一种用于RNAm制造技术

本发明专利技术公开了一种用于RNA m

One for RNAm

【技术实现步骤摘要】
一种用于RNAm1A修饰结合蛋白捕获的探针及方法
本专利技术属于分子生物学
，具体涉及一种用于RNAm1A修饰结合蛋白捕获的探针及方法。
技术介绍
真核生物RNA能发生100多种转录后修饰，这些修饰可调控RNA的剪接、定位、稳定性、结合和翻译(GilbertWV,BellTA,SchaeningC.MessengerRNAmodifications:Form,distribution,andfunction.Science352,1408-1412(2016))。腺苷(m6A)N6位甲基化参与基因表达的表观遗传调控。N1-甲基腺苷(m1A)是RNA上一种常见的N1位发生甲基化修饰，在许多tRNAss中都有发现。最近的转录组图谱也显示，m1A修饰也存在于人类mRNA中，提示m1A在调控mRNAs剪接和翻译中发挥潜在作用，同时，m1A修饰在外界热刺激或饥饿刺激下也会发生动态变化(LiX,XiongX,WangKetal.Transcriptome-widemappingrevealsreversibleanddynamicN(1)-m本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于RNAm

【技术特征摘要】
1.一种用于RNAm1A修饰结合蛋白捕获的探针设计方法，其特征在于，包括以下步骤：
1)甲基化探针的碱基序列设计：
5′-biotin-ACCCGUCUUG(m1A)AACACGGCCGUUG(m1A)UCACGUC-3′；
对照非甲基化探针的碱基序列设计：
5′-biotin-ACCCGUCUUGAAACACGGCCGUUGAUCACGUC-3′；
2)在所述探针5′端与第一个茎之间、3′端与第二个茎之间、第一个茎与第二个茎之间插入序列为人类基因组无关序列，且插入序列不与探针中其他序列形成互补。


2.根据权利要求1所述的用于RNAm1A修饰结合蛋白捕获的探针的设计方法，其特征在于，所述的探针由碱基茎环结构组成，探针的3′或5′具有生物素标记，能与磁珠上的亲和素结合；所述探针的长度是10-632bp，优选是32bp。


3.根据权利要求1所述的用于RNAm1A修饰结合蛋白捕获的探针的设计方法，其特征在于，所述探针的5′端到第一个茎的长度为0-202bp，优选是2bp；所述探针的3′端到第二个茎的长度为0-202bp，优选是2bp。


4.根据权利要求1所述的用于RNAm1A修饰结合蛋白捕获的探针的设计方法，其特征在于，所述探针的第一个茎环的长度为16bp；所述探针的第二个茎环的长度为11bp；所述探针的第一个茎与第二个茎之间的长度为0-202bp，优选是1b。


5.根据权利要求1所述的用于RNAm1A修饰结合蛋白捕获的探针的设计方法，其特征在于，所述的m1A是指腺苷(A)的N1位置上偶联甲基化修饰，所述的甲基化的探针上包含2个m1A修饰位点；所述的5′-biotin是指在序列的5′端偶联上生物素标记。


6.根据权利要求1所述的探针的设计方法，其特征在于，所述探针的第一个和第二个甲基化修饰位点均位于两个环的...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑青亮，金莉萍，
申请(专利权)人：上海市第一妇婴保健院，
类型：发明
国别省市：上海;31