与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记、引物探针组、试剂盒、检测方法和应用技术

本发明专利技术提供了与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记、引物探针组、试剂盒、检测方法和应用，属于绵羊SNP分子标记技术领域，所述SNP分子标记位于绵羊第1号染色体上第40857869bp位点，所述位点位于LEPR基因内部，所述位点上存在C/T碱基突变，所述LEPR基因的基因型为CC、CT或TT，所述基因型CC的单胎产羔数大于基因型TT，所述基因型TT的单胎产羔数大于基因型CT；所述SNP分子标记信息基于的绵羊基因组序列信息版本号为Oar_v3.1。本发明专利技术提供的SNP分子标记与绵羊单胎产羔数显著相关，根据该SNP分子标记能够判断绵羊的单胎产羔数能力。在实践应用中应该优选CC型的母羊作为后备母羊，并在选择过程中剔除杂合型CT型母羊。

SNP Molecular Markers, Primer Probes, Kits, Detection Methods and Applications Related to Lambing Number in Sheep

The present invention provides SNP molecular markers, primer probes, kits, detection methods and applications related to lambing number per lamb. It belongs to the technical field of sheep SNP molecular markers. The SNP molecular markers are located at 408569bp locus on chromosome 1 of sheep. The loci are located inside the LEPR gene. There are C/T base mutations in the locus. The genotype of the LEPR gene is CC. CT or TT, the number of lambs per child of the genotype CC is larger than that of the genotype TT, and the number of lambs per child of the genotype TT is larger than that of the genotype CT; the version of the genome sequence information based on the SNP molecular marker information of sheep is Oar_v3.1. The SNP molecular marker provided by the invention is significantly related to the lamb number per lamb of sheep, and according to the SNP molecular marker, the lamb number per lamb ability of sheep can be judged. In practice, CC type ewes should be selected as reserve ewes, and heterozygous CT type ewes should be eliminated in the selection process.

【技术实现步骤摘要】
与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记、引物探针组、试剂盒、检测方法和应用
本专利技术涉及绵羊SNP分子标记
，具体涉及与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记、引物探针组、试剂盒、检测方法和应用。
技术介绍
我国除小尾寒羊和湖羊等少数绵羊品种产多羔外，其余绝大部分绵羊品种均产单羔，这极大地制约了我国养羊业的发展。绵羊产羔数是由多个基因控制的复杂性状，且遗传力较低，通过传统表型选择很难获得较大遗传进展。因此，对影响绵羊产羔数相关基因进行研究对于提高绵羊繁殖效率、加快绵羊育种进程、提高绵羊产业的经济效益均非常重要。随着对产羔性状研究的逐渐深入，多个控制绵羊产羔数的主效基因被陆续发现。研究人员发现GDF9、BMP15等TGFB超家族通路中的基因也是增加绵羊产羔数的主效基因。最近，新西兰科学家在对罗姆尼羊Davisdale品系的研究中发现，LEPR突变除了可以延迟该品系羊的初情期，还影响绵羊的排卵数，然而LEPR基因不是TGFB超家族通路中的成员。因此，该基因对排卵数的调控方式可能与以上影响排卵数的主效基因调控方式不同，我国的小尾寒羊携带此突变。目前在LEPR基因中尚没有发现与绵羊单胎产羔数量紧密相关的SNP分子标记。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记、引物探针组、试剂盒、检测方法和应用，本专利技术提供的SNP分子标记与绵羊单胎产羔数显著相关，根据该SNP分子标记能够判断绵羊的单胎产羔数能力。本专利技术提供了与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于绵羊第1号染色体上第40857869bp位点，所述位点位于LEPR基因内部，所述位点上存在C/T碱基突变，所述LEPR基因的基因型为CC、CT或TT，所述基因型CC的单胎产羔数大于基因型TT，所述基因型TT的单胎产羔数大于基因型CC；所述SNP分子标记信息基于的绵羊基因组序列信息版本号为Oar_v3.1。本专利技术还提供了一种检测LEPR基因型的引物探针组，包括引物、第一探针和第二探针；所述引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物具有SEQIDNo.1所示的核苷酸序列，所述下游引物具有SEQIDNo.2所示的核苷酸序列；所述第一探针具有SEQIDNo.3所示的核苷酸序列；所述第二探针具有SEQIDNo.4所示的核苷酸序列。本专利技术还提供了一种检测LEPR基因型的试剂盒，包括dNTPs、TaqDNA聚合酶、MgCl2、PCR反应缓冲液和上述技术方案所述的引物探针组。优选的，所述引物探针组中上游引物和下游引物的浓度独立的为10μmol/L。优选的，所述第一探针和第二探针的浓度独立的为10μmol/L。本专利技术还提供了一种检测LEPR基因型的方法，包括以下步骤：1)提取待测绵羊的基因组DNA；2)以所述步骤1)基因组DNA为模版，利用上述技术方案所述的引物探针组进行实时荧光定量PCR扩增，根据检测到的荧光信号对LEPR基因型进行判定。优选的，所述实时荧光定量PCR扩增使用的体系，每20μL包括基因组DNA2μL，2×MasterMix10μL，10μmol/L正向引物1μL，10μmol/L反向引物1μL；10μmol/L第一探针0.8μL，10μmol/L第二探针0.8μL，去离子水补齐至20μL。优选的，所述实时荧光定量PCR扩增使用的程序包括：95℃10min；95℃30sec，60℃30sec，40个循环。本专利技术还提供了上述技术方案所述的SNP分子标记在绵羊辅助育种中的应用。本专利技术提供了与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于绵羊第1号染色体上第40857869bp位点，所述位点位于LEPR基因内部，所述位点上存在C/T碱基突变，所述LEPR基因的基因型为CC、CT或TT，所述基因型CC的单胎产羔数大于基因型TT，所述基因型TT的单胎产羔数大于基因型CC；所述SNP分子标记信息基于的绵羊基因组序列信息版本号为Oar_v3.1。本专利技术提供的SNP分子标记与绵羊单胎产羔数显著相关，根据该SNP分子标记能够判断绵羊的单胎产羔数能力。本专利技术实施例的结果显示：本专利技术提供的SNP分子标记与绵羊单胎产羔数显著相关，根据该SNP分子标记能够判断绵羊的单胎产羔数能力。利用TaqmanMGB探针检测绵羊LEPR基因多态性的方法，能高通量检测C、T位点，结果容易判读。与传统的PCR-RFLP检测LEPR基因等方法相比，每次可以检测多个样品，且不需要进行PCR产物的后续分析，在节省了检测成本的同时，大大缩短了检测周期，提高了检测效率。本专利技术使用的引物和探针特异性强，不会受到其它基因的干扰，降低了PCR产物污染引起假阳性的风险，并且结果判读更容易。可对LEPR基因的SNP位点实现高通量检测，在对羊进行大规模分子育种中具有潜在的应用价值。附图说明图1为本专利技术LEPR基因型结果图。具体实施方式本专利技术提供了与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于绵羊第1号染色体上第40857869bp位点，所述位点位于LEPR基因内部，所述位点上存在C/T碱基突变，所述LEPR基因的基因型为CC、CT或TT，所述基因型CC的单胎产羔数大于基因型TT，所述基因型TT的单胎产羔数大于基因型CC；所述SNP分子标记信息基于的绵羊基因组序列信息版本号为Oar_v3.1。在本专利技术中，所述LEPR基因的登录号优选为NM_001009763.1。本专利技术还提供了一种检测LEPR基因型的引物探针组，包括引物、第一探针和第二探针；所述引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物具有SEQIDNo.1所示的核苷酸序列，所述下游引物具有SEQIDNo.2所示的核苷酸序列；所述第一探针具有SEQIDNo.3所示的核苷酸序列；所述第二探针具有SEQIDNo.4所示的核苷酸序列。在本专利技术中，所述上游引物具有SEQIDNo.1所示的核苷酸序列，具体序列如下：5’-AGCCGAGGAGGAGCAAGG-3’；所述下游引物具有SEQIDNo.2所示的核苷酸序列，具体序列如下：5’-TCCCATGATCTCTTAGAGGAAGACTC-3’。在本专利技术中，所述第一探针具有SEQIDNo.3所示的核苷酸序列，具体序列如下所示：5’-AACCATTCTCCACCAAA-3’；本专利技术优选在第一探针的5’端添加荧光报告基因，在3’端添加MGB探针后再用于实时荧光定量PCR扩增。在本专利技术中，所述第二探针具有SEQIDNo.4所示的核苷酸序列，具体序列如下所示：5’-CAACCATTCTTCACCAAA-3’；本专利技术优选在第二探针的5’端添加荧光报告基因，在3’端添加MGB探针后再用于实时荧光定量PCR扩增。在本专利技术中，所述第一探针和第二探针添加的荧光报告基因的颜色优选是不同的，所述第一探针添加的是荧光报告基团优选为FAM，所述第二探针添加的荧光报告基团优选为HEX。本专利技术还提供了一种检测LEPR基因型的试剂盒，包括dNTPs、TaqDNA聚合酶、MgCl2、PCR反应缓冲液和上述技术方案所述的引物探针组。本专利技术对所述dNTPs、TaqDNA聚合酶、MgCl2、PCR反应缓冲液和引物探针组在试剂盒中的放置量没有特殊限定，采用常规试剂盒的试剂放置量即可。在本专利技术中，所本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于绵羊第1号染色体上第40857869bp位点，所述位点位于LEPR基因内部，所述位点上存在C/T碱基突变，所述LEPR基因的基因型为CC、CT或TT，所述基因型CC的单胎产羔数大于基因型TT，所述基因型TT的单胎产羔数大于基因型CC；所述SNP分子标记信息基于的绵羊基因组序列信息版本号为Oar_v3.1。

【技术特征摘要】
1.与绵羊单胎产羔数相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于绵羊第1号染色体上第40857869bp位点，所述位点位于LEPR基因内部，所述位点上存在C/T碱基突变，所述LEPR基因的基因型为CC、CT或TT，所述基因型CC的单胎产羔数大于基因型TT，所述基因型TT的单胎产羔数大于基因型CC；所述SNP分子标记信息基于的绵羊基因组序列信息版本号为Oar_v3.1。2.一种检测LEPR基因型的引物探针组，其特征在于，包括引物、第一探针和第二探针；所述引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物具有SEQIDNo.1所示的核苷酸序列，所述下游引物具有SEQIDNo.2所示的核苷酸序列；所述第一探针具有SEQIDNo.3所示的核苷酸序列；所述第二探针具有SEQIDNo.4所示的核苷酸序列。3.一种检测LEPR基因型的试剂盒，包括dNTPs、TaqDNA聚合酶、MgCl2和PCR反应缓冲液，其特征在于，还包括权利要求2所述的引物探针组。4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述引物探针...

【专利技术属性】
技术研发人员：储明星，王翔宇，于嘉瑞，郭晓飞，狄冉，刘秋月，胡文萍，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11