一种与猪的饲料转化效率相关的SNP分子标记制造技术

本发明专利技术属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及一种与猪的饲料转化效率相关的SNP分子标记。该SNP分子标记登陆号为MARC0045707，通过整合实验室采集的16个批次的包含大白猪、长白猪、杜洛克猪和皮特兰猪这四个品种的4005头猪的SNP芯片数据，对比猪参考基因组序列获得基因分型数据，得到一种与猪的饲料转化效率相关的SNP分子标记，该SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，该序列的第51位的碱基处R是突变位点，由碱基A突变为碱基G，该突变位点导致所示序列的核苷酸产生多态性；当SEQ ID NO：1所述序列的第51位核苷酸为G时，判定猪的饲料转化效率较低。

【技术实现步骤摘要】
一种与猪的饲料转化效率相关的SNP分子标记
本专利技术涉及猪分子标记筛选
，具体涉及一种与猪的饲料转化效率相关的SNP分子标记及其应用。本专利技术的分子标记可用于猪饲料转化效率性状的辅助选择和预测。
技术介绍
猪肉是人类重要的肉食来源，占世界人口消费肉类总量的近40％。饲料成本在总生产成本中所占的比例最高，在50％到85％不等(YoungJM,CaiW,DekkersJCM.EffectofselectionforresidualfeedintakeonfeedingbehavioranddailyfeedintakepatternsinYorkshireswine[J].JournalofAnimalScience,2011,89(3):639-647.)。降低饲料成本的关键是提高饲料转化效率(Feedconversionratio,FCR)。提高饲料转化效率不仅可以降低饲料消耗，降低农业成本和能源消耗，而且还可以降低肥料产量和潜在的温室气体排放总量(BartoP,DolanA,SmutnL,etal.Effectsofphytogenicfeedadditivesongrowthperformanceandonammoniaandgreenhousegasesemissionsingrowing-finishingpigs[J].AnimalFeedenceandTechnology,2015,212:143-148.)。在动物育种计划中，由于饲料效率不能直接测量，直接选择很难改善饲料效率相关性状。饲料转化效率(FCR)可以用来评价饲料效率(LuD.TherelationshipbetweendifferentmeasuresoffeedefficiencyandfeedingbehaviortraitsinDurocpigs[J].JournalofAnimalence,2017,95(8):3370.)。由于计算简单，且与生长速度和体重(BW)相关(FanB,LkhagvadorjS,CaiW,etal.Identificationofgeneticmarkersassociatedwithresidualfeedintakeandmeatqualitytraitsinthepig[J].MeatScience,2010,84(4):645-650.)，FCR(采食量与产量之比)被广泛应用于猪育种中饲料效率的估算。因此，探索发饲料转化效率机制的相关分子标记有助于更好的展开猪的育种研究。全基因组关联分析(Genome-wideassociationstudy,GWAS)作为一种关联分析方法，在复杂性状的相关研究中具有比连锁分析效果更好，统计效力更高的优点，最初是1996年由Risch首次提出的(RischN,MerikangasK.Thefutureofgeneticstudiesofcomplexhumandiseases.[J].Science,1996,273(3):350-354.)作为在全基因组范围内探索鉴定实验群体中和目标表型相关联的遗传标记的有力工具，全基因组关联分析已经被广泛应用于各类研究，其中包括人类疾病以及家畜重要经济性状等等(VisscherPM,BrownMA,McCarthyMI,etal.FiveyearsofGWASdiscovery[J].TheAmericanJournalofHumanGenetics,2012,90(1):7-24.)近年来也有很多猪的FCR的全基因组关联分析研究，并且揭示了部分FCR的遗传相关基因。本专利技术通过整合实验室采集的16个批次的包含4个品种的4005头猪的SNP芯片数据，使用rMVP软件，利用FarmCPU模型(LiuX,HuangM,FanB,etal.IterativeUsageofFixedandRandomEffectModelsforPowerfulandEfficientGenome-WideAssociationStudies.[J].PLoSGenetics,2016,12(2):e1005767.)，筛选出与FCR相关的SNP分子标记，为猪饲料转化效率的辅助选择和预测改良提供了新的分子标记基础，对于猪的育种具有重要意义。本专利技术筛选的的SNP分子标记与猪饲料转化效率的相关性达到了显著水平，为猪的饲料转化效率关研究提供了新的遗传资源。
技术实现思路
本专利技术的目的在于克服现有技术的缺陷，筛选一种与猪饲料转化效率相关的SNP分子标记，通过将猪重测序数据比对到猪参考基因组上，获得SNP分型数据，并使用GWAS筛选与猪饲料转化效率相关的SNP，为猪饲料转化效率的相关育种提供了新的分子标记资源和应用。本专利技术的技术方案如下所述：申请人通过整合实验室采集的16个批次的包含4个品种的4005头猪的SNP芯片数据，对饲料转化效率性状进行GWAS，参阅Ensembl数据库，得到MARC0045707上下游50bp的核苷酸序列，其核苷酸序列如序列表SEQIDNO:1所示。具体如下所述：ATCCCAGAGAAGTGGGCAGGTTACCTGGAAAGGTTCGGCAGTCGGGGGGCR(A/G)CTCCCTGGAAGCTGTACCCCAAGAGCAGGTTCTTTTTTCAGCTACTGTTT，上述序列的第51碱基处的R是突变位点(产生A51-G51的等位基因突变)，由碱基A突变为碱基G,该突变使上述序列即SEQIDNO:1所述的序列产生了核苷酸多态性。该分子标记可以作为检测与饲料转化效率相关的分子标记,且当SEQIDNO:1上的第51位核苷酸为G时，判定猪有较低的饲料转化效率。上述SEQIDNO:1所述的序列可以作为检测与猪饲料转化效率相关的分子标记。申请人提供了一种筛选猪饲料转化效率相关的SNP分子标记的方法，所述的方法包括如下步骤：申请人筛选得到一种与猪饲料转化效率相关的SNP分子标记，该分子标记的核苷酸序列如下所示：ATCCCAGAGAAGTGGGCAGGTTACCTGGAAAGGTTCGGCAGTCGGGGGGCR(A/G)CTCCCTGGAAGCTGTACCCCAAGAGCAGGTTCTTTTTTCAGCTACTGTTT，上述序列的51位碱基处的R是突变位点，由碱基A突变为碱基G，该突变导致所述序列产生多态性。基于一种与猪饲料转化效率相关的SNP分子标记，当SEQIDNO：1所示序列的第51位核苷酸为G时，判定猪的饲料转化效率较低。本专利技术的SNP分子标记可在猪饲料转化效率的标记辅助选择中应用。本专利技术的具体应用步骤为：①整合实验室采集的16个批次的包含4个品种的4005头猪的SNP芯片数据。②根据群体中个体对应的表型信息，算出每个个体的饲料转化效率，公式：饲料转化效率＝后期用料/(结测体重-中测体重)。③利用R统计环境下rMVP软件包中的FarmCPU模型进行全基因组关联分析(GWAS)。FarmCPU本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与猪的饲料转化效率性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述的分子标记的核苷酸序列如下所示：/nATCCCAGAGAAGTGGGCAGGTTACCTGGAAAGGTTGGCAGTCGGGGGGCR(A/G)/nCTCCCTGGAAGCTGTACCCCAAGAGCAGGTTCTTTTTTCAGCTACTGTTT，/n上述序列51位的R是突变位点，由碱基A突变为碱基G。/n

【技术特征摘要】
1.一种与猪的饲料转化效率性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述的分子标记的核苷酸序列如下所示：
ATCCCAGAGAAGTGGGCAGGTTACCTGGAAAGGTTGGCAGTCGGGGGGCR(A/G)
CTCCCTGGAAGCTGTACCCCAAGAGCAGGTTCTTTTTTCAGCTACTGTTT，
上...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵书红，黄鑫，刘小磊，李新云，尹立林，许婧雅，项韬，马云龙，唐振双，朱猛进，余梅，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：湖北;42