一种与大白菜花色相关的分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术涉及与大白菜花色相关的分子标记及其应用，公开了一个大白菜橘红色花基因Br‑or显著相关的SNP位点及用于检测该基因的KASP分子标记，通过BSA‑seq(bulked segregant analysis sequencing)方法检测到与橘红色花基因Br‑or显著相关的SNP位点Br‑or‑A09‑37676461(T/C)，该位点位于Br‑or启动子区域，A09染色体37,676,461位置。针对此SNP位点开发了KASP标记Br‑or‑KASP1，可用于大白菜橘红色花基因Br‑or的辅助选择。本发明专利技术还公开了该分子标记对应的引物序列及利用KASP技术检测该标记的流程。该分子标记可以高效率、低成本应用于大白菜橘红色花和橘红色叶球心的分子标记辅助育种，大大提高了抗病育种效率。

A molecular marker related to flower color of Chinese cabbage and its application

【技术实现步骤摘要】
一种与大白菜花色相关的分子标记及其应用
本专利技术涉及作物分子标记辅助育种
，具体涉及一种大白菜橘红色花基因Br-or的高通量检测标记及其在育种中的应用。
技术介绍
花色是植物适应环境的表型性状之一。花色一般指花瓣的颜色，可作为虫媒植物引诱昆虫进行授粉的一个重要视觉信号，对植物生存繁衍具有重要意义。花色可以影响蚜虫取食，生产中选育不同花色的作物品种具有降低蚜虫传病的作用，也可以维持花瓣的能量平衡，避免花器官受伤害。花色在植物品种选育以及生长发育方面均有一定的影响，在提高种子纯度、去除杂株、鉴定天然异交率和检验种间性状转移等方面也有重要的作用。对于观赏性植物来说，花色不仅决定植物的观赏价值，也直接影响着其商业价值。大白菜(BrassicarapaL.ssppekinensis)是我国栽培面积最大的蔬菜作物之一，在我国蔬菜作物中占有重要地位，其花色主要有黄色花、桔红色花和白色花。大白菜的花色可以作为其育种的标示性状用以早期淘汰不需要的材料，以加快育种选育进度。大白菜橘红色花性状是由1对隐性基因控制的质量性状，并且橘红色花和球心色性状完全连锁，即花色为橘红色的其球色也为橘红色，在转育过程中根据花色就能筛选到橘红心材料(张德双等，2003，大白菜花色和球色遗传规律的研究，华北农学报，18(2)：81-84.)。开发与橘红色花连锁的分子标记，不仅可以用于大白菜橘红色花的分子标记辅助育种，而且可以用于大白菜橘红心的分子育种，具有重要的应用价值。前人研究表明大白菜橘红花基因Br-or的候选基因为编码类胡萝素异构酶的BrCRTISO(Bra031539)，并且开发了不同类型的分子标记。Feng等(2012)获得了5个与Br-or连锁的SSR标记，Br-or基因两侧的紧密连锁标记syau19和syau15覆盖了4.6cM的区域(Fengetal.,2012，Mappingofor,ageneconferringorangecolorontheinnerleafoftheChinesecabbage(BrassicarapaL.ssp.pekinensis),MolecularBreeding,29:235-244.)。李佩荣等(2014)针对候选基因Bra031539第一外显子上6个碱基的缺失变异设计了基于聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的InDel标记(李佩荣等，2014，大白菜橘红心类胡萝卜素组分及其基因分析，园艺学报，41(3)：469-478)。Zhang等(2015)针对候选基因Bra031539启动子区域88bp的变异设计了InDel标记(Zhangetal.,2015,MolecularcharacterizationandtranscriptomeanalysisoforangeheadChinesecabbage(BrassicarapaL.ssp.pekinensis),Planta,241:1381-1394)。Li等(2017)针对候选基因Bra031539第一内含子的变异设计了InDel标记(Lietal.,2017,TranscriptomeanalysisoforangeheadChinesecabbage(BrassicarapaL.ssp.pekinensis)andmolecularmarkerdevelopment,InternationalJournalofGenomics,6835810:1-8.)。Lee等(2014)针对Bra031539第一外显子和第二外显子的变异设计了InDel标记(Leeetal.,2014,AssociationofmolecularmarkersderivedfromtheBrCRTISO1genewithprolycopene-enrichedorange-coloredleavesinBrassicarapa,TheoreticalAppliedGenetics,127:179-191.)。尽管前人针对橘红花基因Br-or不同位置的变异了开发了不同的分子标记，但是开发的标记多为基于凝胶电泳的标记，耗时耗力价格成本较高，开发的标记不具有通用性。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题在于，鉴定或者辅助鉴定大白菜花色，以期为橘红色花色的大白菜育种的分子标记筛选和聚合育种奠定基础。为了解决上述技术问题，本专利技术提供了鉴定或辅助鉴定大白菜花色的方法，包括检测待测大白菜的基因型，根据待测大白菜的基因型鉴定或辅助鉴定大白菜花色；所述基因型为大白菜基因组中Br-or-A09-37676461位点的基因型；所述Br-or-A09-37676461位点是大白菜基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或T，为序列表中SEQIDNo.4的第101位核苷酸。其中，所述Br-or-A09-37676461位点的基因型为CC基因型时，大白菜的花色为橘红色或者候选为橘红色；所述Br-or-A09-37676461位点的基因型为CT基因型或者TT基因型时，大白菜的花色为黄色或者候选为黄色；其中，所述CC基因型表示大白菜基因组中所述Br-or-A09-37676461位点的核苷酸种类为C的纯合型；所述TT基因型表示大白菜基因组中所述Br-or-A09-37676461位点的核苷酸种类为T的纯合型；所述CT基因型表示大白菜基因组中所述Br-or-A09-37676461位点的核苷酸种类为C和T的杂合型。本专利技术提供了下述A1-A5的任一种应用，A1.检测大白菜基因组中Br-or-A09-37676461位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定大白菜花色中的应用；所述Br-or-A09-37676461位点是大白菜基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或T，为序列表中SEQIDNo.4的第101位核苷酸。A2.检测大白菜基因组中Br-or-A09-37676461位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定大白菜花色产品中的应用；所述Br-or-A09-37676461位点是大白菜基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或T，为序列表中SEQIDNo.4的第101位核苷酸。A3、检测大白菜基因组中Br-or-A09-37676461位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定大白菜叶球心颜色中的应用；所述Br-or-A09-37676461位点是大白菜基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或T，为序列表中SEQIDNo.4的第101位核苷酸。A4、检测大白菜基因组中Br-or-A09-37676461位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定大白菜叶球心颜色产品中的应用；所述Br-or-A09-37676461位点是大白菜基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或T，为序列表中SEQIDNo.4的第101位核苷酸。A5.检测大白菜基因组中Br-or-A09-37676461位点的多态性或基因型的物质在大白菜育种或制备大白菜育种产品中的应用；所述Br-or-A09-37676461位点是大白菜基因组中的一个SNP位点本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.鉴定或辅助鉴定大白菜花色的方法，包括检测待测大白菜的基因型，根据待测大白菜的基因型鉴定或辅助鉴定大白菜花色；所述基因型为大白菜基因组中Br-or-A09-37676461位点的基因型；所述Br-or-A09-37676461位点是大白菜基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或T，为序列表中SEQ ID No.4的第101位核苷酸。/n

【技术特征摘要】
1.鉴定或辅助鉴定大白菜花色的方法，包括检测待测大白菜的基因型，根据待测大白菜的基因型鉴定或辅助鉴定大白菜花色；所述基因型为大白菜基因组中Br-or-A09-37676461位点的基因型；所述Br-or-A09-37676461位点是大白菜基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或T，为序列表中SEQIDNo.4的第101位核苷酸。


2.权利要求1所述的方法，其特征在于，所述Br-or-A09-37676461位点的基因型为CC基因型时，大白菜的花色为橘红色或者候选为橘红色；所述Br-or-A09-37676461位点的基因型为CT基因型或者TT基因型时，大白菜的花色为黄色或者候选为黄色；其中，所述CC基因型表示大白菜基因组中所述Br-or-A09-37676461位点的核苷酸种类为C的纯合型；所述TT基因型表示大白菜基因组中所述Br-or-A09-37676461位点的核苷酸种类为T的纯合型；所述CT基因型表示大白菜基因组中所述Br-or-A09-37676461位点的核苷酸种类为C和T的杂合型。


3.鉴定或辅助鉴定大白菜叶球心颜色的方法，包括检测待测大白菜的基因型，根据待测大白菜的基因型鉴定或辅助鉴定大白菜叶球心颜色；所述基因型为大白菜基因组中Br-or-A09-37676461位点的基因型；所述Br-or-A09-37676461位点是大白菜基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或T，为序列表中SEQIDNo.4的第101位核苷酸。


4.权利要求3所述的方法，其特征在于，所述Br-or-A09-37676461位点的基因型为CC基因型时，大白菜的叶球心颜色为橘红色或者候选为橘红色；所述Br-or-A09-37676461位点的基因型为CT基因型或者TT基因型时，大白菜的叶球心颜色为白色或者候选为白色；其中，所述CC基因型表示大白菜基因组中所述Br-or-A09-37676461位点的核苷酸种类为C的纯合型；所述TT基因型表示大白菜基因组中所述Br-or-A09-37676461位点的核苷酸种类为T的纯合型；所述CT基因型表示大白菜基因组中所述Br-or-A09-37676461位点的核苷酸种类为C和T的杂合型。


5.检测大白菜基因组中Br-or-A09-37676461位点的多态性或基因型的物质在A1、A2、A3、A4或A5中的应用；所述Br-or-A09-37676461位点是大白菜基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或T，为序列表中SEQIDNo.4的第101位核苷酸：
A1、检测大白菜基因组中Br-or-A09-37676461位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定大白菜花色中...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨双娟，张晓伟，原玉香，魏小春，赵艳艳，王志勇，赵肖斌，李林，牛刘静，
申请(专利权)人：河南省农业科学院园艺研究所，
类型：发明
国别省市：河南;41