The present invention provides a cucumber female SNP molecular marker and its application, that is, SNP 1 at position 133 of nucleotide sequence shown in chromosome 6 of cucumber Csa6M496990.1 genome such as SEQ ID NO.3, SNP 1 at position 203 of T/G and SNP 2 at position 203 of C/A. Sequence information of these two mutation sites is obtained by amplification with a pair of primers, and is used for assistant selection of cucumber female lines. And molecular marker-assisted breeding of cucumber. This method replaces the traditional method of phenotypic observation and judgement to make the results more accurate and reliable. It can be carried out indoors at seedling stage of cucumber. It is more convenient than manual observation at flowering and fruit setting stage in the field. It can be used to screen breeding materials on a large scale, save land and cost, and greatly accelerate the process of cucumber breeding.
【技术实现步骤摘要】
一种黄瓜雌性SNP分子标记及其应用
本专利技术涉及分子生物学领域,具体的说涉及黄瓜雌性SNP分子标记及其应用。
技术介绍
黄瓜是我国主要栽培蔬菜之一。黄瓜雌性系品种的选育和利用是提高黄瓜产量的根本途径。另外,利用雌性系配制一代杂种,可大大降低制种成本,提高制种的纯度。但是,由于国内雌性种质的匮乏,和利用常规育种手段选育黄瓜雌性系存在周期长、效率低下的问题,影响了黄瓜雌性系育种的进程。而基于基因型选择的现代分子标记辅助育种技术,可以大大提高性状选择的效率,加速育种进程。目前报道的黄瓜雌性系分子标记大都是基于乙烯合成和信号转导基因开发的,比如2016年申报的专利《黄瓜雌性性状相关的SNP标记与InDel标记及其应用》中即为利用乙烯合成酶的基因来判断黄瓜的雌性与否,是一种间接判断的方式。与以往的分子标记明显不同,本专利技术是基于黄瓜发育相关基因homeobox/Csa6M496990.1开发的雌性系分子标记。
技术实现思路
本专利技术在黄瓜雌性系及其近等基因系重测序的基础上,发现在黄瓜homeobox基因/Csa6M496990.1内部存在雌性相关SNP位点,并通过一对引物的扩增就可得到这些变异位点的序列信息,而且通过验证发现在不同遗传背景雌性材料中分析结果一致。因而,本专利技术能够用于黄瓜雌性系的辅助选择。本专利技术的第一个目的是提供了黄瓜雌性SNP分子标记及其应用,本专利技术的另一目的是提供用于检测所述的与黄瓜雌性相关的SNP标记的引物及其检测方法。一种黄瓜雌性SNP分子标记,包含第一分子标记SNP1和第二分子标记SNP2;所述SNP1位于黄瓜Csa6M4969 ...
【技术保护点】
1.一种黄瓜雌性SNP分子标记,其特征在于,包含第一分子标记SNP1和第二分子标记SNP2;所述SNP1位于黄瓜Csa6M496990.1基因组第六号染色体上如SEQ ID NO.3所示核苷酸序列的第133位多态性为T/G的分子标记;所述SNP2位于黄瓜Csa6M496990.1基因组第六号染色体上如SEQ ID NO.3所示核苷酸序列的第203位多态性为C/A的分子标记。
【技术特征摘要】
1.一种黄瓜雌性SNP分子标记,其特征在于,包含第一分子标记SNP1和第二分子标记SNP2;所述SNP1位于黄瓜Csa6M496990.1基因组第六号染色体上如SEQIDNO.3所示核苷酸序列的第133位多态性为T/G的分子标记;所述SNP2位于黄瓜Csa6M496990.1基因组第六号染色体上如SEQIDNO.3所示核苷酸序列的第203位多态性为C/A的分子标记。2.一种用于检测权利要求1所述的SNP分子标记的引物对,其特征在于,所述引物对包括:具有SEQIDNO.1-2所示的核苷酸序列,用于检测所述SNP标记。3.根据权利要求2所述的引物对,其特征在于,利用所述引物对获得的雌性系扩增产物序列为SEQIDNO.3,非雌性系扩增序列为SEQIDNO.4。4.权利要求1所述黄瓜雌性SNP分子标记或权利要求2或3所述的引物对在鉴定黄瓜雌性性状中的应用。5.一种鉴定黄瓜雌性性状...
【专利技术属性】
技术研发人员:曹齐卫,李利斌,孟昭娟,杨宗辉,王永强,杨桂兰,
申请(专利权)人:山东省农业科学院蔬菜花卉研究所,
类型:发明
国别省市:山东,37
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