一种与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记、分子标记及应用制造技术

本发明专利技术属于动物遗传育种和SNP标记及应用领域，具体涉及与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记、分子标记及应用。所述标记位于国际绵羊基因组(Oar_v4.0)19号染色体上第31603203核苷酸位点(Chr19:31603203)，该位点存在A和G两种等位基因，位于MITF基因的第9内含子，g.31603203A/G位点具有A/G多态性，GG基因型的澳洲白绵羊蹄色表现为黑色，AG基因型的澳洲白绵羊蹄色表现为灰色，AA基因型的澳洲白绵羊蹄色表现为白色。本发明专利技术的SNP分子标记可辅助用于选育外貌统一、性状稳定的澳洲白绵羊新品系及利用澳洲白绵羊培育新品种。

A SNP Marker, Molecular Marker and Its Application with Very Significant Relevance to Hoof Colour of Australian White Sheep

The invention belongs to the field of animal genetic breeding and SNP marker and application, and specifically relates to SNP marker, molecular marker and application which are very significantly related to hoof color of Australian white sheep. The marker is located on chromosome 31603203 (Chr19:31603203) of International Sheep Genome (Oar_v4.0). There are two alleles A and G in this locus. They are located in intron 9 of MITF gene. G. 31603203A/G locus has A/G polymorphism. The hoof Australian white sheep with GG genotype is black. The hoof Australian white sheep with AG genotype is gray, and the hoof AA genotype is gray. The hoofs of Australian white sheep are white. The SNP molecular marker of the invention can be used to assist in breeding a new Australian white sheep strain with uniform appearance and stable character and breeding a new Australian white sheep strain by using the Australian white sheep.

【技术实现步骤摘要】
一种与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记、分子标记及应用
本专利技术属于基因工程及分子生物学领域，涉及动物遗传育种和SNP标记及应用，特别是一种与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记、分子标记及应用。
技术介绍
澳洲白绵羊是澳大利亚澳洲白绵羊育种者协会集成了白头杜泊绵羊，万瑞绵羊，无角陶赛特羊和特克塞尔羊的品种优良基因，采取特定比例的基因组合培育而成的粗毛型专门化肉羊品种。该品种2009年10月在澳大利亚正式注册，2011年3月上市。2011年5月，澳洲白绵羊由天津奥群牧业有限公司从澳大利亚HVD育种公司引进。针对引种及本土驯化遇到的问题，在完成引种适应性试验后，结合本地情况，逐步改进种羊饲养管理方法的同时，加强性能测定，应用所建立的小群体选育方法开展品系选育。经过持续选育，高效快繁，及不同规模和饲养环境下饲养管理技术的调整后，形成了独有的遗传特征为黑色蹄，遗传稳定、群体结构合理、具有一定规模的群体，表现出适应性良好、体型大、生长快、成熟早、全年发情、自动换毛、抗逆性好及羔羊成活率高等特点。随着天津奥群牧业有限公司引入澳洲白绵羊选育后的黑蹄种羊在我国东北三省、京津冀、内蒙、甘肃、山东、山西、河南、河北、安徽、新疆等绵羊养殖区广泛推广，其蹄色遗传特征的遗传机制也越来越被人们所关注。根据澳洲白绵羊不同的品系或血统来源，其蹄色可呈现黑色、灰色或琥珀色，或是因不同色素组合而成条纹状(AustralianWhiteSheepBreedStandards,2015)。一般来说，包括蹄色在内的动物颜色性状均属于由少数基因座控制的质量性状，其颜色主要取决于黑色素类型及其相对数量。黑色素类型可分为真黑色素(eumelanin)和褐黑色素(pheomelanin)，前者不含硫原子，难溶于各种溶剂，主要呈棕色或黑色；后者含硫原子，为溶于碱的圆形红色颗粒，呈黄色或微红棕色。黑色素是由黑色素细胞内的黑色素小体产生的一种不溶于水和大多数有机溶剂的无定形蛋白质衍生物，其真、褐黑色素比例与酪氨酸酶(Tyrosinase,TYR)的活性密切相关。MITF基因作为黑色素生成相关转录因子，其编码的MITF蛋白可作用于酪氨酸基因家族(TYR、TYRP1和TYRP2)启动子中CATGTG序列，催化酪氨酸代谢，促进真黑色素合成。MITF蛋白属于Tfe转录因子超家族成员，能够以二聚体形式结合以“CANNTG”为核心的E-盒或M-盒序列，起到调控目标基因转录表达的作用。以往研究证明了MITF参与了黑色素细胞、眼色素上皮细胞、破骨细胞的发育、分化与功能调节。因此，MITF基因与真黑色素形成密切相关，从而间接调控动物颜色性状。当前，针对澳洲白绵羊蹄色的选择主要依赖于观察者对蹄色的主观评价，在深灰色、灰色、浅灰色的评价上，不同观察者间存在差异，降低了选种的准确性。而分子标记辅助选择仅依赖于动物自身的基因型信息，不依赖于观察者对蹄色的主观评价，可以有效的提高选择的准确性，但目前缺乏可用于蹄色选择的分子标记。因此筛选、鉴定蹄色相关的分子标记，将有助于加快培育蹄色一致的澳洲白绵羊品系。通过对公开专利文献的检索，并未发现与本专利申请相同的公开专利文献。
技术实现思路
本专利技术的目的在于克服现有技术的不足，提供一种与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记、分子标记及应用。本专利技术解决其技术问题是采取以下技术方案实现的：一种与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记，其特征在于：所述标记存在A和G两种等位基因，位于MITF基因的第9内含子。而且，所述SNP标记位于国际绵羊基因组4.0版本参考序列19号染色体上第31603203核苷酸位点，且具有A/G多态性，所述SNP标记位于黑色素生成相关转录因子MITF基因的第9内含子中，所述SNP标记与澳洲白绵羊蹄色极显著相关P<0.01。而且，具有A/G多态性的为g.31603203A/G。而且，所述g.31603203A/G位点具有GG基因型的澳洲白绵羊蹄色表现为灰色，g.31603203A/G位点AG基因型的澳洲白绵羊蹄色表现为灰色，g.31603203A/G位点具有AA基因型的澳洲白绵羊蹄色表现为白色。一种基于与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记的分子标记，其特征在于：所述分子标记序列为SEQIDNO:1。一种基于与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记的分子标记制备方法，其特征在于：所述方法以含有SNP标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以澳洲白绵羊基因组DNA为模板进行PCR扩增，使SNP标记转化为分子标记，即得基于SNP标记的分子标记。而且，所述引物对的上游引物为：SEQIDNO:2，下游引物为：SEQIDNO:3。而且，所述引物应用在选育外貌统一、性状稳定的澳洲白绵羊纯品系方面中。而且，所述SNP标记位于分子标记序列的第173位的M，表示为A/G多态性。一种与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记辅助用于选育外貌统一、性状稳定的澳洲白绵羊新品系及利用澳洲白绵羊培育新品种。本专利技术的优点和积极效果是：本专利技术提供的SNP标记与澳洲白绵羊蹄色呈极显著相关，可以通过鉴定所述SNP标记，筛选蹄色呈黑色和灰色的澳洲白绵羊个体，利用分子标记辅助选择提高选择效率、对澳洲白绵羊新品系选育及利用澳洲白绵羊培育新品种具有重要的意义。附图说明图1本专利技术的与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记的曼哈顿图，其中，红色圆圈及箭头指向的标记为本专利技术筛选的分子标记，该标记位于绵羊第19号染色体上MITF基因的核苷酸序列上；图2为本专利技术所设计引物进行PCR扩增出的琼脂糖凝胶电泳图，其中，M泳道：DNAMarkerDL100；M泳道右侧依次为AA基因型、GA基因型和GG基因型各2个；图3为本专利技术中澳洲白绵羊第19号染色体上g.31603203A/G核苷酸处G-A突变，即三种不同基因型(AA、AG、GG)的峰图。具体实施方式以下结合附图对本专利技术的实施例做进一步详述：一种与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记，其创新之处在于：所述标记存在A和G两种等位基因，位于MITF基因的第9内含子。所述SNP标记位于国际绵羊基因组4.0版本参考序列19号染色体上第31603203核苷酸位点，且具有A/G多态性，所述SNP标记位于黑色素生成相关转录因子MITF基因的第9内含子中，所述SNP标记与澳洲白绵羊蹄色极显著相关P<0.01。具有A/G多态性的为g.31603203A/G。所述g.31603203A/G位点具有GG基因型的澳洲白绵羊蹄色表现为灰色，g.31603203A/G位点AG基因型的澳洲白绵羊蹄色表现为灰色，g.31603203A/G位点具有AA基因型的澳洲白绵羊蹄色表现为白色。一种基于与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记的分子标记，其创新之处在于：所述分子标记序列为SEQIDNO:1。一种基于与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记的分子标记制备方法，其创新之处在于：所述方法以含有SNP标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以澳洲白绵羊基因组DNA为模板进行PCR扩增，使SNP标记转化为分子标记，即得基于SNP标记的分子标记。所述引物对的上游引物为：SEQIDNO:2，下游引物为：SEQIDNO:3。所述引物应用在选育外貌统一、性状稳定的澳洲本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记，其特征在于：所述标记存在A和G两种等位基因，位于MITF基因的第9内含子。

【技术特征摘要】
1.一种与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记，其特征在于：所述标记存在A和G两种等位基因，位于MITF基因的第9内含子。2.根据权利要求1所述的与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记，其特征在于：所述SNP标记位于国际绵羊基因组4.0版本参考序列19号染色体上第31603203核苷酸位点，且具有A/G多态性，所述SNP标记位于黑色素生成相关转录因子MITF基因的第9内含子中，所述SNP标记与澳洲白绵羊蹄色极显著相关P<0.01。3.根据权利要求2所述的与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记，其特征在于：具有A/G多态性的为g.31603203A/G。4.根据权利要求3所述的与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的SNP标记，其特征在于：所述g.31603203A/G位点具有GG基因型的澳洲白绵羊蹄色表现为灰色，g.31603203A/G位点AG基因型的澳洲白绵羊蹄色表现为灰色，g.31603203A/G位点具有AA基因型的澳洲白绵羊蹄...

【专利技术属性】
技术研发人员：张清峰，林春建，陈华，卢小芳，杨漫漫，李斌，王然，王斌，佐建明，刘莹，
申请(专利权)人：天津奥群牧业有限公司，
类型：发明
国别省市：天津,12