【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测念珠菌属物种的方法和组合物相关申请的交叉引用本申请根据35U.S.C§119(e)要求于2016年1月4日提交的临时申请号62/274,610的优先权，所述临时申请的内容特此通过引用整体并入本文。序列表的引用本申请包含已经通过EFS-Web以ASCII格式提交的序列表，并且其特此通过引用整体并入。所述ASCII拷贝创建于2017年1月4日，命名为“DIA.0003.02(PCT)SeqListing2_ST25”并且大小为26KB。
技术介绍
生殖器/外阴阴道念珠菌病(VVC)有时也被称为“酵母菌感染”。当被称为念珠菌的酵母存在过度生长时发生常见感染。念珠菌总是以少量存在于身体内和身体上。然而，当不平衡出现时，例如当阴道的正常酸度改变时或者当荷尔蒙平衡改变时，念珠菌会繁殖。当发生这种情况时，可能会出现念珠菌病的症状。患有VVC的女性通常经历生殖器瘙痒，灼痛，以及有时“干酪样”阴道分泌物。具有生殖器念珠菌病的男性可能会在阴茎上出现发痒的皮疹。VVC的症状与许多其它生殖器感染的症状相似，因此重要的是要接受适当的诊断以确保适当的治疗。目前没有单一的VVC诊断标准。诊断必须基于多种适应症的临床评估，包括实验室检查结果和患者的状况。仅通过体格检查来诊断酵母菌感染可能是困难的。通常通过取样阴道分泌物并在显微镜下观察样本以查看是否存在异常数目的念珠菌属生物体来进行诊断。真菌培养可能并不总是有用的，因为念珠菌属物种是身体的正常居住者。由于所使用的抗真菌药物具有宿主毒性，因此通常延迟念珠菌感染治疗直至鉴定出致病生物体，但是如果及时进行抗真菌治疗则预后存在很大改善。因此，任...
【技术保护点】
1.一种用于确定样本中念珠菌属物种的存在或不存在的方法，所述方法包括：(1)使样本与第一扩增寡聚体组合和第二扩增寡聚体组合中的至少一种接触，所述样本疑似含有念珠菌属物种，其中(a)所述第一扩增寡聚体组合包含用于扩增第一念珠菌属物种靶核酸区域或第二念珠菌属物种靶核酸区域的第一和第二念珠菌特异性扩增寡聚体，其中所述第一靶区域对应于从约第133或161位核苷酸至约第259位核苷酸的SEQ ID NO：129的区域，并且所述第二区域对应于从约第202位核苷酸至约第308位核苷酸的SEQ ID NO：130的区域，并且其中所述第一和第二念珠菌特异性扩增寡聚体分别包含第一和第二念珠菌特异性靶杂交序列；并且(b)所述第二扩增寡聚体组合包含用于扩增第三念珠菌属物种靶核酸区域的第一和第二光滑念珠菌特异性扩增寡聚体，其中所述第三靶区域对应于从约第355位核苷酸至约第554位核苷酸的SEQ ID NO：131的区域，并且其中所述第一和第二光滑念珠菌特异性扩增寡聚体分别包含第一和第二光滑念珠菌特异性靶杂交序列；(2)进行体外核酸扩增反应，其中可能存在于所述样本中的任何念珠菌属物种靶核酸被用作模板以产生对应于所...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.01.04 US 62/274,6101.一种用于确定样本中念珠菌属物种的存在或不存在的方法，所述方法包括：(1)使样本与第一扩增寡聚体组合和第二扩增寡聚体组合中的至少一种接触，所述样本疑似含有念珠菌属物种，其中(a)所述第一扩增寡聚体组合包含用于扩增第一念珠菌属物种靶核酸区域或第二念珠菌属物种靶核酸区域的第一和第二念珠菌特异性扩增寡聚体，其中所述第一靶区域对应于从约第133或161位核苷酸至约第259位核苷酸的SEQIDNO：129的区域，并且所述第二区域对应于从约第202位核苷酸至约第308位核苷酸的SEQIDNO：130的区域，并且其中所述第一和第二念珠菌特异性扩增寡聚体分别包含第一和第二念珠菌特异性靶杂交序列；并且(b)所述第二扩增寡聚体组合包含用于扩增第三念珠菌属物种靶核酸区域的第一和第二光滑念珠菌特异性扩增寡聚体，其中所述第三靶区域对应于从约第355位核苷酸至约第554位核苷酸的SEQIDNO：131的区域，并且其中所述第一和第二光滑念珠菌特异性扩增寡聚体分别包含第一和第二光滑念珠菌特异性靶杂交序列；(2)进行体外核酸扩增反应，其中可能存在于所述样本中的任何念珠菌属物种靶核酸被用作模板以产生对应于所述第一、第二和第三靶区域中的至少一个的一种或多种扩增产物；以及(3)检测所述一种或多种扩增产物的存在或不存在，从而确定所述样本中念珠菌属物种的存在或不存在。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法包括使所述样本与所述第一和第二扩增寡聚体组合接触。3.根据权利要求2所述的方法，其中所述方法是一种多重方法，其包括使所述样本与同一反应混合物内的所述第一和第二扩增寡聚体组合接触。4.根据权利要求1至3中的任一项所述的方法，其中第一念珠菌特异性靶杂交序列基本上对应于SEQIDNO：9的残基28-46的核苷酸序列；和/或所述第二念珠菌特异性靶杂交序列是(i)包含在SEQIDNO:132的序列中并且至少包括SEQIDNO:133的序列的15至24个连续核苷酸的序列，(ii)包含在SEQIDNO:152的序列中并且至少包括SEQIDNO:151的序列的20至23个连续核苷酸的序列，或(iii)基本上对应于SEQIDNO:34的核苷酸序列的序列。5.根据权利要求1至4中的任一项所述的方法，其中所述第一光滑念珠菌特异性靶杂交序列是包含在SEQIDNO:134的序列中并且至少包括SEQIDNO:135的序列的15至24个连续核苷酸的序列；和/或所述第二光滑念珠菌特异性靶杂交序列是包含在SEQIDNO:136的序列中并且至少包括SEQIDNO:137的序列的16至21个连续核苷酸的序列。6.根据权利要求4或5所述的方法，其还包括使所述样本与第三念珠菌特异性扩增寡聚体接触，其中所述第一和第二念珠菌特异性扩增寡聚体是用于扩增所述第一念珠菌属物种靶核酸区域，并且所述第二念珠菌特异性靶杂交序列是包含在SEQIDNO:134的序列中并且至少包括SEQIDNO:135的序列的15至24个连续核苷酸的序列，并且其中所述第一和第三念珠菌特异性扩增寡聚体是用于扩增所述第二念珠菌属物种靶区域，并且所述第三念珠菌特异性扩增寡聚体包含基本上对应于SEQIDNO:34的核苷酸序列的第三念珠菌特异性靶杂交序列。7.根据权利要求4或5所述的方法，其中所述第一念珠菌特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:9的残基28-46的核苷酸序列；所述第二念珠菌特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:26、SEQIDNO:74的残基3-22、或SEQIDNO:34的核苷酸序列；所述第一光滑念珠菌特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:14的残基28-49的核苷酸序列；和/或所述第二光滑念珠菌特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:12的核苷酸序列。8.根据权利要求4、5和7中的任一项所述的方法，其还包括使所述样本与第三念珠菌特异性扩增寡聚体接触，其中所述第一和第二念珠菌特异性扩增寡聚体是用于扩增所述第一念珠菌属物种靶核酸区域，并且所述第二念珠菌特异性靶杂交序列是包含在SEQIDNO:134的序列中并且至少包括SEQIDNO:135的序列的15至24个连续核苷酸的序列，并且其中所述第一和第三念珠菌特异性扩增寡聚体是用于扩增所述第二念珠菌属物种靶区域，并且所述第三念珠菌特异性扩增寡聚体包含含有SEQIDNO:34的核苷酸序列的第三念珠菌特异性靶杂交序列。9.根据权利要求4、5和7中的任一项所述的方法，其中所述第一念珠菌特异性靶杂交序列由SEQIDNO:9的残基28-46的核苷酸序列组成；所述第二念珠菌特异性靶杂交序列由SEQIDNO:26、SEQIDNO:74或SEQIDNO:34的核苷酸序列组成；所述第一光滑念珠菌特异性靶杂交序列由SEQIDNO:14的残基28-49的核苷酸序列组成；和/或所述第二光滑念珠菌特异性靶杂交序列由SEQIDNO:12的核苷酸序列组成。10.根据权利要求4、5、7和9中的任一项所述的方法，其还包括使所述样本与第三念珠菌特异性扩增寡聚体接触，其中所述第一和第二念珠菌特异性扩增寡聚体是用于扩增所述第一念珠菌属物种靶核酸区域，并且所述第二念珠菌特异性靶杂交序列是包含在SEQIDNO:134的序列中并且至少包括SEQIDNO:135的序列的15至24个连续核苷酸的序列，并且其中所述第一和第三念珠菌特异性扩增寡聚体是用于扩增所述第二念珠菌属物种靶区域，并且所述第三念珠菌特异性扩增寡聚体包含由SEQIDNO:34的核苷酸序列组成的第三念珠菌特异性靶杂交序列。11.根据权利要求6或8所述的方法，其中所述第二念珠菌特异性靶杂交序列包含SEQIDNO:26的核苷酸序列。12.根据权利要求6、8和10中的任一项所述的方法，其中所述第二念珠菌特异性靶杂交序列由SEQIDNO:26的核苷酸序列组成。13.根据权利要求1至12中的任一项所述的方法，其中所述第一念珠菌特异性扩增寡聚体和所述第一光滑念珠菌特异性扩增寡聚体中的至少一个是进一步包含位于相应靶杂交序列的5'的启动子序列的启动子引物或启动子提供者。14.根据权利要求13所述的方法，其中所述启动子序列是T7启动子序列。15.根据权利要求14所述的方法，其中所述启动子序列具有SEQIDNO:9的残基1-27的核苷酸序列。16.根据权利要求13所述的方法，其中所述第一念珠菌特异性扩增寡聚体具有SEQIDNO:9的核苷酸序列；和/或所述第一光滑念珠菌特异性扩增寡聚体具有SEQIDNO:14的核苷酸序列。17.根据权利要求1至16中的任一项所述的方法，其还包括在步骤(2)之前从所述样本中的其它组分纯化可能存在的任何念珠菌属物种靶核酸。18.根据权利要求17所述的方法，其中所述纯化步骤包括使所述样本与至少一种捕获探针寡聚体接触，所述捕获探针寡聚体包含与结合于固定化探针的序列或部分共价连接的靶杂交序列。19.根据权利要求18所述的方法，其中使所述样本与第一念珠菌特异性捕获探针寡聚体和第一光滑念珠菌特异性捕获探针寡聚体接触，其中所述第一念珠菌特异性捕获探针寡聚体包含与所述第一或第二念珠菌属物种靶核酸内的靶序列特异性杂交的第一念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列，其中所述第一光滑念珠菌特异性捕获探针寡聚体包含与所述第三念珠菌属物种靶核酸内的靶序列特异性杂交的第一光滑念珠菌捕获探针靶杂交序列，并且其中所述第一念珠菌特异性和光滑念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列中的每一个与结合于所述固定化探针的所述序列或部分共价连接。20.根据权利要求19所述的方法，其中所述第一念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列是(i)包含在SEQIDNO:138的序列中并且至少包括SEQIDNO:139的序列的16至21个连续核苷酸的序列，或(ii)包含在SEQIDNO:140的序列中并且至少包括SEQIDNO:141的序列的15至25个连续核苷酸的序列；和/或所述第一光滑念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列是包含在SEQIDNO:142的序列中并且至少包括SEQIDNO:143或SEQIDNO:144的序列的16至27个连续核苷酸的序列。21.根据权利要求20所述的方法，其还包括使所述样本与第二念珠菌特异性捕获探针寡聚体接触，其中所述第一念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列是包含在SEQIDNO:138的序列中并且至少包括SEQIDNO:139的序列的16至21个连续核苷酸的序列，并且其中所述第二念珠菌特异性捕获探针寡聚体包含与所述第一或第二念珠菌属物种靶核酸内的靶序列特异性杂交的第二念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列，并且其中所述第二念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列是包含在SEQIDNO:140的序列中并且至少包括SEQIDNO:141的序列的15至25个连续核苷酸的序列。22.根据权利要求20所述的方法，其中所述第一念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列包含SEQIDNO:24的残基1-20或SEQIDNO:66的残基1-17的核苷酸序列；和/或所述第一光滑念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列包含SEQIDNO:48的残基1-26的核苷酸序列。23.根据权利要求20或22所述的方法，其还包括使所述样本与第二念珠菌特异性捕获探针寡聚体接触，其中所述第一念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列是包含在SEQIDNO:138的序列中并且至少包括SEQIDNO:139的序列的16至21个连续核苷酸的序列，并且其中所述第二念珠菌特异性捕获探针寡聚体包含与所述第一或第二念珠菌属物种靶核酸内的靶序列特异性杂交的第二念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列，其包含SEQIDNO:66的残基1-17的核苷酸序列。24.根据权利要求20或22所述的方法，其中所述第一念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列由SEQIDNO:24的残基1-20或SEQIDNO:66的残基1-17的核苷酸序列组成；和/或所述第一光滑念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列由SEQIDNO:48的残基1-26的核苷酸序列组成。25.根据权利要求20、22和24中的任一项所述的方法，其还包括使所述样本与第二念珠菌特异性捕获探针寡聚体接触，其中所述第一念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列是包含在SEQIDNO:138的序列中并且至少包括SEQIDNO:139的序列的16至21个连续核苷酸的序列，并且其中所述第二念珠菌特异性捕获探针寡聚体包含由SEQIDNO:66的残基1-17的核苷酸序列组成的第二念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列。26.根据权利要求21或23所述的方法，其中所述第一念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列包含SEQIDNO:24的残基1-20的核苷酸序列。27.根据权利要求21、23和25中的任一项所述的方法，其中所述第一念珠菌特异性捕获探针靶杂交序列由SEQIDNO:24的残基1-20的核苷酸序列组成。28.根据权利要求20、22和24中的任一项所述的方法，其中所述第一念珠菌特异性捕获探针寡聚体具有SEQIDNO:24或SEQIDNO:66的核苷酸序列；和/或所述第一光滑念珠菌特异性捕获探针寡聚体具有SEQIDNO:48的核苷酸序列。29.根据权利要求21、23和25中的任一项所述的方法，其中所述第二念珠菌特异性捕获探针寡聚体具有SEQIDNO:66的核苷酸序列。30.根据权利要求1至29中的任一项所述的方法，其中所述检测步骤(3)包括使一种或多种扩增产物与和所述第一或第二念珠菌属物种靶区域特异性杂交的念珠菌特异性检测探针以及和所述第三念珠菌属物种靶区域特异性杂交的光滑念珠菌特异性检测探针接触，并且检测任何靶杂交的念珠菌特异性和/或光滑念珠菌特异性检测探针的存在或不存在。31.根据权利要求30所述的方法，其中所述念珠菌特异性检测探针包含选自以下的念珠菌特异性检测探针靶杂交序列：(A1)包含在SEQIDNO:145的序列中并且至少包括SEQIDNO:146的序列的18至22个连续核苷酸的序列，(B1)(A1)的DNA等效物或RNA/DNA嵌合体，和(C1)(A1)或(B1)的完全互补序列；和/或所述光滑念珠菌特异性检测探针包含选自以下的光滑念珠菌特异性检测探针靶杂交序列：(A2)包含在SEQIDNO:147的序列中并且至少包括SEQIDNO:148的序列的17至23个连续核苷酸的序列，(B2)基本上对应于SEQIDNO:18的残基1-17序列的序列，(C2)基本上对应于SEQIDNO:21的残基1-20序列的序列，(D2)(A2)-(C2)中的任一个的DNA等效物或RNA/DNA嵌合体，和(E2)(A2)-(D2)中的任一个的完全互补序列。32.根据权利要求31所述的方法，其中所述念珠菌特异性检测探针靶杂交序列包含选自以下的序列：SEQIDNO:27的残基1-22的序列，其DNA等效物或RNA/DNA嵌合体，和前述中的任一个的完全互补序列；和/或所述光滑念珠菌特异性检测探针靶杂交序列包含选自以下的序列：SEQIDNO:60的残基1-17的序列，SEQIDNO:45的残基1-23的序列，SEQIDNO:18的残基1-17的序列，SEQIDNO:21的残基1-20的序列，前述中的任一个的DNA等效物或RNA/DNA嵌合体，和前述中的任一个的完全互补序列。33.根据权利要求31或32所述的方法，其中所述念珠菌特异性检测探针靶杂交序列由选自以下的序列组成：SEQIDNO:27的残基1-22的序列，其DNA等效物或RNA/DNA嵌合体，和前述中的任一个的完全互补序列；和/或所述光滑念珠菌特异性检测探针靶杂交序列由选自以下的序列组成：SEQIDNO:60的残基1-17的序列，SEQIDNO:45的残基1-23的序列，SEQIDNO:18的残基1-17的序列，SEQIDNO:21的残基1-20的序列，前述中的任一个的DNA等效物或RNA/DNA嵌合体，和前述中的任一个的完全互补序列。34.根据权利要求31至33中的任一项所述的方法，其中所述念珠菌特异性检测探针具有选自以下的序列：SEQIDNO:27的序列，其DNA或RNA/DNA嵌合体，以及前述中的任一个的完全互补序列；和/或所述光滑念珠菌特异性检测探针靶杂交序列具有选自以下的序列：SEQIDNO:60、SEQIDNO:45、SEQIDNO:18、SEQIDNO:21，前述中的任一个的DNA或RNA/DNA嵌合体，以及前述中的任一个的完全互补序列。35.根据权利要求30至33中的任一项所述的方法，其中所述念珠菌特异性和光滑念珠菌特异性检测探针中的每一个包含标记。36.根据权利要求35所述的方法，其中所述标记是化学发光标记或荧光标记。37.根据权利要求35所述的方法，其中所述检测步骤(3)发生在扩增步骤(2)期间。38.根据权利要求37所述的方法，其中所述念珠菌特异性和光滑念珠菌特异性检测探针中的每一个包含荧光标记和猝灭剂。39.根据权利要求38所述的方法，其中所述念珠菌特异性和光滑念珠菌特异性检测探针中的每一个是分子火炬、分子信标或TaqMan检测探针。40.根据权利要求30至33中的任一项所述的方法，其中所述念珠菌特异性和光滑念珠菌特异性检测探针中的至少一个还包含非靶杂交序列。41.根据权利要求40所述的方法，其中所述念珠菌特异性和光滑念珠菌特异性检测探针中的每一个是分子火炬或分子信标。42.根据权利要求1至41中的任一项所述的方法，其中步骤(2)的所述扩增反应是等温扩增反应。43.根据权利要求42所述的方法，其中所述扩增反应是转录介导的扩增(TMA)反应。44.根据权利要求42或43所述的方法，其中所述扩增反应是实时扩增反应。45.一种用于确定样本中念珠菌属物种的存在或不存在的寡聚体组合，所述寡聚体组合包含：第一扩增寡聚体组合和第二扩增寡聚体组合中的至少一种，其中(a)所述第一扩增寡聚体组合包含用于扩增第一念珠菌属物种靶核酸区域或第二念珠菌属物种靶核酸区域的第一和第二念珠菌特异性扩增寡聚体，其中所述第一靶区域对应于从约第133或161位核苷酸至约第259位核苷酸的SEQIDNO:129的区域并且所述第二区域对应于从约第202位核苷酸至约第308位核苷酸的SEQIDNO:130的区域，并且其中所述第一和第二念珠菌特异性扩增寡聚体分别包含第一和第二念珠菌特异性靶杂交序列；并且(b)所述第二扩增寡聚体组合包含用于扩增第三念珠菌属物种靶核酸区域的第一和第二光滑念珠菌特异性扩增寡聚体，其中所述第三靶区域对应于从约第355位核苷酸至约第554位核苷酸的SEQIDNO:131的区域，并且其中所述第一和第二光滑念珠菌特异性扩增寡聚体分别包含第一和第二光滑念珠菌特异性靶杂交序列。46.根据权利要求45所述的寡聚体组合，其中所述寡聚体组合包含所述第一和第二扩增寡聚体组合。47.根据权利要求46所述的寡聚体组合...
【专利技术属性】
技术研发人员：A·S·哈德逊，D·K·盖特曼，A·江，B·L·伊顿，
申请(专利权)人：简·探针公司，
类型：发明
国别省市：美国,US
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