杜氏肌营养不良基因缺陷的检测方法、引物组合物及试剂盒技术

本发明专利技术涉及一种杜氏肌营养不良基因缺陷的检测方法、引物组合物及试剂盒，针对杜氏肌营养不良基因缺陷，在二代测序平台建立了一种通用性强、诊断率高、成本低的胚胎植入前遗传学检测的方法。本发明专利技术针对杜氏肌营养不良基因编码区位点和目标SNP位点对受检样本进行多重PCR并进行建库，然后对多重PCR产物进行高通量测序分析，结合家系信息构建突变等位基因的单体型，从而判断胚胎基因型，最终确定子代的杜氏肌营养不良基因缺陷检测结果。该方案省去了细胞水平预实验，基于高通量测序技术，可通过在每个样品上加不同的标签序列，从而一次性对大量样品进行分析，平均测序深度可达100X以上。

Detection method, primer composition and kit of dystrophy gene

The invention relates to a detection method, primer composition and kit for dystrophic gene defects of Duchenne muscle. Aiming at dystrophic gene defects of Duchenne muscle, a method for genetic detection before embryo implantation with strong universality, high diagnosis rate and low cost is established on the second generation sequencing platform. According to the present invention, multiple PCR is carried out on the tested samples according to the coding region site and target SNP site of DMD gene, and the library is built. Then, high-throughput sequencing analysis is carried out on the products of multiple PCR, and the haplotype of mutated allele is constructed based on the family information, so as to judge the embryo basic type and finally determine the detection result of DMD gene defect of the offspring. Based on the high-throughput sequencing technology, a large number of samples can be analyzed at one time by adding different tag sequences to each sample. The average sequencing depth can reach more than 100x.

【技术实现步骤摘要】
杜氏肌营养不良基因缺陷的检测方法、引物组合物及试剂盒
本专利技术涉及基因检测领域，特别是涉及杜氏肌营养不良基因缺陷的检测方法、引物组合物及试剂盒。
技术介绍
杜氏肌营养不良(DMD)是一种常见的X连锁隐性遗传的致死性神经肌肉疾病，其发病率约1/3500活产男婴，无明显地理或种族差异。患者通常为男性，起病常在幼年。主要临床表现为全身骨骼肌进行性无力、萎缩和小腿腓肠肌假性肥大，走路姿势异常，容易跌倒，爬楼、蹲起费力，病情缓慢进行性加重，逐渐卧床，多于20岁左右因呼吸衰竭和/或心功能不全而死亡。DMD致病基因是迄今为止发现的人类最大基因，全长约2.4Mb，约占X染色体的1.5％和整个人类DNA序列的0.1％。DMD基因共有79个外显子，78个内含子，其中内含子部分占基因全长的99％。不仅基因巨大，DMD基因的突变类型也多种多样，包括多种致病突变类型，其中大片段(大于或等于1个外显子)缺失突变约占60％，大片段重复、微小缺失或插入占7％，单核苷酸点突变占20％，剪切位点突变占1％，还有少量复杂突变和内含子突变。目前DMD尚无有效的治疗方法，对女性携带者本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种杜氏肌营养不良基因缺陷的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：/n获取子代的DNA样本和亲代双方的DNA样本；/n针对杜氏肌营养不良基因编码区位点和目标SNP位点分别设计合成多个引物对，所述目标SNP位点包括杜氏肌营养不良致病基因内含子区的SNP位点、杜氏肌营养不良致病基因的上下游区域SNP位点和Y染色体的SNP位点，所述杜氏肌营养不良致病基因的上下游区域SNP位点根据以下原则进行筛选得到：SNP位点位于杜氏肌营养不良致病基因上游6Mb及下游4Mb以内且收录于千人基因组计划数据库，同时SNP位点的最小等位基因频率大于0.2，然后去除多聚核苷酸和上下游50bp序列中GC含量大于70％的SN...

【技术特征摘要】
1.一种杜氏肌营养不良基因缺陷的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：
获取子代的DNA样本和亲代双方的DNA样本；
针对杜氏肌营养不良基因编码区位点和目标SNP位点分别设计合成多个引物对，所述目标SNP位点包括杜氏肌营养不良致病基因内含子区的SNP位点、杜氏肌营养不良致病基因的上下游区域SNP位点和Y染色体的SNP位点，所述杜氏肌营养不良致病基因的上下游区域SNP位点根据以下原则进行筛选得到：SNP位点位于杜氏肌营养不良致病基因上游6Mb及下游4Mb以内且收录于千人基因组计划数据库，同时SNP位点的最小等位基因频率大于0.2，然后去除多聚核苷酸和上下游50bp序列中GC含量大于70％的SNP位点，去除上下游50bp序列在人类基因组中具有同源性的SNP位点；
使用所述多个引物对对所述子代的DNA样本和所述亲代双方的DNA样本进行多重PCR并进行建库，然后进行测序分析；
对所述测序分析得到的数据进行处理，得到所述亲代双方和所述子代的基因型和单体型，从而确定所述子代的杜氏肌营养不良基因缺陷的检测结果。


2.根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述杜氏肌营养不良基因编码区位点和目标SNP位点包括chrX:30236878、chrX:30241692、chrX:30259905、chrX:30261002、chrX:30271693、chrX:30317913、chrX:30326983、chrX:30597320、chrX:30636585、chrX:30647244、chrX:30691738、chrX:30749081、chrX:30753378、chrX:30849176、chrX:30889857、chrX:30917186、chrX:30948257、chrX:30993883、chrX:31084491、chrX:31088893、chrX:31092450、chrX:31111926、chrX:31115833、chrX:31139915-31140089、chrX:31141178、chrX:31144635-31144908、chrX:31149804、chrX:31152120-31152394、chrX:31164356-31164630、chrX:31165253-31165461、chrX:31165403-31165643、chrX:31165586-31165754、chrX:31183595、chrX:31187324-31187598、chrX:31187531-31187802、chrX:31189180、chrX:31190371-31190631、chrX:31191526-31191800、chrX:31193037、chrX:31195849-31196122、chrX:31196718-31196992、chrX:31198204、chrX:31198387-31198661、chrX:31200629-31200901、chrX:31200838-31201066、chrX:31207044、chrX:31221996-31222270、chrX:31223632、chrX:31224579-31224851、chrX:31227386-31227660、chrX:31227599-31227864、chrX:31234101、chrX:31237433、chrX:31240800、chrX:31241076-31241334、chrX:31245191、chrX:31251156、chrX:31259670、chrX:31266919、chrX:31278012、chrX:31278988-31279233、chrX:31284828-31284997、chrX:31289621、chrX:31309895、chrX:31320374、chrX:31325686、chrX:31336718、chrX:31340552、chrX:31341618-31341887、chrX:31344293、chrX:31348807、chrX:31359018、chrX:31366534-31366785、chrX:31376888、chrX:31383766、chrX:31393051、chrX:31407830、chrX:31415050、chrX:31421134、chrX:31429432、chrX:31438422、chrX:31462561-31462813、chrX:31473656、chrX:31482430、chrX:31491980、chrX:31496147-31496420、chrX:31496359-31496521、chrX:31497010-31497284、chrX:31500990、chrX:31506013、chrX:31510603、chrX:31514846-31515088、chrX:31523257、chrX:31525350-31525623、chrX:31526203-31526476、chrX:31534414、chrX:31546065、chrX:31554545、chrX:31565405、chrX:31574895、chrX:31582896、chrX:31589214、chrX:31596103、chrX:31604296、chrX:31608475、chrX:31616684、chrX:31620838、chrX:31632103、chrX:31637820、chrX:31645554-31645823、chrX:31645765-31646032、chrX:31646613、chrX:31654664、chrX:31661326、chrX:31666315、chrX:31669448、chrX:31675908-31676168、chrX:31676101-31676348、chrX:31684749、chrX:31696019、chrX:31697352-31697549、chrX:31697486-31697757、chrX:31712956、chrX:31718900、chrX:31725847、chrX:31730752、chrX:31747688-31747926、chrX:31752869、chrX:31764087、chrX:31772239、chrX:31778126、chrX:31787455、chrX:31791926-31792177、chrX:31792118-31792382、chrX:31792559、chrX:31805056、chrX:31820514、chrX:31835517、chrX:31838008-31838282、chrX:31843791、chrX:31848300、chrX:31854753-31855027、chrX:31863313、chrX:31867663、chrX:31873388、chrX:31879756、chrX:31887778、chrX:31893104-31893376、chrX:31893312-31893541、chrX:31896669、chrX:31901450、chrX:31905515、chrX:31921060、chrX:31927171、chrX:31947659-31947919、chrX:31948624、chrX:31950011-31950250、chrX:31950188-31950418、chrX:31952826、chrX:31967612、chrX:31971174、chrX:31983162、chrX:31986312-31986556、chrX:31986498-31986666、chrX:31993673、chrX:32014860、chrX:32020257、chrX:32077969、chrX:32083312、chrX:32087054、chrX:32090183、chrX:32096769、chrX:32112345、chrX:32126093、chrX:32234839-32235113、chrX:32235050-32235324、chrX:32305456-32305700、chrX:32305645-32305918、chrX:32328028-32328242、chrX:32328175-32328449、chrX:32360186-32360454、chrX:32361107-32361332、chrX:32361274-32361464、chrX:32363864-32364128、chrX:32364059-32364233、chrX:32366479-32366742、chrX:32380847-32381114、chrX:32382616-32382876、chrX:32383091-32383358、chrX:32398586-32398770、chrX:32398710-32398983、chrX:32404306-32404537、chrX:32404476-32404748、chrX:32407590-32407830、chrX:32408099-32408373、chrX:32429833-32430096、chrX:32430022-32430296、chrX:32430166-32430417、chrX:32456199-32456417、chrX:32456354-32456580、chrX:32459112-32459386、chrX:32459327-32459566、chrX:32466397-32466671、chrX:32466613-32466858、chrX:32472657-32472856、chrX:32472788-32472991、chrX:32481435-32481612、chrX:32481548-32481806、chrX:32482623-32482870、chrX:32486471-32486744、chrX:32486684-32486958、chrX:32490217-32490489、chrX:32502870-32503090、chrX:32503022-32503275、chrX:32509245-32509496、chrX:32509438-32509693、chrX:32519777-32520051、chrX:32535919-32536193、chrX:32536129-32536357、chrX:32563213-32563487、chrX:32583773-32584038、chrX:32591600-32591851、chrX:32591744-32592018、chrX:32613661-32613933、chrX:32613869-32614060、chrX:32632355-32632627、chrX:32662039-32662313、chrX:32662248-32662484、chrX:32662880-32663141、chrX:32663073-32663314、chrX:32715912-32716186、chrX:32717187-32717446、chrX:32827566-32827808、chrX:32834428-32834685、chrX:32834626-32834803、chrX:32841293-32841563、chrX:32862767-32863041、chrX:32867764-32868006、chrX:33038179-33038407、chrX:33146124-33146397、chrX:33229277-33229547、chrX:33357241-33357514、chrX:33358758、chrX:33743414、chrX:33808136、chrX:33906415、chrX:33961764、chrX:33963972、chrX:33964605、chrX:33964917、chrX:33965241、chrX:34143170、chrX:34149267、chrX:34151292、chrX:34152218、chrX:34162244、chrX:34165401、chrX:34220751、chrX:34222722、chrX:34224894、chrX:34230300、chrX:34319940、chrX:34337889、chrX:34356192、chrY:2655296、chrY:2656696、chrY:6635045、chrY:7072005、chrY:8212252、chrY:14829486、chrY:15995909、chrY:17920298、chrY:19418832、chrY:23282953。


3.根据权利要求2所述的检测方法，其特征在于，所述杜氏肌营养不良基因编码区位点和目标SNP位点还包括chrX:31154097、chrX:31158639、chrX:31184563、chrX:31195121、chrX:31209414、chrX:31210629、chrX:31213849、chrX:31224012、chrX:31241026、chrX:31260937、chrX:31263106、chrX:31270444、chrX:31279271、chrX:31292610、chrX:31294957、chrX:31312882、chrX:31332896、chrX:31344293、chrX:31350022、chrX:31353420、chrX:31358952、chrX:31361821、chrX:31364476、chrX:31368181、chrX:31373423、chrX:31379559、chrX:31384174、chrX:31394699、chrX:31415613、chrX:31421666、chrX:31426397、chrX:31430450、chrX:31433585、chrX:31443829、chrX:31447503、chrX:31452809、chrX:31456029、chrX:31460986、chrX:31466913、chrX:31476120、chrX:31479084、chrX:31494514、chrX:31502157、chrX:31517385、chrX:31526200、chrX:31536430、chrX:31540864、chrX:31547777、chrX:31555165、chrX:31556970、chrX:31568255、chrX:31575870、chrX:31596491、chrX:31604807、chrX:31611414、chrX:31634092、chrX:31647841、chrX:31656291、chrX:31678047、chrX:31690979、chrX:31696604、chrX:31702122、chrX:31714994、chrX:31722800、chrX:31733995、chrX:31741909、chrX:31749463、chrX:31758332、chrX:31764406、chrX:31778941、chrX:31788872、chrX:31797950、chrX:31806027、chrX:31815712、chrX:31821551、chrX:31836963、chrX:31848232、chrX:31850266、chrX:31853296、chrX:31868578、chrX:31895821、chrX:31907035、chrX:31951452、chrX:31955085、chrX:31971388、chrX:31978675、chrX:31985835、chrX:31996830、chrX:32009476、chrX:32023800、chrX:32037457、chrX:32050015、chrX:32055629、chrX:32062290、chrX:32071675、chrX:32074173、chrX:32079348、chrX:32092366、chrX:32097831、chrX:32102726、chrX:32106560、chrX:32113786、chrX:32116068、chrX:32118084、chrX:32128015、chrX:32130960、chrX:32143952、chrX:32149400、chrX:32154363、chrX:32159164、chrX:32161599、chrX:32162695、chrX:32165563、chrX:32194441、chrX:32198542、chrX:32205498、chrX:32210177、chrX:32214301、chrX:32217186、chrX:32220853、chrX:32227300、chrX:32229853、chrX:32234233、chrX:32237961、chrX:32243212、chrX:32247578、chrX:32255944、chrX:32257436、chrX:32266542、chrX:32277887、chrX:32286169、chrX:32293091、chrX:32298686、chrX:32305961、chrX:32312128、chrX:32315137、chrX:32318547、chrX:32325854、chrX:32334650、chrX:32344550、chrX:32351661、chrX:32358308、chrX:32368548、chrX:32374317、chrX:32379500、chrX:32394913、chrX:32413107、chrX:32459169、chrX:32464478、chrX:32474756、chrX:32482167、chrX:32497533、chrX:32506001、chrX:32513552、chrX:32526623、chrX:32545066、chrX:32553791、chrX:32587530、chrX:32597275、chrX:32606647、chrX:32626317、chrX:32632856、chrX:32696969、chrX:32707580、chrX:32772054、chrX:32782401、chrX:32788567、chrX:32803196、chrX:32836961、chrX:32844073、chrX:32845169、chrX:32848934、chrX:32849544、chrX:32850514、chrX:32851060、chrX:32852605、chrX:32855686、chrX:32858585、chrX:32859026、chrX:32874098、chrX:32883367、chrX:32889854、chrX:32892236、chrX:32894350、chrX:32902312、chrX:32908878、chrX:32912888、chrX:32920081、chrX:32924871、chrX:32931825、chrX:32934766、chrX:32943912、chrX:32946649、chrX:32949724、chrX:32956232、chrX:32961785、chrX:32966821、chrX:32969683、chrX:32976961、chrX:32990743、chrX:32997855、chrX:33004667、chrX:33016109、chrX:33021600、chrX:33028940、chrX:33036335、chrX:33041735、chrX:33043260、chrX:33044852、chrX:33046344、chrX:33049029、chrX:33053550、chrX:33063642、chrX:33067502、chrX:33071898、chrX:33078480、chrX:33081262、chrX:33087356、chrX:33114553、chrX:33183495、chrX:33186217、chrX:33191555、chrX:33193810、chrX:33199451、chrX:33205918、chrX:33225493、chrX:33240020、chrX:33243198、chrX:33245234、chrX:33253361、chrX:33263128、chrX:33270451、chrX:33276434、chrX:33281297、chrX:33284194、chrX:33289027、chrX:33290894、chrX:33293703、chrX:33300363、chrX:33305643、chrX:33309838、chrX:33314096、chrX:33320612、chrX:33325953、chrX:33330066、chrX:33332108、chrX:33333885、chrX:33347806、chrX:33350105、chrX:33352563。


4.根据权利要求3所述的检测方法，其特征在于，所述杜氏肌营养不良基因编码区位点和目标SNP位点还包括chrX:27137952、chrX:27200005、chrX:27313350、chrX:27340544、chrX:27400507、chrX:27507865、chrX:27600120、chrX:27709974、chrX:27794458、chrX:27937320、chrX:28178679、chrX:28276321、chrX:28323063、chrX:28427123、chrX:28501174、chrX:28602208、chrX:28701597、chrX:28803985、chrX:28900028、chrX:29100743、chrX:29200099、chrX:29310488、chrX:29419670、chrX:29500219、chrX:29599164、chrX:29700378、chrX:29800066、chrX:29902085、chrX:30095290、chrX:30137116、chrX:34237275、chrX:34274276、chrX:34300252、chrX:34333522、chrX:34367301、chrX:34410301、chrX:34444321、chrX:34478466、chrX:34511227、chrX:34544524、chrX:34576912、chrX:34611562、chrX:34645144、chrX:34671988、chrX:34715516、chrX:34745702、chrX:34771605、chrX:34800447、chrX:34832383、chrX:34862926、chrX:34895161、chrX:34927942、chrX:34955744、chrX:34987610、chrX:35068338、chrX:35120804、chrX:35181444、chrX:35193194、chrX:35217757、chrX:35225955、chrX:35234594、chrX:35253818、chrX:35269636、chrX:35278547、chrX:35288047、chrX:35300299、chrX:35312188、chrX:35315359、chrX:35315956、chrX:35316635、chrX:36233578、chrX:36273186、chrX:36300632、chrX:36341870、chrX:36387037、chrX:36401894、chrX:36409899、chrX:36481149、chrX:36601177、chrX:37675062、chrX:37805367、chrX:37924639、chrX:38095027、chrX:38151200、chrX:38288022、chrX:38397382、chrX:38434120、chrX:38490102、chrX:38645667、chrX:38693264、chrX:38723631、chrX:38778703、chrX:38804143、chrX:38852423、chrX:38921384、chrX:39001550、chrX:39173040、chrX:39221335、chrX:39228662。


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【专利技术属性】
技术研发人员：杜鹃，胡晓，费嘉，张癸荣，戴婧，伍昌胜，林戈，乔国枝，卢光琇，
申请(专利权)人：中信湘雅生殖与遗传专科医院有限公司，北京嘉宝仁和医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11