肠道菌群在儿童反复呼吸道感染诊断中的应用制造技术

本发明专利技术公开了肠道菌群在儿童反复呼吸道感染诊断中的应用，本发明专利技术通过对儿童反复呼吸道感染患者进行16SrRNA测序，首次发现了在患者中存在丰度差异的菌群。对差异菌群进一步分析，发现其用于疾病的诊断具有较高的敏感性和特异性，提示可以通过检测菌群的丰度实现儿童反复呼吸道感染的早期精确诊断。

The application of intestinal microflora in the diagnosis of recurrent respiratory infection in children

The invention discloses the application of intestinal microflora in the diagnosis of recurrent respiratory tract infections in children. Through 16SrRNA sequencing of children with recurrent respiratory tract infection, we found the first time that there are abundant bacteria in the patients. Further analysis of the differential flora revealed that it has high sensitivity and specificity for the diagnosis of the disease, suggesting that the early diagnosis of recurrent respiratory tract infection in children can be achieved by detecting the abundance of the bacteria.

【技术实现步骤摘要】
肠道菌群在儿童反复呼吸道感染诊断中的应用
本专利技术属于生物医学领域，涉及肠道菌群在儿童反复呼吸道感染中的应用。
技术介绍
反复呼吸道感染(recurrentrespiratorytractinfections，RRTI)是一种重要的临床疾病，尤其是儿科，表现为常见和多发。RRTI的临床特点为上、下呼吸道感染反复发作，且患儿感染持续时间较正常儿童长，一旦治疗不及时，则迅速蔓延，加重病情。一些患儿每月发作数次，一些患儿病程达几年之久。本病病情反复，迁延难愈，可导致多种并发症。近年来其发病率呈逐年上升趋势，RRTI约占呼吸道感染的病例中的10-20％。根据世界卫生组织统计，RRTI是5岁以下儿童死亡的主要原因。在东南亚和非洲等高死亡率的国家，RRTI的死亡率达到了23％，涉及到二百万人；在发达国家中，该病占医生访问的20％，其治疗消耗了全球75％的抗生素。目前，RRT的的发病机制尚不明确。其发病被认为与多种因素相关，包括免疫功能、营养状况、环境因素、致病微生物、先天性疾病、遗传因素、精神因素及慢性疾病等。人体肠道中的微生物群落与宿主之间的关系极为密切，据研究，肠道菌群失调与多种临床疾病密切相关。除免疫功能和营养状况的原因，近年来，越来越多的研究表明肠道和或呼吸道菌群失调与呼吸系统疾病的发生息息相关。肠道菌群在儿童反复呼吸道感染的疾病过程中的作用并不明确，探究肠道菌群在RRTI疾病过程中的作用机制，寻找可用来进行儿童RRTI早期诊断的微生物标志物具有重要的意义。
技术实现思路
为了弥补现有技术的不足，本专利技术的目的在于提供一种早期诊断儿童反复呼吸道感染疾病的手段和产品。为了实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：本专利技术提供了检测样本中微生物的试剂在制备诊断儿童反复呼吸道感染疾病的产品中的应用，其特征在于，所述微生物为Fusicatenibacter。在儿童反复呼吸道感染疾病中，Fusicatenibacter的水平降低。进一步，所述微生物还包括Butyricimonas、罗斯伯里氏菌属(Roseburia)、梭菌属(Clostridium)中的一种或几种。其中，Butyricimonas、罗斯伯里氏菌属(Roseburia)在患者中水平降低，梭菌属(Clostridium)在患者中水平增加。进一步，所述微生物为Fusicatenibacter和罗斯伯里氏菌属(Roseburia)。进一步，所述试剂包括检测所述微生物的特异性的引物、探针、反义寡核苷酸、适配体或抗体。进一步，所述特异性的引物是能够检测所述微生物16SrRNA的引物。本专利技术提供了一种诊断儿童反复呼吸道感染疾病的产品，所述产品包括检测Fusicatenibacter丰度的试剂。进一步，所述产品还包括检测Butyricimonas、罗斯伯里氏菌属(Roseburia)、梭菌属(Clostridium)中至少一种微生物丰度的试剂。进一步，所述试剂为检测所述微生物16SrRNA的引物。本专利技术提供了一种诊断儿童反复呼吸道感染疾病的试剂盒，所述试剂盒包括特异性检测Fusicatenibacter和罗斯伯里氏菌属(Roseburia)16SrRNA的引物对。进一步，所述试剂盒可以包含测试管或其他合适的容器、反应缓冲液、三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTPs)、Taq-聚合酶逆转录酶等酶、DNase、RNAse抑制剂、DEPC-水、无菌水等。本专利技术提供一种诊断儿童反复呼吸道感染疾病的芯片，所述芯片包括固相载体，以及固定在固相载体上的寡核苷酸探针，所述寡核苷酸探针特异性识别Fusicatenibacter和罗斯伯里氏菌属(Roseburia)16SrRNA。在本专利技术中，术语“探针”指能与另一分子的特定序列或亚序列或其它部分结合的分子。除非另有指出，术语“探针”通常指能通过互补碱基配对与另一多核苷酸(往往称为“靶多核苷酸”)结合的多核苷酸探针。根据杂交条件的严谨性，探针能和与该探针缺乏完全序列互补性的靶多核苷酸结合。探针可作直接或间接的标记，其范围包括引物。杂交方式，包括，但不限于：溶液相、固相、混合相或原位杂交测定法。本专利技术中的示例性探针包括PCR引物以及基因特异性DNA寡核苷酸探针，例如固定于微阵列基底上的微阵列探针、定量核酸酶保护检验探针、与分子条形码连接的探针、以及固定于珠上的探针。所述探针具有与靶点基因的特定的碱基序列互补的碱基序列。这里，所谓“互补”，只要是杂交即可，可以不是完全互补。这些多核苷酸通常相对于该特定的碱基序列具有80％以上、优选90％以上、更优选95％以上、特别优选100％的同源性。这些探针可以是DNA，也可以是RNA，另外，可以为在其一部分或全部中核苷酸通过PNA(Polyamidenucleicacid，肽核酸)、LNA(注册商标，lockednucleicacid，BridgedNucleicAcid，交联化核酸)、ENA(注册商标，2′-O,4′-C-Ethylene-bridgednucleicacids)、GNA(Glycerolnucleicacid，甘油核酸)、TNA(Threosenucleicacid，苏糖核酸)等人工核酸置换得到的多核苷酸。所述“样本”包括细胞、组织、脏器、体液(血液、淋巴液等)、消化液、咳痰、肺胞支气管清洗液、尿、粪便等。优选的，所述样本为组织、血液。在本专利技术的具体实施方式中，所述样本为粪便。术语“丰度差异”是指，与正常或对照用靶的体内水平相比，在患有儿童反复呼吸道感染疾病的患者体内得到更高或更低水平的微生物。从本专利技术的目的出发，将“丰度差异”视为从正常的或患有疾病的受试者中，或从患有疾病的受试者的各分期中的取得的微生物水平1.5倍或以上、约4倍或以上、约6倍或以上、约10倍或以上的差异时存在的现象。在本专利技术中，术语“引物”的意思是，能够形成与模板链互补的碱基对(basepair)，并且起到用于复制模板链的起始点作用的7个～50个核酸序列。引物通常合成而得，但也可以使用自然生成的核酸。引物的序列并不一定需要与模板的序列完全相同，只要充分互补而能够与模板杂交即可。可以混入不改变引物的基本性质的追加特征。作为可以混入的追加特征的例子，有甲基化、带帽、一个以上的核酸被同系物取代和核酸间的修饰，但不限于此。在本申请中，术语“16srRNA”指构成原核生物核糖体的30S小亚单位的rRNA，其一方面碱基序列的大部分被高度保留，另一方面部分区域显示出高的碱基序列多样性。特别是在同种之间几乎不存在多样性而异种间显示出多样性，因此通过比较16SrRNA的序列，能够有效鉴定原核生物。作为一个实施方式，在本专利技术中，上述引物可以用于扩增相应微生物中保留的16SrRNA的序列，扩增序列后，通过期望的产物的生成与否，能够检测出微生物的存在或测定微生物水平。利用引物的序列扩增方法可以使用本领域已知的多种多样的方法。例如，可以使用聚合酶链式反应(PCR)、逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)、多重PCR、降落(touchdown)PCR、热启动(hotstart)PCR、巢式(nested)PCR、增效(booster)PCR、实时(real-time)PCR、差示PCR(differentialdisplayPCR：DD-PCR)、本文档来自技高网...

【技术保护点】
检测微生物的试剂在制备诊断儿童反复呼吸道感染疾病的产品中的应用，其特征在于，所述微生物为Fusicatenibacter。

【技术特征摘要】
1.检测微生物的试剂在制备诊断儿童反复呼吸道感染疾病的产品中的应用，其特征在于，所述微生物为Fusicatenibacter。2.根据权利按要求1所述的应用，其特征在于，所述微生物还包括Butyricimonas、罗斯伯里氏菌属(Roseburia)、梭菌属(Clostridium)中的一种或几种。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述微生物为Fusicatenibacter和罗斯伯里氏菌属(Roseburia)。4.根据权利要求1-3任一项所述的应用，其特征在于，所述试剂包括检测所述微生物的特异性的引物、探针、反义寡核苷酸、适配体或抗体。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述特异性的引物是能够检测所述微生物16SrRNA的引物。6.一种诊断儿童反复呼吸道感染疾病的产品，其特征在于，所述产品包括...

【专利技术属性】
技术研发人员：李蕾，
申请(专利权)人：青岛大学附属医院，
类型：发明
国别省市：山东,37