一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用制造技术

本发明专利技术属于近交系小鼠品系遗传背景鉴定与遗传污染检测领域，涉及一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用。该SNP位点包括10个针对CBA品系的特异性识别位点、70个识别除CBA外某品系的特征位点以及16个通用性位点，综合96个SNP位点结果，能够精确反映被试小鼠个体与特定小鼠近交系背景的吻合程度，全面地检测被试小鼠个体基因组的遗传性状及变异情况，实现小鼠遗传质量状态监控及实验稳定性质量监控。本发明专利技术还对SNP引物在后续检测中优化反应条件，确保检测灵敏、特异、高效。此外，本发明专利技术对10个特异性位点还设计了多套引物，以便根据不同的检测需求和具体的检测条件进行选用。

【技术实现步骤摘要】
一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用
本专利技术属于近交系小鼠品系遗传背景鉴定与遗传污染检测领域，特别涉及一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合。
技术介绍
用于实验动物遗传背景质量控制检测的方法主要有3类：生化标记分析法、微卫星DNA、SNP(单核苷酸的多态性)检测等。目前国际所规定的遗传检测方法是生化标记分析法，这一方法是检测同工酶或异构蛋白酶的变化来推测相应的基因变化；使用此方法进行检测，存在准确度低、灵敏度低、检测位点有限、反映遗传概貌有限等方法缺陷。分子遗传标记可以对实验动物进行更精细的基因分析，是一种更加完善的实验动物质量检测手段；其中SNP检测作为分子遗传标记的有效技术手段，在基因组水平上检测由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，即SNP所表现的多态性。这一方法可以监测到单个碱基的变异，具有密度高、代表性强、遗传稳定性等特点，能够全面地反映被试个体基因组的遗传及变异情况。KASP法是竞争性等位基因特异性PCR(KompetitiveAlleleSpecificPCR)的简称，该方法在高灵敏度荧光检测的基础上，对目标SNPs进行双等位基因的精准分型。与传统Taqman荧光标记技术不同的是，此种方法无需对靶点即特异性引物/探针进行标记，不需要根据每个SNP位点合成特异的荧光引物，其独特的ARMPCR原理，让所有的位点检测最终都使用通用荧光引物扩增，大大降低了实验成本。优化的PCR体系可满足不同位点高通量反应的需求，既有金标准的准确，又降低了使用成本，保持了高通量检测的便利，比Taqman具有更好的位点适应性。KASP技术将传统检测等位基因的2个反应合成了1个反应，成本更低。SNPs检测不但弥补了传统检测流程需要完成PCR、切胶回收、测序比对等复杂流程耗时较长的缺点，而且大大节省了测序的费用，实现了成本的有效控制。中国专利ZL2018104752119，一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法和SNP位点及其引物，该专利提供了一种SNP快速检测方法，但是该方法无法针对性地确定某个品系(如CBA/CaJ小鼠)的SNP检测位点；此外关于同一个位点可以有很多不同的引物，即使确定了位点，也不能保障后续的引物都可以正常应用，更不能保证检测结果特异且检测信号好，所以得到引物后续反应条件也需要进一步的优化。此外，关于特定品系的特异性位点无法提供备选引物。
技术实现思路
针对现有技术中存在的缺点与不足，本专利技术提供了一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点及其引物组合和应用，在全基因组范围内，针对特定近交系小鼠品系(CBA/CaJ)的遗传多态性展开检测；在这一检测组合中，每一个检测点都能分别检测出样本与两个特定小鼠品系是纯合，杂合或无关联性/检测阴性；且检测的各样本点均匀分布于特定近交系小鼠的基因组中。综合96个位点结果，能够精确反映被试小鼠个体与特定小鼠近交系背景的吻合程度，全面地检测被试小鼠个体基因组的遗传性状及变异情况，从而建立一种高效快速检测实验动物遗传稳定性的方法，实现小鼠遗传质量状态监控及实验稳定性质量监控。本专利技术在全基因组范围内筛选出了一套高效、CBA特异性的SNP位点组合(共96个位点)及其引物，可用于快速检测CBA近交系小鼠的遗传背景，并对相关品系遗传质量状态进行监控。本专利技术解决其技术问题所采用的技术方案是：一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点，所述SNP位点如表5所示。一组用于所述的CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点的引物组合，其特征在于，所述引物组合如SEQIDNO.1至SEQIDNO.288所示：(1)CBA品系特异性识别位点的备选引物序列如SEQIDNO.1至SEQIDNO.30所示；(2)识别除CBA外某品系的特征位点的引物序列如SEQIDNO.31至SEQIDNO.240所示；(3)用性位点的引物序列如SEQIDNO.241至SEQIDNO.288所示。一组用于所述的CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点的引物组合，其特征在于，所述引物组合包括(1)CBA品系特异性识别位点的备选引物序列如SEQIDNO.289至SEQIDNO.318所示；(2)识别除CBA外某品系的特征位点的引物序列如SEQIDNO.31至SEQIDNO.240所示；(3)用性位点的引物序列如SEQIDNO.241至SEQIDNO.288所示。所述的CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点在遗传质量监控中的应用。一种CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP检测方法，使用针对这一近交系的SNP组合(96个)及引物，在优化后的反应条件下，对样品进行批量检测。检测过程包括采用样本(小鼠组织DNA提取物)作为模板，使用SNP位点的引物组合对上述样本模板的SNP进行扩增。样品的各个SNP位点在优化条件下，根据模板的各个SNP碱基组成，在适当反应条件下，仪器可分别读取并显示测定结果为A/T/G/C中的两个碱基组合；综合全部(96个)位点的检测信号，经比对显示样本可能的基因型(是否归属于2个待测品系之一)以及可能的遗传污染(如：该品系与上述8个已知品系之一发生过杂交)，从而识别可能的污染来源/杂交背景，对该样品进行遗传质量监测。其中，对部分所述SNP位点的引物组合进行扩增的反应条件如表10所示。本专利技术基于小鼠不同近交系的基因组测序结果，在大量SNP位点中鉴别、挑选并最终设计出的一组可用于CBA/CAJ小鼠近交品系特异性遗传背景检测的96个SNP位点，虽然本专利技术使用了部分已公开的检测方法，但本专利技术的SNP位点组合是独特的，其仅针对CBA/CAJ小鼠。SNP位点包括10个针对CBA品系特异性识别位点和70个识别除CBA外某品系的特征位点，其中识别除CBA外某品系的特征位点可以在单次鉴定中，鉴别出可能的遗传背景污染来源(污染来自表1已知品系)，或进行杂合背景的回溯和分析；上述96个位点中还包含了8个可以有效检测除CBA/CAJ近交系外的超过(含)2个品系的位点，其中2个SNP通用于3个品系，3个SNP通用于2个品系的杂合检测。全部96个SNP位点相对均匀的分布于小鼠每一条染色体上，以便用相对有限的96个SNP样本，对可能出现在全部基因组各条染色体上的遗传背景改变(包括杂交污染和遗传漂变)作出及时监测。此外，本专利技术对设计的引物序列后续反应条件进行过全面的优化，确保检测灵敏、特异、高效，在实施例中显示，部分位点随机设计且未经优化的引物，检测信号和分辨率均不能对实际检测提供支持；因此，本专利技术的引物组合是原创性的设计，具有独特的使用价值。此外，本专利技术对10个特异性位点还设计了多套引物，以便根据不同的检测需求和具体的检测条件进行选用，其中一套优化后的引物与其他通用性引物形成组合，在推荐的测试条件下，具有信号强，通量大，分型明确的显著优势；另一套是备用引物，可适用于某些特殊的使用场景或测试条件(如：需要多对引物对结果进行复核；需要同时检测正/反双链；测试条件改变等)，以备选用(备用引物见表6)。总之，本专利技术的位点及对应引物，除用于CBA/CaJ品系常规遗传质量监控外，还可用于区分该特定品系与其本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点如下：

【技术特征摘要】
1.一组用于CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点如下：其中，CBA品系特异性识别位点标为“特异位点”，识别除CBA外某品系的特征位点标为“*”，通用性位点未加备注。2.一组用于权利要求1所述的CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点的引物组合，其特征在于，所述引物组合如SEQIDNO.1至SEQIDNO.288所示。3.一组用于权利要求1所述的CBA/CaJ近交系小鼠遗传质量监控的SNP位点的引物组合，其特征在于，所述引物组合包括(1)CBA品系特异性识别位点的备选引物序列如SEQIDNO.289至SEQIDNO.318所示；(2)识别除CBA外某品系...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵静，琚存祥，马秀英，陶然，张冬冬，杨旭乐，李永兵，裴喆，侯欢欢，高翔，
申请(专利权)人：江苏集萃药康生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏,32