一组用于评估肾透明细胞癌预后的联合基因组及其应用制造技术

一组用于评估肾透明细胞癌预后的联合基因组及其应用。本发明专利技术涉及医学生物检测技术领域，提供了ADAMTS9，C1S，DPYSL3，H2AFX，MINA，PLOD2，RUNX1，SLC19A1，TPX2和TRIB3的联合基因组的新用途，具体是在制备肾透明细胞癌预后评估试剂或试剂盒中的应用。本发明专利技术的基因组合来源于肾透明细胞癌转移途径显著相关的分子标志物，该基因组合模型的发现为预测肾透明细胞癌复发风险及患者术后的远期生存状况提供了一条全新的策略，对判断肾透明细胞癌患者预后具有重要作用，能够评估患者肾透明细胞癌术后肿瘤进展或死亡的风险级别，有助于指导临床医生实施个体化精准治疗策略，提高患者术后的生存率，对于肾透明细胞癌患者术后随访监控及序贯治疗管理也具有重要的指导意义。

【技术实现步骤摘要】
一组用于评估肾透明细胞癌预后的联合基因组及其应用
本专利技术属于医学生物检测
，涉及由ADAMTS9，C1S，DPYSL3，H2AFX，MINA，PLOD2，RUNX1，SLC19A1，TPX2和TRIB组成的联合基因组作为标志物的用途，具体为该联合基因组在制备肾透明细胞癌预后评估试剂或试剂盒中的应用。
技术介绍
肾细胞癌是泌尿生殖系统最常见的恶性肿瘤肿瘤之一，约占所有成人男性新发病例5％，占女性新发病例的3％。据统计，2019年全美约有73,820例肾癌新发例和14,770例死亡病例，我国每年新发肾癌患者约6.68万例，居泌尿系统肿瘤发病率的第二位。透明细胞肾癌(clearcellrenalcellcarcinoma，ccRCC)是最常见的、恶性程度较高的肾癌病理类型，约占全部肾癌患者的70-85％，约25-30％的ccRCC患者初诊即出现转移，而转移性ccRCC的5年生存率仅为32％。ccRCC的侵袭性高度依赖于其转移潜能，作为肿瘤进展的重要标志之一，转移是ccRCC患者总体生存率低的主要原因。尽管抗血管生成药物在一定程度上可以抑制肿瘤增殖，可以显著延长低危ccRCC患者生存，但药物副反应明显，总体疗效欠佳，治疗的客观反应率仅不到30％，延长的中位总生存时间也不到12个月。此外，即使是最初治疗有效的患者，也会在一段时间后出现疾病进展，此时多数患者将缺乏后续的有效治疗手段。因此，国际研究趋势亟待开展鉴定和验证与ccRCC发生、发展有关的预后生物标志物和分子改变机制，以更好地了解这种疾病并为更有效的治疗方案提供更多线索。越来越多的证据表明，多分子基因表达和相关标志物参与了ccRCC的疾病发生和侵袭性进展。既往研究提示了与上皮间质转化相关的七基因组合与ccRCC的转移和预后显著相关。通过整合临床和基因表达谱，研究人员还开发了诺模图以预测病理性核分级，帮助临床医生实施个性化治疗方案管理，然而转移相关的预测模型仍然没有被研究和建立，因此ccRCC患者迫切需要检测与转移风险和不良预后相关的临床预测模型，以提供有用的预测方案和潜在标志物。在最近十年中，高通量技术与生物信息学分析相结合被广泛用于检测全面的mRNA表达水平，这有助于鉴定差异表达基因(DEG)并根据与ccRCC的肿瘤发生和进展相关的标志。然而，由于涉及该肿瘤转移的各种基因组改变和分子相互作用，在区分高风险转移ccRCC方面存在问题，从而引导了潜在的治疗策略。专利技术人在前期研究中，从GEO数据库下载了三个转录微阵列数据集，并在癌症样品和邻近的正常样品之间获得了差异表达基因(DEG)，筛选出112个最受共同调节的基因。随后，进行功能途径富集分析，以进一步了解致癌作用的分子机制，并通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络揭示了所有蛋白质的功能以及这些相互作用在生物学过程，分子功能和信号转导方面的重要性。进一步，通过对TCGA数据库的分析，利用LASSO回归模型、cytoscope软件中MCODE插件等统计学工具不断缩小与转移相关的关键基因的范围，发现ADAMTS9，C1S，DPYSL3，H2AFX，MINA，PLOD2，RUNX1，SLC19A1，TPX2和TRIB的mRNA表达水平与肾透明细胞癌患者不良预后密切相关，可用于阐明ccRCC的潜在预后和治疗目标。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种肾透明细胞癌的预后评估标志物，本专利技术的目的也在于ADAMTS9，C1S，DPYSL3，H2AFX，MINA，PLOD2，RUNX1，SLC19A1，TPX2和TRIB组成的联合基因组的新用途，即在肾透明细胞癌预后评估试剂盒中的应用。专利技术人前期通过复杂的生物信息学筛选，对比来自GEO三个数据队列的肾癌原发组织和发生转移的组织，鉴定出了一批转移相关的生物标记物，对三个数据集取交集后筛选出来一批显著的差异转移相关基因，首次发现了ADAMTS9，C1S，DPYSL3，H2AFX，MINA，PLOD2，RUNX1，SLC19A1，TPX2和TRIB的mRNA表达水平与肾透明细胞癌患者不良预后密切相关，同时预测了潜在的功能注释和标志途径。以该基因组作为分子标记物对其表达量进行检测，可以用于指导肾透明细胞癌患者的预后判断。在该十个基因中，DPYSL3、H2AFX、MINA、SLC19A1和TRIB3五个基因作为肾透明细胞癌预后标记物基因属首次发现。而该十个基因在肾透明癌细胞中调控不同的通路，将其联合起来进行预后复发风险预测，可信度更高，且10个基因均能在TCGA和复旦肿瘤中心队列中表现出显著的预后差异，在肿瘤组织中的表达量显著高于癌旁组织。本专利技术的第一方面，提供了ADAMTS9，C1S，DPYSL3，H2AFX，MINA，PLOD2，RUNX1，SLC19A1，TPX2和TRIB组成的联合基因组作为肾透明细胞癌预后评估标志物的应用。本专利技术的第二方面，提供了联合基因组在制备肾透明细胞癌预后评估试剂或预后评估试剂盒中的应用，该联合基因组为ADAMTS9，C1S，DPYSL3，H2AFX，MINA，PLOD2，RUNX1，SLC19A1，TPX2和TRIB3的联合，也可以是DPYSL3、H2AFX、MINA、SLC19A1和TRIB3的联合。其中，预后评估试剂为检测生物样品中ADAMTS9，C1S，DPYSL3，H2AFX，MINA，PLOD2，RUNX1，SLC19A1，TPX2和TRIB3相对表达水平的试剂组合。预后评估试剂盒包含了检测生物样品中ADAMTS9，C1S，DPYSL3，H2AFX，MINA，PLOD2，RUNX1，SLC19A1，TPX2和TRIB3相对表达水平的试剂组合。优选的，试剂组合为检测上述基因mRNA表达水平的试剂组合，该试剂组合中包含对上述基因具有检测特异性的PCR引物，引物序列如下表SEQIDNO.1～20所示。优选的，所述生物样品为肾透明细胞癌患者手术切除的肿瘤标本切片。本专利技术的第三方面，提供了一种肾透明细胞癌预后评估试剂盒，该试剂盒包含了检测生物样品中ADAMTS9，C1S，DPYSL3，H2AFX，MINA，PLOD2，RUNX1，SLC19A1，TPX2和TRIB3相对表达水平的试剂。具体组成上，该预后评估试剂盒由反转录系统、引物系统和扩增系统组成，引物系统包括如SEQIDNO.1～20所示的PCR引物。本专利技术的第四方面，提供了一种利用上述预后评估试剂或试剂盒进行肾透明细胞癌预后评估方法，具体包括以下步骤：(a)利用试剂盒中的试剂对肿瘤样本进行反转录和扩增，获取每种基因的mRNA表达水平；(b)肾透明细胞癌预后复发风险值根据下述公式计算：风险值＝0.0449×C1S表达水平+0.0712×PLOD2表达水平+0.1797×ADAMTS9表达水平+0.1948×DPYSL3表达水平+0.1735×H2AFX表达水平+0.0022×RUNX1表达水平+0.0215×MINA表达水平+0.1368×SLC19A1表达水平+0.2129×TPX2表达水本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.联合基因组在制备肾透明细胞癌预后评估试剂或预后评估试剂盒中的应用，其特征在于，该联合基因组为DPYSL3、H2AFX、MINA、SLC19A1和TRIB3的联合。/n

【技术特征摘要】
1.联合基因组在制备肾透明细胞癌预后评估试剂或预后评估试剂盒中的应用，其特征在于，该联合基因组为DPYSL3、H2AFX、MINA、SLC19A1和TRIB3的联合。


2.根据权利要求1所述的联合基因组在制备肾透明细胞癌预后评估试剂或预后评估试剂盒中的应用，其特征在于，该联合基因组为ADAMTS9，C1S，DPYSL3，H2AFX，MINA，PLOD2，RUNX1，SLC19A1，TPX2和TRIB3的联合。


3.根据权利要求2所述的联合基因组在制备肾透明细胞癌预后评估试剂或预后评估试剂盒中的应用，其特征在于，所述的预后评估试剂为检测生物样品中ADAMTS9，C1S，DPYSL3，H2AFX，MINA，PLOD2，RUNX1，SLC19A1，TPX2和TRIB3相对表达水平的试剂组合，
所述的预后评估试剂盒包含了检测生物样品中ADAMTS9，C1S，DPYSL3，H2AFX，MINA，PLOD2，RUNX1，SLC19A1，TPX2和TRIB3相对表达水平的试剂组合。


4.根据权利要求3所述的联合基因组在制备肾透明细胞癌预后评估试剂或预后评估试剂盒中的应用，其特征在于，所述试剂组合为检测上述基因相对mRNA表达水平的试剂组合，该试剂组合中包含对上述基因具有检测特异性的PCR引物。


5.根据权利要求4所述的联合基因组在制备肾透明细胞癌预后评估试剂或预后评估试剂盒中的应用，其特征在于，所述具有检测特异性的PCR引物如SEQIDNO.1～20所示。


6.根据权利要求4所述的联合基因组在制备肾透明细胞癌预后评估试剂或预后评估试剂盒中的应用，其特征在于：
其中，肾...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐文浩，张海梁，瞿元元，艾合太木江·安外尔，田熙，王骏，施国海，叶定伟，
申请(专利权)人：复旦大学附属肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：上海;31