基于群体的免疫原性肽鉴定平台制造技术

本公开涉及鉴定对特定人类受试者具有免疫原性的多肽片段的方法、制备包含此类多肽片段的药物组合物的方法、包含此类多肽片段的药物组合物，以及使用此类组合物的治疗方法。该方法包括鉴定结合个体受试者的多种HLA的多肽片段。

Identification platform of immunogenic peptide based on population

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】基于群体的免疫原性肽鉴定平台
本公开涉及预测多肽是否对特定人类受试者具有免疫原性的方法，鉴定对特定人类受试者具有免疫原性的多肽片段的方法，制备包含所述多肽片段的精确药物组合物或试剂盒的方法，包含所述多肽片段的人类受试者特异性药物组合物以及使用所述组合物的治疗方法。
技术介绍
几十年来，科学家们一直认为慢性疾病超出了人们自然防御的范围。然而，最近，在用阻断免疫抑制分子的抗体治疗的个体中观察到的显著肿瘤消退加速了癌症免疫疗法的领域。这些临床发现证明现有T细胞应答的再激活对个体产生有意义的临床益处。这些进展重新激发了开发诱导肿瘤特异性T细胞应答的癌症疫苗的热情。尽管有希望，目前的免疫疗法仅在一部分个体中有效。此外，由于个体中肿瘤消退和抗肿瘤T细胞应答的比率低，大多数癌症疫苗试验没有证明统计学上显著的效力。用试图包括HIV和变态反应领域的T细胞应答的治疗性和预防性疫苗也报告了类似的失败。需要克服免疫疗法和疫苗的临床失败。
技术实现思路
在抗原呈递细胞(APC)中，蛋白质抗原被加工成肽类。这些肽类与人白细胞抗原分子(HLAs)结合，并作为肽-HLA复合物呈递给T细胞的细胞表面。不同的个体表达不同的HLA分子，不同的HLA分子呈递不同的肽类。因此，根据现有技术，如果一种肽或一种较大多肽的片段由受试者表达的HLA分子呈递，则将其鉴定为对特定人类受试者具有免疫原性。换句话说，现有技术将免疫原性肽类描述为HLA限制性表位。然而，HLA限制性表位仅在一部分表达HLA分子的个体中诱导T细胞应答。尽管HLA等位基因匹配，在一个个体中激活T细胞应答的肽在其他个体中是无活性的。因此，未知个体HLA分子如何呈递正激活T细胞应答的抗原衍生表位。如本文提供的，个体表达的多种HLA需要呈递相同的肽以触发T细胞应答。因此，对特定个体具有免疫原性的多肽抗原的片段是那些可以与该个体表达的多个I类(激活细胞毒性T细胞)或II类(激活辅助性T细胞)HLA结合的片段。因此，在第一方面，本公开提供了预测特定或目标人类群体对施用多肽或施用包含一种或多种多肽作为活性成分的药物组合物、试剂盒或多肽组(panel)的细胞毒性T细胞应答率及/或辅助性T细胞应答率的方法，该方法包括：(i)选择或定义包含多个受试者的相关模型人类群体，每个受试者由HLAI类基因型及/或HLAII类基因型定义；(ii)为上述模型人类群体中的每个受试者确定上述多肽或多肽类是否一起包含(a)至少一种氨基酸序列，其为能够结合受试者的至少二种HLAI类分子的T细胞表位；及/或(b)至少一种氨基酸序列，其为能够结合受试者的至少二种HLAII类分子的T细胞表位；以及(iii)预测A.上述人类群体的细胞毒性T细胞应答率，其中满足步骤(ii)(a)要求的较高比例的模型人类群体预测上述人类群体中较高的细胞毒性T细胞应答率；及/或B.上述人类群体的辅助性T细胞应答率，其中满足步骤(ii)(b)的要求的较高比例的模型人类群体预测上述人类群体中较高的辅助性T细胞应答率。本公开还提供了预测特定或目标人类群体对施用包含一种或多种多肽作为活性成分的药物组合物、试剂盒或多肽组的临床应答率的方法，该方法包括：(i)选择或定义包含多个受试者的相关模型人类群体，每个受试者由HLAI类基因型定义；(ii)确定(a)对于上述模型人类群体中的每个受试者，一种或多种活性成分多肽是否一起包含至少二种不同的氨基酸序列，该至少二种氨基酸序列各自是能够结合上述受试者的至少二种HLAI类分子的T细胞表位，任选地，其中该至少二种不同的氨基酸序列包含在由活性成分多肽靶向的二种不同多肽抗原的氨基酸序列中；(b)上述模型群体中包含至少一个氨基酸序列的靶多肽抗原的平均数，该至少一个氨基酸序列为A.能够结合上述模型群体的个体受试者的至少三种HLAI类分子的T细胞表位；且B.包含在上述活性成分多肽的氨基酸序列中；及/或(c)上述模型群体中包含至少一个氨基酸序列的表达的靶多肽抗原的平均数，该至少一个氨基酸序列为A.能够结合上述模型群体的个体受试者的至少三种HLAI类分子的T细胞表位；且B.包含在所述活性成分多肽的氨基酸序列中；以及(iii)预测上述人类群体的临床应答率，其中满足步骤(ii)(a)的要求的模型人类群体的较高比例，或步骤(ii)(b)中的靶多肽的较高平均数，或步骤(ii)(c)中表达的靶多肽的较高平均数预测上述人类群体中较高的临床应答率。本公开还提供了治疗有此需要的人类受试者的方法，该方法包括向受试者施用基于如上所述测定的预测的免疫应答率或临床应答率来鉴定或选定的，多肽、药物组合物或多肽试剂盒或多肽组；它们在治疗相关人类受试者的方法中的用途；以及它们在制备用于治疗相关受试者的药物中的用途。本公开还提供了设计或制备多肽或编码多肽的多核酸的方法，它用于在特定或目标人类群体的受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括：(i)选择或定义(a)包含多个各自由HLAI类基因型及/或HLAII类基因型定义的受试者的相关模型人类群体；及/或(b)包含多个各自由HLAI类基因型定义的受试者的相关模型人类群体，和各自由HLAII类基因型定义的受试者的相关模型人类群体；(ii)鉴定靶多肽抗原的至多50个连续氨基酸的片段，它包含或由其组成A.一种T细胞表位，它在由HLAI类基因型定义的步骤(i)中选择或定义的模型群体的高百分比的受试者中能够结合上述个体受试者的至少三种HLAI类分子；B.一种T细胞表位，它在由HLAII类基因型定义的步骤(i)中选择或定义的模型群体的高百分比受试者中能够结合上述体受试者的至少三种HLAII类分子；或C.一种T细胞表位，它在由HLAI类基因型定义的步骤(i)中选择或定义的模型群体的高百分比受试者中能够结合上述个体受试者的至少三种HLAI类分子，以及一种T细胞表位，它在由HLAII类基因型定义的步骤(i)中选择或定义的模型群体的高百分比受试者中能够结合上述个体受试者的至少三种HLAII类分子；(iii)如果步骤(ii)中选择的多肽片段是HLAI类分子结合表位，任选地选择上述靶多肽抗原的较长片段，该较长片段包含或由氨基酸序列组成，该氨基酸序列D.包含步骤(ii)中选择的片段；且E.是HLAII类分子结合T细胞表位，它在由HLAII类基因型定义的步骤(i)中选择或定义的模型群体的高百分比受试者中能够结合至少三种、或最可能的上述个体受试者的HLAII类分子；以及(iv)设计或制备多肽或编码多肽的多核酸，该多肽包含步骤(ii)或步骤(iii)中鉴定的一种或多种多肽片段，任选地，其中多肽片段通过不是靶多肽抗原序列的一部分的额外氨基酸侧接于N末端及/或C末端。本公开提供了一种在特定或目标人类群体的受试者中诱导免疫应答的方法，该方法包括设计或制备如上所述的用于所述特定或目标人类群体的多肽、多肽组、编码多肽的多核酸、或药物组合本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种预测特定或目标人类群体，对施用多肽、或包含一种或多种多肽作为活性成分的药物组合物、试剂盒或多肽组(panel)的，细胞毒性T细胞应答率及/或辅助性T细胞应答率的方法，所述方法包括：/n(i)选择或定义包含多个受试者的相关模型人类群体，每个所述受试者由HLA I类基因型及/或HLA II类基因型定义；/n(ii)为所述模型人类群体中的每个受试者确定所述多肽或多肽类是否一起包含/n(a)至少一种氨基酸序列，其为能够结合所述受试者的至少二种HLA I类分子的T细胞表位；及/或/n(b)至少一种氨基酸序列，其为能够结合所述受试者的至少二种HLA II类分子的T细胞表位；以及/n(iii)预测/nA.所述人类群体的细胞毒性T细胞应答率，其中所述模型人类群体满足步骤(ii)(a)要求的较高比例预测所述人类群体中较高的细胞毒性T细胞应答率；及/或/nB.所述人类群体的辅助性T细胞应答率，其中所述模型人类群体满足步骤(ii)(b)要求的较高比例预测所述人类群体中较高的辅助性T细胞应答率。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170303 EP 17159243.9;20170303 EP 17159242.1;20171.一种预测特定或目标人类群体，对施用多肽、或包含一种或多种多肽作为活性成分的药物组合物、试剂盒或多肽组(panel)的，细胞毒性T细胞应答率及/或辅助性T细胞应答率的方法，所述方法包括：
(i)选择或定义包含多个受试者的相关模型人类群体，每个所述受试者由HLAI类基因型及/或HLAII类基因型定义；
(ii)为所述模型人类群体中的每个受试者确定所述多肽或多肽类是否一起包含
(a)至少一种氨基酸序列，其为能够结合所述受试者的至少二种HLAI类分子的T细胞表位；及/或
(b)至少一种氨基酸序列，其为能够结合所述受试者的至少二种HLAII类分子的T细胞表位；以及
(iii)预测
A.所述人类群体的细胞毒性T细胞应答率，其中所述模型人类群体满足步骤(ii)(a)要求的较高比例预测所述人类群体中较高的细胞毒性T细胞应答率；及/或
B.所述人类群体的辅助性T细胞应答率，其中所述模型人类群体满足步骤(ii)(b)要求的较高比例预测所述人类群体中较高的辅助性T细胞应答率。


2.一种预测特定或目标人类群体对施用多肽、或包含一种或多种多肽作为活性成分的药物组合物、试剂盒或多肽组的，临床应答率的方法，包括：
(i)选择或定义包含多个受试者的相关模型人类群体，每个所述受试者由HLAI类基因型定义；
(ii)确定
(a)对于所述模型人类群体中的每个受试者，所述一种或多种活性成分多肽是否一起包含至少二种不同的氨基酸序列，所述至少二种不同的氨基酸序列各自是能够结合所述受试者的至少二种HLAI类分子的T细胞表位，任选地其中所述至少二种不同的氨基酸序列包含在由所述活性成分多肽靶向的二种不同多肽抗原的氨基酸序列中；
(b)所述模型群体中所述包含至少一种氨基酸序列的靶多肽抗原的平均数，所述至少一种氨基酸序列为
A.能够结合所述模型群体的个体受试者的至少三种HLAI类分子的T细胞表位；且
B.包含在所述活性成分多肽的氨基酸序列中；及/或
(c)所述模型群体中所述包含至少一种氨基酸序列的表达的靶多肽抗原的平均数，所述至少一种氨基酸序列为
A.能够结合所述模型群体的个体受试者的至少三种HLAI类分子的T细胞表位；且
B.包含在所述活性成分多肽的氨基酸序列中；以及
(iii)预测所述人类群体的临床应答率，其中满足步骤(ii)(a)的要求的模型人类群体的较高比例、或步骤(ii)(b)中的靶多肽的较高平均数、或步骤(ii)(c)中的表达的靶多肽的较高平均数，预测所述人类群体中较高的临床应答率。


3.如权利要求1或2所述的方法，更包括以一种或多种额外多肽，或药物组合物、试剂盒或多肽组重复所述方法，并且所述多肽，或药物组合物、试剂盒或多肽组根据它们在所述特定或目标人类群体中的预测的细胞毒性T细胞应答率、辅助性T细胞应答率及/或临床应答率进行分级。


4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，更包括选择或推荐对有此需要的受试者的治疗，所述选择或推荐是基于所述有此需要的受试者的预测应答率或应答率分级，通过施用一种或多种多肽或药物组合物或一种或多种试剂盒的所述多肽或多肽组。


5.如权利要求4所述的方法，其中
(a)选择或推荐具有高预测应答率或应答率分级的多肽，或药物组合物、试剂盒或多肽组，以在所述受试者中诱导治疗性免疫应答；或
(b)选择或推荐具有低预测应答率或应答率分级的多肽，或药物组合物、试剂盒或多肽组，以避免毒性免疫应答。


6.如权利要求4或5所述的方法，更包括向所述受试者施用一种或多种所述选择的或推荐的多肽或药物组合物或一种或多种试剂盒的所述多肽或多肽组。


7.一种治疗有此需要的人类受试者的方法，所述方法包括对所述受试者施用使用权利要求4或5所述的方法选择或推荐的用于治疗所述受试者的一种或多种多肽或药物组合物。


8.一种设计或制备用于在特定或目标人类群体的受试者中诱导免疫应答的方法中的多肽或编码多肽的多核酸的方法，所述方法包括：
(i)选择或定义
(a)包含多个各自由HLAI类基因型及/或HLAII类基因型定义的受试者的相关模型人类群体；或
(b)包含多个各自由HLAI类基因型定义的受试者的一个相关模型人类群体，和包含多个各自由HLAII类基因型定义的受试者的一个相关模型人类群体；
(ii)鉴定靶多肽抗原的至多50个连续氨基酸的片段，包含以下各项或由其组成
A.一种T细胞表位，在由HLAI类基因型定义的步骤(i)中选择或定义的模型群体的高百分比受试者中，能够结合所述个体受试者的至少三种HLAI类分子；
B.一种T细胞表位，在由HLAII类基因型定义的步骤(i)中选择或定义的模型群体的高百分比受试者中能够结合所述体受试者的至少三种HLAII类分子；或
C.一种T细胞表位，在由HLAI类基因型定义的步骤(i)中选择或定义的模型群体中的高百分比的受试者中，能够结合所述个体受试者的至少三种HLAI类分子；以及一种T细胞表位，在由HLAII类基因型定义的步骤(i)中选择或定义的模型群体的高百分比受试者中，能够结合所述个体受试者的至少三种HLAII类分子；
(iii)如果步骤(ii)中选择的所述多肽片段是HLAI类结合表位，任选地选择所述靶多肽抗原的较长片段，所述较长片段包含氨基酸序列或由其组成，所述氨基酸序列
F.包含步骤(ii)中选择的所述片段；且
G.是HLAII类分子结合T细胞表位，在由HLAII类基因型定义的步骤(i)中选择或定义的模型群体的高百分比受试者中能够结合至少三种、或最可能的所述个体受试者的HLAII类分子；以及
(iv)设计或制备多肽或编码多肽的多核酸，所述多肽包含步骤(ii)或步骤(iii)中鉴定的一种或多种多肽片段，任选地其中所述多肽片段通过不是所述靶多肽抗原序列的一部分的额外氨基酸侧接于N末端及/或C末端。


9.如权利要求8所述的方法，包括鉴定相同的或一种或多种不同的靶多肽抗原的一种或多种其他片段，其中每种多肽片段为能够结合所述模型群体中至少一个受试者的至少三种HLAI类分子或至少三种HLAII类分子的T细胞表位；并根据以下对所述片段进行分级：
(i)在所述模型群体中表达能够结合所述片段的至少三种HLAI类分子的受试者的百分比；
(ii)在所述模型群体中被预测表达包含所述片段的所述靶多肽抗原和能够结合所述片段的至少三种HLAI类分子二者的受试者的百分比；
(iii)在所述模型群体中表达能够结合所述片段的至少三种HLAII类分子的受试者的百分比；
(iv)在所述模型群体中被预测表达包含所述片段的所述靶多肽抗原和能够结合所述片段的至少三种HLAII类分子二者的受试者的百分比；
(v)在所述所述模型群体中表达能够结合所述片段的至少三种HLAI类分子和至少三种HLAII类分子的受试者的百分比；或
(iv)在所述模型群体中预测为表达包含所述片段及能够结合所述片段的至少三种HLAI类分子的所述靶多肽抗原、及包含所述片段及能够结合所述片段的至少三种HLAII类分子的所述靶多肽抗原二者的受试者的百分比。


10.如权利要求9所述的方法，包括基于所述多肽片段的分级选择一种或多种所述多肽片段，以及设计或制备包含所述一种或多种选择的多肽片段的所述多肽或编码所述一种或多种选择的多肽片段的所述多核酸。


11.如权利要求8至10中任一项所述的方法，更包括设计或制备多肽、多肽组、或包含一种或多种多肽作为活性成分的药物组合物或试剂盒，用于在所述特定或目标人类群体的受试者中诱导免疫应答的方法中，其中所述多肽或活性成分多肽包含如权利要求8或10所述的方法选择的，至少二个多肽片段，任选地2至15个多肽片段。


12.如权利要求11所述的方法，其中所述二或更多个或每个所述片段来自不同的靶多肽抗原，任选地不同的靶多肽抗原选自表2至表6中所列的所述抗原及/或不同的癌症相关抗原，任选地其中一种或多种或每种癌症相关抗原为CTA。


13.如权利要求11或12所述的方法，其中二或更多个或每个片段首尾相连排列在所述多肽中。


14.如权利要求13所述的方法，更包括筛选在单个多肽中首尾相连排列的任何二个所述选择的多肽片段之间的连接处形成的所有新表位，以消除包含新表位氨基酸序列的肽，所述新表位氨基酸序列
(i)对应于在健康细胞中表达的人多肽片段；
(ii)是能够在超过阈值百分比的人类受试者中结合由个体受试者表达的至少二种HLAI类分子的T细胞表位；
(i)符合要求(i)和(ii)。


15.如权利要求8至14中任一项所述的方法，其中筛选所述一种或多种多肽以消除包含氨基酸序列的多肽，所述氨基酸序列
(i)对应于在健康细胞中表达的人多肽片段；或
(ii)对应于在健康细胞中表达的人多肽片段，并且是能够结合所述受试者的至少二种HLAI类分子的T细胞表位。


16.一种在特定或目标人类群体的受试者中诱导免疫应答的方法，所述方法包括设计或制备如权利要求8至15中任一项所述的方法用于所述特定或目标人类群体的多肽、多肽组、编码多肽的多核酸、或药物组合物或试剂盒，以及将所述多肽、多核酸、药物组合物或所述试剂盒的活性成分多肽施用于所述受试者。


17.在特定或目标人类群体的受试者中诱导免疫应答的方法中使用的多肽、多肽组、多核酸、药物...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱丽安娜·利齐威茨，列文特·莫尔纳，埃尼科·R·托克，约瑟夫·托特，奥索利亚·洛林茨，若尔特·塞斯佐夫斯基，埃斯特·索莫吉，卡塔林·潘蒂亚，莫妮卡·梅格耶西，
申请(专利权)人：特雷斯生物公司，
类型：发明
国别省市：匈牙利;HU