HBV整合位点附近区域甲基化状态在癌症检测中的应用制造技术

本发明专利技术提供了一种新的可应用于肝癌检测场景的甲基化检测和分析方法，不仅能在常规测序条件下获得优异的分类性能，而且在低覆盖度的测序条件下，也具有非常良好的表现，克服了现有技术中关于cfDNA进行DNA甲基化分析需要深度测序的偏见，极大地降低了测序成本，扩大了甲基化测序技术的适用范围，可为肝病早筛、肝病诊断、肝病监测、肝病患者分型、肝癌治疗或手术干预有效性评估等临床应用提供基础数据。

【技术实现步骤摘要】
HBV整合位点附近区域甲基化状态在癌症检测中的应用
本专利技术涉及分子生物学
，特别涉及一种利用HBV整合位点附近区域甲基化状态进行癌症相关检测的方法。
技术介绍
外周血游离DNA(cfDNA)是在人体血浆、尿液和其他体液中发现的小的双链DNA片段[1,2]，起源于细胞凋亡和坏死[3]。cfDNA分析被视为“液体活检”的一种方式，已经被用于基因检测[4,5]，早期癌症检测[6,7]，以及疾病预后预测[8,9]。凋亡和坏死的肿瘤细胞可以将cfDNA释放到外周血中，这反映了肿瘤相关的遗传特征，包括cfDNA片段大小(cfDNAsize)[10]，以及突变、拷贝数畸变和表观遗传变化等[8]。同时，cfDNA还携带组织特异性信息，这为其来源组织的推断提供了应用前景[11-15]。因此，cfDNA可以作为一种重要的生物标志物用于临床。肝癌是全球癌症相关死亡的第四大原因。在美国，2000-2016年间，肝癌死亡率从7.2/10万上升到10.3/10万[16,17]。肝细胞癌(HCC)是原发性肝癌最常见的形式，通常发生于因乙型肝炎病毒(HBV)本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种DNA甲基化状态的检测方法，其特征在于，所述甲基化状态是乙肝病毒整合位点附近区域的甲基化状态，所述乙肝病毒整合位点附近区域是包含乙肝病毒在宿主基因组上的整合位点以及整合位点两侧宿主基因组序列的区域。/n

【技术特征摘要】
1.一种DNA甲基化状态的检测方法，其特征在于，所述甲基化状态是乙肝病毒整合位点附近区域的甲基化状态，所述乙肝病毒整合位点附近区域是包含乙肝病毒在宿主基因组上的整合位点以及整合位点两侧宿主基因组序列的区域。


2.一种肝癌标志物或标志物组合的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法以乙肝病毒整合位点附近区域的甲基化状态作为指标筛选与肝癌相关的标志物，所述乙肝病毒整合位点附近区域是包含乙肝病毒在宿主基因组上的整合位点以及整合位点两侧宿主基因组序列的区域。


3.根据权利要求2所述的筛选方法获得的肝癌标志物或肝癌标志物组合。


4.用于肝癌检测、肝癌风险预测、肝癌筛查、肝癌诊断、肝癌监测、肝癌用药指导和/或肝癌预后判断的模型的构建方法，其特征在于，使用根据权利要求2所述的筛选方法筛选得到的肝癌标志物或肝癌标志物组合构建肿瘤筛查模型，或者使用根据权利要求3所述的肝癌标志物或肝癌标志物组合构建肿瘤筛查模型。


5.肝癌检测、肝癌风险预测、肝癌筛查、肝癌诊断、肝癌监测、肝癌用药指导和/或肝癌预后判断的方法，其特征在于，所述方法包含以下步骤：
a)测定根据权利要求3所述的肝癌标志物或肝癌标志物组合的甲基化状态；
b)将a)中获得的甲基化状态作为输入数据，输入根据权利要求4所述的构建方法构建的模型中。


6.特异性检测权利要求3所述的肝癌标志物或肝癌标志物组合的试剂在制备肝癌检测、肝癌风险预测、肝癌筛查、肝癌诊断、肝癌监测、肝癌用药指导和/或肝癌预后判断的试剂盒中的用途。

【专利技术属性】
技术研发人员：曾长青，张海坤，
申请(专利权)人：中国科学院北京基因组研究所国家生物信息中心，
类型：发明
国别省市：北京;11