一种评估鼻咽癌复发的生物标志物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种评估鼻咽癌复发的生物标志物，该生物标志物选自NOTCH1基因、NAPA基因、RPL22基因、FAM135B基因和NCKAP5L基因中的至少一种。本发明专利技术还公开了所述生物标志物在制备和筛选评估鼻咽癌复发试剂中的用途。本申请首次发现，与初治鼻咽癌样本相比，所述生物标志物在复发鼻咽癌样本中为特异性高频突变基因，检测所述生物标志物的突变频率可评估鼻咽癌的复发风险，提示所述生物标志物可作为鼻咽癌复发的预测分子标志。本发明专利技术为鼻咽癌的复发评估提供了新的特异性分子标志物，具有广阔的应用前景。

A biomarker for evaluating the recurrence of nasopharyngeal carcinoma and its application

【技术实现步骤摘要】
一种评估鼻咽癌复发的生物标志物及其应用
本专利技术属于肿瘤分子生物学
，具体涉及一种评估鼻咽癌复发的生物标志物及其应用。
技术介绍
鼻咽癌是指发生于鼻咽腔顶部和侧壁的恶性肿瘤，是我国高发恶性肿瘤之一，占头颈部恶性肿瘤的78.08％，占上呼吸道癌肿的92.99％。世界卫生组织调查报道，全球有80％的鼻咽癌患者在中国，且以中国的南方较高，包括广东、广西和湖南等地。鼻咽癌病理大多为低分化鳞癌，恶性度高，发病部位隐蔽，特别是在咽隐窝和鼻咽顶部，早期症状不明显因而难以早期发现，误诊误治率较高，可达12.2％。由于鼻咽癌起病隐匿，具有强烈的转移倾向，约75％的患者首诊时就己到达晚期，发生局部淋巴结和/或远处转移。以放疗为主的综合治疗对早期鼻咽癌非常有效，但是仍然有30％～40％的患者由于转移和复发，未能获得长期生存。治疗后复发或转移则预后极差，成为鼻咽癌治疗失败、生存率下降的主要原因。因此，开发用于预测鼻咽癌复发的特异性分子标志物是降低鼻咽癌复发转移、提高病人生存率，降低死亡率的关键。
技术实现思路
基于此，本专利技术的目的在于克服上述现有技术的不足之处而提供一种评估鼻咽癌复发的生物标志物，其具有特异性好、准确率高等优点，可用于预测鼻咽癌的复发风险。为实现上述目的，本专利技术采用的技术方案为：一种评估鼻咽癌复发的生物标志物，所述生物标志物选自NOTCH1基因、NAPA基因、RPL22基因、FAM135B基因和NCKAP5L基因中的至少一种。本申请专利技术人首次发现，鼻咽癌复发患者样本中所述生物标志物的突变频率明显高于初治鼻咽癌患者，检测所述生物标志物的突变频率可评估鼻咽癌的复发风险，因此所述生物标志物可作为评估鼻咽癌复发的特异性标志物。本专利技术所述生物标志物选自NOTCH1基因、NAPA基因、RPL22基因、FAM135B基因和NCKAP5L基因中的至少一种，其中，选择NOTCH1基因、NAPA基因、RPL22基因、FAM135B基因和NCKAP5L基因中的任何一个基因都能实现鼻咽癌的复发评估。随着组成所述生物标志物的特异性高频突变基因数量增多，鼻咽癌复发评估准确率相应提高，甚至可达100％。本专利技术还提供了所述的评估鼻咽癌复发的生物标志物在筛选鼻咽癌复发检测试剂中的用途。所述的评估鼻咽癌复发的生物标志物可用于筛选鼻咽癌复发检测试剂。本专利技术还提供了所述的评估鼻咽癌复发的生物标志物在制备鼻咽癌复发检测试剂中的用途。所述的评估鼻咽癌复发的生物标志物可用于制备鼻咽癌复发检测试剂。本专利技术还提供了检测所述生物标志物突变频率的试剂在制备用于检测鼻咽癌复发的试剂盒中的用途。优选地，所述试剂包括可以对所述生物标志物进行测序的试剂和通过PCR方法检测所述生物标志物突变频率的试剂。本专利技术还提供了一种检测鼻咽癌复发的试剂盒，所述试剂盒包含检测所述生物标志物突变频率的试剂和DNA提取试剂。本专利技术还提供了一种评估鼻咽癌复发的生物标志物，所述生物标志物为NOTCH1蛋白和/或NCKAP5L蛋白。本申请专利技术人首次发现，鼻咽癌复发患者样本中所述NOTCH1蛋白的表达水平显著高于初治鼻咽癌患者，NCKAP5L蛋白的表达水平显著低于初治鼻咽癌患者，检测所述生物标志物的突变频率可评估鼻咽癌的复发风险，因此所述生物标志物可作为评估鼻咽癌复发的特异性标志物。本专利技术还提供了所述的评估鼻咽癌复发的生物标志物在筛选鼻咽癌复发检测试剂中的用途。所述的评估鼻咽癌复发的生物标志物可用于筛选鼻咽癌复发检测试剂。本专利技术还提供了所述的评估鼻咽癌复发的生物标志物在制备鼻咽癌复发检测试剂中的用途。所述的评估鼻咽癌复发的生物标志物可用于制备鼻咽癌复发检测试剂。本专利技术还提供了检测所述生物标志物表达水平的试剂在制备用于检测鼻咽癌复发的试剂盒中的用途。优选地，所述试剂为可以和所述生物标志物特异性结合的抗体。本专利技术还提供了一种检测鼻咽癌复发的试剂盒，所述试剂盒包含检测所述生物标志物表达水平的试剂、辣根过氧化物酶标记的第二抗体和3,3-二氨基联苯胺四盐酸盐(DAB)。优选地，所述试剂为可以和所述生物标志物特异性结合的抗体。相对于现有技术，本专利技术的有益效果为：本专利技术为鼻咽癌复发评估提供了新的特异性生物标志物，检测所述生物标志物可评估鼻咽癌的复发风险，具有特异性好、准确性高等优点，临床应用前景广阔。附图说明图1为复发鼻咽癌样本特异性高频突变基因检测结果。图2为复发鼻咽癌样本特异性高频突变基因的蛋白表达水平检测结果。具体实施方式为了便于理解本专利技术，下面将对本专利技术进行更全面的描述。但是，本专利技术可以以许多不同的形式来实现，并不限于本文所描述的实施例。相反地，提供这些实施例的目的是使对本专利技术的公开内容的理解更加透彻全面。实施例1测序法检测复发鼻咽癌样本特异性的高频突变基因1.样本和数据的收集所有的样本均是在2012年6月1日至2016年5月1日于中山大学肿瘤医院收集并经病理确诊为鼻咽癌(WHOI,II,III型)。该研究获得中山大学伦理委员会的批准。初治鼻咽癌样本为确诊前未接受化疗或放疗等任何治疗。复发鼻咽癌为距离上一次根治放疗后至少6个月局部又出现新的病灶。使用组织切片及苏木精-曙红染色估计样本的肿瘤纯度，仅有肿瘤纯度不低于30％的高质量样本才能进行后续的测序分析。一共收集了55例复发和44例初治的新鲜组织样本，进行测序分析。前期研究报道的初治鼻咽癌外显子测序数据经由美国国家生物技术信息序列读取档案中心www.ncbi.nlm.nih.gov/sra(登记号.SRA288429和SRA291304)和欧洲核酸档案中心(登记号PRJEB12830)下载。这些文件包含由zheng等人报道的50例初治鼻咽癌患者43及由Li等人报道的69例初治鼻咽癌患者的外显子测序数据41。2.基因组DNA的准备和全基因组、全外显子组测序使用DNeasy血和组织试剂盒(Qiagen,Valencia,CA)根据产品的说明书提取基因组DNA。使用1％的琼脂糖凝胶电泳检测样本DNA是否存在降解和污染。使用DNA试剂盒和2.0荧光光度计检测DNA的浓度。对于全基因组测序(WGS)，每个样本需要0.8ug基因组DNA(其分子量高，>20Kb单band)用于DNA文库的构建。使用TruSeqNanoDNAHTSamplePrepKit(Illumina,USA)进行文库构建，并对每个样本添加指数代码。简而言之，通过Covaris超声系统将基因组DNA样品片段化至～350bp的大小。然后，将DNA片段进行末端抛光，加A尾，并与全长接头连接以用于Illumina测序，然后进一步行PCR扩增。在纯化PCR产物(AMPureXP系统)后，通过Agilent2100生物分析仪分析文库的大小分布，并通过实时PCR(3nmol/L)进行定量。根据制造商的说明，使用HiSeqXPEClusterKitv2.5(Illumina)在cBotClusterGenerationSystem上进行索引编码样本的聚类。在聚类完成后，在IlluminaHiSeqX平台上对DNA文库进行测序，并产生150bp的配对末端读段。对于全外显子组测序(WES)，通过Covaris技术对43个复发鼻咽癌和27个初治鼻咽癌患者的肿瘤和匹配外周血的合格基因组DNA行片段化本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种评估鼻咽癌复发的生物标志物，其特征在于，所述生物标志物选自NOTCH1基因、NAPA基因、RPL22基因、FAM135B基因和NCKAP5L基因中的至少一种。

【技术特征摘要】
1.一种评估鼻咽癌复发的生物标志物，其特征在于，所述生物标志物选自NOTCH1基因、NAPA基因、RPL22基因、FAM135B基因和NCKAP5L基因中的至少一种。2.根据权利要求1所述的评估鼻咽癌复发的生物标志物在筛选鼻咽癌复发检测试剂中的用途。3.根据权利要求1所述的评估鼻咽癌复发的生物标志物在制备鼻咽癌复发检测试剂中的用途。4.检测如权利要求1所述生物标志物突变频率的试剂在制备用于检测鼻咽癌复发的试剂盒中的用途。5.一种检测鼻咽癌复发的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含检测权利要求1所述生物标志物突变频率的试剂和DNA提取...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈明远，游瑞，刘友平，于涛，邹雄，
申请(专利权)人：中山大学肿瘤防治中心中山大学附属肿瘤医院，中山大学肿瘤研究所，
类型：发明
国别省市：广东,44