一种建库方法及SNP分型方法技术

本发明专利技术提供了一种建库方法，包括：PCR扩增待测序样本，得到扩增产物；在扩增产物上连接接头一，得到含有IIS型限制性内切酶识别序列以及IIS型限制性内切酶切割位点的连接产物，接头一为双链核酸分子，IIS型限制性内切酶切割位点与待测SNP位点之间的距离为0至5个碱基；采用IIS型限制性内切酶对连接产物进行酶切，得到含有待测SNP位点和接头一的第一核酸片段，第一核酸片段上经酶切形成第一末端；在第一核酸片段的第一末端处连接接头二，得到文库分子，接头二为含有测序引物结合位点的双链核酸分子。本发明专利技术还提供了一种SNP分型方法及检测SNP位点突变的试剂盒。本发明专利技术缩短了位点检测时间，提高了检测准确性，且统一了同一体系中进行多个位点检测的测序引物。

A method of building a library and a SNP typing method

The present invention provides a method for building a library, including: PCR amplification of the pending samples to obtain the amplified products; connecting the joint one on the amplified products, obtaining the connection products containing the IIS restrictive endonuclease identification sequence and the IIS restriction endonuclease cutting site, the joint is a double chain nucleic acid molecule, and the IIS restrictive endonuclease. The distance between the cutting site and the SNP site is 0 to 5 bases; the first nucleic acid fragment containing the SNP site and the joint one is obtained by using the IIS restrictive endonuclease. The first end of the first nucleic acid fragment is cut into the first end, and the joint two is connected at the first end of the first nucleic acid fragment. To library molecules, the second is a double stranded nucleic acid containing sequence primer binding sites. The invention also provides a SNP typing method and a kit for detecting the mutation of SNP site. The invention shortens the detection time of the site, improves the accuracy of detection, and unifies the sequence primers for detecting multiple sites in the same system.

【技术实现步骤摘要】
一种建库方法及SNP分型方法
本专利技术涉及分子生物学领域，更具体地说，涉及一种建库方法及SNP分型方法。
技术介绍
单核苷酸多态性（SingleNucleotidePolymorphism，SNP）是指基因组上单个核苷酸位置上存在转换、颠换、插入、缺失等变化，其数量很多，多态性丰富。SNP被认为是遗传标志，人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都可能与SNP有关，因此SNP的分型对诸多疾病的治疗和用药有着积极的意义。针对基因检测，二代高通量测序技术因其准确、灵敏的特性，应用范围不断扩大，已涉及生命科学研究以及医学研究的各个不同方面，利用二代高通量测序技术来进行SNP位点的检测也是目前的研究热点之一。但是，基于二代高通量测序技术的SNP分型方法，当待测SNP位点与测序引物末端之间距离较长时，检测时间会大大延长，且受限于测序方法的读长，检测的准确性会大大降低；此外，当同时对多个易感基因的多个SNP位点检测时，通常需要针对不同待测SNP位点附近的序列设计多种不同的测序引物，但不同测序引物之间容易产生相互干扰，测序引物难以准确锚定在特定位置，从而增加了测序引物的设计难度，可能降低SNP分型检测的准确率。因此，需要一种新的建库方法及SNP分型方法，使得对待测SNP位点检测的准确性不受测序读长的影响；且能够避免在同一体系中同时对多个待测SNP位点进行检测时，不同测序引物之间相互干扰的现象。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种建库方法及SNP分型方法，旨在解决现有技术中SNP分型准确性受测序读长影响，以及在同一体系中同时对多个SNP位点检测时不同测序引物之间相互干扰的问题。为了实现专利技术目的，本专利技术提供了一种建库方法，包括以下步骤：A、PCR扩增含待测SNP位点的待测序样本，得到扩增产物；B、在所述扩增产物上连接接头一，得到含有IIS型限制性内切酶识别序列以及IIS型限制性内切酶切割位点的连接产物，所述接头一为双链核酸分子，所述IIS型限制性内切酶切割位点与所述待测SNP位点之间的距离为0至5个碱基；C、采用IIS型限制性内切酶对连接产物进行酶切，得到含有待测SNP位点和接头一的第一核酸片段，且所述第一核酸片段上经酶切形成第一末端；D、在第一核酸片段在第一末端处连接接头二，得到文库分子，所述接头二为含有测序引物结合位点的双链核酸分子。优选的，所述IIS型限制性内切酶识别序列位于所述PCR扩增引物组中的至少一种扩增引物上，并通过PCR扩增引入至连接产物上。优选的，所述IIS型限制性内切酶识别序列位于所述接头一上，并通过连接反应引入至连接产物上。优选的，所述PCR扩增所用的引物组中，有少一种扩增引物上含有可断裂位点或可切除序列；所述步骤B包括以下步骤：B1.利用断裂剂切割所述扩增产物，所述断裂剂用于对扩增产物中的可断裂位点或可切除序列进行特异性切割，形成第二末端；B2.在所述扩增产物的第二末端处连接接头一，得到含有IIS型限制性内切酶识别序列以及IIS型限制性内切酶切割位点的连接产物，所述接头一为双链核酸分子，所述IIS型限制性内切酶切割位点与所述待测SNP位点之间的距离为0至5个碱基。优选的，所述步骤B1和步骤B2在同一反应体系中同时进行。优选的，所述测序引物结合位点位于所述接头二与第一末端连接的一端处。本专利技术还提供了一种SNP分型方法，包括对按上述任一种建库方法制得的文库分子进行测序的步骤。优选的，所述方法还包括将文库分子可寻址的固定在固相载体上的步骤。优选的，当检测的待检测序样本有多个时，根据待测序样本的不同分别进行建库，获得多种文库分子，再将多种文库分子混合后进行测序。优选的，所述多种文库分子上分别含有不同的标签序列。本专利技术的建库方法，使获得的文库分子上的接头二与待测SNP位点之间的距离为0至5个碱基。后续可将含有不同待测SNP位点的文库分子混合，然后进行测序，测序时，测序引物与文库分子中的接头二上的序列完全互补配对，因此对多种待测SNP位点进行测序的测序引物可以是相同的，降低了测序引物的设计难度，保证了各SNP位点的测序引物锚定效率的一致性，避免了测序过程中由于引物不同而产生的相互干扰，提高了测序的准确性；另外，只需进行较少次数的测序步骤即可完成检测，大大缩短了测序时间，且使对待测SNP位点的检测不受测序仪器读长的限制，也能提高测序的准确性；通过在接头一末端上设置生物素标记，可以方便的对文库分子进行提纯，且在测序过程中可以更方便地将其可寻址的固定在固相载体上，从而有利于测序步骤的进行。附图说明图1是本专利技术第二实施例中文库分子的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测图。图2是本专利技术第五实施例中文库分子的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测图。具体实施方式为了使本专利技术的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合附图及实施例，对本专利技术进行进一步详细说明。本专利技术提出第一实施例，一种建库方法，包括以下步骤：A、PCR扩增含待测SNP位点的待测序样本，得到扩增产物；B、在所述扩增产物上连接接头一，得到含有IIS型限制性内切酶识别序列以及IIS型限制性内切酶切割位点的连接产物，所述接头一为双链核酸分子，所述IIS型限制性内切酶切割位点与所述待测SNP位点之间的距离为0至5个碱基；C、采用IIS型限制性内切酶对连接产物进行酶切，得到含有待测SNP位点和接头一的第一核酸片段，且所述第一核酸片段上经酶切形成第一末端；D、在第一核酸片段在第一末端处连接接头二，得到文库分子，所述接头二为含有测序引物结合位点的双链核酸分子。本专利技术获得含有IIS型限制性内切酶识别序列的文库分子，其接头二与待测SNP位点之间的距离为0至5个碱基。后续将含有不同待测SNP位点的文库分子混合并进行测序时，测序引物与文库分子中的接头二上的序列完全互补配对，因此对多种待测SNP位点进行测序的测序引物可以是相同的，降低了测序引物的设计难度，保证了各SNP位点的测序引物锚定效率的一致性，避免了测序过程中由于引物不同而产生的相互干扰，提高了测序的准确性；另外，只需进行较少次数的测序步骤即可完成检测，大大缩短了测序时间，且使对待测SNP位点的检测不受测序仪器读长的限制，也能提高准确性。所述IIS型限制性内切酶用于识别IIS型限制性内切酶识别序列并在IIS型限制性内切酶切割位点处进行切割。所述IIS型限制性内切酶为切割位点在识别序列之外的限制性内切酶，包括但不限于：AcuⅠ、AlwⅠ、BbsⅠ、BbVⅠ、BccⅠ、BceAⅠ、BciVⅠ、BfuAⅠ、BmrⅠ、BpmⅠ、BpuEⅠ、BsaⅠ、BseMⅡ、BseRⅠ、BsgⅠ、BsmAⅠ、BsmBⅠ、BsmFⅠ、BspCNⅠ、BspMⅠ、BspQⅠ、BtgZⅠ、EarⅠ、EciⅠ、EcoP15Ⅰ、FauⅠ、FokⅠ、HgaⅠ、HphⅠ、HpyAV、MboⅡ、MlyⅠ、MmeⅠ、MnlⅠ、NmeAⅢ、PleⅠ、SapⅠ、SfaNⅠ和TspDTⅠ。所述待测序样本为含待测SNP位点的核酸分子，包括但不限于DNA分子、cDNA分子或RNA分子。步骤A中所述的PCR扩增可为单分子扩增，也可为非单分子扩增。优选的，所述单分子扩增为乳液PCR、桥式PCR或乳液桥式PCR。优选的，所述非单分子扩增为普通PCR扩增、实时荧光定量PCR、不对称PCR、固相PC本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种建库方法，其特征在于，包括以下步骤：A、PCR扩增含待测SNP位点的待测序样本，得到扩增产物；B、在所述扩增产物上连接接头一，得到含有IIS型限制性内切酶识别序列以及IIS型限制性内切酶切割位点的连接产物，所述接头一为双链核酸分子，所述IIS型限制性内切酶切割位点与所述待测SNP位点之间的距离为0至5个碱基；C、采用IIS型限制性内切酶对连接产物进行酶切，得到含有待测SNP位点和接头一的第一核酸片段，且所述第一核酸片段上经酶切形成第一末端；D、在第一核酸片段的第一末端处连接接头二，得到文库分子，所述接头二为含有测序引物结合位点的双链核酸分子。

【技术特征摘要】
1.一种建库方法，其特征在于，包括以下步骤：A、PCR扩增含待测SNP位点的待测序样本，得到扩增产物；B、在所述扩增产物上连接接头一，得到含有IIS型限制性内切酶识别序列以及IIS型限制性内切酶切割位点的连接产物，所述接头一为双链核酸分子，所述IIS型限制性内切酶切割位点与所述待测SNP位点之间的距离为0至5个碱基；C、采用IIS型限制性内切酶对连接产物进行酶切，得到含有待测SNP位点和接头一的第一核酸片段，且所述第一核酸片段上经酶切形成第一末端；D、在第一核酸片段的第一末端处连接接头二，得到文库分子，所述接头二为含有测序引物结合位点的双链核酸分子。2.根据权利要求1所述的建库方法，其特征在于，所述IIS型限制性内切酶识别序列位于所述PCR扩增引物组中的至少一种扩增引物上，并通过PCR扩增引入至连接产物上。3.根据权利要求1所述的建库方法，其特征在于，所述IIS型限制性内切酶识别序列位于所述接头一上，并通过连接反应引入至连接产物上。4.根据权利要求1所述的建库方法，其特征在于，所述PCR扩增所用的引物组中，有至少一种扩增引物上含有可断裂位点或可切除序列，所述步骤B包括以下步骤：B1.利用断裂剂切割所述扩增产物，所述断裂剂用于对扩增产物中的可断裂位点或可切除序列进行特异性切割，形成第二末端；B2.在所述扩增产物的第二末端处连接接头一，得到含有IIS型限制性内切酶识别序列以及IIS型限制性内切酶切割位点的连接产物，所述接头一为双链核酸分子，所述IIS型限制性内切酶切割位点与所述待测SNP位点之间的距离为0至5个碱基。5.一种SNP分型方法，其特征在于，包括对按权利要求1至6中任一项所述的建库方法制得的文库分子进行测序的步骤。6.根据权利要求5所述的SNP分型方法，其特征在于，所述方法还包括将文库分子可寻址的固定在固相载体上的步骤。7.根据权利要求5所述的SNP分型方法，其特征在于，当检测的待检测序样本有多个时，根据待测序样本的不同分别进行建库，获得多种文库分子，再将多种文库分子混合后进行测序。8.一种用于检测多种SNP位点突变的试剂盒，所述试剂盒包括扩增引物组和/或接头一；所述扩增引物组用于对所述多种SNP位点中的至少一种SNP位点进行特异性扩增，所述接头一为双链核酸分子，用于与含待测SNP位点的待测序样本的扩增产物连接；其特征在于，所述扩增引物组中的至少一种扩增引物上或接头一上含有IIS型限制性内切酶识别序列，使得产生的IIS型限制性内切酶切割位点与待测SNP位点之间的距离为0至5个碱基。9.根据权利要求8所述的用于检测多种SNP位点突变的试剂盒，其特征在于，所述多种SNP位点包括rs1799853、rs1057910、rs9923231、rs4244285、rs4986...

【专利技术属性】
技术研发人员：盛司潼，黄思强，
申请(专利权)人：广州康昕瑞基因健康科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44