一种与辣椒核不育相关的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术属于蔬菜分子育种技术领域，具体涉及一种与辣椒核不育相关的SNP分子标记及其应用。所述的与辣椒核不育相关的SNP分子标记为SNP2、SNP3、SNP4、SNP7或SNP8，其SNP位点的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～5所示，该分子标记与辣椒育性表型共分离或紧密连锁。本发明专利技术还提供了一种鉴定上述SNP分子标记的KASP引物，该引物可以用于快速鉴定辣椒育性表型，能够极大地加快新的辣椒核雄性不育系的转育进程。而本发明专利技术开发的与辣椒核不育相关的SNP分子标记属于核不育基因共分离SNP标记，可以实现在辣椒幼苗期判定植株育性，从而减少制种成本。同时，也可以加速新的辣椒核雄性不育系的转育进程。

A SNP Molecular Marker Related to Genic Male Sterility in Pepper and Its Application

The invention belongs to the technical field of vegetable molecular breeding, in particular to an SNP molecular marker related to pepper nuclear sterility and its application. The SNP molecular markers related to pepper genic male sterility are SNP2, SNP3, SNP4, SNP7 or SNP8. The nucleotide sequence of the SNP loci is shown as SEQ ID NO.1-5. The molecular markers are separated or closely linked with pepper fertility. The present invention also provides a KASP primer for identifying the above SNP molecular markers. The primer can be used for rapid identification of fertility phenotype of pepper, and can greatly accelerate the transformation process of new pepper genic male sterile lines. The SNP molecular marker related to the pepper nuclear sterility developed by the invention belongs to the SNP marker of the nuclear sterility gene co-segregation, which can realize the determination of plant fertility at the seedling stage of pepper, thereby reducing the seed production cost. At the same time, it can also accelerate the transformation process of new pepper genic male sterile lines.

【技术实现步骤摘要】
一种与辣椒核不育相关的SNP分子标记及其应用
本专利技术属于蔬菜分子育种
，具体涉及一种与辣椒核不育相关的SNP分子标记及其应用。
技术介绍
辣椒是世界范围内广泛栽培的一种茄科蔬菜作物。辣椒杂种优势明显，杂种一代种子是辣椒目前和今后生产用种的主要利用形式。利用雄性不育繁殖杂种一代种子可以免除人工去雄，从而降低种子生产成本，是辣椒杂种优势利用的理想途径。用于辣椒杂种一代种子生产的雄性不育类型主要有两种，即质核互作雄性不育(cytoplasmicmalesterility，CMS)和细胞核雄性不育(genicmalesterility，GMS)。后者比前者通常具有不育性更为稳定和不受恢保关系限制等优点，而且GMS不存在不育胞质负效应和胞质单一化的潜在风险。自1969年Shifriss等发现第一个自然突变的辣椒GMS基因(命名为ms1)以来，国内外先后报道了20多个人工或自然突变的辣椒GMS基因。但是，仅有少数基因被确定基因座位，如ms1、ms3、ms8、msw、msnw和msc-1分别被定位于辣椒5、1、4、5、5和2号染色体上，其余辣椒GMS基因的物理位置以及它们之间的等位关系均尚不清楚。此外，目前利用GMS两用系进行辣椒杂种一代种子生产时，仍采用常规的方法，即从开花初期开始，人工鉴别单株育性后，逐一拔除群体中的约50％的可育株，这极大地限制了GMS的大规模应用。通过开发辣椒GMS基因紧密连锁的分子标记，可以实现在种子或者苗期阶段对个体育性进行早期鉴别，对于GMS的高效转育以及提高杂种一代制种效率均具有重要的意义。
技术实现思路
为了克服现有技术的不足和缺点，本专利技术的首要目的在于提供一种与辣椒核不育相关的SNP分子标记。本专利技术的另一目的在于提供上述与辣椒核不育相关的SNP分子标记的应用。本专利技术的再一目的在于提供一种鉴定上述与辣椒核不育相关的SNP分子标记的KASP引物。本专利技术的第四个目的在于提供上述鉴定与辣椒核不育相关的SNP分子标记的KASP引物的应用。本专利技术的第五个目的在于提供一种辣椒分子育种的方法。本专利技术的目的通过下述技术方案实现：一种与辣椒核不育相关的SNP分子标记，为SNP2、SNP3、SNP4、SNP7或SNP8，其中，SNP2的SNP位点对应于辣椒参考基因组Zunla-110号染色体上第3,425,281个核苷酸位点G>T突变；SNP3的SNP位点对应于辣椒10号染色体上第3,425,392个核苷酸位点G>T突变；SNP4的SNP位点对应于辣椒10号染色体上第3,425,965个核苷酸位点C>T突变；SNP7的SNP位点对应于辣椒10号染色体上第3,511,564个核苷酸位点G>A突变；SNP8的SNP位点对应于辣椒10号染色体上第3,512,704个核苷酸位点C>A突变；所述的SNP2的SNP位点的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，其中序列中的M是G或T，导致辣椒育性表型的不同；所述的SNP3的SNP位点的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示，其中序列中的M是G或T，导致辣椒育性表型的不同；所述的SNP4的SNP位点的核苷酸序列如SEQIDNO.3所示，其中序列中的M是C或T，导致辣椒育性表型的不同；所述的SNP7的SNP位点的核苷酸序列如SEQIDNO.4所示，其中序列中的M是G或A，导致辣椒育性表型的不同；所述的SNP8的SNP位点的核苷酸序列如SEQIDNO.5所示，其中序列中的M是C或A，导致辣椒育性表型的不同；所述的与辣椒核不育相关的SNP分子标记在辣椒育种中的应用；一种鉴定上述与辣椒核不育相关的SNP分子标记的KASP引物，其核苷酸序列如下所示：引物A1-SNP2：5’-CTCATCAACCATATCACTACAACTAC-3’；引物A2-SNP2：5’-CTTCTCATCAACCATATCACTACAACTAA-3’；通用引物SNP2：5’-CTGTTAGAYAATCGCGCTGCTGCTA-3’；引物A1-SNP3：5’-AACTATATCAGTACTAATAGCAGCGC-3’；引物A2-SNP3：5’-CAACTATATCAGTACTAATAGCAGCGA-3’；通用引物SNP3：5’-GGTTGTTGAGACGACAAATGTACTGTTA-3’；引物A1-SNP4：5’-GGAAATGACTGGAAATGTGCTGTC-3’；引物A2-SNP4：5’-CGGAAATGACTGGAAATGTGCTGTT-3’；通用引物SNP4：5’-GCATCAACTAACAAAATCACAAACTGAGTT-3’；引物A1-SNP7：5’-CATATATTCCCCATCAATTATCCCAC-3’；引物A2-SNP7：5’-CATATATTCCCCATCAATTATCCCAT-3’；通用引物SNP7：5’-GAATGTAATCGGAAAAGTCAACCACGAT-3’；引物A1-SNP8：5’-CACTGCTTGGCTTGGTTGAGC-3’；引物A2-SNP8：5’-GCACTGCTTGGCTTGGTTGAGA-3’；通用引物SNP8：5’-CACATGCAAAGTTGATCAACTCCATTGAA-3’；所述的鉴定与辣椒核不育相关的SNP分子标记的KASP引物在辣椒育种中的应用；一种辣椒育性苗期分子标记鉴定的方法，包含如下步骤：以辣椒幼苗样品DNA为模板，以上述鉴定与辣椒核不育相关的SNP分子标记的KASP引物为扩增引物，进行PCR扩增，然后利用酶标仪读取PCR板上每个孔的荧光信号，根据荧光信号判定样品各SNP位点的基因分型信息，进而判定辣椒单株育性：所述的PCR扩增的反应体系(总体积为1μL)优选为：0.36μLDNA溶液(50ng)，0.5μL2×KASPMastermix1536，0.14μLPrimermix；所述的PCR扩增的反应程序优选为：95℃变性15min；94℃变性20s，61℃至55℃(每个循环降0.6℃，共10个循环)退火60s；94℃变性20s，55℃退火60s，26个循环；所述的辣椒幼苗通过如下培育：将辣椒种子利用清水浸种10h，甩干后用棉布包裹；30℃恒温催芽48h，露芽后播到营养杯中；待幼苗出土且子叶平展后，将幼苗假植到穴盘；待幼苗长至2～3片真叶平展后，得到辣椒幼苗样品；所述的辣椒幼苗样品DNA可采取CTAB法提取；所述的判定的具体方法为：SNP2位点：T＝不育，G＝可育；(2)SNP3位点：T＝不育，G＝可育；(3)SNP4位点：T＝不育，C＝可育；(4)SNP7位点：A＝不育，G＝可育；(5)SNP8位点：A＝不育，C＝可育；本专利技术相对于现有技术具有如下的优点及效果：(1)为了进一步丰富辣椒GMS基因资源以及开发紧密连锁分子标记用于辣椒GMS两用系高效制种，本专利技术对两用系群体单株进行竞争性等位基因特异性PCR(KompetitiveAlleleSpecificPCR,KASP)分析，得到5个与辣椒核不育相关的SNP分子标记，该分子标记与辣椒育性表型共分离或紧密连锁(图1)。(2)本专利技术还提供了一种鉴定上述与辣椒核不育相关的SNP分子标记的KASP引物，该引物可以用于快速鉴定辣椒育性表型，能够极大地加本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与辣椒核不育相关的SNP分子标记，其特征在于为SNP2、SNP3、SNP4、SNP7或SNP8，其中，SNP2的SNP位点对应于辣椒参考基因组Zunla‑110号染色体上第3,425,281个核苷酸位点G>T突变；SNP3的SNP位点对应于辣椒10号染色体上第3,425,392个核苷酸位点G>T突变；SNP4的SNP位点对应于辣椒10号染色体上第3,425,965个核苷酸位点C>T突变；SNP7的SNP位点对应于辣椒10号染色体上第3,511,564个核苷酸位点G>A突变；SNP8的SNP位点对应于辣椒10号染色体上第3,512,704个核苷酸位点C>A突变。

【技术特征摘要】
1.一种与辣椒核不育相关的SNP分子标记，其特征在于为SNP2、SNP3、SNP4、SNP7或SNP8，其中，SNP2的SNP位点对应于辣椒参考基因组Zunla-110号染色体上第3,425,281个核苷酸位点G>T突变；SNP3的SNP位点对应于辣椒10号染色体上第3,425,392个核苷酸位点G>T突变；SNP4的SNP位点对应于辣椒10号染色体上第3,425,965个核苷酸位点C>T突变；SNP7的SNP位点对应于辣椒10号染色体上第3,511,564个核苷酸位点G>A突变；SNP8的SNP位点对应于辣椒10号染色体上第3,512,704个核苷酸位点C>A突变。2.根据权利要求1所述的与辣椒核不育相关的SNP分子标记，其特征在于：所述的SNP2的SNP位点的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示，其中序列中的M是G或T，导致辣椒育性表型的不同；所述的SNP3的SNP位点的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示，其中序列中的M是G或T，导致辣椒育性表型的不同；所述的SNP4的SNP位点的核苷酸序列如SEQIDNO.3所示，其中序列中的M是C或T，导致辣椒育性表型的不同；所述的SNP7的SNP位点的核苷酸序列如SEQIDNO.4所示，其中序列中的M是G或A，导致辣椒育性表型的不同；所述的SNP8的SNP位点的核苷酸序列如SEQIDNO.5所示，其中序列中的M是C或A，导致辣椒育性表型的不同。3.权利要求或2所述的与辣椒核不育相关的SNP分子标记在辣椒育种中的应用。4.一种鉴定权利要求1或2所述的与辣椒核不育相关的SNP分子标记的KASP引物，其特征在于其核苷酸序列如下所示：引物A1-SNP2：5’-CTCATCAACCATATCACTACAACTAC-3’；引物A2-SNP2：5’-CTTCTCATCAACCATATCACTACAACTAA-3’；通用引物SNP2：5’-CTGTTAGAYAATCGCGCTGCTGCTA-3’；引物A1-SNP3：5’-AACTATATCAGTACTAATAGCAGCGC-3’；引物A2-SNP3：5’-CAACTATATCAGTACTAATAGCAGCGA-3’；通用引物SNP3：5’-GGTTGTTGAGACGACAAATGTACTGTTA-3’；引物A1-SNP4：5’-GGAAATGACTGGAAATGTGCTGTC-3’；引物A2-S...

【专利技术属性】
技术研发人员：程蛟文，吴智明，董骥驰，胡开林，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：广东,44