一种与猪产仔数相关的cricTCP1标记应用制造技术

本发明专利技术属于家畜分子生物技术领域，尤其涉及一种与猪产仔数相关的cricTCP1标记应用，所述circ‑TCP1基因与miR‑183的表达呈反向相关；所述circ‑TCP1与母猪产仔能力呈负相关，miR‑183与母猪产仔能力呈正相关；本申请实现了测试卵巢或血液中circ‑TCP1、miR‑183中任一或两者的表达水平，便可准确快速比较出不同母猪个体间产仔能力高低。

A crictcp 1 marker application related to litter size of pigs

【技术实现步骤摘要】
一种与猪产仔数相关的cricTCP1标记应用
本专利技术属于家畜分子生物
，尤其涉及一种与猪产仔数相关的cricTCP1标记应用。
技术介绍
增加窝产仔数一直是全球养猪者和生产商的目标，更大的产仔数加上更短的产仔间隔极有可能使每年每头母猪的产仔量(psy)增加，这是促进母猪饲养经济成功的主要力量(Zak等人2017年；Kemp等人2018年)。卵巢是雌性动物重要的生殖器官，在每一发情周期都经历一系列的生物学过程。母猪的多产性由涉及卵巢编码和非编码基因的复杂转录网络的紧密调节(张等2015；Huang等人2016；Tang等人2018)。同时产仔数是评估猪繁殖性状最直接和最具有价值的性状，提高猪的产仔数对猪产业具有非常重要的意义。产仔数是衡量母猪繁殖性能的重要指标之一，也是猪的重要经济性状。产仔数性状作为复杂的数量性状，产仔数是复杂多基因控制性状，遗传力很低。总产仔数(totalnumberborn，TNB)的遗传力为(0.062±0.023)，产活仔数(numberbornalive，NBA)的遗传力在纯种群体中为0.049±0.023，在杂交群体中为0.091±0.054，同时，母猪的年龄、胎次、与配公猪的精液品质以及妊娠过程中母猪的营养状况都是影响产仔数的因素。随着生物技术的发展及生猪养殖水平的不断提高，大量研究者鉴别出产仔数相关的标记，使用标记辅助选择(markerassistedselection，MAS)或全基因组选择(genomeselection，GS)可加快猪的繁殖性状的改良。共价闭合的环状RNAs(circRNAs)正作为一类新的基因表达调节剂出现(Li等人2018年)。现在，积累的工作已经揭示了环状RNA结构在许多物种性腺发育和繁殖性能中的关键作用(quan和li，2018)。下一代测序表明，内源性环状RNA通常以时空特异性的方式在各种猪组织中表达，包括卵巢(Liang等人2017年)。最近的研究表明，人类卵巢源性环状RNA与卵巢衰老有关(Cai等人，2018)；虽然专利号201610841933.2公开了一种与猪产仔数相关的microRNA标记应用，但该方法需要选择猪种垂体进行标记，且研究者仍好奇：不同产仔量的母猪是否有不同的环状RNA结构。加之，繁殖性能由多基因调控，调控机理十分复杂，根据《母猪产仔数影响因素研究进展》(李川琦等人发表)中记载“目前由国内外专家通过大量的工作，鉴定出的母猪繁殖性能主效基因多达5个，分别为雌激素受体(ESR)、促卵泡激素β亚基(FSHβ)、催乳素基因(PRLR)、视黄醇(RBP4)和肥胖基因(OB)。如发现的梅山猪ESR基因可影响约1.4头/窝的总产仔数和超过1头/窝的产活仔数，确定了ESR基因调控母猪产仔的主基因地位；目前，人们发现的与母猪产仔性能相关的微效基因有20多个，如骨桥基因(OPN)、褪黑素受体基因(MR)和HSD基因家族等，这些基因也可影响母猪的产仔性能。近些年，牛步月通过QTL分析，预测了MMP2、PREI3和SPAG1等10个候选基因；刘林清和Nin等又先后鉴定出了HSD17B1、MLH1和KLK7等与母猪繁殖性能相关基因”，这说明了对于产仔数相关的标记基因仍值得关注与深入探索。
技术实现思路
本专利技术的目的在于利用高通量测序技术鉴别影响产仔性能的基因，为鉴别影响产仔数的主效基因位点与机制提供帮助，为产仔数分子育种提供分子标记信息，以期为猪的候选环状RNAs及优良品种选育和利用提供参考。1.本专利技术提供标记基因circ-TCP1对miR-183调控在母猪产仔能力判断方面的应用；所述circ-TCP1基因与miR-183的表达呈反向相关；所述circ-TCP1与母猪产仔能力呈负相关，miR-183与母猪产仔能力呈正相关。2.上述1提供的应用，该应用通过分析circ-TCP1表达水平判断母猪产仔能力大小。3.上述1提供的应用，该应用通过分析miR-183表达水平判断母猪产仔能力大小。4.上述1提供的应用，该应用通过分析circ-TCP1和miR-183表达水平在母猪产仔能力判断方面的应用5.上述1-4任一项提供的应用，该应用方法具体包括如下步骤：(1)组织RNA提取：提取不同个体母猪卵巢或血液中RNA，用三唑仑试剂(invitrogen)纯化RNA，得到总RNA；(2)引物设计：根据待分析目标基因分别设计候选基因circ-TCP1的qPCR引物circ-TCP1、miR-183的qPCR引物β-actin；(3)反转录合成第一链cDNA：使用反转录试剂盒对反转录步骤(1)得到的总RNA，合成第一链cDNA；(4)采用q-RT-PCR方法测定候选基因circ-TCP1、miR-183在母猪卵巢或血液中的相对表达量；(5)根据circ-TCP1在卵巢和血液中的表达量，miR-183在卵巢和血液中的表达量，判断不同母猪个体之间产仔能力相对高低。其中，引物circ-TCP1的上游序列为：GGGACCTTAAACGCATTGCTA，下游序列为：GGTCCAGTTTTTCAGGGTCTGT；产物长度147bp；引物β-actin的上游序列为GGACTTCGAGCAGGAGATGG；下游序列：AGGAAGGAGGGCTGGAAGAG；产物长度134bp。6.上述5提供的应用，其中，步骤(3)中反转录的具体操作为：将总RNA样品用EpicenterRibo-ZerorRNA去除试剂盒去除核糖体RNA，然后用二价阳离子在94℃孵育8分钟，将核糖体缺失的RNA碎片化为150-200℃，将切割后的RNA片段用End-ItDNAEndRepairKit处理cDNA以修复末端，然后用Klenow修饰以在3'末端添加A，最后连接到索引的衔接子上；纯化连接的cDNA产物并用尿嘧啶DNA糖基化酶处理以除去第二链cDNA；通过13-16个PCR扩增循环富集纯化的第一链cDNA。7.上述5提供的应用，其中，步骤(4)所述q-RT-PCR方法中反应过程为：95℃30秒，然后95℃5秒，60℃30秒，40个循环，70℃10分钟伸长。本申请提供的“比较”概念是个体间的比较，根据不同个体间标记基因circ-TCP1、miR-183表达量，可以确定不同个体间产仔能力的大小；“高”“低”通过个体之间数据比较获得，是一个相对的概念。本申请中circTCP1全长序列：GCATGCCCAAGAGAATAGTTAATGCAAAAATTGCTTGCCTTGACTTCAGCCTGCAAAAAACAAAAATGAAGCTTGGTGTACAAGTGGTTATTACAGACCCTGAAAAACTGGACCAGATTAGACAGAGGGAATCAGATATCACCAAGGAGCGAATCCAGAAGATTCTGGCAACTGGTGCCAATGTTATTCTAACCACTGGTGGGATTGACGACATGTGTCTGAAGTATTTTGTGGAGACCGGTGCCATGGC本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.标记基因circ-TCP1对miR-183调控在母猪产仔能力判断方面的应用，其特征在于，所述circ-TCP1基因与miR-183的表达呈反向相关；所述circ-TCP1与母猪产仔能力呈负相关，miR-183与母猪产仔能力呈正相关。/n

【技术特征摘要】
1.标记基因circ-TCP1对miR-183调控在母猪产仔能力判断方面的应用，其特征在于，所述circ-TCP1基因与miR-183的表达呈反向相关；所述circ-TCP1与母猪产仔能力呈负相关，miR-183与母猪产仔能力呈正相关。


2.如权利要求1所述的应用，其特征在于，该应用通过分析circ-TCP1表达水平判断母猪产仔能力大小。


3.如权利要求1所述的应用，其特征在于，该应用通过分析miR-183表达水平判断母猪产仔能力大小。


4.如权利要求1所述的应用，其特征在于，该应用通过分析circ-TCP1和miR-183表达水平在母猪产仔能力判断方面的应用。


5.如权利要求1-4任一项所述的应用，其特征在于，该应用方法具体包括如下步骤：
(1)组织RNA提取：提取不同个体母猪卵巢或血液中RNA，用三唑仑试剂(invitrogen)纯化RNA，得到总RNA；
(2)引物设计：根据待分析目标基因分别设计候选基因circ-TCP1的qPCR引物circ-TCP1、miR-183的qPCR引物β-actin；
(3)反转录合成第一链cDNA：使用反转录试剂盒对反转录步骤(1)得到的总RNA，合成第一链cDNA；
(4)采用q-RT-PCR方法测定候选基因circ-TCP1、miR-183在母猪卵...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐高骁，陈兴发，段赛星，
申请(专利权)人：南宁学院，
类型：发明
国别省市：广西;45