用于筛选实体瘤的组合物和方法技术

本技术涉及用于确定诊断患有乳腺癌、结肠直肠癌、黑素瘤或肺癌的患者是否受益于使用单独的治疗剂或治疗剂的特定组合的治疗或预测其是否将对所述治疗响应的方法。这些方法基于筛选患者的实体瘤并检测对应于一组特定的癌症相关基因的靶核酸序列的改变。还提供了用于实践该方法的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于筛选实体瘤的组合物和方法相关申请的交叉引用本申请要求保护2015年5月27日提交的美国申请号62/166,996、2015年10月27日提交的美国申请号62/246,895的优先权和权益，其内容在本文通过引用以其整体并入。
本技术涉及用于确定诊断患有乳腺癌、结肠直肠癌、黑素瘤或肺癌的患者是否受益于使用单独的治疗剂或与其他治疗剂的特定组合的治疗或预测其是否将对所述治疗响应的方法。这些方法基于筛选患者的实体瘤并检测对应于一组特定的癌症相关基因的靶核酸序列的改变。还提供了用于实践该方法的试剂盒。背景提供本技术背景的下述说明简单地作为理解本技术的辅助且并非是对本技术介绍或构成现有技术的承认。开发伴随诊断具有改善患者治疗效果并消除了保险公司对昂贵但无效的治疗方法进行支付的需要。随着涉及癌症的基因数量持续增长，越来越明显的是，对确定个体患者肿瘤的基因改变的仔细表征通常将有助于确定最佳治疗策略。例如，Foundation提供大型实体瘤筛选面板，其使用DNA或RNA诱饵文库(例如)询问超过300个癌症相关基因的全部编码序列和28个基因重排。这样的测定需要至少50ng的肿瘤DNA输入。然而，由本文档来自技高网...

【技术保护点】
用于在受试者中的多个癌症相关基因中检测至少一种突变的方法，其包括：(a)从获得自所述受试者的福尔马林固定石蜡包埋的肿瘤样品提取基因组DNA；(b)生成包含对应多个癌症相关基因的每一种的扩增子的文库，所述多个癌症相关基因包含AKT1、ERBB2、FOXL2、IDH2、NRAS、RET、ALK、ERBB4、GNA11、KIT、PDGFRA、SMO、BRAF、FBXW7、GNAQ、KRAS、PIK3CA、STK11、CTNNB1、FGFR2、GNAS、MAP2K1、PIK3R1、TP53、DDR2、FGFR3、HRAS、MET、PTCH1、EGFR、FGFR4、IDH1、NOTCH1和PTEN，其中...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.05.27 US 62/166,996;2015.10.27 US 62/246,8951.用于在受试者中的多个癌症相关基因中检测至少一种突变的方法，其包括：(a)从获得自所述受试者的福尔马林固定石蜡包埋的肿瘤样品提取基因组DNA；(b)生成包含对应多个癌症相关基因的每一种的扩增子的文库，所述多个癌症相关基因包含AKT1、ERBB2、FOXL2、IDH2、NRAS、RET、ALK、ERBB4、GNA11、KIT、PDGFRA、SMO、BRAF、FBXW7、GNAQ、KRAS、PIK3CA、STK11、CTNNB1、FGFR2、GNAS、MAP2K1、PIK3R1、TP53、DDR2、FGFR3、HRAS、MET、PTCH1、EGFR、FGFR4、IDH1、NOTCH1和PTEN，其中(i)独立于使用包含与所述多个扩增子中的至少一个互补的核酸序列的诱饵集进行所述文库的生成；和(ii)在生成所述文库前不使用定量PCR评估自所述福尔马林固定石蜡包埋的肿瘤样品提取的基因组DNA的质量；(c)将接头序列与所述多个扩增子的末端连接；和(d)使用高通量大规模平行测序在多个扩增子的至少一种中检测至少一种突变。2.权利要求1的方法，其中所述多个扩增子通过选自下组的至少两个引物对生成：3.权利要求1-2任一项的方法，其中所述包含对应多个癌症相关基因的每一个的扩增子的文库使用不多于10ng自福尔马林固定石蜡包埋的肿瘤样品提取的基因组DNA生成。4.权利要求1-2任一项的方法，其中所述包含对应多个癌症相关基因的每一个的扩增子的文库使用11-25ng自福尔马林固定石蜡包埋的肿瘤样品提取的基因组DNA生成。5.权利要求1-4任一项的方法，其中所述高通量大规模平行测序使用下述实施：焦磷酸测序、可逆染料终止子测序、SOLiD测序、离子半导体测序、Helioscope单分子测序、合成测序、连接测序或SMRTTM测序。6.权利要求1-5任一项的方法，其中所述接头序列是P5接头、P7接头、P1接头、A接头或IonXpressTM条码接头。7.权利要求1-6任一项的方法，其中所述多个扩增子进一步包含特有的索引序列。8.权利要求1-7任一项的方法，其中所述福尔马林固定石蜡包埋的肿瘤样品是异质性肿瘤。9.权利要求8的方法，其中5％的所述异质性肿瘤的细胞在所述多个扩增子的至少一种中含有至少一种突变。10.权利要求1-9任一项的方法，其中所述受试者诊断患有乳腺癌、黑色瘤、结肠直肠癌或肺癌。11.选择用于使用PI3K/AKT/mTOR通路抑制剂和至少一种其他作用剂治疗的受试者的方法，其包括：(a)从获得自所述受试者的福尔马林固定石蜡包埋的样本提取基因组DNA；(b)生成包含对应所述多个癌症相关基因的每一种的扩增子的文库，所述多个癌症相关基因包含AKT1、ERBB2、FOXL2、IDH2、NRAS、RET、ALK、ERBB4、GNA11、KIT、PDGFRA、SMO、BRAF、FBXW7、GNAQ、KRAS、PIK3CA、STK11、CTNNB1、FGFR2、GNAS、MAP2K1、PIK3R1、TP53、DDR2、FGFR3、HRAS、MET、PTCH1、EGFR、FGFR4、IDH1、NOTCH1和PTEN，其中(i)独立于使用包含与所述多个扩增子中的至少一个互补的核酸序列的诱饵集进行所述文库的生成；和(ii)在生成所述文库前不使用定量PCR评估自所述福尔马林固定石蜡包埋的肿瘤样品提取的基因组DNA的质量；(c)在所述多个扩增子的至少一个中检测至少一种突变；和(d)如果检测到对应PIK3CA、PIK3R1和PTEN的扩增子的至少一种中的突变和对应NOTCH1、ERBB2、BRAF、PTCH1、SMO、EGFR、KRAS、DDR2、MAP2K1、FGFR3、NRAS、MET和FBXW7的扩增子的至少一种中的突变，则选择所述受试者用于使用PI3K/AKT/mTOR通路抑制剂和至少一种其他作用剂的治疗。12.权利要求11的方法，其中对应PIK3CA的扩增子通过选自下组的引物对生成：5’CCTAGTAGAATGTTTACTACCAA3’(SEQIDNO.:__)和5’CTGCTTCTTGAGTAACACTT3’(SEQIDNO.:__)；5’CATGTTCATGCTGTGTATGT3’(SEQIDNO.:__)和5’GCTTCTTTACAAACGTTCAGAA3’(SEQIDNO.:__)；5’TCTATGTTCGAACAGGTATCT3’(SEQIDNO.:__)和5’ACTGCTAAACACTAATATAACCTTTG3’(SEQIDNO.:__)；5’TTGAAATGTGTTTTATAATTTAGACTAGT3’(SEQIDNO.:__)和5’CCATGAGGTACTGGCC3’(SEQIDNO.:__)；5’TTGGTGTTACTGGATCAAATC3’(SEQIDNO.:__)和5’TGCTGAACCAGTCAAACT3’(SEQIDNO.:__)；5’TATTATTTTATTTTACAGAGTAACAGACTAG3’(SEQIDNO.:__)和5’TTTAGCACTTACCTGTGACT3’(SEQIDNO.:__)；5’TGGAATGCCAGAACTACA3’(SEQIDNO.:__)和5’GTGGAAGATCCAATCCATTTT3’(SEQIDNO.:__)；5’GGAATGAATGGCTGAATTATG3’(SEQIDNO.:__)和5’GCGGTATAATCAGGAGTTTT3’(SEQIDNO.:__)；5’AGTTGGCCTGAATCACTATA3’(SEQIDNO.:__)和5’GATGTTACTATTGTGACGATCTC3’(SEQIDNO.:__)；5’GTAAGTGTTACTCAAGAAGC3’(SEQIDNO.:__)和5’ATAGGATATTGTATCATACCAATTTCT3’(SEQIDNO.:__)；5’TCCACAGCTACACCATATAT3’(SEQIDNO.:__)和5’AGCATCAGCATTTGACTTTA3’(SEQIDNO.:__)；5’TACACAGACACTCTAGTATCTG3’(SEQIDNO.:__)和5’GAAGGTTTGACTGCCATAAA3’(SEQIDNO.:__)；5’ATGACAAAGAACAGCTCAAA3’(SEQIDNO.:__)和5’GAGATCAGCCAAATTCAGTT3’(SEQIDNO.:__)；5’GATGTGTTACAAGGCTTATCTA3’(SEQIDNO.:__)和5’GCCTCTTGCTCAGTTTTATC3’(SEQIDNO.:__)；5’GAGGCTTTGGAGTATTTCA3’(SEQIDNO.:__)和5’CTGCTGAGAGTTATTAACAGT3’(SEQIDNO.:__)；和5’GCTTTTGGAGTCCTATTGT3’(SEQIDNO.:__)和5’CACAAACTAGAGTCACACAC3’(SEQIDNO.:__)。13.权利要求11-12任一项的方法，其中对应PIK3R1的扩增子通过选自下组的引物对生成：5’GGGTTTTGGGCTGATATTA3’(SEQIDNO.:__)和5’CCACAGAACTGAAGGTTAAT3’(SEQIDNO.:__)；5’TTATCCATTGAATTTATTTTAATCTTTCTAG3’(SEQIDNO.:__)和5’GGGATGTGCGGGTATATT3’(SEQIDNO.:__)；5’GTCTTGCAGTAAGAGATTGT3’(SEQIDNO.:__)和5’TCTTTGCTGTACCGCT3’(SEQIDNO.:__)；5’GTTTCTTTTGCCTGCA3’(SEQIDNO.:__)和5’TGGATAAGGTCTGGTTTAATG3’(SEQIDNO.:__)；5’GCTACAATTCAGGATGAGTTA3’(SEQIDNO.:__)和5’TCTTCTGCTATCACCATCTTT3’(SEQIDNO.:__)；5’CCATCATGATGAGAAGACAT3’(SEQIDNO.:__)和5’TTGCTGGAGATACATACACT3’(SEQIDNO.:__)；5’GTGGTCACTAAACCTTAAGA3’(SEQIDNO.:__)和5’GGCTTACCTTAGTGTAAGAG3’(SEQIDNO.:__)；5’TTTCATCGAGATGGGAAATATG3’(SEQIDNO.:__)和5’ACCTGTTGGTATTTGGATACT3’(SEQIDNO.:__)；5’AGAAGATAATATTGAAGCTGTAGG3’(SEQIDNO.:__)和5’AGAACTCTTATTTTTTAATCTGATTTTCA3’(SEQIDNO.:__)；5’GGACAGCTATTGAAGCATTTA3’(SEQIDNO.:__)和5’CACAAGAACAAGGGAAACAC3’(SEQIDNO.:__)；5’GCAGGCAGCTGAGTATC3’(SEQIDNO.:__)和5’TCATCCTGAATTGTAGCAATCA3’(SEQIDNO.:__)。14.权利要求11-13任一项的方法，其中对应PTEN的扩增子通过选自下组的引物对生成：5’CAGCTTCTGCCATCTCT3’(SEQIDNO.:__)和5’AGCAGCCGCAGAAAT3’(SEQIDNO.:__)；5’GTGGCTTTTTGTTTGTTTG3’(SEQIDNO.:__)和5’CACTCTAACAAGCAGATAACT3’(SEQIDNO.:__)；5’TACTTGTTAATTAAAAATTCAAGAGTTTT3’(SEQIDNO.:__)和5’CTTAGCCATTGGTCAAGATC3’(SEQIDNO.:__)；5’ACAATCATGTTGCAGCA3’(SEQIDNO.:__)和5’AAAAACATCAAAAAATAACTTACCTTTT3’(SEQIDNO.:__)；5’AGAGGCGCTATGTGTATTA3’(SEQIDNO.:__)和5’CATGGAAGGATGAGAATTTCA3’(SEQIDNO.:__)；5’GGAAGACAAGTTCATGTACT3’(SEQIDNO.:__)和5’CTGTCCTTATTTTGGATATTTCTC3’(SEQIDNO.:__)；5’ATTAATTAAATATGTCATTTCATTTCTTTTTC3’(SEQIDNO.:__)和5’GCTATCGATTTCTTGATCACA3’(SEQIDNO.:__)；5’TGAGTCATATTTGTGGGTTTTC3’(SEQIDNO.:__)和5’TGATCAGGTTCATTGTCACTAA3’(SEQIDNO.:__)；5’TTTGATTGCTGCATATTTCAG3’(SEQIDNO.:__)和5’TCAAAGCATTCTTACCTTACTAC3’(SEQIDNO.:__)；5’TTTTAAACTTTTCTTTTAGTTGTGC3’(SEQIDNO.:__)和5’ACTCGATAATCTGGATGACT3’(SEQIDNO.:__)；5’CAATTTAGTGAAATAACTATAATGGAAC3’(SEQIDNO.:__)和5’AGTGCCACTGGTCTATAAT3’(SEQIDNO.:__)；5’CCTGTGAAATAATACTGGTATGT3’(SEQIDNO.:__)和5’CTACTTTGATATCACCACACAC3’(SEQIDNO.:__)；5’TAGAGCGTGCAGATAATGA3’(SEQIDNO.:__)和5’TCAACAACCCCCACAAA3’(SEQIDNO.:__)；和5’CTTTCTCTAGGTGAAGCTGTA3’(SEQIDNO.:__)和5’GGTTCATTCTCTGGATCAGA3’(SEQIDNO.:__)。15.权利要求11-14任一项的方法，其中所述福尔马林固定石蜡包埋的样本是异质性肿瘤。16.权利要求15的方法，其中5％-10％的所述异质性肿瘤的细胞在多个扩增子的至少一种中含有至少一种突变。17.权利要求15的方法，其中至少10％的所述异质性肿瘤的细胞在多个扩增子的至少一种中含有至少一种突变。18.权利要求11-17任一项的方法，其中所述PI3K/A...

【专利技术属性】
技术研发人员：H·桑德，K·曲，J·普兰特斯，F·瓦尔德曼，
申请(专利权)人：奎斯特诊断投资股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US