HTT和JPH3基因的检测引物、试剂盒及方法技术

本发明专利技术涉及生物医学检测诊断领域，具体而言，涉及一种HTT和JPH3基因的检测引物、试剂盒及方法。本发明专利技术所提供的引物、试剂盒结合三代测序方法，可有效对Huntingtin、Junctophilin‑3基因的重复序列动态突变和/或中断重复进行检测。

【技术实现步骤摘要】
HTT和JPH3基因的检测引物、试剂盒及方法
本专利技术涉及生物医学检测诊断领域，具体而言，涉及一种HTT和JPH3基因的检测引物、试剂盒及方法。
技术介绍
亨廷顿舞蹈病(Huntingtondisease,HD)是一种迟发型常染色体显性遗传的神经元变性疾病。主要病理改变为纹状体和大脑皮质选择性神经元缺失。该病一般于中年发病(30-40岁)，发病后平均生存期约为15年[1]。临床上常分为成人型(adultonsetHD)和幼年型(juvenileHD)两种。幼年型小于20岁发病仅占10％，幼年型病程进展快，生存周期短，一般为8-10年[2]。而成人型HD主要表现为不随意舞蹈样动作、性格改变和痴呆。幼年型主要以运动徐缓、强直、肌张力异常和癫痫样发作较为常见。亨廷顿舞蹈病在全世界的发病率约为4-10/10万[3]。该病由HTT基因上CAG重复序列异常扩增编码产生一种异常致病蛋白所致，该基因位于第4号染色体，为常染色体显性遗传。研究表明，家族性舞蹈病常被误认为是亨廷顿舞蹈病。特别是临床上与之相似的疾病，如类亨廷顿病综合征2型(Huntingtondiseaselike2,HDL2)。类亨廷顿病综合征2型在临床上也可表现出不自主的舞蹈样动作[6]，该病由JPH3基因上CTG重复序列异常导致。当缺乏典型临床病症及影像学改变时，亨廷顿舞蹈病与类亨廷顿病综合征2型很难区分与鉴定。研究表明基因的重复扩张现象增加将直接导致突变基因的致病性进一步增强，且上述CAG重复数目扩张的现象多见于父系传递，且倾向于大幅度的扩张，而母系传递时CAG重复既可增多亦可减少，但变动的幅度较小，多为1～3个[7]。目前对这一现象的机制尚不完全清楚，可能与精子发生过程中CAG重复序列的不稳定性有关。这种现象也可以解释为何青少年发病的HD多见于父系传递[8]。散发病例的出现可能与新的HD基因突变有关。在不到1％的亲子代传递过程中正常重复序列的长度会发生一定的改变，当重复序列长度介于中等范围(约27-35个)时这种改变更为明显[9-10]。尽管CAG重复数目是决定发病年龄最主要的因素，但并不是影响发病年龄的唯一因素。HTT基因CAG重复次数只能解释临床发病年龄变异的50％-70％[11]。总体而言，检测HTT基因(CAG)n与JPH3基因(CTG)n重复数已成为对HD与HDL2进行确诊的主要手段。对于该病的基因诊断仍为扩增后进行毛细管电泳法进行判断。本实验方法可以对亨廷顿舞蹈病患者HTT或类亨廷顿病综合征2型JPH3基因的重复数做出检测，并将两者进行区分，明确HTT/JPH3基因CAG/CTG的重复数及重复范围对疾病的诊断及分型具有重大意义，同时，对其家系高风险成员进行筛查，对产前胎儿进行产前诊断，指导其优生优育，为国内开展亨廷顿舞蹈病基因诊断及发病机制的研究奠定基础。有鉴于此，特提出本专利技术。附：参考文献[1]VonsattelJP,MyersRH,stevensTJ,etal.NeuropathologicalclassificationofHuntington’sdisease[J].JNeurolExpNeuropathol,1985,44:549.[2]SieradzanKA,MannDM.TheselectivevulnerabilityofnervecellsinHuntington’sdisease[J].NeuropatholApplNeurobiol,2001,27(1):1-221.[3]王维治.神经病学[M].北京:人民卫生出版社,2006:1103-1105.[4]FarrerLA,ConneallyPM,YuPL.ThenaturalhistoryofHuntingtondisease:possibleroleof“aginggenes”[J].JAmMedGenet,1984,18:115-123.[5]vanDijk,vanderVelde,RoosR.etal.JuvenileHuntingtondisease[J].HumGenet,1986,73:235-239.[6]林芳,陈志欣,刘春风,等.亨廷顿舞蹈病一家系四例[J].中华医学遗传学杂志,2006,23:486.[7]ZoghbiHY,OrrHT.Glutaminerepeatsandneurodegeneration[J].AnnuRevNeurosci,2000,23:217–247.[8]UnderwoodBR,RubinszteinDC.Spinocerebellarataxiascausedbypolyglutamineexpansions:Areviewoftherapeuticstrategies[J].Cerebellum2008；7:215–221.[9]LiJ-L,HaydenM,AlmqvistEW,etal.AgenomescanformodifiersofageatonsetinHuntington’sdisease:theHDMAPSStudy[J].AmJHum.Genet,2003,73(6):682.[10]MosserirR,FinkelsteinY,MonselizeY,etal.LargeTcelllymphomaina13-year-oldgirlwithhyperimmunoglobulinemiasyndrome[J].PediatrAllergyImmunol,2002,13(2):143-146.[11]TangYP,WangY,YangP,LiuY,WangB,PodolskyR,etal.IntergenerationCAGexpansionandcontractioninaChineseHDfamily[J].AmJMedGenetBNeuropsychiatrGenet2006,141:242-244.
技术实现思路
本专利技术涉及一种引物对组合产品，其选自引物对SEQIDNO：1和2、SEQIDNO：3和4中一对或两对。本专利技术所提供的引物对组合产品，可以直观的分析三碱基的重复数及碱基重复类型。根据本专利技术的一方面，本专利技术还涉及一种试剂盒，其包含如上所述的引物对组合产品。根据本专利技术的一方面，本专利技术还涉及一种检测HTT和/或JPH3基因重复序列动态突变和/或中断重复的方法，包括：a)获得如上所述的组合物；b)对所述组合物中的扩增子的两端进行末端修复，再向经过末端修复的DNA两端连接扩增接头以构建三代测序的文库模型并上机测序；所述方法包括诊断及非诊断用途。毛细管电泳及一代测序是检测三碱基的重复数及碱基重复类型的常用方法，均需要通过PCR扩增技术，对受检样本进行PCR扩增。其中，毛细管电泳方法的扩增引物为携带荧光的侧翼引物序列。后续需要对扩增产物进行毛细管电泳，依据荧光信号读取数值，再根据信号值的大小进行重复数的计算。而一代测序则是利用荧光进行碱基的判读，后续仍然需要毛本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种引物对组合产品，其选自引物对SEQ ID NO：1和2、SEQ ID NO：3和4中一对或两对。/n

【技术特征摘要】
1.一种引物对组合产品，其选自引物对SEQIDNO：1和2、SEQIDNO：3和4中一对或两对。


2.根据权利要求1所述的引物对组合产品，其中的部分或全部引物连接有barcode序列，以在扩增时用于区分不同样品。


3.一种试剂盒，其包含权利要求1或2所述的引物对组合产品。


4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括基因组DNA提取体系、PCR反应缓冲液、无核酸酶的水、DNA聚合酶、分子量marker中的一种或多种；
优选的，所述DNA聚合酶选自Taq、Bst、Vent、Phi29、Pfu、Tru、Tth、Tl1、Tac、Tne、Tma、Tih、Tf1、Pwo、Kod、Sac、Sso、Poc、Pab、Mth、Pho、ES4DNA聚合酶、Klenow片段中的任一种。


5.根据权利要求3或4任一项所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中还包括末端修复酶、末端修复缓冲液、扩增或连接接头、接头链接缓冲液、DNA连接酶中的一...

【专利技术属性】
技术研发人员：贺希文，高玉梅，郎娜，梁帆，王洋，汪德鹏，
申请(专利权)人：北京希望组生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11