长非编码RNA LETN作为肿瘤标志物及治疗靶点制造技术

本发明专利技术涉及一种可用作癌症诊断靶标和治疗靶标的长非编码RNA(LETN)。特别地，本发明专利技术公开了lncRNA RP11‑196G18.22(LETN)在癌细胞中过表达，该过表达能够促进癌细胞增殖，并且与癌症病人的短的预后生存时间相关。降低该lncRNA表达导致癌细胞生长抑制，因此抑制该lncRNA表达代表了癌症治疗的一个新策略。

【技术实现步骤摘要】
长非编码RNALETN作为肿瘤标志物及治疗靶点
本专利技术涉及癌症领域。更具体地，本专利技术涉及长非编码RNALETN作为肿瘤标志物及治疗靶点的应用。
技术介绍
近些年随着测序技术的快速发展，研究发现人类基因组上大量的非编码区会转录出没有翻译活性的长链非编码RNA(lncRNA)，且数量远远超过蛋白。发现了数百种与人类各种疾病或生理功能相关的lncRNA。特别是在癌症中，越来越多的证据证明了lncRNA在肿瘤抑制或肿瘤发生中发挥协同作用[1]。然而，对于绝大多数lncRNA，其分子和生物学功能知之甚少。肝癌是全球第六大常见癌症在全球癌症发病中排名第五，每年约有841000新发病例和782000例死亡[2]，其中男性的发病率和死亡率要高出2到3倍，在男性死亡中排名第二。中国属于肝癌发病的高危国家，其主要是由于慢性HBV感染和黄曲霉毒素接触引起。然而，尽管肝癌的发病率越来越高，但令人吃惊的是，治疗手段却少之又少。除了放射、移植和外科手术等物理治疗方法，只有一种被批准的治疗晚期肝细胞癌的药物，索拉菲尼，但其费用非常昂贵且平均只能延长2.8个月的寿命，并导致腹泻恶心等各种副作用[3]。核仁是一个位于细胞核的非膜结构的亚核腔室，是进行rDNA转录和核糖体生物合成等基本过程的重要细胞器。NPM1(也称为B23)是核仁中表达丰富的蛋白质，其蛋白序列含有三个不同的结构域，N端结构域可以通过调控NPM1寡聚化和与其他蛋白质的相互作用来影响其生物学功能,大量研究表明NPM1通过形成五聚物来发挥相应的功能。NPM1中心区域是以高酸性区域的存在为标志的内在无序区，参与了与组蛋白的结合。C末端区域提供了一个足够的平台，使其能够与核酸结合[4]。NPM1是一种重要的细胞蛋白，已被证明参与核糖体的生物发生，染色质重构和中心粒复制等一系列生物学过程。当其异常表达或发生突变时会引起胚胎发育异常和肿瘤的发生。
技术实现思路
本专利技术人通过结合理论研究和实验手段，通过多组学数据挖掘工具，在癌症背景下对可能具有潜在功能的lncRNA进行全面分析探究。在肝细胞癌(LIHC)中，本专利技术人通过本实验室设计的算法，利用癌症基因组图谱(TCGA)的数据对lncRNA进行功能调查，发现了一条之前未被研究的lncRNARP11-196G18.22(我们命名为LETN)，预测其调节191对转录因子和靶基因，可能在肝癌的发生发展中具有广泛而强大的调控潜力，并通过实验进行了验证。因此，本专利技术涉及一种可用作癌症诊断靶标和治疗靶标的长非编码RNA(lncRNARP11-196G18.22，在本文中命名为LETN)，其在癌细胞中过表达，该过表达能够促进癌细胞增殖，并且与癌症病人的短的预后生存时间相关，因此可以作为肿瘤标志物及诊断标记。降低该lncRNA表达导致癌细胞生长抑制，因此抑制该lncRNA表达代表了癌症治疗的一个新策略。本专利技术还对LETN的作用机制进行了研究，发现LETN通过与NPM1结合来发挥功能，通过结合NPM1来影响rRNA的产生和核小体的装配功能来促进癌症(例如肝癌)的发生和发展。根据本专利技术的一个方面，提供了检测lncRNARP11-196G18.22(LETN)表达水平的试剂在制备癌症的诊断剂或诊断试剂盒中的应用。检测lncRNARP11-196G18.22(LETN)表达水平可以是检测其DNA或RNA水平。在一个实施方案中，本专利技术提供了诊断癌症的方法，所述方法包括检测受试者的样品中lncRNARP11-196G18.22(LETN)的表达水平，其中相对于对照(健康或正常样品)，LETN在受试者的样品中的过表达指示受试者患有癌症的(高)风险或患有癌症。在一个实施方案中，本专利技术提供了检测lncRNARP11-196G18.22(LETN)表达水平的试剂，其用于诊断癌症。在一个实施方案中，所述试剂为lncRNARP11-196G18.22特异性探针、基因芯片或PCR引物。在另一个实施方案中，所述癌症为实体瘤，优选选自由以下组成的组：肝癌、肺癌、前列腺癌、乳腺癌、前列腺癌、胰腺癌、肾癌、胃癌、软组织癌、胆癌、膀胱癌、直肠癌、子宫内膜癌、头颈癌、结肠癌、食管癌和甲状腺癌。在另一个优选实施方案中，所述lncRNARP11-196G18.22的核苷酸序列如SEQIDNO:1(Ensembl登录号ENST00000564237.1)所示。根据本专利技术的另一个方面，提供了降低或抑制lncRNARP11-196G18.22(LETN)表达的试剂在制备治疗癌症的药物中的应用。在一个实施方案中，本专利技术提供降低或抑制lncRNARP11-196G18.22(LETN)表达的试剂，其用作药物，特别是用作治疗癌症的药物。在另一个实施方案中，本专利技术提供治疗癌症的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用有效量的降低或抑制lncRNARP11-196G18.22(LETN)表达的试剂。降低或抑制lncRNARP11-196G18.22(LETN)表达的试剂的本质对于本专利技术来说并不重要，只要它降低或抑制lncRNARP11-196G18.22(LETN)的表达即可。根据一个优选实施方案，降低或抑制lncRNARP11-196G18.22(LETN)表达的试剂选自由以下组成的组：gapmer、反义RNA、siRNA、esiRNA、shRNA、miRNA、RNA适体、TALEN、CRISPR和锌指核酸酶。在特别优选的实施方案中，用于反义RNA、siRNA、shRNA和CRISPR的具体序列是本申请说明书实施例中使用的那些序列。在另一个实施方案中，所述癌症为实体瘤，优选选自由以下组成的组：肝癌、肺癌、前列腺癌、乳腺癌、前列腺癌、胰腺癌、肾癌、胃癌、软组织癌、胆癌、膀胱癌、直肠癌、子宫内膜癌、头颈癌、结肠癌、食管癌和甲状腺癌。根据一个优选实施方案，所述lncRNARP11-196G18.22的核苷酸序列如SEQIDNO:1所示(Ensembl登录号ENST00000564237.1)。在另一个实施方案中，所述药物还包含另外的抗癌剂例如化疗药，例如用于降低或抑制NPM1表达或突变的试剂或抑制LETN与NPM1的结合的试剂。或者所述药物与用于降低或抑制NPM1表达或突变的方法或者抑制LETN与NPM1的结合的方法组合使用。即使lncRNARP11-196G18.22(LETN)的抑制足以实现治疗癌症的效果，但是预期将降低或抑制lncRNARP11-196G18.22(LETN)表达的试剂与其他抗癌药物如化疗剂组合时，可以获得更强甚至协同的抗癌效果。由于本专利技术已经发现LETN是通过与NPM1结合来发挥功能，通过结合NPM1来影响rRNA的产生和核小体的装配功能来促进癌症(例如肝癌)的发生和发展，因此这对于具有降低或抑制NPM1表达或突变的抗癌药或化疗剂而言更是如此。根据本专利技术的另一个方面，提供了一种筛选抗癌药物的方法，所述方法包括下述步骤：1)确定过表达lncRNARP11-196G18.本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.检测lncRNA RP11-196G18.22(LETN)表达水平的试剂在制备癌症的诊断剂或诊断试剂盒中的应用。/n

【技术特征摘要】
1.检测lncRNARP11-196G18.22(LETN)表达水平的试剂在制备癌症的诊断剂或诊断试剂盒中的应用。


2.根据权利要求1所述的应用，其中所述试剂为lncRNARP11-196G18.22特异性探针、基因芯片或PCR引物。


3.根据权利要求1所述的应用，其中所述癌症为实体瘤，优选选自由以下组成的组：肝癌、肺癌、前列腺癌、乳腺癌、前列腺癌、胰腺癌、肾癌、胃癌、软组织癌、胆癌、膀胱癌、直肠癌、子宫内膜癌、头颈癌、结肠癌、食管癌和甲状腺癌。


4.根据权利要求1至3中任一项所述的应用，其中所述lncRNARP11-196G18.22的核苷酸序列如SEQIDNO:1(Ensembl登录号ENST00000564237.1)所示。


5.降低或抑制lncRNARP11-196G18.22(LETN)表达的试剂在制备治疗癌症的药物中的应用。


6.根据权利要求5所述的应用，其中降低或抑制lncRNARP11-196G18.22(LETN)表达的试剂选自由以下组成的组：gapmer、反义RNA、siRNA、esiRNA、shRNA、miRNA、RNA适体、TALEN、CRISPR和锌指核酸酶。


7.根据权利要求5所述的应用，其中所...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨雪瑞，王显腾，胡小林，
申请(专利权)人：清华大学，
类型：发明
国别省市：北京;11