一种公猪有效精子数相关的分子遗传标记制造技术

本公开提供一种公猪有效精子数相关的分子遗传标记，通过公猪有效精子数与全基因组分子遗传标记的关联分析，成功筛选影响公猪每次采精有效精子数的大效应分子遗传标记。鉴定了一个影响公猪精子有效精子数的分子标记ALGA0123896，该标记不同基因型公猪单次采精有效精子数有极显著差异，筛选出影响公猪精子有效精子数的分子遗传标记，ALGA0123896属于NC_010444基因内含子序列，该位置为一个T>C突变。通过检测该分子标记，可以应用于种公猪精液产量的选育，选留每次采精有效精子数含量高的纯合公猪，通过持续选育，可有效提高公猪有效精子数量，加快优质公猪精液产量的选育进度。

A Molecular Genetic Marker Related to Effective Sperm Number in Boars

【技术实现步骤摘要】
一种公猪有效精子数相关的分子遗传标记
本公开涉及猪遗传基因
，特别涉及一种公猪有效精子数相关的分子遗传标记。
技术介绍
近年来，随着养殖业的规模化、集约化发展，越来越多的猪场使用鲜精进行人工授精，人工授精已成为一种强有力的猪生产高度集约化工具。种公猪高品质精液不仅可以提供优良的遗传资源，而且直接影响母猪的繁殖力以及人工授精的成功率。因此输精之前对精液进行检测是必不可少的。通过对精液质量评定还能监控公猪健康状况和繁殖潜力，从而可优化个体遗传潜力，发挥最大繁殖能力。有效精子数是评价精液品质的一项重要指标。在人工授精的过程中，由于精子形态和活力不佳等而导致有效精子数量降低，从而导致怀孕率下降。因此，在人工授精之前，必须对精子的形态以及活力进行分析检测。精子畸形是影响每次采精有效精子数的重要因素，精子畸形率是指畸形精子占总精子的百分率。公猪的畸形精子率一般不能超过18％，否则应弃去。畸形精子指巨型精子、短小精子、断尾、断头、顶体脱落、原生质、头大、双头、双尾、折尾等精子，一般不能直线运动，受精能力较差(猪精液的检测及测定标准，综合养猪)。现今常用吉姆萨染色法测定畸形率，此种方法计数准确但费时费力(质量监督检验检疫总局.GB23238—2009种猪常温精液[S].北京:中国标准出版社，2009)。畸形率较高，经过数月正常天气和良好的饲喂调整，再对种公猪精子进行形态观察，仍有较高的畸形率，则可认为畸形率高是由于种公猪遗传因素造成的，应予以淘汰(成华初,崔霞,吴云华.种公猪精子畸形率增高的原因及处理对策[J].中国畜牧兽医文摘，2017,33(09):70)。除畸形率外，每次采精的精液体积、密度、活力也影响有效精子数。挖掘和利用新的提高有效精子数的基因对于种公猪的遗传育种有着重大意义。基于覆盖全基因组的高密度SNP数据和大群体的性状表型记录，可通过全基因组关联分析技术(GWAS)(Hirschhorn,J.N.&Daly,M.J.Genome-wideassociationstudiesforcommondiseasesandcomplextraits.Nat.Rev.Genet.6,95–108(2005))准确定位控制性状的候选基因。尽管该技术仍然存在一些缺陷(De,R.,Bush,W.S.&Moore,J.H.Bioinformaticschallengesingenome-wideassociationstudies(GWAS).MethodsMol.Biol.1168,63–81(2014))，其已被广泛应用于人类复杂疾病候选基因挖掘和畜禽重要经济性状关键基因的定位。经典的GWAS一般基于Plink(Purcell,S.etal.PLINK:AToolSetforWhole-GenomeAssociationandPopulation-BasedLinkageAnalyses.Am.J.Hum.Genet.813,559–575(2007))等软件对所有标记逐个进行单标记回归分析，继而设定一个显著阈值来筛选显著位点。这类方法往往面临计算强度大、过高估计标记效应、显著性阈值设定不合理等问题。为了进一步提高GWAS的效率，新方法和软件不断被提出。其中，一步法全基因组关联分析(wssGWAS(WANG,H.,MISZTAL,I.,AGUILAR,I.LEGARRA,A.&MUIR,W.M.Genome-wideassociationmappingincludingphenotypesfromrelativeswithoutgenotypes.GenetRes94,73–83(2012))；(Wang,H.etal.Genome-wideassociationmappingincludingphenotypesfromrelativeswithoutgenotypesinasingle-step(ssGWAS)for6-weekbodyweightinbroilerchickens.Front.Genet.5,1–10(2014)))同时利用系谱、历史个体表型记录和基因型数据进行关联分析，适用于大量个体拥有表型记录而只有少量个体拥有基因型数据的情况，尤其适用于畜禽重要经济性状的全基因组关联分析。基于GBLUPf90软件(Misztal,I.etal.BLUPF90andrelatedprograms(BGF90).inProc.7thWorldCongr.Genet.Appl.Livest.Prod.21–22(2002).doi:9782738010520)，可轻易实现wssGWAS。在不同的研究群体中，前人已经定位到了部分影响公猪精液性状的候选基因或者基因组区域，见参考文献(Marques,D.B.D.D.etal.Weightedsingle-stepGWASandgenenetworkanalysisrevealnewcandidategenesforsementraitsinpigs.Genet.Sel.Evol.50,1–14(2018))；(Kaewmala,K.etal.AssociationstudyandexpressionanalysisofCD9ascandidategeneforboarspermqualityandfertilitytraits.Anim.Reprod.Sci.125,170–179(2011))；(Kaewmala,K.etal.InvestigationintoassociationandexpressionofPLCzandCOX-2ascandidategenesforboarspermqualityandfertility.Reprod.Domest.Anim.47,213–223(2012))；(Gunawan,A.etal.InvestigationonassociationandexpressionofESR2asacandidategeneforboarspermqualityandfertility.Reprod.Domest.Anim.47,782–790(2012))；(Diniz,D.B.etal.Agenome-wideassociationstudyrevealsanovelcandidategeneforspermmotilityinpigs.Anim.Reprod.Sci.151,201–207(2014)))。
技术实现思路
针对上述技术问题，本公开提供一种公猪有效精子数相关的分子遗传标记，通过公猪有效精子数与全基因组分子遗传标记的关联分析，成功筛选影响公猪每次采精有效精子数的大效应分子遗传标记，将本公开应用于种公猪精液产量的选育，选留每次采精有效精子数量大的纯合公猪，可有效提高有效精子数量。通过鉴定了一个影响公猪精子有效精子数的分子标记ALGA0123896，该标记不同基因型公猪单次采精有效精子数有极显著差异，筛选出影响公猪精子有效精子数的分子遗传标记，ALGA0123896属于NC_010444基因内含子序列，该位置为一个T>C突变，T>C即T为大频率的等位基因，C为小频率的等位本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种公猪有效精子数相关的分子遗传标记，其特征在于，所述分子遗传标记为SNP分子遗传标记，SNP分子遗传标记位于猪2号染色体147528447bp位置，属于NC_010444基因内含子序列，位置为一个T>C突变的突变位点，猪参考基因组为Sscrofa11.1。

【技术特征摘要】
1.一种公猪有效精子数相关的分子遗传标记，其特征在于，所述分子遗传标记为SNP分子遗传标记，SNP分子遗传标记位于猪2号染色体147528447bp位置，属于NC_010444基因内含子序列，位置为一个T>C突变的突变位点，猪参考基因组为Sscrofa11.1。2.根据权利要求1所述的一种公猪有效精子数相关的分子遗传标记，其特征在于，所述SNP分子遗传标记的序列为突变位点的上下游100bp序列。3.根据权利要求2所述的一种公猪有效精子数相关的分子遗传标记，其特征在于，所述SNP分子遗传标记的序列为以下所示：5’-ATCAACTATGACTTTCTTTTCAGAAAAAAAGCAGCTGCAATTCTACACCAGGAATGCAGGTAATCACACTTAACAAGTAATATAGTGTCTGCTGCAGCTARTA...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵云翔，李智丽，邝伟键，朱晓萍，喻维维，
申请(专利权)人：佛山科学技术学院，
类型：发明
国别省市：广东,44