诊断新生物的方法–II技术

本发明专利技术总体上涉及核酸分子，所述核酸分子的DNA或RNA或蛋白质表达谱的改变代表发生新生物、发生新生物的倾向性和/或新生物的进展。更具体地，本发明专利技术涉及核酸分子，所述核酸分子的DNA或RNA或蛋白质表达谱的改变代表大肠新生物(例如腺瘤或腺癌)的发生和/或进展。本发明专利技术的DNA或表达谱的用途包括但不限于结直肠新生物(例如结直肠腺癌)的诊断和/或监测。因此，本发明专利技术的另一方面涉及通过筛查一或多种核酸分子标记物的DNA或RNA或蛋白质表达谱的调变而筛查个体发生新生物、发生新生物的倾向性和/或新生物的进展的方法。

Diagnostic methods for new organisms - II

【技术实现步骤摘要】
诊断新生物的方法–II本申请为申请日为2008年10月23日、申请号为200880122458.7、专利技术名称为“诊断新生物的方法-II”的专利技术专利申请的分案申请。专利
本专利技术总体上涉及核酸分子，所述核酸分子的DNA或RNA或蛋白质表达谱的改变代表发生新生物、发生新生物的倾向性和/或新生物的进展。更具体地，本专利技术涉及核酸分子，所述核酸分子的DNA或RNA或蛋白质表达谱的改变代表大肠新生物(例如腺瘤或腺癌)的发生和/或进展。本专利技术的DNA或表达谱的用途包括但不限于结直肠新生物(例如结直肠腺癌)的诊断和/或监测。因此，本专利技术的另一方面涉及通过筛查一或多种核酸分子标记物的DNA或RNA或蛋白质表达谱的调变而筛查个体发生新生物、发生新生物的倾向性和/或新生物的进展的方法。
技术介绍
本说明书中按照作者姓名引用的出版物的详细信息以字母顺序汇集在说明书的最后。本说明书中对任何现有技术出版物(或自其产生的信息)或任何已知事物的引用均不是并且也不应该被认为是承认或以任何形式提示该现有技术出版物(或自其产生的信息)或已知事物构成本说明书所涉及的
的公知常识的一部分。腺瘤是上皮来源的良性肿瘤或新生物(neoplasms)，它们源自腺体组织或展现出清楚的腺状结构。一些腺瘤显示出可识别的组织特征，例如纤维组织(纤维腺瘤)和上皮结构，而其他一些，例如支气管腺瘤，产生活性化合物可导致出现临床综合征。腺瘤可以进展变成侵袭性新生物，称为腺癌。因此，腺癌被定义为来源于腺体结构(体内许多数器官的组成部分)的恶性上皮肿瘤。术语腺癌也适用于显示出腺样生长模式的肿瘤。可以根据这些肿瘤所产生的物质(例如粘液分泌型和浆液型腺癌)或它们的细胞在显微镜下排列成的方式(例如乳头状和滤泡状腺癌)而将它们分为亚型。这些癌症可以是实体性的或囊性的(囊腺癌)。各个器官可产生多种组织类型的肿瘤，例如卵巢可产生粘液性和囊腺癌。不同器官的腺瘤具有不同的行为。一般而言，腺瘤的总体癌变(即，在良性病变内已经出现癌灶)发生率大约为5％。不过，这与腺瘤的大小相关。例如，在大肠(具体为结肠和直肠)内，小于1厘米的腺瘤中极少发生癌变。但在大于4厘米且显示出特定组织病理学改变如绒毛改变或高度发育异常(dysplasia)的腺瘤中，癌变发生率估计为40至50％。发育异常程度越高的腺瘤其癌变发生率也越高。在任何给定的结直肠腺瘤中，该器官中目前存在癌症或未来出现癌症的预测因子包括大小(特别是大于9mm)、从管状转变为绒毛状形态学的改变程度、存在高度发育异常以及称为“锯齿状腺瘤(serratedadenoma)”的形态学改变。在任何给定的个体中，年龄增加、家族中出现结直肠腺瘤或癌、男性或多个腺瘤等额外因素，提示未来该器官癌变的风险增加——这些是所谓的癌症风险因子。除了腺瘤的存在及其大小之外，这些因子均未被客观定义，且除了数量和大小之外的因子均易于受到观察者的错误以及对该因素没有准确定义的混乱情况的影响。由于这些因子难以评估和定义，它们作为当前和未来发生癌症的风险预测因子的价值是不确定的。一旦出现散发的腺瘤，在26个月内出现新腺瘤的机会大约为30％。结直肠腺瘤这类腺瘤的发病率逐渐增加，特别是在较富裕的国家。引起腺瘤及其进展为腺癌的原因仍然是热门研究课题。目前认为除了遗传易感性以外，环境因素(例如饮食)在该病的发生中也起作用。大多数研究指出有关的环境因素涉及饮食中的高脂肪、低纤维、低蔬菜摄入、肥胖、体力活动少和大量精制碳水化合物。结肠腺瘤是局部的发育异常上皮病灶，最初可仅累及一或几个隐窝，可不突出表面，但不断长大，通常是增殖和/或凋亡失衡所致，结肠腺瘤可以是突出的。腺瘤可通过不同方式加以分类。一种方式是根据其大体的外观，主要的描述符包括突出的程度：平坦无蒂(即，突出但无明显的蒂)或有蒂(即，具有蒂)。其他大体描述符包括最大方向上的实际长度以及在结肠/直肠内的实际数量。小腺瘤(例如小于5或10毫米)具有平滑的黄褐色表面，而有蒂且特别是是较大的腺瘤倾向于具有鹅卵石样或分叶状的棕红色表面。较大的无蒂腺瘤可具有更加细致的绒毛表面。另一类描述符包括组织病理学分类：具有临床意义的主要描述符包括发育异常的程度(低度或高度)，是否存在侵润癌灶，从管状腺形成到绒毛腺形成的转变程度(据此分类为管状、绒毛状或管状绒毛状)，存在混合增生改变以及存在所谓的“锯齿状”腺瘤及其亚组。腺瘤可位于结肠和/或直肠的任何部位，但它们在在直肠和远端结肠更加常见。除了数量和大小，所有这些描述符均相对主观，在不同观察者之间可有不同意见。腺瘤的各种描述性特征的价值不仅在于可确定特定腺瘤的新生状态，也可预测个体将来发生结直肠腺瘤或癌的风险。提示个体将来发生癌或反复出现新腺瘤的风险的腺瘤特征或腺瘤数量包括：最大腺瘤的大小(特别是10mm或以上)，绒毛状改变的程度(特别是至少25％的此类改变，尤其是100％的此类改变)，高度发育异常，数量(3个或以上的任何大小或组织学状态的腺瘤)或存在锯齿状腺瘤特征。除了大小和数量，这些描述符无一是客观的，它们均相对主观，在不同观察者之间可有不同意见。这些关于将来发生新生物形成(neoplasia)的风险的预测因子在实践中至关重要，这是因为它们可用于确定将来是否需要进行结肠镜监测及其频率。因此，更加精确的风险分类或许可降低结肠镜的需要量，提高成本效益率，并降低因不必要的操作所导致的并发症的风险。腺瘤通常是无症状的，因此在它们可能出现侵袭特性并变成癌之前的阶段难以对其做出诊断和治疗。从技术上讲，无法基于腺瘤的大体外观预测是否存在癌症，不过认为较大的腺瘤较较小的腺瘤更有可能出现恶性改变区域。无蒂腺瘤较同等大小的有蒂腺瘤具有更高的癌变率。一些腺瘤导致失血，可在粪便中观察到或检测到这种失血；尽管有时是肉眼可见的，但当其发生时，通常是显微镜下的或为“潜血”。较大的腺瘤比较小的腺瘤更容易出血。但是，由于便血(无论是明显的还是潜血)也可以由非腺瘤性病变引起，因此在不进行高创伤性方法例如结肠镜加切除(即，息肉切除术)或活检获取组织并随后进行组织病理学分析的情况下很难准确诊断腺瘤。因此，一直需要阐明腺瘤的原因并开发更具指示性的诊断方案或诊断辅助方法，以便能够对更有可能具有腺瘤的人直接进行结肠镜检查。这些腺瘤可能是高风险的，高度进展的，或既不是高风险的也不是进展的，特别是那些能够实现快速、常规和准确诊断腺瘤的方案。此外，在结肠镜后也难以确定是否所有腺瘤均已切除，对于患有多发腺瘤的人尤其如此。准确的筛查测试可最大程度降低对通过进行早期第二次结肠镜检查以确保结肠的新生物已经被清除的需求。因此，鉴定腺瘤的分子标记物将为理解腺瘤和癌症的成因、改进腺瘤的诊断(包括开发有用的筛查测试法)、阐明腺瘤的组织学阶段、根据腺瘤的分子状态表征患者未来发生结直肠新生物形成的风险和促进腺瘤治疗等提供手段。迄今为止的研究集中于鉴定那些导致发生结直肠新生物的基因突变。但导致作出本专利技术的研究则是确定那些同样表达于健康个体的基因的DNA或RNA或蛋白质表达谱的改变，所述改变代表发生大肠新生物(例如腺瘤和腺癌)。已经进一步确定，就大肠新生物而言，可基于一组这样的差异性表达基因中的一或多个基因而作出诊断。在一个有关的方面，已经进一步确定，对于无论是本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.筛查个体发生大肠新生物或发生大肠新生物的倾向性或监测新生物的进展的方法，所述方法包括评估来自所述个体的生物学样品中的一或多种基因或转录物的表达水平，所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：

【技术特征摘要】
2007.10.23 US 60/982,1151.筛查个体发生大肠新生物或发生大肠新生物的倾向性或监测新生物的进展的方法，所述方法包括评估来自所述个体的生物学样品中的一或多种基因或转录物的表达水平，所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：其中相对于对照水平而言组(i)和/或组(ii)的基因或转录物的较低表达水平代表新生性大肠细胞或倾向于发生新生状态的细胞。2.权利要求1的方法，其中所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：220026_at；和/或(ii)CLCA4。3.权利要求1的方法，其中所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：214142_at；和/或(ii)ZG16。4.权利要求1的方法，其中所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：209301_at205950_s_at；和/或(ii)CA2CA1。5.权利要求1的方法，其中所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：220834_at；和/或(ii)MS4A12。6.权利要求1的方法，其中所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：206784_at；和/或(ii)AQP8。7.权利要求1的方法，其中所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：203908_at，206198_s_at，205547_s_at，207003_at，206422_at，209613_s_at，207245_at；和/或(ii)SLC4A4，CEACAM7，TAGLN，GUCA1B，GCG，ADH1B，UGT2B17。8.权利要求1的方法，其中所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：206134_at，217546_at，206561_s_at，211719_x_at，202291_s_at209687_at；和/或(ii)ADAMDEC1，MT1M，AKR1B10，FN1，MGP，CXCL12。9.权利要求1的方法，其中所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：10.权利要求1的方法，其中所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：11.权利要求1-10中任一项的方法，其中所述新生细胞是腺瘤或腺癌。12.权利要求1的方法，其中所述新生物是腺瘤，且所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：13.权利要求1或11的方法，其中所述新生物是癌，且所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因：14.权利要求1-13中任一项的方法，其中所述对照水平是非新生物水平。15.筛查个体发生大肠新生物或发生大肠新生物的倾向性的方法，所述方法包括筛查来自所述个体的生物学样品中的一或多种基因或转录物的表达水平，所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：其中基本上不高于背景水平的组(i)和/或组(ii)的基因或转录物的表达水平代表新生细胞或倾向于发生新生状态的细胞。16.权利要求15的方法，其中所述新生细胞是腺瘤或腺癌。17.权利要求15或16的方法，其中所述新生物是腺瘤，且所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：209209_s_at，225381_at，227529_s_at，227623_at，227705_at；和/或(ii)AKAP12，LOC399959，PLEKHC1，TCEAL7。18.权利要求15或16的方法，其中所述新生物是癌，且所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测...

【专利技术属性】
技术研发人员：L·C·拉普安特，R·邓恩，G·P·扬，T·J·洛基特，W·J·威尔逊，P·L·莫洛伊，
申请(专利权)人：临床基因组学有限公司，联邦科学技术研究组织，
类型：发明
国别省市：澳大利亚,AU