一种纤毛虫单小核全基因组扩增方法及其应用技术

本发明专利技术涉及一种纤毛虫单小核全基因组扩增方法及其应用。扩增方法包括：1)获取纤毛虫单小核；2)纤毛虫单小核在Lysis Buffer中裂解；所述Lysis Buffer包括如下组分：400mM KOH、100mM DTT、10mM EDTA和200μM Exo‑Resistant Random Primer；3)纤毛虫单小核裂解终止；4)纤毛虫单小核裂解液全基因组扩增。与现有技术相比，本发明专利技术的扩增方法不仅提高了数据均一性，还实现了极微量核全基因组的扩增，从而解决了纤毛虫中的小核序列无法获取的问题；进一步配合适宜的扩增体系和裂解温度可以成功得到纤毛虫单小核全基因组序列。同时还建立了纤毛虫单小核应用于三代测序的制样方法，为单细胞测序技术在三代测序上的应用奠定了基础。

A method of genomic amplification of ciliate mononuclear and its application

【技术实现步骤摘要】
一种纤毛虫单小核全基因组扩增方法及其应用
本专利技术涉及高通量测序
，更具体地，涉及一种纤毛虫单小核全基因组扩增方法及其在三代测序技术中的应用。
技术介绍
高通量测序需要从大量细胞中获得足够的DNA样品，得到的测序结果是这些细胞“整体”的一个表征。由于细胞异质性，相同表型的细胞的遗传信息可能存在显著性差异，很多低丰度的信息会在整体表征中丢失。如实体瘤样本中提取总DNA，50％以上来源于非癌性成纤维细胞、内表皮细胞、巨噬细胞或者淋巴细胞，使得癌细胞的信号可能被隐藏。同时，自然界还存在众多不可以在实验室条件下大量培养、富集的生物，由于数目的限制，这些生物的序列信息不能够通过高通量测序获得。由于以上的局限性，单细胞测序技术应运而生。单细胞测序技术是能够在单个细胞的水平上，对生物基因组进行高通量测序分析的技术。该技术不仅能够分析表型相同细胞的遗传信息的异质性，还能获得难以培养的微生物的遗传信息。第三代测序是指单分子测序技术。DNA测序时，不需要经过PCR扩增，实现了对每一条DNA分子的单独测序。以OxfordNanopre测序技术为例，其本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种纤毛虫单小核全基因组扩增方法，其特征在于，包括如下步骤：/n(1)获取纤毛虫单小核；/n(2)纤毛虫单小核在Lysis Buffer中裂解；所述Lysis Buffer包括如下组分：400mMKOH、100mM DTT、10mM EDTA和200μM Exo-Resistant Random Primer；/n(3)纤毛虫单小核裂解终止；/n(4)纤毛虫单小核裂解液全基因组扩增。/n

【技术特征摘要】
1.一种纤毛虫单小核全基因组扩增方法，其特征在于，包括如下步骤：
(1)获取纤毛虫单小核；
(2)纤毛虫单小核在LysisBuffer中裂解；所述LysisBuffer包括如下组分：400mMKOH、100mMDTT、10mMEDTA和200μMExo-ResistantRandomPrimer；
(3)纤毛虫单小核裂解终止；
(4)纤毛虫单小核裂解液全基因组扩增。


2.根据权利要求1所述的一种纤毛虫单小核全基因组扩增方法，其特征在于，所述步骤(2)纤毛虫单小核裂解温度为65℃。


3.根据权利要求1所述的一种纤毛虫单小核全基因组扩增方法，其特征在于，步骤(2)的具体操作方法为：纤毛虫单小核放置于1.2μLPBS中，然后加入0.9μLLysisBuffer，65℃裂解细胞；步骤(3)使用0.9μL裂解终止液终止裂解；步骤(4)使用12μL扩增反应液进行全基因组扩增。


4.根据权利要求3所述的一种纤毛虫单小核全基因组扩增方法，其特征在于，所述裂解终止液包括以下组分：400mMHCl、600mMTris-HCl(1M，pH7.5)。


5.根据权利要求1...

【专利技术属性】
技术研发人员：缪炜，柴小翠，陈凯，熊杰，张晶，
申请(专利权)人：中国科学院水生生物研究所，
类型：发明
国别省市：湖北;42