适用于滇金丝猴个体鉴定的微卫星位点与引物制造技术

本发明专利技术涉及适用于滇金丝猴个体鉴定的微卫星位点与引物，所述的微卫星位点为，在滇金丝猴全基因组中筛选重复单元为3‑5碱基，重复数大于8，长度在100‑400bp的微卫星位点；所述的引物为10对引物组：RB1F、RB1R；RB2F、RB2R；RB3F、RB3R；RB4F、RB4R；RB5F、RB5R；RB6F、RB6R；RB7F、RB7R；RB8F、RB8R；RB9F、RB9R；RB10F、RB10R。本发明专利技术涉及一种成功率高、特异性强、多态性高的引物，用于滇金丝猴的微卫星个体识别，为滇金丝猴的遗传多样性分析、亲缘关系分析、遗传连锁图谱构建和种质资源库的建立奠定必要基础。

Microsatellite loci and primers for individual identification of Yunnan golden monkey

【技术实现步骤摘要】
适用于滇金丝猴个体鉴定的微卫星位点与引物
本专利技术属于分子生物学DNA标记
特别涉及滇金丝猴个体鉴定的微卫星分子标记位点及引物与应用

技术介绍
1.滇金丝猴滇金丝猴，是中国特有的灵长目物种，被国际自然保护联盟(IUCN)列为濒危(EN)动物红色名录,同时也是我国Ⅰ级重点保护野生动物。目前，滇金丝猴仅分布在滇藏两省交界处澜沧江和金沙江之间一个狭小地域，是中国特有的世界珍宝之一。滇金丝猴还是西北云岭山脉地区及其毗邻的藏东南山地原始森林状况的重要指示物种,其生存状况是检验生态系统质量的重要指标。因此，滇金丝猴具有极其重要的保护生物学价值。2.滇金丝猴个体识别必要性对滇金丝猴的保护与研究，仅凭借野外调查，不能评估滇金丝猴的遗传多样性，给出合理的保护建议，因此需要分子水平的遗传学研究。而进行滇金丝猴的个体鉴定，是进行遗传学研究的必要基础。3.滇金丝猴用于个体识别的微卫星标记现状以微卫星标记为基础的个体鉴定技术是目前动物个体鉴定中应用最为广泛最可靠的手段之一。目前使用文献提供的近缘物种微卫星标记，进行滇金丝猴个体鉴定时，引物扩增效果不良，多态性不足，不能进行个体鉴定。有鉴于此，特提出本专利技术。
技术实现思路
本专利技术正是为了解决上述问题缺陷，提供一种成功率高、特异性强、多态性高的引物，用于滇金丝猴的微卫星个体识别，为滇金丝猴的遗传多样性分析、亲缘关系分析、遗传连锁图谱构建和种质资源库的建立奠定必要基础。本专利技术采用如下技术方案实现。r>适用于滇金丝猴个体鉴定的微卫星位点与引物，本专利技术所述的微卫星位点为，在滇金丝猴全基因组中筛选重复单元为3-5碱基，重复数大于8，长度在100-400bp的微卫星位点。本专利技术所述的引物为10对引物组：RB1F、RB1R；RB2F、RB2R；RB3F、RB3R；RB4F、RB4R；RB5F、RB5R；RB6F、RB6R；RB7F、RB7R；RB8F、RB8R；RB9F、RB9R；RB10F、RB10R。本专利技术所述的引物为10对引物组；其PCR扩增体系为，10μlPCR反应体系：模板2μl、引物F0.1μl、引物R0.1μl、dNTP1.2μl、Buffer2μl、GoldStarDNAPolymerase0.1μl、ddH2O4.5μl。本专利技术所述的10对引物组的PCR条件为：95℃预变性10分钟；94℃变性30秒，touchdown温度40秒，72℃延伸40秒，设置13个循环反应，touchdown温度是指每过一个循环退火温度降0.5℃；94℃变性30秒，退火温度40秒，72℃延伸40秒，设置30个循环反应，60℃后延伸30分钟。本专利技术使用所述的微卫星位点筛选得到所述10对引物组的方法包括：对滇金丝猴DNA进行PCR扩增后的扩增产物通过测序仪进行测序，获取结果，并用GeneMapper软件进行位点分析，获取数据峰图，并对测序结果峰图进行了人工校正；测序峰图峰形清晰，峰与峰之间的距离满足重复单元的整数倍，峰的数量满足滇金丝猴物种二倍体鉴定结果的单峰或双峰。本专利技术使用所述的微卫星位点筛选得到所述10对引物组的方法包括：提取确定为不同滇金丝猴个体的样品DNA，使用Nanodrop定量仪对其进行定量，定量结果显示DNA样品的核酸浓度为30-400ng/μl、OD260/280为1.7-2.2、OD260/230为1.5-2.0，使用1％琼脂糖凝胶电泳检测结果显示目的条带清晰明亮。本专利技术所述的微卫星位点或引物还用于滇金丝猴的遗传多样性分析或亲缘关系分析或遗传连锁图谱构建或种质资源库建立。本专利技术的有益效果为，本专利技术所开发的微卫星分子标记的引物是基于全基因组水平开发的，涉及7条染色体，在基因组不同位置上分布，相互之间无影响。本专利技术公开的10对微卫星分子标记的引物多态性都较高，10对引物均表现为高度多态性，这为滇金丝猴个体鉴定的研究提供良好的基础，可准确进行滇金丝猴的个体鉴定。除此以外，基于本专利技术的10对引物的高多态性，因此本专利技术的微卫星位点与引物可为滇金丝猴的遗传多样性分析、亲缘关系分析、遗传连锁图谱构建和种质资源库的建立奠定必要基础。下面结合附图和具体实施方式本专利技术做进一步解释。附图说明图1本专利技术引物RB1引物PCR产物凝胶电泳检测图；图2本专利技术引物RB2引物PCR产物凝胶电泳检测图；图3本专利技术引物RB3引物PCR产物凝胶电泳检测图；图4本专利技术引物RB4引物PCR产物凝胶电泳检测图；图5本专利技术引物RB5引物PCR产物凝胶电泳检测图；图6本专利技术引物RB6引物PCR产物凝胶电泳检测图；图7本专利技术引物RB7引物PCR产物凝胶电泳检测图；图8本专利技术引物RB8引物PCR产物凝胶电泳检测图；图9本专利技术引物RB9引物PCR产物凝胶电泳检测图；图10本专利技术引物RB10引物PCR产物凝胶电泳检测图；图11本专利技术引物RB1引物PCR产物凝胶电泳检测图；图12本专利技术引物RB2引物PCR产物凝胶电泳检测图；图13本专利技术引物RB3引物PCR产物凝胶电泳检测图；图14本专利技术引物RB4引物PCR产物凝胶电泳检测图；图15本专利技术引物RB5引物PCR产物凝胶电泳检测图；图16本专利技术引物RB6引物PCR产物凝胶电泳检测图；图17本专利技术引物RB7引物PCR产物凝胶电泳检测图；图18本专利技术引物RB8引物PCR产物凝胶电泳检测图；图19本专利技术引物RB9引物PCR产物凝胶电泳检测图；图20本专利技术引物RB10引物PCR产物凝胶电泳检测图；图21文献中引物D6S271引物PCR产物凝胶电泳检测图；图22文献中引物D7S2204引物PCR产物凝胶电泳检测图；图23文献中引物D8S505引物PCR产物凝胶电泳检测图；图24文献中引物D11S2202引物PCR产物凝胶电泳检测；图25文献中引物D17S1290引物PCR产物凝胶电泳检测；图26文献中引物GM108引物PCR产物凝胶电泳检测图；图27文献中引物GM109引物PCR产物凝胶电泳检测图；图28文献中引物GM213引物PCR产物凝胶电泳检测图。注：1.框内为部分为目的条带；2.胶图下方的M为右侧Marker，每个Marker有6条亮带对应着条带长度(bp)；3.阴为阴性对照。具体实施方式为进一步公开而不是限制本专利技术，以下结合实施例对本专利技术作进一步的详细说明。实验例中所使用的试剂盒、化学试剂和溶剂均为商业化获得。参考附图：图1至图10为本专利技术10对引物扩增效果图示。图11至图20位本专利技术10对微卫星引物15个样品个体识别图。图21至图28为其它微卫星引物选用相同的15个样品进行实验图。(其它微卫星引物来源于文献：Haoetal.2007.Isolationandcharacterizationof11microsatell本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.适用于滇金丝猴个体鉴定的微卫星位点与引物，其特征在于，所述的微卫星位点为，在滇金丝猴全基因组中筛选重复单元为3-5碱基，重复数大于8，长度在100-400bp的微卫星位点。/n

【技术特征摘要】
1.适用于滇金丝猴个体鉴定的微卫星位点与引物，其特征在于，所述的微卫星位点为，在滇金丝猴全基因组中筛选重复单元为3-5碱基，重复数大于8，长度在100-400bp的微卫星位点。


2.根据权利要求1所述的适用于滇金丝猴个体鉴定的微卫星位点与引物，其特征在于，所述的引物为10对引物组：RB1F、RB1R；RB2F、RB2R；RB3F、RB3R；RB4F、RB4R；RB5F、RB5R；RB6F、RB6R；RB7F、RB7R；RB8F、RB8R；RB9F、RB9R；RB10F、RB10R。


3.根据权利要求1所述的适用于滇金丝猴个体鉴定的微卫星位点与引物，其特征在于，所述的引物为10对引物组；其PCR扩增体系为，10μlPCR反应体系：模板2μl、引物F0.1μl、引物R0.1μl、dNTP1.2μl、Buffer2μl、GoldStarDNAPolymerase0.1μl、ddH2O4.5μl。


4.根据权利要求3所述的适用于滇金丝猴个体鉴定的微卫星位点与引物，其特征在于，所述的10对引物组的PCR条件为：95℃预变性10分钟；94℃变性30秒，touchdown温度40秒，72℃延伸40秒，设置13个循环反应，touchdown温度是指每过一个循环退火温度降0.5℃...

【专利技术属性】
技术研发人员：于黎，任帅，李依恬，陈颖钰，高珊珊，
申请(专利权)人：云南大学，
类型：发明
国别省市：云南;53