一种基于高通量测序的基因芯片探针序列的获取方法技术

本发明专利技术涉及生物技术领域，具体来说是一种基于高通量测序的基因芯片探针序列的获取方法，步骤包括：(1)确定待测基因片段；(2)待测未知物种高通量测序；(3)高通量检测拼接；(4)利用已知物种基因做blast比对；(5)基因芯片探针设计。本发明专利技术可以明显的加速获取待检的未知物种相应基因片段，弥补了常规PCR有时无法有效扩增的缺陷，同时，比对找出的旁系同源基因或非特异性相似片段可增加背景信息，有效的减少非特异性探针杂交，从而减少假阳性。

A method for obtaining the sequence of gene chip probes based on high throughput sequencing

【技术实现步骤摘要】
一种基于高通量测序的基因芯片探针序列的获取方法
本专利技术涉及生物
，具体来说是一种基于高通量测序的基因芯片探针序列的获取方法。
技术介绍
基因芯片由于其具有平行，快速，高通量检测等特点，在分子诊断
有着广泛的运用。基因芯片主要是通过让所检测的生物样本与芯片上该检品独有的基因探针相结合，而不与其他检品对应探针结合，来判断该样本是否为某检品的生物技术检测产品。这种检品与芯片探针的结合是通过核酸杂交的方式进行，而这组特异性的探针是能成功检测的关键。基因芯片最重要的一点是找到一组特异性的探针序列可以明确的区分待检样品。通常情况下，这组特异性的探针是由同源基因组成的，即检测的相近样品都具有该段基因。由于同源基因的相似性，每一个探针有相似性，同时又存在基因的变异位点将这些探针区分开来。在最初选择要检测的基因片段和所对应的探针时，需要借助基因库(如GenBank)来寻找相关的背景资料。实际操作中，针对特定的一组检测对象，基因库中很多时候未包括所有待检测物种的该基因序列。对于这些没有所选基因的待检物种来说，通常我们利用通用引物进行PCR扩增的方法将该物种对应的同源基因找出来。但在实际运本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于高通量测序的基因芯片探针序列的获取方法，其特征在于，步骤包括：(1)确定待测基因片段：根据已有的资料，评估出用于特定检测项目所需的基因芯片目标基因片段；(2)待测未知物种高通量测序：对需要检测但不具有该基因的物种或样品进行高通量测序，根据检测的目的可以采用不同的高通量测序方案；(3)高通量检测拼接：高通量测序后整理，采用相关的软件进行拼接，生成contig文件，用于后续的比对分析；(4)利用已知物种基因做blast比对：用已知的物种该段基因，在拼接生成的contig文件做比对，直接钓出未知该基因；(5)基因芯片探针设计：根据所搜集的不同物种的该基因序列设计长度为18‑40bp探针。

【技术特征摘要】
1.一种基于高通量测序的基因芯片探针序列的获取方法，其特征在于，步骤包括：(1)确定待测基因片段：根据已有的资料，评估出用于特定检测项目所需的基因芯片目标基因片段；(2)待测未知物种高通量测序：对需要检测但不具有该基因的物种或样品进行高通量测序，根据检测的目的可以采用不同的高通量测序方案；(3)高通量检测拼接：高通量测序后整理，采用相关的软件进行拼接，生成contig文件，用于后续的比对分析；(4)利用已知物种基因做blast比对：用已知的物种该段基因，在拼接生成的contig文件做比对，直接钓出未知该基因；(5)基因芯片探针设计：根据所搜集的不同物种的该基因序列设计长度为18-40bp探针。2.根据权利要求1所述基于高通量测序的基因芯片探针序列的...

【专利技术属性】
技术研发人员：夏云，文兴澈，
申请(专利权)人：成都十洲科技有限公司，
类型：发明
国别省市：四川,51