一种大肠癌多基因筛选探针及其应用制造技术

本发明专利技术克服目前临床应用中仅对单个或几个激酶基因突变点做预测，不能满足实际临床检测诊断需求的问题，提供一种大肠癌多基因筛选探针，以及大肠癌基因筛选的方法及试剂盒，以达到高效检测基因突变，对大肠癌患者精准分型，并降低患者基因检测成本的目的。

A multi gene screening probe for colorectal cancer and its application

【技术实现步骤摘要】
一种大肠癌多基因筛选探针及其应用
本专利技术属于基因检测
，具体涉及一种大肠癌多基因筛选探针及其应用。
技术介绍
癌症是当今世界引起死亡与残疾的首要原因。每种肿瘤都包括遗传性(胚系)和肿瘤特异性(体细胞)变异。在过去的十年中，高通量测序和生物信息学技术取得巨大的进步，大量胚系和体细胞基因的突变信息被收集。大量临床实践已经证明，将癌症患者身上出现突变的特定蛋白作为靶点的治疗是有效的。为了实现精准医学的目标，即将正确的药物用于正确的患者，许多实验室已经开始在癌症基因检测中应用二代测序技术。大肠癌的发生发展与许多信号通路异常密切相关，其中的关键分子一直是药物研发的热点。其中，丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activatedproteinkinase，MAPK)以及它上下游信号分子，因其在大肠癌中的重要作用近年来受到越来越多的关注。如今越来越多的激酶的基因变异被证实与包括大肠癌在内的各种形式的肿瘤相关。已有报道支持，KRAS、NRAS、BRAF基因同时野生型的患者对靶向药物Regorafenib、Panitumumab、Cetuxi本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种大肠癌多基因筛选探针，其制备方法为：/n针对大肠癌高发的高危突变基因，下载基因外显子编码序列，在3’端和5’端各增加50bp的侧翼序列；ucsc数据库中基因组版本选择hg19/GRCH37；/n利用Oligowiz2.0软件处理基因序列，具体参数设定如下：-length：目标Oligo优选长度为110个碱基；-lmax和-lmin：严格限定探针的长度，必须为110bp；-minlh：软件默认值为15；程序运行的结果，重定向到owz后缀命名的文件；其中SEQ NO.1：5’-GAAGCGAGGATCAACT-3’；SEQ NO.2：5’-CATTGCGTGA ACCGA-3’；获得Out...

【技术特征摘要】
1.一种大肠癌多基因筛选探针，其制备方法为：
针对大肠癌高发的高危突变基因，下载基因外显子编码序列，在3’端和5’端各增加50bp的侧翼序列；ucsc数据库中基因组版本选择hg19/GRCH37；
利用Oligowiz2.0软件处理基因序列，具体参数设定如下：-length：目标Oligo优选长度为110个碱基；-lmax和-lmin：严格限定探针的长度，必须为110bp；-minlh：软件默认值为15；程序运行的结果，重定向到owz后缀命名的文件；其中SEQNO.1：5’-GAAGCGAGGATCAACT-3’；SEQNO.2：5’-CATTGCGTGAACCGA-3’；获得Output.owz文件；
利用OligoWiz-2.1.0_OFFLINE.jar软件在windows系统下打开上述Output.owz文件，选择最小探针间距为55bp，最大探针数量为无限制，其余参数都使用默认值，导出探针列表；
在探针5’端添加一条SEQNO.1的引物序列，3’端添加一条SEQNO.2的引物序列，然后合成探针。


2.如权利要求1所述的大肠癌多基因筛选探针，其特征在于其中的高危突变基因包括：体细胞突变基因，见表1，以及拷贝数变异的基因，见表2：
表1检测体细胞突变的基因列表









表2检测拷贝数变异的基因列表





3.如权利要求2所述的大肠癌多基因筛选探针，其特征在于重点关注的体细胞突变基因为：KRAS、NRAS、BRAF、APC、CHEK2、PTEN、SMAD4、TP53、AKT3、CCND1、JAK2。


4.如权利要求2所述的大肠癌多基因筛选探...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐烨，章真，郭伟剑，王鲁，刘方奇，邵志敏，黄薇，胡欣，施锦绣，
申请(专利权)人：复旦大学附属肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：上海;31