多基因检测用的探针库、杂交试剂盒和多基因检测的方法技术

本发明专利技术提供了一种多基因检测用的探针库，其包括针对与多种肿瘤治疗相关的多个基因而设计的多条捕获探针，多个基因至少包括与化疗药物相关的单核苷酸多态链所在的基因、靶向药物相关基因、以及用于免疫治疗的微卫星稳定性相关的基因和病毒基因，针对单核苷酸多态链所在的基因而设计的探针包括SEQ ID NO︰1‑SEQ ID NO︰5，针对靶向药物相关基因而设计的探针包括SEQ ID NO︰6‑SEQ ID NO︰10，针对微卫星稳定性相关的基因而设计的探针包括SEQ ID NO︰11‑SEQ ID NO︰15，针对病毒基因而设计的探针包括SEQ ID NO︰16‑SEQ ID NO︰19。根据本公开能够提供一种能够检测基因变异的多基因检测用的探针库。

【技术实现步骤摘要】
多基因检测用的探针库、杂交试剂盒和多基因检测的方法本申请是申请日为2018年12月24日、申请号为201811584036.3、专利技术名称为多基因富集的探针库及与多种肿瘤治疗相关的多个基因的检测方法的专利申请的分案申请。
本专利技术属于基因检测领域，特别涉及一种多基因检测用的探针库、杂交试剂盒和多基因检测的方法。
技术介绍
肿瘤是严重危害人类健康的疾病之一，是导致人类死亡的最主要原因之一。在中国，1/4的死亡者死于肿瘤，居死亡原因之首。根据2017年2月，国家癌症中心发布的中国最新癌症数据显示，2013年我国新发病例368万例，占世界癌症新发病例的1/4，发病率186/10万人，死亡率109/10万人。选择正确的治疗方式和药物对于肿瘤的治疗十分关键。美国国立综合癌症网络(NationalComprehensiveCancerNetwork,NCCN)每年都会发布各种恶性肿瘤临床实践指南，得到了全球临床医师的认可和遵循。癌症的治疗手段主要包括手术、放疗、化疗、中医中药治疗等传统治疗手段，以及靶向治疗、免疫治疗等最新的治疗手段。无论是靶向治疗还是免疫治疗，治疗方案的选择和预后，都与肿瘤患者基因变异的情况有显著关联。除了靶向治疗和免疫治疗等最新的肿瘤治疗手段，肿瘤患者基因变异的情况同样影响化疗的治疗效果。因此，检测肿瘤患者基因变异情况是实现肿瘤精准治疗的基础。
技术实现思路
本公开有鉴于上述现有技术的状况而完成，其目的在于提供一种能够检测基因变异的多基因检测用的探针库、杂交试剂盒和多基因检测的方法。为此，本公开的第一方面提供了一种多基因检测用的探针库，其包括针对与多种肿瘤治疗相关的多个基因而设计的多条捕获探针，所述多个基因至少包括与化疗药物相关的单核苷酸多态链所在的基因、靶向药物相关基因、以及用于免疫治疗的微卫星稳定性相关的基因和病毒基因，针对所述单核苷酸多态链所在的基因而设计的探针包括SEQIDNO︰1-SEQIDNO︰5，针对所述靶向药物相关基因而设计的探针包括SEQIDNO︰6-SEQIDNO︰10，针对所述微卫星稳定性相关的基因而设计的探针包括SEQIDNO︰11-SEQIDNO︰15，针对所述病毒基因而设计的探针包括SEQIDNO︰16-SEQIDNO︰19。在本公开中，探针库能够利用针对与多种肿瘤治疗相关的多个基因而设计的多条捕获探针捕获目的基因以检测基因变异。另外，在本公开的第一方面所涉及的探针库中，可选地，所述探针库被设计为用于检测点突变、基因片段插入/缺失、拷贝数变化和融合/基因重排中的至少一种基因变异。由此，能够检测至少一种基因变异。另外，在本公开的第一方面所涉及的探针库中，可选地，所述探针库被设计为用于检测多种癌症的相关基因。由此，能够同时检测多种癌症的相关基因。另外，在本公开的第一方面所涉及的探针库中，可选地，所述单核苷酸多态链所在的基因包括UGT1A1、ERCC1、RRM1、TYMS，所述靶向药物相关基因包括VEGFA、KRAS、EGFR、ALK、BRAF、MET，所述微卫星稳定性相关的基因包括D2S123、D18S64、PPP1R9B、D13S153、NR-21，所述病毒基因包括HCV、HPV、HGV、HBV。由此，能够同时检测多种基因。另外，在本公开的第一方面所涉及的探针库中，可选地，所述探针库被设计为用于同时检测微卫星不稳定性和肿瘤负荷突变。由此，能够检测微卫星不稳定性和肿瘤负荷突变。另外，在本公开的第一方面所涉及的探针库中，可选地，所述多个基因包括ESR1、CHEK2、APC、TP53、PALB2、PTCH1、ERBB2、FGFR3、CDK4、MDM2、XPC、MTHFR、GSTP1、DPYD、MTHFR、GSTP1、CYP2D6。由此，能够同时检测多个基因。另外，在本公开的第一方面所涉及的探针库中，可选地，所述探针库由SEQIDNO︰1-SEQIDNO︰19构成。由此，能够检测多个基因。本公开的第二方面提供了一种多基因检测用的杂交试剂盒，其包括上述任一项所述的探针库。由此，能够检测基因变异的情况。本公开的第三方面提供了一种多基因检测的方法，其包括：(a)从样本中提取DNA；(b)基于步骤(a)的DNA构建DNA文库；(c)将所述DNA文库与上述任一项所述的探针库进行杂交，并对杂交后的文库进行纯化；并且(d)将步骤(c)所获得的DNA结果进行测序，检测基因变异。由此，能够检测基因变异的情况。另外，在本公开的第三方面所涉及的检测方法中，在步骤(d)中，还可以检测至少包括微卫星不稳定性和肿瘤负荷突变的肿瘤相关标签。由此，能够检测微卫星不稳定性和肿瘤负荷突变。根据本公开能够提供一种能够检测基因变异的多基因检测用的探针库、杂交试剂盒和多基因检测的方法。附图说明图1是示出了本专利技术的实施方式所涉及的与多种肿瘤治疗相关的多个基因的检测方法的流程图。图2是示出了本专利技术的实施方式所涉及的DNA文库构建的流程图。具体实施方式以下，参考附图，详细地说明本公开的优选实施方式。在下面的说明中，对于相同的部件赋予相同的符号，省略重复的说明。另外，附图只是示意性的图，部件相互之间的尺寸的比例或者部件的形状等可以与实际的不同。本公开所涉及的多基因富集的探针库可以包括针对与多种肿瘤治疗相关的多个基因而设计的多条捕获探针，多个基因至少包括与化疗药物相关的单核苷酸多态链所在的基因、靶向药物相关基因、以及用于免疫治疗的微卫星稳定性相关的基因和病毒基因。在这种情况下，多基因富集的探针库可以一次性富集并检测到多种癌症相关基因，能够评估包括化疗、靶向治疗和免疫治疗在内的多种病程管理方案，进而为癌种患者提供临床治疗的指导。在本实施方式中，在与肿瘤治疗相关的多个基因中，与化疗药物相关的单核苷酸多态链(SNP)所在的基因可用于判断化疗药物的敏感性和毒副作用，从而进行化疗方案的选择。另外，与靶向药物相关的基因可以用于靶向药物的选择及预测靶向治疗的效果。另外，与微卫星稳定性相关的基因可以用于判断免疫治疗药物的效果，还可以用于判断肿瘤患者肿瘤突变负荷(Tumormutationburden，TMB)即每百万碱基中被检测出的体细胞基因编码错误、碱基替换、基因插入或缺失错误的总数。此外，与病毒相关基因可以用于确定肿瘤是否由病毒感染引起，从而能够帮助医师选择适当的治疗方案。在一些示例中，优选地，与肿瘤治疗相关的多个基因不低于200个；更优选地，与肿瘤治疗相关的基因不低于400个；进一步优选地，与肿瘤治疗相关的基因不低于600个。另外，在一些示例中，与肿瘤治疗相关的基因为600至800个。另外，在一些示例中，针对与化疗药物相关的单核苷酸多态链所在的基因而设计的探针可以包括SEQIDNO:1-SEQIDNO:5。针对与靶向药物相关基因而设计的探针可以包括SEQIDNO:6-SEQIDNO10。针对用于免疫治疗的微卫星稳定性相关的基因而设计的探针可以包括SEQIDNO:11-SEQIDN本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种多基因检测用的探针库，其特征在于，/n包括针对与多种肿瘤治疗相关的多个基因而设计的多条捕获探针，所述多个基因至少包括与化疗药物相关的单核苷酸多态链所在的基因、靶向药物相关基因、以及用于免疫治疗的微卫星稳定性相关的基因和病毒基因，针对所述单核苷酸多态链所在的基因而设计的探针包括SEQ ID NO︰1-SEQ ID NO︰5，针对所述靶向药物相关基因而设计的探针包括SEQID NO︰6-SEQ ID NO︰10，针对所述微卫星稳定性相关的基因而设计的探针包括SEQ ID NO︰11-SEQ ID NO︰15，针对所述病毒基因而设计的探针包括SEQ ID NO︰16-SEQ ID NO︰19。/n

【技术特征摘要】
1.一种多基因检测用的探针库，其特征在于，
包括针对与多种肿瘤治疗相关的多个基因而设计的多条捕获探针，所述多个基因至少包括与化疗药物相关的单核苷酸多态链所在的基因、靶向药物相关基因、以及用于免疫治疗的微卫星稳定性相关的基因和病毒基因，针对所述单核苷酸多态链所在的基因而设计的探针包括SEQIDNO︰1-SEQIDNO︰5，针对所述靶向药物相关基因而设计的探针包括SEQIDNO︰6-SEQIDNO︰10，针对所述微卫星稳定性相关的基因而设计的探针包括SEQIDNO︰11-SEQIDNO︰15，针对所述病毒基因而设计的探针包括SEQIDNO︰16-SEQIDNO︰19。


2.如权利要求1所述的探针库，其特征在于，
所述探针库被设计为用于检测点突变、基因片段插入/缺失、拷贝数变化和融合/基因重排中的至少一种基因变异。


3.如权利要求1所述的探针库，其特征在于，
所述探针库被设计为用于检测多种癌症的相关基因。


4.如权利要求1所述的探针库，其特征在于，
所述单核苷酸多态链所在的基因包括UGT1A1、ERCC1、RRM1、TYMS，所述靶向药物相关基因包括VEGFA、KRAS、EGFR、ALK、BRAF、MET，所述微卫星稳定性相关的基因包括D2S123、D18S64、PPP1R9B、D13S153、NR-2...

【专利技术属性】
技术研发人员：许明炎，张晓妮，
申请(专利权)人：深圳市海普洛斯生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44