一种与猪体长性状相关的InDel分子标记制造技术

本发明专利技术属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及一种与猪体长相关的InDel分子标记。通过整合NCBI数据库和欧洲生物信息研究所中公开的包含58个品种的469头猪的重测序数据，对比猪参考基因组序列获得基因分型数据，得到一种与猪体长性状相关的分子标记，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，在该序列的第51‑52位碱基处存在一个AT/A的碱基缺失。当个体拥有该InDel时，具有更小的体长。本发明专利技术公开了筛选与猪体长相关分子标记的方法及其关联分析方法的应用。为猪体长的标记辅助选择提供了一个新的InDel分子标记资源。

A InDel marker linked to body length traits in pigs

【技术实现步骤摘要】
一种与猪体长性状相关的InDel分子标记
本专利技术属于猪分子标记筛选
，具体涉及一种与猪体长性状相关的InDel分子标记。本专利技术所述的分子标记可用于猪体长的辅助选择和预测。
技术介绍
猪是家畜生产中重要的经济动物。家猪作为人类最早驯化的家养动物之一，起源于欧亚野猪(Susscrofa)，随后欧亚野猪在欧洲和亚洲分别被独立驯化(LarsonG,DobneyK,AlbarellaU,etal.Worldwidephylogeographyofwildboarrevealsmultiplecentersofpigdomestication[J].Science,2005,307(5715):1618-1621.)。由于这种独立驯化过程，欧洲猪种和亚洲猪种之间有着区别分明的种质特色，例如欧洲猪种拥有更高的瘦肉率和更大的体型，亚洲猪种则脂肪含量更高，并且拥有高产仔数和早熟的优点。猪的体长是重要的经济性状，可以用于评估猪的生产性能，生长状况等，同时，猪的体长也作为重要的评估指标应用于育种的选择当中，体长属于猪的体型性状，体型性状被报道过和繁殖性状，生长性状等均有相关性(宋志芳,邢荷岩,于国升,芦春莲,曹洪战.猪体型性状的研究进展及其重要性[J].猪业科学,2017,34(07):120-122+4.)。因此，探索发现体长遗传机制的相关分子标记有助于更好的展开猪的育种研究。InDel即Insertion/Deletion(插入/缺失)，是一种长度在1bp至10000bp的遗传标记。有研究表明相当多的InDel位于基因的编码外显子内或者启动子内，说明InDel可以影响基因的表达从而影响其功能(MillsRE,PittardWS,MullaneyJM,etal.Naturalgeneticvariationcausedbysmallinsertionsanddeletionsinthehumangenome[J].Genomeresearch,2011,21(6):830-839.)。全基因组关联分析(Genome-wideassociationstudy,GWAS)作为一种关联分析方法，在复杂性状的相关研究中具有比连锁分析效果更好，统计效力更高的优点，最初是1996年由Risch首次提出的(RischN,MerikangasK.Thefutureofgeneticstudiesofcomplexhumandiseases.[J].Science,1996,273(3):350-354.)作为在全基因组范围内探索鉴定实验群体中和目标表型相关联的遗传标记的有力工具，全基因组关联分析已经被广泛应用于各类研究，其中包括人类疾病以及家畜重要经济性状等等(VisscherPM,BrownMA,McCarthyMI,etal.FiveyearsofGWASdiscovery[J].TheAmericanJournalofHumanGenetics,2012,90(1):7-24.)本专利通过整合NCBI数据库(SRA,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/)和欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI,https://www.ebi.ac.uk/)中公开的包含58个品种的469头猪的重测序数据，使用MVP软件，利用MLM模型(ZhangZ,ErsozE,LaiCQ,etal.Mixedlinearmodelapproachadaptedforgenome-wideassociationstudies[J].Naturegenetics,2010,42(4):355.)，筛选出与体长相关的InDel分子标记，为猪体长的辅助选择和体长预测改良提供了新的分子标记基础，对于猪的育种具有重要意义。本专利中发现的InDel与猪体长的相关性达到了显著水平，为猪的体长相关研究提供了新的遗传资源。
技术实现思路
本专利技术的目的在于克服现有技术的缺陷，筛选一种猪与体长性状相关的分子标记，通过将猪重测序数据比对到猪参考基因组(基因组版本11.1，Sscrofa11.1)上，获得SNP和InDel的分型数据，并使用全基因组关联分析(GWAS)筛选与猪体长相关的InDel，为猪体长的相关育种提供了新的分子标记资源和应用。本专利技术的技术方案如下叙述：申请人通过整合NCBI数据库(SRA,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/)和欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI,https://www.ebi.ac.uk/)中公开的包含58个品种的469头猪的重测序数据，并将猪重测序数据比对到猪参考基因组(基因组版本11.1，Sscrofa11.1)上，获得InDel分型数据，筛选出相关分子标记。其核苷酸序列如SEQIDNO:1所示，这段序列上可以找到突变位点，SEQIDNO:1所示序列的第51-52位碱基处存在一个AT/A的T碱基的缺失。该InDel是猪X染色体上83635710bp处发生的缺失，即原83635710-83635711bp的AT碱基缺失T碱基，为AT→A。该分子标记可以作为检测与猪体长相关的分子标记，且当该InDel出现时，猪具有更小的体长。申请人提供了一种筛选猪体长性状相关的InDel分子标记的方法，所述的方法包括如下步骤：①整合了NCBI数据库(SRA,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/)和欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI,https://www.ebi.ac.uk/)中公开的包含58个品种的469头猪的重测序数据，并将猪重测序数据比对到猪参考基因组(基因组版本11.1，Sscrofa11.1)上，获得InDel分型数据；②根据群体中个体对应的品种信息，通过查阅中国畜禽遗传资源志(猪志)，维基百科，国外相关猪品种网站，猪遗传资源相关文献等，统计了每个品种的平均体长，并将该体长作为表型；③采用混合线性模型的方法，利用R统计环境下MVP软件包中的MLM模型进行GWAS分析。具体模型如下：y＝Xβ+Zμ+e，其中，y代表个体的表型值，β代表包括主成分(principlecomponent)在内的固定效应，μ代表服从分布的随机效应，该分布中G代表由对应个体的SNP计算的亲缘关系矩阵。X和Z代表β和μ的关联矩阵,e代表残差向量(vectorofresidualerrors)。本专利技术筛选的分子标记可应用于非诊断目的的对猪体长相关基因的基因型或猪体长性状相关的关联分析中，为猪的体长性状的分子标记辅助选择提供了新的分子标记资源。本专利技术与现有技术相比具有的有益效果：本专利技术可通过在体外采用基因芯片技术检测猪的基因型，作为非诊断目的的评价猪的体长，与目前的PCR-RFLP等方法相比，本专利技术具有简单、快捷、灵敏度高和特异性好等突出优点。更详细的技术方案请参见《具体实施方式》。附图说明图1：本专利技术的总体技术流程示意图。图2：本专利技术的分子标记上下游50bp的核苷酸序列和本专利技术分子标记的核苷酸序列。附图标记说明：在图2显示的核苷酸序列的第51-52位碱基处存在一个AT/A的T碱基的缺失。图3：是本专利技术的曼哈顿图。附图标记说明：本专利技术研究性状的是猪体长性状，黑色圆圈及箭头指向标记的为本专利技术筛选本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与猪体长性状相关的InDel分子标记，其特征在于，所述的分子标记的核苷酸序列如下所示：GACTTGTAGGTCAATGCCATTGGCTCCTCCACTTTCTCAATATCTTAGAAAT(AT/A)TTT TTTTTCTTCTTAGGGACACACCTGCAGCAATTGGAAATTCCCAGGC，在上述序列的51‑52bp碱基处存在一个AT/A的碱基缺失，当个体基因型为AA时，不利于个体体长的增加。

【技术特征摘要】
1.一种与猪体长性状相关的InDel分子标记，其特征在于，所述的分子标记的核苷酸序列如下所示：GACTTGTAGGTCAATGCCATTGGCTCCTCCACTTTCTCAATATCTTAGAAAT(AT/A)TTTTTTTTCTTCTT...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘小磊，许婧雅，朱猛进，赵云霞，刘向东，倪德斌，刘望宏，周全，谢胜松，马云龙，项韬，赵书红，余梅，李新云，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42