一种鸡生长性状基因诊断试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种鸡生长性状基因诊断试剂盒及其应用，属于生物育种技术领域。本发明专利技术中通过研究发现鸡

【技术实现步骤摘要】
一种鸡生长性状基因诊断试剂盒及其应用
本专利技术涉及一种鸡生长性状基因诊断试剂盒及其应用，属于生物育种

技术介绍
畜禽遗传资源是保护生物多样性、培育新品种、实现畜牧业可持续发展战略的重要生物资源。我国有丰富的地方鸡品种资源，如何对其评估、保护和选育是迫切需要解决的问题。目前，随着人们对畜禽生长环境的重视和饲料品质要求的提高，畜禽的生产性能得到了很大的提升，畜禽的肉质满足了人类稳定蛋白摄入的需要，成为了人类生活所必需的物质基础。但是，对家禽的不利选育又会导致某些优势基因型的丢失，因此借助现代分子标记在种质特性不改变的情况下提高地方畜禽品种的经济性状，从而进一步对畜禽遗传资源进行保护开发利用就显得尤为重要。分子标记辅助育种是一种利用DNA水平上的分子标记对生物群体进行遗传改良的技术，也就是将分子生物学技术应用于育种中，在分子水平上进行育种；其中插入/缺失(insertion-deletion,InDel)是指在近缘物种或同一物种不同个体之间基因组同一位点的序列发生了不同大小核苷酸片段的插入或缺失，即一个序列上某一位点相比同源的另一个序列插入或缺失了一个或多个碱基。相比于其他分子标记技术，Indel标记具有稳定性好、多态性高、分型系统简单的优点，开始应用于动植物群体遗传分析、分子辅助育种、医学诊断等研究领域，有利于优良基因的进一步开发和利用。就在基因组DNA中的分布密度而言，Indel仅次于SNP，但远高于SSR。Indel大致可分为以下5大类：1)单碱基对的插入/缺失；2)单一碱基的插入/缺失；3)重复单元为2-15个碱基的多碱基对插入/缺失；4)转座子插入/缺失；5)任意DNA序列的插入/缺失。在基因组DNA中，虽然Indel的分布频率很高，但其分布区域并不是均匀的，在不同的染色体上有着不同的分布密度。公布号为CN108531615A的中国专利技术专利申请中公开了一种鸡HS6ST3基因43bpindel多态性标记及其应用、检测引物、试剂盒，其中已经发现鸡HS6ST3基因第1内含子区域43bp插入/缺失多态与鸡的多个经济性状显著相关，可用于鸡的辅助选择和分子育种。但是对于长链非编码RNA中Indel多态性标记的研究仍较少。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种鸡生长性状基因诊断引物，该引物的扩增片段覆盖了鸡LncFAM基因第二内含子中97bp的插入或缺失多态性标记，可以根据扩增结果从基因多态性上分析鸡群生长状况。本专利技术还提供了鸡生长性状基因诊断试剂盒，使用该试剂盒可以从基因多态性上分析鸡群生长状况。本专利技术还提供了检测鸡LncFAM基因内含子区基因型的方法，使用该方法可以检测出待测鸡LncFAM基因内含子区indel多态性状况，根据多态性状况可以进一步确定待测鸡的基因型。本专利技术还提供了上述的检测鸡LncFAM基因内含子区基因型的方法在预测鸡群生长状况方面的应用，根据鸡LncFAM基因内含子区基因型可以确定鸡群的生长状况。本专利技术还提供了上述的检测鸡LncFAM基因内含子区基因型的方法在鸡的辅助选择和分子育种方面的应用，可以筛选出生长状况较好的鸡个体用于分子育种。为了实现上述目的，本专利技术所采用的技术方案是：一种鸡生长性状基因诊断引物，所述引物的扩增片段覆盖鸡LncFAM基因第二内含子中97bp的插入或缺失片段区域，所述鸡LncFAM基因第二内含子中97bp的插入或缺失片段的核苷酸序列如SEQIDNO.6所示。本专利技术中通过研究发现鸡LncFAM基因第二内含子区indel多态性标记与鸡生长性状的差异有关，具体的是：LncFAM基因第二内含子区97bp的插入与鸡出生重、2、6、8周体重，1天的胫长，4、8、12周胫围，8、12周胫宽以及4、12周骨盆宽等性状显著相关(P<0.05)，其中，与鸡出生重、6周体重、4周胫围、8周胫围、12周胫围、8周胸宽、4周骨盆宽等性状呈极显著相关(P<0.01)。根据该indel多态性标记设计相应的鸡生长性状基因诊断引物，可以检测并筛选出97bp的纯合插入的鸡个体，因此该引物可以用于鸡的辅助选择和分子育种。优选的，所述引物序列如下所示：P-F：5′-TCTCCACCCATTTTTATGCTGC-3′；P-R：5′-TGTTGCCAGAAATATGCTTGCT-3′。该引物的扩增片段覆盖了鸡LncFAM基因第二内含子区5′端起的第461-557位。如为97bp插入基因型，则PCR扩增的片段大小为303bp，如为97bp缺失基因型，则PCR扩增的片段大小为206bp。一种鸡生长性状基因诊断试剂盒，所述试剂盒中包含检测鸡LncFAM基因内含子区indel多态性的引物，所述引物的扩增片段覆盖鸡LncFAM基因第二内含子中97bp的插入或缺失片段区域，所述鸡LncFAM基因第二内含子中97bp的插入或缺失片段的核苷酸序列如SEQIDNO.6所示。本专利技术中的试剂盒中包含检测鸡LncFAM基因内含子区indel多态性的引物，该引物可以检测并筛选出97bp的纯合插入的鸡个体，因此该试剂盒可以用于鸡的辅助选择和分子育种。所述引物序列如下所示：P-F：5′-TCTCCACCCATTTTTATGCTGC-3′；P-R：5′-TGTTGCCAGAAATATGCTTGCT-3′。该引物的扩增片段覆盖了鸡LncFAM基因第二内含子区5′端起的第461-557位。如为97bp插入基因型，则PCR扩增的片段大小为303bp，如为97bp缺失基因型，则PCR扩增的片段大小为206bp。所述试剂盒中还包括dNTPs、PCR反应缓冲液、DNA聚合酶和DNAMarker中的一种或几种。试剂盒中的这些试剂为PCR扩增过程中常用的试剂。检测鸡LncFAM基因内含子区基因型的方法，包括以下步骤：1)根据鸡LncFAM基因第二内含子中97bp插入/缺失位点的前后序列设计引物，所述引物的扩增片段覆盖鸡LncFAM基因第二内含子中97bp的插入或缺失片段区域，所述鸡LncFAM基因第二内含子中97bp的插入或缺失片段的核苷酸序列如SEQIDNO.6所示；提取待测鸡的基因组DNA，利用设计的引物进行PCR扩增；2)根据扩增结果判定待测鸡的基因型。本专利技术建立的检测鸡LncFAM基因内含子区基因型的方法大大提高了基因型的判定效率和准确性，而且方法简便，分型时间短，不需要测序和限制性内切酶，不需要特殊的仪器，成本低，易推广普及。该方法可以快速判定出不同体重性状的基因型，从而缩短育种时间，加快育种进程。利用本专利技术的方法检测出了鸡LncFAM基因第二内含子区indel多态性标记在地方鸡、高产蛋鸡及商品肉鸡中的分布，分析了indel多态性标记在不同品种鸡中基因型的分布及等位基因频率。所述基因型为纯合插入型II、纯合缺失型DD或杂合型ID，其中I等位基因表现为97bp插入，D等位基因表现为97bp缺失突变。若PCR扩增片段中都包含这97bp片段，则该待测鸡为I本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种鸡生长性状基因诊断引物，其特征在于：所述引物的扩增片段覆盖鸡

【技术特征摘要】
1.一种鸡生长性状基因诊断引物，其特征在于：所述引物的扩增片段覆盖鸡LncFAM基因第二内含子中97bp的插入或缺失片段区域，所述鸡LncFAM基因第二内含子中97bp的插入或缺失片段的核苷酸序列如SEQIDNO.6所示。


2.根据权利要求1所述的鸡生长性状基因诊断引物，其特征在于：所述引物序列如下所示：
P-F：5′-TCTCCACCCATTTTTATGCTGC-3′；
P-R：5′-TGTTGCCAGAAATATGCTTGCT-3′。


3.一种鸡生长性状基因诊断试剂盒，其特征在于：所述试剂盒中包含检测鸡LncFAM基因内含子区indel多态性的引物，所述引物的扩增片段覆盖鸡LncFAM基因第二内含子中97bp的插入或缺失片段区域，所述鸡LncFAM基因第二内含子中97bp的插入或缺失片段的核苷酸序列如SEQIDNO.6所示。


4.根据权利要求3所述的鸡生长性状基因诊断试剂盒，其特征在于：所述引物序列如下所示：
P-F：5′-TCTCCACCCATTTTTATGCTGC-3′；
P-R：5′-TGTTGCCAGAAATATGCTTGCT-3′。


5.根据权利要求3或4所述的鸡生长性状基因诊断试剂盒，其特征在于：所述试剂盒中还包括dNTPs、PCR...

【专利技术属性】
技术研发人员：李转见，经珍珠，李文雅，康相涛，田亚东，韩瑞丽，孙桂荣，王鑫磊，王永才，闫峰宾，蒋瑞瑞，李红，李国喜，刘小军，李文婷，陈悦，
申请(专利权)人：河南农业大学，
类型：发明
国别省市：河南;41