用于导出视野中呈现的选定细胞的生物标志物阳性百分比值的方法技术

本发明专利技术部分涉及用于导出在来自癌症患者的组织样本的视野中呈现的所有细胞或可选地其一个或多个亚组的生物标志物阳性百分比(％)(PBP)值的方法。PBP值可以指示患者对免疫治疗的应答。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于导出视野中呈现的选定细胞的生物标志物阳性百分比值的方法相关申请的交叉引用本申请要求享有于2015年10月23日递交的美国临时专利申请No.62/245,853和于2016年2月29日递交的美国临时专利申请No.62/301,035的权益，所述两个申请的全部公开通过引用被结合于此。
技术介绍
本专利技术总体涉及癌症治疗领域。
技术实现思路
本文在一个方面中公开了导出视野中呈现的所有细胞或可选地其一个或多个亚组(subset)的生物标志物阳性百分比(％)(PBP)值的方法，包括：(i)生成表示视野中呈现的所有细胞的细胞核的第一荧光信号的图像，并将第一荧光信号扩大至整个细胞的直径以构建该视野中呈现的所有细胞的第一掩模；(ii)构建表示视野中呈现的表达亚组生物标志物的所有区域的第二荧光信号的第二掩模；(iii)可选地，构建表示视野中呈现的表达所关注的第一生物标志物的所有区域的第三荧光信号的第三掩模；(iv)以提供第四掩模的方式来结合所述第一掩模和所述第二掩模，所述第四掩模包括表示视野中亦表达亚组生物标志物的所有细胞的荧光信号；(v)可选地，以提供第五掩模的方式来结合所述第一掩模和所述第三掩模，所述第五掩模包括表示视野中亦表达所关注的第一生物标志物的所有细胞的荧光信号；(vi)通过将第四掩模的总面积除以第一掩模的总面积来导出针对表达亚组生物标志物的所有细胞的PBP值；(vii)可选地，以提供第六掩模的方式来结合所述第四掩模和所述第五掩模，所述第六掩模包括表示视野中表达下列各项的所有细胞的荧光信号：(a)亚组生物标志物和所关注的第一生物标志物；或(b)其中不存在所关注的第一生物标志物的亚组生物标志物；以及(viii)可选地，通过将第六掩模的总面积除以第四掩模的总面积来导出针对表达(a)亚组生物标志物和所关注的第一生物标志物或(b)其中不存在所关注的第一生物标志物的亚组生物标志物的所有细胞的第一亚组的PBP的值。在一些实施例中，执行所列举的所有可选步骤。在一些实施例中，该方法还包括：(ix)构建表示视野中呈现的表达所关注的第二生物标志物的所有区域的第四荧光信号的第七掩模；(x)以提供第八掩模的方式来结合所述第一掩模和所述第七掩模，所述第八掩模包括表示视野中亦表达所关注的第二生物标志物的所有细胞的第二亚组的荧光信号；(xi)以提供第九掩模的方式来结合所述第四掩模和所述第八掩模，所述第九掩模包括表示视野中表达亚组生物标志物和所关注的第二生物标志物的所有细胞的第二亚组的荧光信号；(xii)通过将第九掩模的总面积除以第四掩模的总面积来导出针对表达亚组生物标志物和所关注的第二生物标志物的所有细胞的第二亚组的PBP值；在一些实施例中，该方法还包括：(ix)构建表示视野中呈现的表达所关注的第二生物标志物的所有区域的第四荧光信号的第七掩模；(x)以提供第八掩模的方式从所述第一掩模中减去所述第二掩模，所述第八掩模包括表示视野中不表达亚组生物标志物的所有细胞的荧光信号；(xi)以提供第九掩模的方式来结合所述第七掩模和所述第八掩模，所述第九掩模包括表示视野中表达所关注的第二生物标志物但不表达亚组生物标志物的所有细胞的荧光信号；以及(xii)通过将第九掩模的总面积除以第八掩模的总面积来导出针对表达所关注的第二生物标志物但不表达亚组生物标志物的所有细胞的PBP值。在一些实施例中，该方法还包括：(ix)构建表示视野中呈现的表达所关注的第二生物标志物的所有区域的第四荧光信号的第七掩模；(x)以提供第八掩模的方式来结合所述第六掩模和所述第七掩模，所述第八掩模包括表示表达下列各项的所有细胞的荧光信号：(a)视野中的亚组生物标志物、所关注的第一生物标志物、以及所关注的第二生物标志物；(b)视野中其中不存在所关注的第二生物标志物的亚组生物标志物和所关注的第一生物标志物；或(c)视野中其中不存在所关注的第一生物标志物的亚组生物标志物和所关注的第二生物标志物；以及(xii)通过将第八掩模的总面积除以第四掩模的总面积来导出针对表达所关注的第一生物标志物或所关注的第二生物标志物或它们的组合以及亚组生物标志物的所有细胞的PBP值。在一些实施例中，所关注的第一生物标志物包括选自CD11b、CD33、HLA-DR、IDO-1、ARG1、颗粒酶B、B2M、PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、半乳凝素9、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、和CD86的生物标志物。在一些实施例中，所关注的第一生物标志物包括选自PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、半乳凝素9、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、和CD86的生物标志物。在一些实施例中，所关注的第一生物标志物包括选自PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、半乳凝素9、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、和CD86的生物标志物。在一些实施例中，所关注的第一生物标志物包括选自PD-L1、半乳凝素9、和MHC的生物标志物。在一些实施例中，所关注的第二生物标志物包括选自PD-1、TIM-3、和TCR的生物标志物。在一些实施例中，所关注的第二生物标志物不同于所关注的第一生物标志物并且包括选自CD11b、CD33、HLA-DR、IDO-1、ARG1、颗粒酶B、B2M、PD-L1、PD-L2、B7-H4、HLA-DR、半乳凝素9、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、和CD86的生物标志物。在一些实施例中，所关注的第二生物标志物不同于所关注的第一生物标志物并且包括选自PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、半乳凝素9、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD6本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种导出视野中呈现的所有细胞或可选地其一个或多个亚组的生物标志物阳性百分比(％)(PBP)值的方法，包括：(i)生成表示视野中呈现的所有细胞的细胞核的第一荧光信号的图像，并将所述第一荧光信号扩大至整个细胞的直径以构建所述视野中呈现的所有细胞的第一掩模；(ii)构建表示所述视野中呈现的表达亚组生物标志物的所有区域的第二荧光信号的第二掩模；(iii)可选地，构建表示所述视野中呈现的表达所关注的第一生物标志物的所有区域的第三荧光信号的第三掩模；(iv)以提供第四掩模的方式来结合所述第一掩模和所述第二掩模，所述第四掩模包括表示所述视野中亦表达所述亚组生物标志物的所有细胞的荧光信号；(v)可选地，以提供第五掩模的方式来结合所述第一掩模和所述第三掩模，所述第五掩模包括表示所述视野中亦表达所关注的所述第一生物标志物的所有细胞的第一亚组的荧光信号；(vi)通过将所述第四掩模的总面积除以所述第一掩模的总面积来导出针对表达所述亚组生物标志物的所有细胞的PBP值；(vii)可选地，以提供第六掩模的方式来结合所述第四掩模和所述第五掩模，所述第六掩模包括表示所述视野中表达所述亚组生物标志物和所关注的所述第一生物标志物的所有细胞的所述第一亚组的荧光信号：(viii)可选地，通过将所述第六掩模的总面积除以所述第四掩模的所述总面积来导出针对表达所述亚组生物标志物和所关注的所述第一生物标志物的所有细胞的所述第一亚组的PBP值。...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.10.23 US 62/245,853;2016.02.29 US 62/301,0351.一种导出视野中呈现的所有细胞或可选地其一个或多个亚组的生物标志物阳性百分比(％)(PBP)值的方法，包括：(i)生成表示视野中呈现的所有细胞的细胞核的第一荧光信号的图像，并将所述第一荧光信号扩大至整个细胞的直径以构建所述视野中呈现的所有细胞的第一掩模；(ii)构建表示所述视野中呈现的表达亚组生物标志物的所有区域的第二荧光信号的第二掩模；(iii)可选地，构建表示所述视野中呈现的表达所关注的第一生物标志物的所有区域的第三荧光信号的第三掩模；(iv)以提供第四掩模的方式来结合所述第一掩模和所述第二掩模，所述第四掩模包括表示所述视野中亦表达所述亚组生物标志物的所有细胞的荧光信号；(v)可选地，以提供第五掩模的方式来结合所述第一掩模和所述第三掩模，所述第五掩模包括表示所述视野中亦表达所关注的所述第一生物标志物的所有细胞的第一亚组的荧光信号；(vi)通过将所述第四掩模的总面积除以所述第一掩模的总面积来导出针对表达所述亚组生物标志物的所有细胞的PBP值；(vii)可选地，以提供第六掩模的方式来结合所述第四掩模和所述第五掩模，所述第六掩模包括表示所述视野中表达所述亚组生物标志物和所关注的所述第一生物标志物的所有细胞的所述第一亚组的荧光信号：(viii)可选地，通过将所述第六掩模的总面积除以所述第四掩模的所述总面积来导出针对表达所述亚组生物标志物和所关注的所述第一生物标志物的所有细胞的所述第一亚组的PBP值。2.根据权利要求1所述的方法，其中，执行所列举的所有可选步骤。3.根据权利要求1所述的方法，还包括：(ix)构建表示所述视野中呈现的表达所关注的第二生物标志物的所有区域的第四荧光信号的第七掩模；(x)以提供第八掩模的方式来结合所述第一掩模和所述第七掩模，所述第八掩模包括表示所述视野中亦表达所关注的所述第二生物标志物的所有细胞的第二亚组的荧光信号；(xi)以提供第九掩模的方式来结合所述第四掩模和所述第八掩模，所述第九掩模包括表示所述视野中表达所述亚组生物标志物和所关注的所述第二生物标志物的的所有细胞的所述第二亚组的荧光信号；(xii)通过将所述第九掩模的总面积除以所述第四掩模的所述总面积来导出针对表达所述亚组生物标志物和所关注的所述第二生物标志物的所有细胞的所述第二亚组的PBP值。4.根据权利要求1所述的方法，还包括：(ix)构建表示所述视野中呈现的表达所关注的第二生物标志物的所有区域的第四荧光信号的第七掩模；(x)以提供第八掩模的方式从所述第一掩模中减去所述第二掩模，所述第八掩模包括表示所述视野中不表达所述亚组生物标志物的所有细胞的荧光信号；(xi)以提供第九掩模的方式来结合所述第七掩模和所述第八掩模，所述第九掩模包括表示所述视野中表达所关注的所述第二生物标志物但不表达所述亚组生物标志物的所有细胞的荧光信号；以及(xii)通过将所述第九掩模的总面积除以所述第八掩模的总面积来导出针对表达所关注的所述第二生物标志物但不表达所述亚组生物标志物的所有细胞的PBP值。5.根据权利要求1所述的方法，其中，所关注的所述第一生物标志物包括选自PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、半乳凝素9、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、和CD86的生物标志物。6.根据权利要求1所述的方法，其中，所关注的所述第一生物标志物包括选自PD-L1、半乳凝素9、和MHC的生物标志物。7.根据权利要求4所述的方法，其中，所关注的所述第二生物标志物包括选自PD-1、TIM-3、和TCR的生物标志物。8.根据权利要求4所述的方法，其中，所关注的所述第二生物标志物不同于所关注的所述第一生物标志物并且包括选自PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、半乳凝素9、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、和CD86的生物标志物。9.根据权利要求1所述的方法，其中，所述视野中所有细胞的所述第一亚组包括肿瘤细胞。10.根据权利要求1所述的方法，其中，所述视野中所有细胞的所述第一亚组包括非肿瘤细胞。11.根据如权利要求10所述的方法，其中，所述视野中所有细胞的所述第一亚组包括T细胞。12.根据权利要求11所述的方法，其中，所述T细胞表达CD3。13.根据权利要求11所述的方法，其中，所述T细胞表达CD8。14.根据权利要求11所述的方法，其中，所述T细胞表达CD4。15.根据权利要求1所述的方法，其中，所述亚组生物标志物仅在肿瘤细胞中表达。16.根据权利要求1所述的方法，其中，所述亚组生物标志物仅在非肿瘤细胞中表达。17.根据权利要求1所述的方法，其中，所述亚组生物标志物在T细胞中表达。18.根据权利要求1所述的方法，其中，所述亚组生物标志物包括CD3。19.根据权利要求1所述的方法，其中，所述亚组生物标志物包括CD19。20.根据权利要求2所述的方法，其中，所关注的所述第一生物标志物包括Ki67，并且所述视野中所有细胞的所述第一亚组包括CD8阳性细胞。21.根据权利要求1所述的方法，其中，所述总面积是以像素为单位测量的。22.一种监测被诊断患有癌症并正在进行免疫治疗的患者的病情进展的方法，包括：(i)使用包含至少在免疫治疗开始之前和之后的两个时间点从癌症患者采集的肿瘤组织的至少两个样品来针对所述至少两个样品中的每一者导出针对表达所关注的生物标志物的所有非肿瘤细胞的生物标志物阳性百分比值(PBP)以获得至少第一PBP值和至少第二PBP值；(ii)记录所述至少第一PBP值和所述至少第二PBP值，所述至少第一PBP值和所述至少第二PBP值之间的变化指示所述免疫治疗的效果。23.根据权利要求22所述的方法，其中，所述变化是表明所述免疫治疗的积极效果的所述至少第一PBP值和所述至少第二PBP值之间的减少。24.根据权利要求22所述的方法，其中，所述变化是所述至少第一PBP值和所述至少第二PBP值之间的增加，所述增加指示所述免疫治疗的积极效果。25.根据权利要求22所述的方法，其中所述免疫治疗包括免疫检查点疗法。26.一种监测被诊断患有癌症并正在进行免疫治疗的患者的病情进展的方法，包括：(i)使用包含至少在免疫治疗开始之前和之后的两个时间点从癌症患者采集的肿瘤组织的至少两个样品来针对所述至少两个样品中的每一者导出针对表达所关注的生物标志物的所有肿瘤细胞的生物标志物阳性百分比值(PBP)以获得至少第一PBP值和至少第二PBP值；(ii)记录所述至少第一PBP值和所述至少第二PBP值，所述至少第一PBP值和所述至少第二PBP值之间的变化指示所述免疫治疗的效果。27.根据权利要求26所述的方法，其中，所述变化是表明所述免疫治疗的积极效果的所述至少第一PBP值和所述至少第二PBP值之间的减少。28.根据权利要求26所述的方法，其中，所述变化是指示所述免疫治疗的积极效果的所述至少第一PBP值和所述至少第二PBP值之间的增加。29.根据权利要求26所述的方法，其中，所述免疫治疗包括免疫检查点疗法。30.一种导出视野中呈现的所有肿瘤细胞的生物标志物阳性百分比(PBP)值的方法，包括：(i)生成表示视野中呈现的所有细胞的细胞核的第一荧光信号的图像，并将所述第一荧光信号扩大至整个细胞的直径以构建所述视野中呈现的所有细胞的第一掩模；(ii)构建表示所述视野中呈现的表达肿瘤生物标志物的所有区域的第二荧光信号的第二掩模；(iii)以提供第三掩模的方式来结合所述第一掩模和所述第二掩模，所述第三掩模包括表示所述视野中所有肿瘤细胞的荧光信号；(iv)构建表示所述视野中呈现的表达所关注的生物标志物的所有区域的第三荧光信号的第四掩模；(v)以提供第五掩模的方式来结合所述第三掩模和所述第四掩模，所述第五掩模包括表示所述视野中亦表达所关注的所述生物标志物的所有肿瘤细胞的荧光信号；以及(vi)通过将所述第五掩模的总面积除以所述第三掩模的总面积来导出针对表达所关注的所述生物标志物的所有肿瘤细胞的PBP值。31.根据权利要求30所述的方法，其中，所关注的所述生物标志物包括选自由PD-L1、半乳凝素9、和MHC组成的组中的生物标志物。32.根据权利要求30所述的方法，其中，所述视野还包括非肿瘤细胞。33.根据权利要求32所述的方法，其中，所述非肿瘤细胞包括免疫细胞和基质细胞。34.根据权利要求30所述的方法，其中，所述总面积是以像素为单位测量的。35.一种导出视野中呈现的所有非肿瘤细胞的生物标志物阳性百分比(PBP)值的方法，包括：(i)生成表示视野中呈现的所有细胞的细胞核的第一荧光信号的图像，并将所述第一荧光信号扩大至整个细胞的直径以构建所述视野中呈现的所有细胞的第一掩模；(ii)构建表示所述视野中呈现的表达肿瘤生物标志物的所有区域...

【专利技术属性】
技术研发人员：詹尼弗·波尔德奥克斯，纳温·达卡帕加里，泰·特兰，金周荣，
申请(专利权)人：诺华股份有限公司，
类型：发明
国别省市：瑞士,CH