一种检测肥厚型心肌病基因突变的引物组、试剂盒和方法技术

本发明专利技术公开了一种检测肥厚型心肌病基因突变的引物组，包括用于检测肥厚型心肌病基因突变的扩增引物组和延伸引物组。本发明专利技术还公开了一种检测肥厚型心肌病基因突变的试剂盒，该试剂盒含有用于检测肥厚型心肌病基因突变的扩增引物组和延伸引物组。此外，本发明专利技术还公开了一种检测肥厚型心肌病基因突变的方法。采用本发明专利技术的引物组进行检测肥厚型心肌病基因突变的方法，检测结果准确，检测速度快，无需荧光标记，且操作便利，检测灵敏度高，节省时间，检测成本大大降低，一天内可以完成对上百个样本的快速检测，适合批量筛查。

【技术实现步骤摘要】
一种检测肥厚型心肌病基因突变的引物组、试剂盒和方法
本专利技术属于基因检测
，特别涉及一种检测肥厚型心肌病基因突变的引物组、试剂盒和方法。
技术介绍
肥厚型心肌病(HCM)是最常见的遗传性心血管疾病，是青少年、年轻竞技运动员发生心源性猝死(SCD)的首要原因。肥厚型心肌病的发病率为1/500,发病趋势呈逐年上升，目前国内有100万～200万的肥厚型心肌病患者。随着对肥厚型心肌病认识的逐步加深，HCM被认为是可以检测、干预和治疗且大多数患者预后较好的疾病。目前人们已发现多个HCM致病基因，并提出了多种基因治疗策略来消除遗传缺陷以实现HCM的对因治疗，其中包括基因组编辑、外显子跳跃、等位基因特异性沉默、RNA反式剪接和基因替代等，这些技术中的大部分已经在动物或人诱导的HCM多能干细胞模型中进行了有效性及安全性测试。HCM因不同致病基因而表现出临床异质性，目前已发现近40种基因与HCM的发生发展有关，以肌小节结构蛋白的编码基因为主。B肌球蛋白重链(betamyosinheavychain，MYH7)、肌球蛋白结合蛋白C(myosinbindingproteinC，MYBPC3)和肌钙蛋白T(cardiactroponin-T，TNNT2)是最常见的三种致病基因型。依赖科学技术的发展，目前单基因病的诊断以二代测序为主，但其操作步骤繁复、检测时间长、对技术人员操作及分析能力要求较高，这些容易对检测结果的可靠性产生影响，同时二代测序检测试剂及分析耗材昂贵，较高的成本给其在二代测序疾病分子诊断及人群筛查中的应用带来诸多挑战，影响了应用的普及。
技术实现思路
为解决上述技术问题，本专利技术的目的在于提供一种检测肥厚型心肌病基因突变的引物组、试剂盒和方法；利用该引物组的检测方法所得检测结果准确，检测速度快，无需荧光标记，检测成本大大降低，一天内可以完成对上百个样本的快速检测，适合批量筛查。为实现上述技术目的，达到上述技术效果，本专利技术通过以下技术方案实现：一种检测肥厚型心肌病基因突变的引物组，包括用于检测肥厚型心肌病基因突变的扩增引物组和延伸引物组，其中，所述扩增引物组包括核苷酸序列如SeqIDNO.1～176所示的一对或多对扩增引物，所述延伸引物组包括核苷酸序列如SeqIDNO.177～264所示的一个延伸引物或多个延伸引物。进一步地，上述引物组包括用于检测肥厚型心肌病检测肥厚型心肌病致病基因的88个突变位点的扩增引物组和延伸引物组，其中，所述扩增引物组包括核苷酸序列如SeqIDNO.1～176所示的全部的88对扩增引物，所述延伸引物组包括核苷酸序列如SeqIDNO.177～264所示的全部的88个延伸引物。本专利技术还提供了一种检测肥厚型心肌病基因突变的试剂盒，该试剂盒含有用于检测肥厚型心肌病基因突变的扩增引物组和延伸引物组，该扩增引物组包括核苷酸序列如SeqIDNO.1～176所示的一对或多对扩增引物，该延伸引物组包括核苷酸序列如SeqIDNO.177～264所示的一个延伸引物或多个延伸引物。进一步地，该试剂盒含有的扩增引物组和延伸引物组用于检测肥厚型心肌病致病基因的的88个突变位点，其中，所述扩增引物组包括核苷酸序列如SeqIDNO.1～176所示的全部的88对扩增引物，所述延伸引物组包括核苷酸序列如SeqIDNO.177～264所示的全部的88个延伸引物。进一步地，该试剂盒还包括PCR反应Taq酶和PCR缓冲液，PCR反应Taq酶、PCR缓冲液与所述扩增引物用于制备多重PCR扩增反应体系。进一步地，该试剂盒还包括SAP酶和SAP缓冲液，所述SAP酶和SAP缓冲液用于制备碱性磷酸酶处理反应体系。进一步地，该试剂盒还包括iPLEX酶和iPLEX缓冲液，该iPLEX酶、iPLEX缓冲液与所述延伸引物用于制备延伸反应体系。进一步地，该试剂盒还包括MassARRAY芯片。本专利技术还提供了一种检测肥厚型心肌病基因突变的方法，包括以下步骤：(1)获得用于检测肥厚型心肌病基因突变的扩增引物和延伸引物；(2)提取待检测样本的DNA；(3)以步骤(2)提取的DNA为模板，使用步骤(1)获得的扩增引物通过PCR扩增，获得目标序列扩增产物；(4)利用SAP酶除去步骤(3)获得的扩增产物中含有的游离的dNTPs；(5)以步骤(3)获得的目标序列扩增产物为模板，利用步骤(1)获得的延伸引物进行单碱基延伸反应，得到延伸产物；(6)纯化步骤(5)获得的延伸产物；(7)将纯化后的延伸产物采用飞行时间质谱基因分型系统进行检测和分型。本专利技术的有益效果是：本专利技术采用不同的引物设计软件，并结合agilentearraydesign探针设计系统，通过不断优化引物序列，最终将这88个突变位点的多重PCR扩增压缩至3个well(孔)中进行，使用384孔板一次试验最多可完成对120例患者的检测，大大提高了一次检测的通量。采用本专利技术的引物组进行检测肥厚型心肌病基因突变的方法，检测结果准确，检测速度快，无需荧光标记，且操作便利，检测灵敏度高，节省时间，检测成本大大降低，一天内可以完成对上百个样本的快速检测，适合批量筛查。具体实施方式下面对本专利技术的较佳实施例进行详细阐述，以使本专利技术的优点和特征能更易于被本领域技术人员理解，从而对本专利技术的保护范围做出更为清楚明确的界定。实施例一、引物设计本专利技术依据OMIM、clinvar等专业遗传数据库，并查阅相关数据库收集了中国人所常见的突变，共收集肥厚型心肌病单基因病突变位点88个，分别为：rs397515965、rs727504276、rs397515889、rs397515894、rs397515896、rs397515926、rs727503186、rs752670374、rs397516351、rs730880686、rs727503203、rs1331475170、rs730880714、rs730880652、rs397515977、rs730880656、rs397516030、rs730880640、rs727504248、rs863224209、rs1060501484、rs886041320、rs397515933、rs730880642、rs727503172、rs727504390、rs727503217、rs397515952、rs397516047、rs727504366、rs397515931、rs397515934、rs727503182、rs863225271、rs876657705、rs876657706、rs730880718、rs397516023、rs864622224、rs863225272、rs730880650、rs397515973、rs397515947、rs730880651、rs587776643、rs397516001、rs397516007、rs730880336、rs7本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测肥厚型心肌病基因突变的引物组，其特征在于，包括用于检测肥厚型心肌病基因突变的扩增引物组和延伸引物组，其中，所述扩增引物组包括核苷酸序列如Seq IDNO.1～176所示的一对或多对扩增引物，所述延伸引物组包括核苷酸序列如Seq ID NO.177～264所示的一个延伸引物或多个延伸引物。/n

【技术特征摘要】
1.一种检测肥厚型心肌病基因突变的引物组，其特征在于，包括用于检测肥厚型心肌病基因突变的扩增引物组和延伸引物组，其中，所述扩增引物组包括核苷酸序列如SeqIDNO.1～176所示的一对或多对扩增引物，所述延伸引物组包括核苷酸序列如SeqIDNO.177～264所示的一个延伸引物或多个延伸引物。


2.根据权利要求1所述的一种检测肥厚型心肌病基因突变的引物组，其特征在于，包括用于检测肥厚型心肌病致病基因的88个突变位点的扩增引物组和延伸引物组，其中，所述扩增引物组包括核苷酸序列如SeqIDNO.1～176所示的全部的88对扩增引物，所述延伸引物组包括核苷酸序列如SeqIDNO.177～264所示的全部的88个延伸引物。


3.一种检测肥厚型心肌病基因突变的试剂盒，其特征在于，该试剂盒含有用于检测肥厚型心肌病基因突变的扩增引物组和延伸引物组，该扩增引物组包括核苷酸序列如SeqIDNO.1～176所示的一对或多对扩增引物，该延伸引物组包括核苷酸序列如SeqIDNO.177～264所示的一个延伸引物或多个延伸引物。


4.根据权利要求3所述的一种检测肥厚型心肌病基因突变的试剂盒，其特征在于，该试剂盒含有的扩增引物组和延伸引物组用于检测肥厚型心肌病致病基因的88个突变位点，其中，所述扩增引物组包括核苷酸序列如
SeqIDNO.1～176所示的全部的88对扩增引物，所述延伸引物组包括核苷酸序列如SeqIDNO.177～264所示的全部的88个延伸引物。


5.根...

【专利技术属性】
技术研发人员：张惠丹，戴敬，李阳，赵洪玉，
申请(专利权)人：苏州恩科金生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏;32