MDM2抑制剂的治疗方法和生物标志物技术

提供了预测MDM2抑制剂治疗癌症患者疗效的生物标志物。还提供了用于评估生物标记物的组合物，例如试剂盒，以及使用该生物标记物预测癌症患者对MDM2抑制剂反应的方法。该信息可用于确定癌症患者的预后和治疗选择。

【技术实现步骤摘要】
MDM2抑制剂的治疗方法和生物标志物
本专利技术涉及用MDM2抑制剂来治疗病况和疾病的治疗方法和生物标记物，其中抑制MDM2和MDM2相关蛋白会提供益处。
技术介绍
MDM2(鼠双微体2)抑制剂干扰MDM2癌蛋白与肿瘤抑制因子p53蛋白的结合，且作为具有药理作用的p53激活剂。新证据表明，p53功能障碍也会加剧炎症并支持肿瘤免疫逃避，因此，p53功能障碍可作为肿瘤发生的免疫驱动因子(GuoG，CancerResearch，2017；77(9)：2292)。MDM2和p53是自调节反馈回路的一部分(Wu等，GenesDev.7:1126(1993))。MDM2在转录上是由p53激活，MDM2进而通过至少三种机制来抑制p53活性(Wu等，GenesDev.7:1126(1993))。第一，MDM2蛋白直接结合到p53反式激活结构域，并且因此抑制p53介导的反式激活。第二，MDM2蛋白含有核输出信号序列，并且在结合到p53时，诱导p53的核输出，从而阻止p53与所靶向的DNA结合。第三，MDM2蛋白是一种E3泛素连接酶并且在结合到p53时，能够促进p53降解。化合物C是一种新型的，生物可利用的，高效的MDM2抑制剂。化合物C目前正在患有晚期实体瘤或淋巴瘤的患者中进行临床试验。鉴于化合物C的效力，进一步增强该候选药物在癌症治疗中的功效将是有利的。
技术实现思路
在本申请中，冠词“一”、“一个”和“该”在本文中用于指代一个或多个(即，至少一个)该冠词的语法对象。举例来说，“一种方法”是指一种方法或一种以上方法。本申请的专利技术人现已发现，对具有某些生物标志物特征的患者施用MDM2抑制剂或其药学上可接受的盐特别有效。特别地，令人惊讶地发现在此类患有癌症的受试者中用MDM2抑制剂(例如化合物C)治疗可以导致应答等级的增加、更多的完全消退(CR)应答者、延迟的肿瘤生长，以及将抗药性肿瘤转化为响应性肿瘤。因此，本文提供了一种用MDM2抑制剂在有此需要的受试者中治疗癌症的方法，该方法包括向该受试者施用治疗有效量的MDM2抑制剂，其中该受试者已被鉴定为具有i)ATM的失活改变(alteration)，ii)MDM2的增多，或iii)两者。在一些实施方案中，所述失活改变包括ATM的失活突变，或ATM的功能或表达缺失(loss)。在一些实施方案中，ATM的失活突变包括H1380Y、N1983S、c.3154-2A>G或其任何组合。在一些实施方案中，ATM的失活突变是H1380Y。在一些实施方案中，被鉴定为在MDM2中具有增多的受试者是被鉴定为在MDM2中具有>3的拷贝数变异(CNV)。在一些实施方案中，所述受试者被鉴定为具有ATM的H1380Y突变和MDM2的增多两者。在一些实施方案中，所述受试者被进一步鉴定为具有野生型p53。在另一方面，本文提供一种鉴定和/或选择患有癌症的患者以用MDM2抑制剂治疗的方法，该方法包括：a)获得包含癌细胞的患者样品；b)检测所述样品中ATM中ATM是否存在失活改变(例如H1380Y突变、N1983S突变、c.3154-2A>G或其任意组合)，其中ATM中存在失活改变鉴定出将对使用MDM2抑制剂的治疗有响应的患者。在一些实施方案中，该方法还包括：c)检测所述样品中MDM2的拷贝数变异以确定MDM2中是否存在增多，其中ATM中存在失活改变的和MDM2中存在增多共同鉴定出将对使用MDM2抑制剂的治疗有响应的患者。在一些实施方案中，所述癌细胞已被鉴定为具有野生型p53。在另一方面，本文提供一种鉴定对用MDM2(鼠双微体，MurineDoubleMinute2)抑制剂的治疗很可能有响应的患有癌症的受试者的方法，所述方法包括：a)提供来自受试者的生物样品；b)测定所述生物样品中：i.是否存在ATM(毛细血管扩张共济失调突变，Ataxia-TelangiectasiaMutated)和/或ATR(毛细血管扩张共济失调和Rad3相关蛋白，AtaxiaTelangiectasiaandRad3-relatedprotein)的活性或水平不足；和/或ii.是否存在MDM2的活性或水平增多；和c)基于以下条件鉴定所述受试者为对所述用MDM2抑制剂的治疗很可能有响应：所述生物样品中存在i)所述ATM和/或ATR的活性或水平不足，或ii)所述MDM2的活性或水平增多，或i)和ii)两者都有。在一些实施方案中，其中所述方法还包括：d)将MDM2抑制剂施用于鉴定为对所述用MDM2抑制剂的治疗很可能有响应的受试者。本文还提供一种用MDM2抑制剂治疗患有癌症的受试者的方法，所述方法包括：a)测定来自所述受试者的生物样品中：i.是否存在ATM和/或ATR的活性或水平不足；和/或ii.是否存在MDM2的活性或水平增多；和b)基于以下条件向所述受试者施用MDM2抑制剂：所述生物样品中存在i)所述ATM和/或ATR的活性或水平不足，或ii)所述MDM2的活性或水平增多，或i)和ii)两者都有。在一些实施方案中，所述测定步骤包括在所述生物样品中检测在ATM和/或ATR中是否存在一种或多种失活突变，其中ATM和/或ATR中存在所述失活突变表明所述ATM和/或ATR的活性或水平不足。在一些实施方案中,所述失活突变包括ATM和/或ATR中的降低丝氨酸/苏氨酸激酶活性的易位、缺失、插入、取代或其任何组合。在一些实施方案中，所述ATM中的失活突变包括选自图1B、1C和1D中相对于SEQIDNO：2的突变，或相对于SEQIDNO.1的c.3154-2A>G，或其任何组合。在一些实施方案中，ATM中的所述失活突变包括：相对于SEQIDNO：2的H1380Y、N1983S、N2875S、R2598Q、1599_1600del、V2716A、K1903fs、V2906I、A1127V、K1101E、Q912*、S2165F或H1083Y；或相对于SEQIDNO：1的c.3154-2A>G；或其任何组合。在一些实施方案中，ATR中的所述失活突变包括相对于SEQIDNO：4的K243T、Q1926H、I774fs、K1379N、L1483F或其任何组合。在一些实施方案中，所述测定步骤包括测定相对于参考水平，生物样品中ATM和/或ATR的表达水平是否降低，并且其中所述ATM和/或ATR的表达水平的降低表明所述ATM和/或ATR的活性或水平不足。在一些实施方案中，所述测定步骤包括测定相对于参考水平，生物样品中MDM2基因的拷贝数变异、MDM2基因产物的表达水平或MDM2蛋白活性是否增加，并且其中所述增加表明所述MDM2的活性或水平的增多。在一些实施方案中，MDM2的拷贝数变异(CNV)>3表明所述MDM2的活性或水平的增多。本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种鉴定对用MDM2(鼠双微体2，Murine Double Minute 2)抑制剂的治疗很可能有响应的患有癌症的受试者的方法，所述方法包括：/na)提供来自受试者的生物样品；/nb)测定所述生物样品中：/ni.是否存在ATM(毛细血管扩张共济失调突变，Ataxia-Telangiectasia Mutated)和/或ATR(毛细血管扩张共济失调和Rad3相关蛋白，Ataxia Telangiectasia and Rad3-related protein)的活性或水平不足(deficiency)；和/或/nii.是否存在MDM2的活性或水平增多(gain)；/n和/nc)基于以下条件鉴定所述受试者为对所述用MDM2抑制剂的治疗很可能有响应：所述生物样品中存在i)所述ATM和/或ATR的活性或水平不足，或ii)所述MDM2的活性或水平增多，或i)和ii)两者都有。/n

【技术特征摘要】
20190224 US 62/809,735;20191106 US 62/931,773;20201.一种鉴定对用MDM2(鼠双微体2，MurineDoubleMinute2)抑制剂的治疗很可能有响应的患有癌症的受试者的方法，所述方法包括：
a)提供来自受试者的生物样品；
b)测定所述生物样品中：
i.是否存在ATM(毛细血管扩张共济失调突变，Ataxia-TelangiectasiaMutated)和/或ATR(毛细血管扩张共济失调和Rad3相关蛋白，AtaxiaTelangiectasiaandRad3-relatedprotein)的活性或水平不足(deficiency)；和/或
ii.是否存在MDM2的活性或水平增多(gain)；
和
c)基于以下条件鉴定所述受试者为对所述用MDM2抑制剂的治疗很可能有响应：所述生物样品中存在i)所述ATM和/或ATR的活性或水平不足，或ii)所述MDM2的活性或水平增多，或i)和ii)两者都有。


2.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法还包括：
d)将MDM2抑制剂施用于鉴定为对所述用MDM2抑制剂的治疗很可能有响应的受试者。


3.一种用MDM2抑制剂治疗患有癌症的受试者的方法，所述方法包括：
a)测定来自所述受试者的生物样品中：
i.是否存在ATM和/或ATR的活性或水平不足；和/或
ii.是否存在MDM2的活性或水平增多；和
b)基于以下条件向所述受试者施用MDM2抑制剂：所述生物样品中存在i)所述ATM和/或ATR的活性或水平不足，或ii)所述MDM2的活性或水平增多，或i)和ii)两者都有。


4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述测定步骤包括在所述生物样品中检测在ATM和/或ATR中是否存在一种或多种失活突变，其中ATM和/或ATR中存在所述失活突变表明所述ATM和/或ATR的活性或水平不足。


5.根据权利要求4所述的方法，其中所述失活突变包括ATM和/或ATR中的降低丝氨酸/苏氨酸激酶活性的易位、缺失、插入、取代或其任何组合。


6.根据权利要求5所述的方法，其中ATM中的所述失活突变包括选自图1B、1C和1D中的相对于SEQIDNO：2的突变(例如H1380Y、N1983S、N2875S、R2598Q、1599_1600del、V2716A、K1903fs、V2906I、A1127V、K1101E、Q912*、S2165F或H1083Y)；或相对于SEQIDNO：1的c.3154-2A>G；或其任何组合。


7.根据权利要求5所述的方法，其中ATR中的所述失活突变包括相对于SEQIDNO：4的K243T，Q1926H、I774fs、K1379N、L1483F或其任何组合。


8.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中，所述测定步骤包括：
测定相对于参考水平，生物样品中ATM和/或ATR的表达水平是否降低，
并且其中所述ATM和/或ATR的表达水平的降低表明所述ATM和/或ATR的活性或水平不足。


9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述测定步骤包括：
测定相对于参考水平，生物样品中MDM2基因的拷贝数变异、MDM2基因产物的表达水平或MDM2蛋白活性是否增加，
并且其中所述增加表明所述MDM2的活性或水平的增多。


10.根据权利要求9所述的方法，其中，MDM2的拷贝数变异(CNV)>3表明所述MDM2的活性或水平的增多。


11.根据权利要求10所述的方法，其中通过RNA测序(RNAseq)测量，所述MDM2基因产物的表达水平相对于所述参考水平增加至少50％表明所述MDM2的活性或水平的增多。


12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述鉴定步骤包括：
c)基于以下条件鉴定所述受试者为对所述用MDM2抑制剂的治疗很可能有响应：所述生物样品中存在以下两者i)ATM和/或ATR中存在所述失活突变，和ii)所述MDM2基因的CNV的增加或所述MDM2基因产物的表达水平的增加。


13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述测定步骤还包括：
测定所述生物样品中存在或不存在功能性p53。


14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述测定步骤还包括：
测定所述生物样品中p53是否为野生型。


15.根据权利要求14所述的方法，其中所述鉴定步骤包括：
c)基于以下条件鉴定所述受试者很可能对所述用MDM2抑制剂的治疗有响应：生物样品中存在i)ATM和/或ATR中存在所述失活突变；ii)所述MDM2基因的CNV的增加或所述MDM2基因产物的表达水平的增加；且iii)存在野生型p53。
<...

【专利技术属性】
技术研发人员：翟一帆，杨大俊，方东，唐秋琼，安东尼·W·托切尔，
申请(专利权)人：苏州亚盛药业有限公司，亚盛医药集团香港有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏;32