一种STR基因数据分析的方法技术

本发明专利技术公开了一种STR基因数据分析的方法，是基于C++语言，对DNA中的短串联重复序列STR基因测序数据进行定位全自动化分析，整体提高数据处理效率，最终得到与特定性状关联的基因区域，并提供丰富的定位结果展示图表。本算法支持多色的荧光通道的分析；支持现在市面上常用的试剂盒；支持常见的测序仪输出的原始数据文件格式；对检验中产生的杂峰进行自动识别去除；对测序过程中产生的峰型错位自动校准。本发明专利技术实现了在法医鉴定检测DNA的工作中，对DNA基因短串联序列STR进行多色荧光色通道的全自动数据分析。打破了DNA测序只能依赖国外软件分析的状况，为我国发展国产测序仪和国产试剂奠定了进程，加快了我国法医鉴定检测DNA领域的国产化的发展进程。

【技术实现步骤摘要】
一种STR基因数据分析的方法
本专利技术涉及STR基因数据
，具体为一种STR基因数据分析的方法。
技术介绍
微卫星DNA中的短串联重复序列简称STR，是一种DNA多态性，广泛存在于人类基因组的23对染色体上，通常由2-6bp的重复单位组成，不同个体(或等位基因)之间的差异一般只表现为重复单位的重复数目差异。STR基因座是一种重要的遗传标记，在多态性程度高的基因座上，其个体识别能力强，并且可以简单地用PCR技术检测出来。STR基因座具有以下特点：STR多态性基因座数量多，片段长度一般小于400bp，易于扩增，适于微量检材的检验；等位基因大小比较接近，较小等位基因优先扩增不明显；不同位点的STR基因座片段长度差异较小，便于复合扩增，提高检测效率。此外，STR基因座分析方法简便，便于实验DNA分型标准化和自动化，便于分型数据的计算机储存、联网检索。目前STR技术已经是法医学中应用范围最广泛，使用频率最高的DNA分型技术。目前对STR短串联重复序列的解析，通常是需要专业分析软件对测序仪生成的原始数据.fsa/.hid文件进行读取解析，从本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种STR基因数据分析的方法，其特征在于，包括以下步骤：/n步骤1：数据收集，测序仪输出的.fsa,.hid的格式的原始数据文件在指定路径，系统进行实时刷新，查看到指定路径下有新的数据文件，即进行读取；/n步骤2：原始数据解析，通过读取原始数据的头文件数据，根据头文件里所设置各个数据包的类型和描述，确定每个染色通道数据的位移位置与数据长度，使用傅里叶级数公式，按时间方向和频率方向，组成正余弦波峰值图像；/n步骤3：荧光颜色分离-根据使用数据中的内标数据，作为原始图谱的绝对定位位置，以及厂家提供的基因座配置文件作为原始图谱的逻辑位置，按已定内标的逻辑位置，将各荧光通道按不同颜色进行分离；/n...

【技术特征摘要】
1.一种STR基因数据分析的方法，其特征在于，包括以下步骤：
步骤1：数据收集，测序仪输出的.fsa,.hid的格式的原始数据文件在指定路径，系统进行实时刷新，查看到指定路径下有新的数据文件，即进行读取；
步骤2：原始数据解析，通过读取原始数据的头文件数据，根据头文件里所设置各个数据包的类型和描述，确定每个染色通道数据的位移位置与数据长度，使用傅里叶级数公式，按时间方向和频率方向，组成正余弦波峰值图像；
步骤3：荧光颜色分离-根据使用数据中的内标数据，作为原始图谱的绝对定位位置，以及厂家提供的基因座配置文件作为原始图谱的逻辑位置，按已定内标的逻辑位置，将各荧光通道按不同颜色进行分离；
步骤4：峰值计算，根据每个基因座范围与高低峰阈值比率，即杂合子的峰高差值比率，进行正常峰与异常峰的自动判定，判定是以出峰位置是否在基因座范围内或峰高比率超过阈值；<...

【专利技术属性】
技术研发人员：秦叶，
申请(专利权)人：北京博安智联科技有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11