经化学修饰的寡核苷酸制造技术

在一些方面中，本公开内容涉及用于产生免疫原性组合物的方法和组合物。在一些实施方案中，本公开内容提供了已经用能够控制和/或降低宿主细胞分化的一种或更多种寡核苷酸试剂离体处理的宿主细胞。在一些实施方案中，本公开内容所描述的组合物和方法可用作用于治疗癌症的免疫原性调节剂。

Chemically modified oligonucleotide

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】经化学修饰的寡核苷酸相关申请的交叉引用本申请根据35U.S.C.§119(e)要求于2017年8月7日提交的标题为“IMMUNOTHERAPYOFCANCERUTILIZINGCHEMICALLYMODIFIEDOLIGONUCLEOTIDES”的美国临时申请序列号62/542,043和于2017年9月13日提交的标题为“CONTROLOFDIFFERENTIATIONUTILIZINGCHEMICALLYMODIFIEDOLIGONUCLEOTIDESINIMMUNOTHERAPY”的美国临时申请序列号62/558,183(其各自的全部公开内容通过引用整体并入本文)的申请日的权益。
在一些方面中，本公开内容涉及免疫原性组合物和制备免疫原性组合物的方法，所述方法包括使用寡核苷酸来调节参与细胞分化和代谢的基因靶标以改善治疗性免疫细胞的群(population)或亚群(subset)。本公开内容还涉及使用免疫原性组合物用于治疗细胞增生性病症或感染性疾病的方法，所述细胞增生性病症或感染性疾病包括例如癌症和自身免疫病。
技术介绍
免疫系统的生理功能是识别和消除肿瘤细胞。因此，肿瘤进展的一个方面是免疫抗性机制的发生。这些抗性机制一旦发生，不仅会阻止天然免疫系统影响肿瘤的生长，还会限制任何免疫治疗方法对癌症的效力。免疫抗性机制涉及有时称为免疫检查点的免疫抑制途径。免疫抑制途径在肿瘤细胞与CD8+细胞毒性T淋巴细胞之间的相互作用中发挥特别重要的作用，所述免疫抑制途径包括过继细胞转移(AdoptiveCellTransfer，ACT)治疗剂。过继细胞转移(ACT)的多种方法涉及对从患者的样品(例如血液或肿瘤材料)中收集的细胞进行离体处理。基于细胞的处理的准备中涉及的常见步骤是从原始来源(例如，外周血)中分离细胞、基因编辑(例如，使嵌合抗原受体(chimericantigenreceptor，CAR)T细胞或经工程化的T细胞受体(T-cellreceptor，TCR)细胞工程化)、活化和扩增。在离体处理期间，细胞经历某些表型改变，所述改变可影响细胞的治疗特性，例如向肿瘤的运输、体内增殖能力和寿命，以及它们在免疫抑制环境中的效力等。例如，T细胞分化和成熟的状态通常通过以下亚型的顺序进行：初始T细胞(TN)-干细胞记忆T细胞(TSCM)-中枢记忆T细胞(TCM)-效应记忆T细胞(TEM)-终末分化的效应T细胞(TEFF)。已经观察到，CD8+T细胞中的早期记忆T细胞(TSCM/TCM)的表型属性和功能属性显示出比更分化的效应细胞(例如，TEM、TEFF等)优异的体内扩增、持久性和抗肿瘤效力。在临床实践中，癌症的免疫治疗已变得越来越重要。被设计为引起或增强免疫应答的免疫治疗可被分类为激活免疫治疗，而降低或抑制免疫应答的免疫治疗可被分类为抑制免疫治疗。对抗(combat)癌症免疫抗性机制的一种激活免疫治疗策略是抑制免疫检查点(例如，通过使用靶向检查点的单克隆抗体)，以刺激或维持宿主免疫应答。然而，将癌症免疫治疗剂与检查点抑制剂组合使用存在许多缺点。例如，免疫检查点阻断可导致免疫自身耐受性的破坏，从而诱导自身免疫/自身炎性副作用的新综合征，所述综合征被称为“免疫相关不良事件”。此外，据报道，检查点抑制剂的毒性谱与所报道的其他类型肿瘤药剂(oncologicagent)的毒性谱(toxicityprofile)不同，并且可在包括皮肤、胃肠、内分泌、肺、肝、眼和神经系统在内的多个器官系统中诱导炎性事件。专利技术概述在一些方面中，本公开内容涉及用于在产生免疫原性组合物期间控制T细胞的分化过程以增强期望的治疗性T细胞亚型(例如，TSCM和TCM)的水平的组合物和方法。本公开内容部分地基于包含宿主细胞的免疫调节(例如，免疫原性)组合物以及产生这样的组合物的方法，所述宿主细胞包含靶向与信号转导/转录因子靶标、表观遗传靶标、代谢和共抑制/阴性调节靶标相关的基因的寡核苷酸分子。在一些方面中，本公开内容提供了用于产生免疫原性组合物的方法中的经化学修饰的寡核苷酸(chemically-modifiedoligonucleotide)分子。在一些实施方案中，本公开内容所描述的方法和组合物可用于制备免疫原性组合物和用于治疗患有增生性或感染性疾病的对象。因此，在一些方面中，本公开内容提供了经化学修饰的双链核酸分子，其靶向以下物质(例如，针对编码以下物质的基因)：蛋白激酶B(ProteinKinaseB，PKB，也称为AKT)、细胞程序性死亡蛋白1(PD1，也称为PDCD1)、具有Ig和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)、肿瘤蛋白p53(Tumorproteinp53，TP53，也称为p53、细胞肿瘤抗原、磷蛋白p53、肿瘤抑制剂p53、抗原NY-CO-13或转化相关蛋白53(transformation-relatedprotein53，TRP53))、E3泛素蛋白连接酶Cbl-b(Cbl-b)、Tet甲基胞嘧啶双加氧酶2(TET2，也称为KIAA1546、Tet癌基因家庭成员2、可能的甲基胞嘧啶双加氧酶TET2、甲基胞嘧啶双加氧酶TET2)、PR/SET结构域1(Blimp-1，也称为具有ZNF结构域的含PR结构域的1、PR结构域1、PRDM1、PRDI-BF1、β-干扰素基因正调节结构域I结合因子、正调节结构域I结合因子1、B淋巴细胞诱导的成熟蛋白1、PR结构域锌指蛋白1、包含PR结构域的蛋白1、PRDI结合因子1)、T-Box21(TBX21，也称为T细胞特异性T-Box转录因子T-Bet、转录因子TBLYM、T-Box蛋白21、TBLYM、TBET、T-Box转录因子TBX21、T细胞中表达的T-Box、T-PET、T-Bet)、DNA(胞嘧啶-5)-甲基转移酶3A(DNA(cytosine-5)-methyltransferase3A，DNMT3A)、非受体型蛋白酪氨酸磷酸酶6(PTPN6，也称为SHP-1)或己糖激酶2(HK2，也称为肌形式己糖激酶)。在一些实施方案中，经化学修饰的双链核酸分子针对包含选自表3至13内序列之序列的至少12个连续核苷酸的序列。在一些实施方案中，经化学修饰的双链核酸分子是自递送RNA(例如，sd-rxRNA)。在一些实施方案中，经化学修饰的双链核酸分子(例如，sd-rxRNA)包含表3至13中所示序列或其片段，或者由表3至13中所示序列或其片段组成，或者靶向或针对表3至13中所示序列或其片段。在一些实施方案中，经化学修饰的双链核酸分子包含至少一个2’-O-甲基修饰和/或至少一个2’-氟修饰，以及至少一个硫代磷酸酯修饰。在一些实施方案中，第一核苷酸相对于引导链的5’端具有2’-O-甲基修饰。在一些实施方案中，2’-O-甲基修饰是5P-2’O-甲基U修饰或5’乙烯基膦酸酯2’-O-甲基U修饰。在一些实施方案中，sd-rxRNA是经疏水性修饰的。在一些实施方案中，sd-rxRNA与一个或更多个疏水性缀合物连接。在一些实施方案中，疏水性缀合物是胆固醇。...

【技术保护点】
1.针对编码TIGIT、PDCD1、AKT、p53、Cbl-b、Tet2、Blimp-1、T-Box21、DNM3A、PTPN6或HK2的基因的经化学修饰的双链核酸分子，任选地其中所述经化学修饰的双链核酸分子针对包含选自表3至13内序列之序列的至少12个连续核苷酸的序列。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170807 US 62/542,043;20170913 US 62/558,1831.针对编码TIGIT、PDCD1、AKT、p53、Cbl-b、Tet2、Blimp-1、T-Box21、DNM3A、PTPN6或HK2的基因的经化学修饰的双链核酸分子，任选地其中所述经化学修饰的双链核酸分子针对包含选自表3至13内序列之序列的至少12个连续核苷酸的序列。


2.权利要求1所述的经化学修饰的双链核酸分子，其中所述经化学修饰的双链核酸分子是sd-rxRNA。


3.权利要求1或2所述的经化学修饰的双链核酸分子，其中所述经化学修饰的双链核酸分子包含至少一个2’-O-甲基修饰和/或至少一个2’-氟修饰，以及至少一个硫代磷酸酯修饰。


4.针对编码TIGIT、PDCD1、AKT、P53、Cbl-b、Tet2、Blimp-1、T-Box21、DNMT3A、PTPN6或HK2的基因的sd-rxRNA，其中所述sd-rxRNA包含选自表3至13内序列之序列的至少12个连续核苷酸。


5.权利要求4所述的sd-rxRNA，其中所述sd-rxRNA是经疏水性修饰的。


6.权利要求4或5所述的sd-rxRNA，其中所述sd-rxRNA与一个或更多个疏水性缀合物连接，任选地其中所述疏水性缀合物是胆固醇。


7.组合物，其包含权利要求1至3中任一项所述的经化学修饰的双链核酸分子以及可药用赋形剂。


8.权利要求7所述的组合物，其中所述经化学修饰的双链核酸分子包含选自表3、4、5、6或8之序列的至少12个连续核苷酸或者由其组成，任选地其中经化学修饰的双链核酸分子包含TIGIT1(SEQIDNO：60)、TIGIT6(SEQIDNO：65)、TIGIT21(SEQIDNO：100和101)、PD26(SEQIDNO：112和113)、CB23(SEQIDNO：236和237)或CB29(SEQIDNO：248和249)中所示序列。


9.组合物，其包含权利要求4至6中任一项所述的sd-rxRNA以及可药用赋形剂。


10.权利要求9所述的组合物，其中所述sd-rxRNA包含CB23(SEQIDNO：236或237)或CB29(SEQIDNO：248或249)中所示序列或者由其组成。


11.权利要求9所述的组合物，其中所述经化学修饰的双链核酸分子包含具有PD26有义链(SEQIDNO：112)中所示序列的有义链和/或具有PD26反义链(SEQIDNO：113)中所示序列的反义链。


12.权利要求11所述的组合物，其中所述经化学修饰的双链核酸分子或所述sd-rxRNA包含具有PD26有义链(SEQIDNO：112)中所示序列的有义链和具有PD26反义链(SEQIDNO：113)中所示序列的反义链，或者由其组成。


13.权利要求7至9中任一项所述的组合物，其中所述经化学修饰的双链核酸分子或所述sd-rxRNA包含具有CB23有义链(SEQIDNO：236)中所示序列的有义链和/或具有CB23反义链(SEQIDNO：237)中所示序列的反义链。


14.权利要求13所述的组合物，其中所述经化学修饰的双链核酸分子或所述sd-rxRNA由具有CB23有义链(SEQIDNO：236)中所示序列的有义链和具有CB23反义链(SEQIDNO：237)中所示序列的反义链组成。


15.权利要求7至9中任一项所述的组合物，其中所述经化学修饰的双链核酸分子或所述sd-rxRNA包含具有CB29有义链(SEQIDNO：248)中所示序列的有义链和/或具有CB29反义链(SEQIDNO：249)中所示序列的反义链。


16.权利要求15所述的组合物，其中所述经化学修饰的双链核酸分子或所述sd-rxRNA由具有CB29有义链(SEQIDNO：248)中所示序列的有义链和具有CB29反义链(SEQIDNO：249)中所示序列的反义链组成。


17.权利要求7至9中任一项所述的组合物，其中所述经化学修饰的双链核酸分子包含具有TIGIT21有义链(SEQIDNO：100)中所示序列的有义链和/或具有TIGIT21反义链(SEQIDNO：101)中所示序列的反义链。


18.权利要求17所述的组合物，其中所述经化学修饰的双链核酸分子包含具有TIGIT21有义链(SEQIDNO：100)中所示序列的有义链和具有TIGIT21反义链(SEQIDNO：101)中所示序列的反义链。


19.免疫原性组合物，其包含宿主细胞，所述宿主细胞用经化学修饰的双链核酸分子离体处理以控制和/或降低所述宿主细胞的分化水平，以使得能够产生用于在人中施用的特异性免疫细胞群。


20.权利要求19所述的免疫原性组合物，其中所述宿主绌胞包含针对编码PDCD1、AKT、p53、Cbl-b、Tet2、Blimp-1、T-Box21、DNMT3A、PT...

【专利技术属性】
技术研发人员：阿列克谢·叶利谢耶娃，
申请(专利权)人：菲奥医药公司，
类型：发明
国别省市：美国;US