绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性的检测引物对、试剂盒、方法和应用技术

本发明专利技术涉及一种绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性的检测引物对、试剂盒、方法和应用，所述引物对能够用于PCR扩增包含绵羊CSF1R基因内含子区插入/缺失多态性位点的片段。本发明专利技术根据绵羊CSF1R基因内含子区插入/缺失多态性位点设计引物，以绵羊基因组DNA为模板，通过序列扩增、电泳鉴定，能够简单、快速、低成本、精确地检测所述插入/缺失多态性位点的基因型，27‑bp插入/缺失多态性位点的不同基因型与澳洲白绵羊的乳房炎性状存在显著相关的关系。本发明专利技术提供的检测绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性的方法，可应用于绵羊分子标记辅助选择育种中，加快培养对乳房炎具有高抗性的绵羊群体。

Detection of insertion / deletion polymorphism of csf1r gene in sheep: primer pair, kit, method and Application

【技术实现步骤摘要】
绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性的检测引物对、试剂盒、方法和应用
本专利技术属于生物技术与家畜育种
，尤其是一种绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性的检测引物对、试剂盒、方法和应用。
技术介绍
绵羊以其产肉、产奶和产绒性能深受消费者的喜爱，随着人们生活水平的提高，社会对羊肉、羊奶、羊绒等产品的需求越来越高。为了实现高产、优质和高效的绵羊育种目标，人们对绵羊的研究已在分子水平上，以DNA的多态性为标记对绵羊进行基因结构和功能的遗传分析和研究，通过筛查与绵羊乳房炎性状密切相关的DNA标记位点并进行检测，并根据其基因多态性与乳房炎性状的关联，从而可以加快建立对乳房炎高抗性的绵羊种群，这类标记具有存在较为普遍、遗传稳定、准确度高等优点，因而被广泛应用于各个领域。分子标记辅助选择(MAS)作为分子遗传标记的常用方法，通过对目标基因所连锁的分子标记的基因型分析从而进行育种，使用这种方法可以大幅度地缩短育种年限，针对某一性状专一选择，从而能够有效的提高育种效率。近年来，随着测序技术的不断升级与测序成本的降低，插入/缺失(indel)突变作为一种重要的分子遗传标记而逐渐受到人们的重视。插入和缺失(InDels)构成自然突变库的重要组成部分，InDels是由于聚合酶滑移、转座子、不均等交叉等导致的在整个基因组中大量分布的结构，有时可能导致生物体功能的获得或丧失。InDels最常见的类别包括单碱基对插入和缺失，单体碱基对扩展和多碱基对扩展，然而在基因组中包含随机序列和转座子插入的InDel相对较少。由于可以简单地使用凝胶对InDels进行基因分型鉴定，使InDels更具价值。在以前的一些研究中，还发现InDels比微卫星标记更具多态性。如今，InDels已在多种应用中使用，包括种群遗传学，分类学诊断标记，遗传图谱构建和不同农作物中的关联图谱，在动物繁殖性状的选育方面的indel标记的研究和应用较少。在羊上已有的部分关于indels的报道显示：在生长方面，有报道在陕北白绒山羊KDM6A基因内含子区域存在一个16bp的indel可以显著的影响山羊的体高、胸深、体长等生长性状(Wang.etal.,2018)；在繁殖方面，有报道山羊CTNNB1存在一26bp的indel与山羊第一胎产羔数极显著相关(Zhang.etal.,2018)；还有chen等对山羊SPEF2三个indel位点进行了关联分析，发现SPEF12对山羊的产羔数有显著影响(chenetal.,2018)。这些研究都表明InDels对动物分子育种具有重要的意义和参考价值。绵羊CSF1R基因，全称为集落刺激因子1受体(ColonyStimulatingFactor1Receptor)，位于5号染色体上，具有21个外显子和20个内含子，长度约为31.5kb，其cDNA可以编码958个氨基酸的完整开放阅读框。CSF1R基因为CSF1和IL34的细胞表面受体，在调节造血前体细胞，特别是巨噬细胞和单核细胞等单核吞噬细胞的存活、增殖和分化中起重要作用。其中巨噬细胞和单核细胞皆为吞噬细胞，在脊椎动物体内参与非特异性防卫(先天性免疫)和特异性防卫(细胞免疫)。它们的主要功能是以固定细胞或游离细胞的形式对细胞残片及病原体进行噬菌作用(即吞噬以及消化)，并激活淋巴球或其他免疫细胞，令其对病原体作出反应。单核吞噬细胞系统的发育需要巨噬细胞集落刺激因子(CSF-1)通过CSF-1受体(CSF1R，CD115)发出信号，CSF1R促进炎症前趋化因子对IL34和CSF1的释放，从而在先天免疫和炎症过程中发挥重要作用。通过检索，尚未发现与本专利申请相关的公开专利文献。
技术实现思路
本专利技术目的在于克服现有技术中的不足之处，提供一种绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性的检测引物对、试剂盒、方法和应用，可以快速建立优良性状的绵羊遗传资源群体。本专利技术解决其技术问题所采用的技术方案是：一种绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性检测用引物对，所述引物对能够用于PCR扩增包含绵羊CSF1R基因内含子区插入/缺失多态性位点的片段。而且，所述插入/缺失多态性位点为绵羊CSF1R基因NC_040256.1:g.13016-13043位27-bp插入/缺失多态性位点。而且，所述引物对为：上游引物：SEQNO.1：5'-TCCTCCAGTTCCAACAGAAACC-3'；下游引物：SEQNO.2：5'-TCGGCACCTCTACCTCGTTG-3'。如上所述的绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性检测用引物对在绵羊乳房炎分子标记辅助选择育种方面中的应用。一种包含如上所述的引物对的绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性的检测试剂盒。一种利用如上所述的引物对的绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性的检测方法，其特征在于：步骤如下：以待测绵羊基因组DNA为模板，以引物对为扩增引物，利用PCR扩增包含绵羊CSF1R基因内含子区插入/缺失多态性位点的片段，对扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定所述插入/缺失多态性位点的基因型。而且，所述PCR采用的反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，68℃退火30s，72℃延伸12～24s，18个循环，每循环后退火温度减1℃；50℃退火30s，72℃延伸12～24s，25～30个循环；72℃延伸10min；或者，所述电泳采用质量浓度为3.0～3.5％的琼脂糖凝胶。而且，根据电泳结果，所述27-bp插入/缺失多态性位点的插入/插入基因型表现为275bp一条带纹，插入/缺失基因型表现为275bp和248bp两条带纹，缺失/缺失基因型表现为248bp一条带纹。一种如上所述的绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性的检测方法在绵羊乳房炎分子标记辅助选择育种方面中的应用。而且，所述应用为：所述检测方法得到的插入/缺失多态性位点的基因型在作为提高绵羊第3胎抗乳房炎的DNA标记方面中的应用。本专利技术取得的优点和积极效果为：1、本专利技术根据绵羊CSF1R基因内含子区插入/缺失多态性位点(参考序列NC_040256.1:g.13016-13043)设计引物，以绵羊基因组DNA为模板，通过序列扩增、电泳鉴定，能够简单、快速、低成本、精确地检测所述插入/缺失多态性位点的基因型，27-bp插入/缺失多态性位点的不同基因型与澳洲白绵羊的乳房炎性状存在显著相关的关系。本专利技术提供的检测绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性的方法，可应用于绵羊分子标记辅助选择育种中，加快培养对乳房炎具有高抗性的绵羊群体。2、本专利技术对绵羊(例如，澳洲白绵羊)CSF1R基因插入/缺失多态性位点(参考序列NC_040256.1:g.13016-13043)进行基因型和基因频率分析，对该插入/缺失多态性位点与绵羊乳房炎进行关联分析，结果表明本专利技术检测的插入/缺失多态性位点能够作为绵羊乳房炎的分子标记位点，从而加快培养对乳房炎具有高抗性的绵羊群体，提高良种选育速度。附图说明图1为本专利技术中本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性检测用引物对，其特征在于：所述引物对能够用于PCR扩增包含绵羊CSF1R基因内含子区插入/缺失多态性位点的片段。/n

【技术特征摘要】
1.一种绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性检测用引物对，其特征在于：所述引物对能够用于PCR扩增包含绵羊CSF1R基因内含子区插入/缺失多态性位点的片段。


2.根据权利要求1所述的绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性检测用引物对，其特征在于：所述插入/缺失多态性位点为绵羊CSF1R基因NC_040256.1:g.13016-13043位27-bp插入/缺失多态性位点。


3.根据权利要求1或2所述的绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性检测用引物对，其特征在于：所述引物对为：
上游引物：SEQNO.1；
下游引物：SEQNO.2。


4.如权利要求1至3任一项所述的绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性检测用引物对在绵羊乳房炎分子标记辅助选择育种方面中的应用。


5.一种包含如权利要求1至3任一项所述的引物对的绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性的检测试剂盒。


6.一种利用如权利要求1至3任一项所述的引物对的绵羊CSF1R基因插入/缺失多态性的检测方法，其特征在于：步骤如下：
以待测绵羊基因组DNA为模板，以引物对为扩增引物，利用PCR扩增包含绵羊CSF1R基因内含子区插入/缺失多态...

【专利技术属性】
技术研发人员：张清峰，户会娜，程志强，潘传英，林春建，尹静，韩旭飞，卢小芳，郝坤杰，蓝贤勇，
申请(专利权)人：天津奥群牧业有限公司，
类型：发明
国别省市：天津;12