【技术实现步骤摘要】
用于减少偏向性的多核苷酸衔接子设计交叉引用本申请要求2019年4月26日提交的美国临时申请号62/839,191和2020年2月20日提交的美国申请号16/796,113的优先权，在此将其整体引入作为参考。
技术介绍
衔接子与RNA文库中的一些单链RNA(而不与其他)的优先连接导致文库组成的不准确概况分析(profile)。为了减少偏向性(bias)，可以使用具有充当夹板(splint)的单链延伸部的衔接子。然而，这种衔接子可以因其相对于靶RNA的过量浓度而容易彼此部分连接。当靶RNA很小时，衔接子二聚体的形成特别成问题，因为连接假象如衔接子二聚体可能不容易基于大小而与靶RNA区分。因此，诸如电泳的标准尺寸分离技术是无效的。因此，目前的方法受到低灵敏度和高偏向性的挑战，限制了其捕获细胞小RNA群体的准确表示的能力。一些类别的小RNA(sRNA)在3’端核苷酸的核糖部分上包含2’-O-甲基化(2’OMe)修饰。这种修饰稳定化sRNA，并且存在于内源性siRNA、植物miRNA和动物piRNA中(Ghildiyal等(2009)NatureR...
【技术保护点】
1.组合物，其包含：具有上链和下链的部分双链多核苷酸分子，其中：/n(a)所述上链包括第一序列；以及/n(b)所述下链包括：/n(i)第二序列，其中所述第二序列与所述第一序列互补；/n(ii)第三序列，所述第三序列在连接处连接至所述第二序列的3’端并且包含至少4个简并核苷酸的序列；以及/n(iii)位点特异性可切割的序列、核苷酸或键，其位于所述第二序列和第三序列之间的所述连接处或附近。/n
【技术特征摘要】
20190426 US 62/839,191;20200220 US 16/796,1131.组合物，其包含：具有上链和下链的部分双链多核苷酸分子，其中：
(a)所述上链包括第一序列；以及
(b)所述下链包括：
(i)第二序列，其中所述第二序列与所述第一序列互补；
(ii)第三序列，所述第三序列在连接处连接至所述第二序列的3’端并且包含至少4个简并核苷酸的序列；以及
(iii)位点特异性可切割的序列、核苷酸或键，其位于所述第二序列和第三序列之间的所述连接处或附近。
2.根据权利要求1所述的组合物，其中所述下链在3’端处进一步包括阻断部分。
3.根据权利要求2所述的组合物，其中所述阻断核苷酸防止连接。
4.根据权利要求3所述的组合物，其中所述阻断部分包括选自下列的修饰：3’反向dT、3’C3间隔子、3’氨基dN、3’磷酸化dN、以及二脱氧核苷酸。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述上链具有磷酸化的或预腺苷酸化的5’端。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的组合物，其中所述上链和下链是相同寡核苷酸的部分。
7.根据权利要求1-5中任一项所述的组合物，其中所述上链和下链是在不同的寡核苷酸中。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的组合物，其中所述多核苷酸分子是DNA。
9.根据权利要求1-7中任一项所述的组合物，其中所述多核苷酸分子是RNA。
10.根据权利要求1-9中任一项所述的组合物，其中所述第三序列具有在4-12个核苷酸范围内的长度。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的组合物，其中所述位点特异性可切割的序列包含脱氧尿苷，或其中所述位点特异性可切割的核苷酸是脱氧尿苷。
12.根据权利要求1-10中任一项所述的组合物，其中所述位点特异性可切割的序列包括限制性内切核酸酶切割位点，或由限制性内切核酸酶切割位点组成。
13.根据权利要求1-12中任一项所述的组合物，其中所述位点特异性可切割的序列、核苷酸或键位于所述第二序列和第三序列的连接处。
14.根据权利要求1-12中任一项所述的组合物，其中所述位点特异性可切割的序列、核苷酸或键位于所述第二序列中所述第二序列与第三序列之间的所述连接处的4个核苷酸内。
15.根据权利要求1-14中任一项所述的组合物，其中在所述多核苷酸分子中存在多于一个可切割的核苷酸或序列，其中所述可切割的核苷酸、序列或键中的每一个均位于所述第二序列内所述第二序列与第三序列之间的连接处的8个核苷酸内。
16.组合物，其包含：(i)5’外切核酸酶和(ii)切口内切核酸酶。
17.根据权利要求16所述的组合物，进一步包含一种脱腺苷酶。
18.根据权利要求16或17所述的组合物，进一步包括：(i)切口内切核酸酶和/或(ii)糖基化酶/裂解酶或糖基化酶。
19.根据权利要求16-18中任一项所述的组合物，其中所述5’外切核酸酶是λ5’外切核酸酶。
20.方法，包括：
将根据权利要求1-15中任一项的所述部分双链多核苷酸分子连接至靶RNA的3’端，以产生连接产物；以及
通过添加根据权利要求16-19中任一项所述的组合...
【专利技术属性】
技术研发人员：管胜昔，S·马奎尔，
申请(专利权)人：新英格兰生物实验室公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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