与谷子穗粗性状相关的SNP标记及其检测引物和应用制造技术

本申请公开了一种与谷子穗粗性状相关的SNP标记及其检测引物和应用。本申请与谷子穗粗性状相关的SNP标记，该SNP标记位于第二条染色体第31036193bp至第32556243bp的bin标记内，SNP标记与谷子穗粗紧密连锁。本申请与谷子穗粗性状相关的SNP标记，可以用于谷子穗粗性状的分子标记辅助育种，通过该SNP标记检测可以预测谷子穗粗，为实现谷子穗粗性状的早期鉴定或筛选育种提供了科学依据，对加快谷子品种的遗传选育或改良进程具有重要的理论和实践指导意义。本申请检测SNP标记的引物对，可以对谷子穗粗进行分型，检测SNP表达的差异。

SNP markers related to Panicle Traits and their detection primers and their applications

The present invention discloses a SNP marker related to millet rough ear traits, and a detection primer and application thereof. This application is for a SNP marker related to the grain ear diameter trait. The SNP marker is located in the bin marker of chromosome 3 1036 193 BP to 3 255 5643 BP on chromosome 2. The SNP marker is closely linked to the grain ear diameter. This application for SNP markers related to grain ear roughness traits can be used in molecular marker-assisted breeding of grain ear roughness traits. The detection of SNP markers can predict the grain ear roughness. It provides scientific basis for early identification or screening of grain ear roughness traits and accelerates the process of genetic breeding or improvement of millet varieties. It has important theoretical and practical guiding significance. The application for detection of primer pairs labeled with SNP can classify the ear diameter of millet and detect the difference of SNP expression.

【技术实现步骤摘要】
与谷子穗粗性状相关的SNP标记及其检测引物和应用
本申请涉及谷子育种
，特别是涉及一种与谷子穗粗性状相关的SNP标记及其检测引物和应用。
技术介绍
我国是谷子的原产地和世界上栽培面积最大、产量最高的国家，产量约占全世界总量的80％。同时，我国也是谷子遗传资源数量最多、多样性最丰富的国家。谷子产量的提高是多个因素共同作用的结果，穗粗作为谷子穗部的一个重要性状，与产量有着密切的关系，是单株产量高低的重要指标，研究与控制谷子穗粗等产量性状相关的基因及其位置功能等，对于指导谷子遗传育种具有重要的意义。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)是基因组水平上由单个核苷酸碱基的变异引起的DNA序列多态性，其在基因组中数量多，分布广泛，遗传稳定性好。随着基因测序技术的发展和成本的降低，对不同个体同一基因或基因片段进行直接测序和序列比较，就能够确定碱基是否存在变异。因此，SNP检测有利于基因分型，适用于快速和规模化地筛查未知或已知SNP与某遗传性状的关系。目前关于谷子数量性状相关的QTL定位和SNP标记研究主要集中于SSR标记的开发利用等途经，而利用群体自交系简并基因组测序检测多态性的SNP分子标记的开发应用研究尚未有报道。因此，开展谷子数量性状SNP分子标记的开发，并建立辅助选育体系，对于提高谷子产量，节约育种成本具有重要意义。
技术实现思路
本申请的目的是提供一种新的与谷子穗粗性状相关的SNP标记及其检测引物和应用。为了实现上述目的，本申请采用了以下技术方案：本申请的一方面公开了一种与谷子穗粗性状相关的SNP标记，该SNP标记位于第二条染色体第31036193bp至第32556243bp的bin标记内，并且，SNP标记与谷子穗粗紧密连锁。需要说明的是，本申请经过研究发现了一段与谷子穗粗紧密连锁的序列，这段序列内的SNP标记直接影响谷子穗粗性状，这段序列即第二条染色体第31036193bp至第32556243bp的bin标记。进一步的研究发现，第二条染色体第31036193bp至第32556243bp的bin标记中，尤其是SNP标记的碱基为C或T，与谷子穗粗紧密连锁。本申请的一种实现方式中，具体披露了其中一个SNP标记，即PD-02-348位点，PD-02-348位点位于第二条染色体的序列第31510348bp位置，PD-02-348位点所在的序列如SeqIDNo.1所示，PD-02-348位点是SeqIDNo.1所示序列中自5’端起第31位碱基。需要说明的是，第二条染色体第31036193bp至第32556243bp的bin标记与谷子穗粗紧密连锁，其中可能包含众多SNP标记，PD-02-348位点只是本申请的一种实现方式中证实的与谷子穗粗性状相关的SNP标记，在本申请的指导下，不排除在该bin标记内还有其它的SNP标记。优选的，本申请与谷子穗粗性状相关的SNP标记，对SNP标记，利用复合区间作图法，采用5％的总体显著水平，QTL检测的LOD值为3.573，表型变异解释率为3.36％。本申请的另一面公开了一种检测本申请的SNP标记的引物对，该引物对的上游引物为SeqIDNo.2所示序列，下游引物为SeqIDNo.3所示序列；SeqIDNo.2：5’-GAATCGAAGACACGGTGGT-3’SeqIDNo.3：5’-GAAGGCTAGGAGGGAGGTT-3’。本申请的另一面公开了一种检测本申请的SNP标记的试剂盒，该试剂盒中包括本申请的引物对。优选的，本申请的试剂盒中还包括用于PCR扩增的试剂。本申请的另一面公开了一种检测本申请的SNP标记的方法，包括采用本申请的引物对，或者本申请的试剂盒，对待测的谷子基因组DNA进行PCR扩增，通过PCR扩增产物的测序结果，获得SNP标记的碱基情况。本申请的另一面公开了一种预测谷子穗粗的方法，包括采用本申请的引物对，或者本申请的试剂盒，对预测对象的谷子基因组DNA进行PCR扩增，通过PCR扩增产物的测序结果，获得本申请的SNP标记的碱基情况，根据SNP标记的碱基情况预测谷子穗粗。本申请的再一面公开了本申请的SNP标记在谷子穗粗预测、谷子穗粗早期鉴定或谷子分子辅助筛选育种中的应用。本申请的再一面公开了本申请的引物对或本申请的试剂盒在谷子穗粗预测、谷子穗粗早期鉴定或谷子分子辅助筛选育种中的应用。由于采用以上技术方案，本申请的有益效果在于：本申请与谷子穗粗性状相关的SNP标记，可以用于谷子穗粗性状的分子标记辅助育种，通过该SNP标记检测可以预测谷子穗粗，为实现谷子穗粗性状的早期鉴定或筛选育种提供了科学依据，对加快谷子品种的遗传选育或改良进程具有重要的理论和实践指导意义。本申请检测SNP标记的引物对，可以对谷子穗粗进行分型，检测SNP表达的差异。附图说明图1是本申请实施例中谷子父母本基因组DNA电泳图，其中，第一泳道为M泳道，表示DL2000marker，第二泳道即标注为1的泳道表示父本“冀张谷一号”基因组DNA，第三泳道即标注为2的泳道表示A2母本基因组DNA；图2是本申请实施例中谷子父母本基因组DNA采用引物对9_2F和9_2R进行扩增的PCR产物电泳图，其中，第一泳道即标注A9-2的泳道，表示以母本“A2”基因组DNA为模板的PCR产物，第二泳道即标注为39-2的泳道，表示以父本“冀张谷一号”基因组DNA为模板的PCR产物，第三泳道为M泳道，表示DL2000marker；图3是本申请实施例中母本和父本SNP标记中PD-02-348位点所在的序列的比对结果图，PD-02-348位点在第二条染色体第31036193bp至第32556243bp的bin标记中，母本碱基为C，父本碱基为T。具体实施方式本申请提供了与谷子穗粗相关的bin标记区域的SNP标记、检测引物及其应用。谷子穗粗紧密连锁SNP标记PD-02-348，位于第二条染色体第31036193bp至第32556243bp的bin标记内，具体位于第二条染色体的序列第31510348bp位置。需要说明的是，本申请中bin是指Bin作图(即Binmap)中，利用作图群体中全部的重组位点信息，获得构成重组事件的最小单位(Recombinationbin)。利用得到的bin作为标记用于后续的连锁图谱构建和QTL定位。本申请中，遗传图谱(geneticmap或linkagemap)是指以遗传标记间重组率为基础构建的标记之间相对位置的线性排列图。基于高通量重测序技术通过对作图群体亲本和子代群体进行测序，将一定数量的连续SNP作为判断子代重组位点的依据，得到每个子代的全基因组物理重组图谱。利用作图群体中全部的重组位点信息，获得构成重组事件的最小单位(Recombinationbin)和Bin图(即Binmap)，并利用得到的bin作为标记用于后续的连锁图谱构建和QTL定位。本申请提供谷子父本“冀张谷一号”和母本“A2”材料，二者杂交的F1代材料，及自交13代的F2群体441份材料。将各份材料在河北张家口种植，并记录和整理穗粗等性状数据。将各份材料进行简并基因组重测序后，比对参考基因组拼接完成，获得SNP多态性标记。通过穗粗性状数据，获得与之相关的SNP标记，并通过克隆测序验证SNP标记。本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与谷子穗粗性状相关的SNP标记，其特征在于：所述SNP标记位于第二条染色体第31036193bp至第32556243bp的bin标记内，所述SNP标记与谷子穗粗紧密连锁。

【技术特征摘要】
1.一种与谷子穗粗性状相关的SNP标记，其特征在于：所述SNP标记位于第二条染色体第31036193bp至第32556243bp的bin标记内，所述SNP标记与谷子穗粗紧密连锁。2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于：所述SNP标记的碱基为C或T。3.根据权利要求1或2所述的SNP标记，其特征在于：所述SNP标记包括PD-02-348位点，所述PD-02-348位点位于第二条染色体的序列第31510348bp位置，所述PD-02-348位点所在的序列如SeqIDNo.1所示，所述PD-02-348位点是SeqIDNo.1所示序列中自5’端起第31位碱基。4.根据权利要求3所述的SNP标记，其特征在于：对SNP标记，利用复合区间作图法，采用5％的总体显著水平，QTL检测的LOD值为3.573，表型变异解释率为3.36％。5.一种检测权利要求1-4任一项所述的SNP标记的引物对，其特征在于：所述引物对的上游引物为SeqIDNo.2所示序列，下游引物为SeqIDNo.3所示序列；SeqIDNo.2：5’-GAATCGAAGACACGGTGGT...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵治海，赵芳，冯小磊，魏玮，张耕耘，王峰，张晓磊，张雅莉，张文英，
申请(专利权)人：张家口市农业科学院，
类型：发明
国别省市：河北,13