR1、KGSNRFS(SEQ ID NO:52)的LCDR2和FQASHVPYT(SEQ ID NO:53)的LCDR3；/n(c)VH区氨基酸序列包括GYTFTNYAMH(SEQ ID NO:48)的HCDR1、MGTIYPGNDDTKYNQKFQG(SEQ ID NO:49)的HCDR2和GGFRAMDY(SEQ ID NO:50)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNAYNYLG(SEQ ID NO:56)的LCDR1、KGSNRFS(SEQ ID NO:52)的LCDR2和FQASHVPYT(SEQ ID NO:53)的LCDR3；/n(d)VH区氨基酸序列包括GYTFTNYAMH(SEQ ID NO:48)的HCDR1、MGTIYPGNDDTKYNQKFQG(SEQ ID NO:49)的HCDR2和GGFRAMDY(SEQ ID NO:50)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNAYNYLG(SEQ ID NO:56)的LCDR1、KGSNRFS(SEQ ID NO:52)的LCDR2和FQASQVPYT(SEQ ID NO:54)的LCDR3；/n(e)VH区氨基酸序列包括GYTFTNYAMH(SEQ ID NO:48)的HCDR1、MGTIYPGNDDTKYNQKFQG(SEQ ID NO:49)的HCDR2和GGFRAMDY(SEQ ID NO:50)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNANTYLG(SEQ ID NO:55)的LCDR1、KGSNRFS(SEQ ID NO:52)的LCDR2和FQASQVPYT(SEQ ID NO:54)的LCDR3；/n(f)VH区氨基酸序列包括GYTFTNYAMH(SEQ ID NO:48)的HCDR1、MGTIYPGNDDTKYNQKFQG(SEQ ID NO:49)的HCDR2和GGFRAMDY(SEQ ID NO:50)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNGNTYLG(SEQ ID NO:51)的LCDR1、KGSNRFS(SEQ ID NO:52)的LCDR2和FQASQVPYT(SEQ ID NO:54)的LCDR3；/n(g)VH区氨基酸序列包括GYSFTNYNIH(SEQ ID NO:57)的HCDR1、MGTIYPGNSDTSYNPSFQG(SEQ ID NO:61)的HCDR2和GGVRAMDY(SEQ ID NO:62)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNGNTYLG(SEQ ID NO:51)的LCDR1、KGSNRFS(SEQ ID NO:52)的LCDR2和MQASQVPYT(SEQ ID NO:63)的LCDR3；或者/n(h)VH区氨基酸序列包括GYSFTNYNIH(SEQ ID NO:57)的HCDR1、MGTIYPGDSDTRYNPKFQG(SEQ ID NO:58)的HCDR2和GGYRAEDY(SEQ ID NO:59)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNGNTYLG(SEQ ID NO:51)的LCDR1、KGSNRFS(SEQ ID NO:52)的LCDR2和MQGSHVPY(SEQ ID NO:60)的LCDR3。/n...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180327 GB 1804860.3;20180822 GB 1813693.71.一种抗CD47抗体或其抗原结合部分，其中所述抗体包括重链可变(VH)区和轻链可变(VL)区，其中
(a)VH区氨基酸序列包括GYTFTNYAMH(SEQIDNO:48)的HCDR1、MGTIYPGNDDTKYNQKFQG(SEQIDNO:49)的HCDR2和GGFRAMDY(SEQIDNO:50)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNANTYLG(SEQIDNO:55)的LCDR1、KGSNRFS(SEQIDNO:52)的LCDR2和FQASHVPYT(SEQIDNO:53)的LCDR3；
(b)VH区氨基酸序列包括GYTFTNYAMH(SEQIDNO:48)的HCDR1、MGTIYPGNDDTKYNQKFQG(SEQIDNO:49)的HCDR2和GGFRAMDY(SEQIDNO:50)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNGNTYLG(SEQIDNO:51)的LCDR1、KGSNRFS(SEQIDNO:52)的LCDR2和FQASHVPYT(SEQIDNO:53)的LCDR3；
(c)VH区氨基酸序列包括GYTFTNYAMH(SEQIDNO:48)的HCDR1、MGTIYPGNDDTKYNQKFQG(SEQIDNO:49)的HCDR2和GGFRAMDY(SEQIDNO:50)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNAYNYLG(SEQIDNO:56)的LCDR1、KGSNRFS(SEQIDNO:52)的LCDR2和FQASHVPYT(SEQIDNO:53)的LCDR3；
(d)VH区氨基酸序列包括GYTFTNYAMH(SEQIDNO:48)的HCDR1、MGTIYPGNDDTKYNQKFQG(SEQIDNO:49)的HCDR2和GGFRAMDY(SEQIDNO:50)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNAYNYLG(SEQIDNO:56)的LCDR1、KGSNRFS(SEQIDNO:52)的LCDR2和FQASQVPYT(SEQIDNO:54)的LCDR3；
(e)VH区氨基酸序列包括GYTFTNYAMH(SEQIDNO:48)的HCDR1、MGTIYPGNDDTKYNQKFQG(SEQIDNO:49)的HCDR2和GGFRAMDY(SEQIDNO:50)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNANTYLG(SEQIDNO:55)的LCDR1、KGSNRFS(SEQIDNO:52)的LCDR2和FQASQVPYT(SEQIDNO:54)的LCDR3；
(f)VH区氨基酸序列包括GYTFTNYAMH(SEQIDNO:48)的HCDR1、MGTIYPGNDDTKYNQKFQG(SEQIDNO:49)的HCDR2和GGFRAMDY(SEQIDNO:50)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNGNTYLG(SEQIDNO:51)的LCDR1、KGSNRFS(SEQIDNO:52)的LCDR2和FQASQVPYT(SEQIDNO:54)的LCDR3；
(g)VH区氨基酸序列包括GYSFTNYNIH(SEQIDNO:57)的HCDR1、MGTIYPGNSDTSYNPSFQG(SEQIDNO:61)的HCDR2和GGVRAMDY(SEQIDNO:62)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNGNTYLG(SEQIDNO:51)的LCDR1、KGSNRFS(SEQIDNO:52)的LCDR2和MQASQVPYT(SEQIDNO:63)的LCDR3；或者
(h)VH区氨基酸序列包括GYSFTNYNIH(SEQIDNO:57)的HCDR1、MGTIYPGDSDTRYNPKFQG(SEQIDNO:58)的HCDR2和GGYRAEDY(SEQIDNO:59)的HCDR3；并且VL区氨基酸序列包括RSSQSLLHSNGNTYLG(SEQIDNO:51)的LCDR1、KGSNRFS(SEQIDNO:52)的LCDR2和MQGSHVPY(SEQIDNO:60)的LCDR3。


2.根据权利要求1所述的抗体或抗原结合部分，其中
(a)VH区氨基酸序列包括SEQIDNO:1，并且VL区氨基酸序列包括SEQIDNO:2；
(b)VH区氨基酸序列包括SEQIDNO:3，并且VL区氨基酸序列包括SEQIDNO:4；
(c)VH区氨基酸序列包括SEQIDNO:5，并且VL区氨基酸序列包括SEQIDNO:6；
(d)VH区氨基酸序列包括SEQIDNO:7，并且VL区氨基酸序列包括SEQIDNO:8；
(e)VH区氨基酸序列包括SEQIDNO:9，并且VL区氨基酸序列包括SEQIDNO:10；
(f)VH区氨基酸序列包括SEQIDNO:11，并且VL区氨基酸序列包括SEQIDNO:12；
(g)VH区氨基酸序列包括SEQIDNO:13，并且VL区氨基酸序列包括SEQIDNO:14；或者
(h)VH区氨基酸序列包括SEQIDNO:15，并且VL区氨基酸序列包括SEQIDNO:16。


3.一种抗CD47抗体或其抗原结合部分，其中所述抗体包括重链可变(VH)区和轻链可变(VL)区，其中
(a)HCDR1包括氨基酸序列G-Y-X1-F-T-X2-Y-X3-X4-X5，其中X1是S或S的保守取代，X2是N或N的保守取代，X3是N或任何其它氨基酸，X4是M或M的保守取代，并且X5是H或任何其它氨基酸(SEQIDNO:42)；
(b)HCDR2包括氨基酸序列X1-X2-X3-I-Y-P-G-X4-X5-X6-T-X7-Y-X8-X9-X10-F-Q-G，其中X1是M或M的保守取代，X2是G或G的保守取代，X3是T或任何其它氨基酸，X4是N或N的保守取代，X5是D或任何其它氨基酸，X6是D或任何其它氨基酸，X7是S或任何其它氨基酸，X8是N或任何其它氨基酸，X9是Q或任何其它氨基酸，并且X10是K或任何其它氨基酸(SEQIDNO:43)；
(c)HCDR3包括氨基酸序列X1-G-X2-R-X3-X4-D-Y，其中X1是G或任何其它氨基酸，X2是Y或任何其它氨基酸，X3是A或任何其它氨基酸，并且X4是M或任何其它氨基酸(SEQIDNO:44)；
(d)LCDR1包括氨基酸序列R-S-S-Q-S-X1-X2-X3-S-X4-X5-X6-X7-Y-L-X8，其中X1是I或I的保守取代，X2是V或V的保守取代，X3是Y或Y的保守取代，X4是N或任何其它氨基酸，X5是G或任何其它氨基酸，X6是N或任何其它氨基酸，X7是T或任何其它氨基酸，并且X8是G或任何其它氨基酸(SEQIDNO:45)；
(e)LCDR2包括氨基酸序列K-X1-S-N-R-X2-S，其中X1是V或任何其它氨基酸，并且X2是F或任何其它氨基酸(SEQIDNO:46)；并且
(f)LCDR3包括氨基酸序列X1-Q-X2-X3-X4-X5-P-Y-X6，其中X1是F或任何其它氨基酸，X2是G或任何其它氨基酸，X3是S或任何其它氨基酸，X4是H或任何其它氨基酸，X5是V或任何其它氨基酸，并且X6是T或任何其它氨基酸(SEQIDNO:47)。


4.一种抗CD47抗体或其抗原结合部分，其中所述抗体或抗原结合部分与根据权利要求1到3中任一项所述的抗体或抗原结合部分交叉竞争与CD47结合；并且
(a)包括完全种系人骨架氨基酸序列；和/或
(b)在LCDR1中不包括“NG”脱酰胺化位点；和/或
(c)在LCDR1中不包括“NT”脱酰胺化位点；和/或
(d)在HCDR1和/或HCDR2中包括具有高MHCII类结合亲和力的人种系肽序列；和/或
(e)在LCDR1中不包括人T细胞表位序列；和/或
(f)在HCDR1中或在VH结构域的HCDR1/骨架2区中不包括人T细胞表位序列。


5.根据权利要求1到4中任一项所述的抗体或抗原结合部分，其中所述抗体是人的、人源化的或嵌合的。


6.根据权利要求1到5中任一项所述的抗体或抗原结合部分，其中所述VH区、所述VL区或所述VH区和所述VL区两者包括一个或多个人骨架区氨基酸序列。


7.根据权利要求1到6中任一项所述的抗体或抗原结合部分，其中所述VH区、所述VL区或所述VH区和所述VL区两者包括已经插入有所述CDR的人可变区骨架支架氨基酸序列。


8.根据权利要求1或3所述的抗体或抗原结合部分，其中所述VH区包括已经插入有HCDR1、HCDR2和HCDR3氨基酸序列的IGHV5-51或IGHV1-3人种系支架氨基酸序列。


9.根据权利要求1、3和8中任一项所述的抗体或抗原结合部分，其中所述VL区包括已经插入有LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列的IGKV2-28人种系支架氨基酸序列。


10.根据权利要求1到9中任一项所述的抗体或抗原结合部分，其中所述抗体包括免疫球蛋白恒定区。


11.根据权利要求10所述的抗体或抗原结合部分，其中所述免疫球蛋白恒定区是IgG、IgE、IgM、IgD、IgA或IgY。


12.根据权利要求11所述的抗体或抗原结合部分，其中所述免疫球蛋白恒定区是IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1或IgA2。


13.根据权利要求10所述的抗体或抗原结合部...

【专利技术属性】
技术研发人员：W·J·J·芬雷，
申请(专利权)人：超人二有限公司，
类型：发明
国别省市：英国;GB