【技术实现步骤摘要】
一种基于高通量测序技术的宏基因组数据分析方法
本专利技术涉及生物检测
,特别涉及一种基于高通量测序技术的宏基因组数据分析方法。
技术介绍
宏基因组学(Metagenomics)研究通过全基因组鸟枪法(WholeGenomeShotgun,WGS)测序策略,将提取获得的微生物组总DNA随机打断为短片段,并构建合适长度的插入片段文库,对这些文库进行双端(Paired-end,PE)高通量测序,从而能全面精细地展示整个菌群的功能代谢谱和物种精细组成谱,进而在组成和功能水平分别挖掘关键生物标记物,从原理上阐明微生物群落在生态系统中发挥作用的根本机制。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题在于提供一种基于高通量测序技术的宏基因组数据分析方法。本专利技术所要解决的技术问题可以通过以下技术方案来实现:一种基于高通量测序技术的宏基因组数据分析方法,具体包括如下步骤:(1)对高通量测序下机的双端序列原始数据进行质量筛查,获取可用于下游宏基因组学分析的高质量数据集;(2)对每个样本的高质量数据集分别进行宏基因组序列拼接组装,构建宏基因组Contigs和Scaffolds序列集,并进行基因预测,获得非冗余蛋白序列集;(3)对蛋白序列用多种常用数据库进行功能注释,获得各等级的功能类群丰度谱,并进行差异比较分析、代谢通路富集分析和聚类分析;(4)对基因序列进行物种注释,获得种以及种以下精细水平的物种组成谱,并进行差异比较分析、聚类分析、物种组成丰富度和均匀度分析和关联网络分析;(5)基于上述获得的功能丰度谱和物种组成谱,可以进一步对宏基因组样本进行Alpha和Beta多样性 ...
【技术保护点】
一种基于高通量测序技术的宏基因组数据分析方法,其特征在于,包括如下步骤:(1)对高通量测序下机的双端序列原始数据进行质量筛查,获取可用于下游宏基因组学分析的高质量数据集;(2)对每个样本的高质量数据集分别进行宏基因组序列拼接组装,构建宏基因组Contigs和Scaffolds序列集,并进行基因预测,获得非冗余蛋白序列集;(3)对蛋白序列用多种常用数据库进行功能注释,获得各等级的功能类群丰度谱,并进行差异比较分析、代谢通路富集分析和聚类分析;(4)对基因序列进行物种注释,获得种以及种以下精细水平的物种组成谱,并进行差异比较分析、聚类分析、物种组成丰富度和均匀度分析和关联网络分析;(5)基于上述获得的功能丰度谱和物种组成谱,可以进一步对宏基因组样本进行Alpha和Beta多样性分析,进而依靠多种多变量统计学方法筛选得到宏基因组中的关键生物标记物;(6)通过多种数据可视化和交互式工具,绘制二维/三维图表,全方位、客观地呈现以上分析结果;(7)根据样本来源,选择功能数据库进行注释分析。
【技术特征摘要】
1.一种基于高通量测序技术的宏基因组数据分析方法,其特征在于,包括如下步骤:(1)对高通量测序下机的双端序列原始数据进行质量筛查,获取可用于下游宏基因组学分析的高质量数据集;(2)对每个样本的高质量数据集分别进行宏基因组序列拼接组装,构建宏基因组Contigs和Scaffolds序列集,并进行基因预测,获得非冗余蛋白序列集;(3)对蛋白序列用多种常用数据库进行功能注释,获得各等级的功能类群丰度谱,并进行差异比较分析、代谢通路富集分析和聚类分析...
【专利技术属性】
技术研发人员:薛正晟,杨洋,寇文伯,姜丽荣,
申请(专利权)人:上海派森诺生物科技股份有限公司,
类型:发明
国别省市:上海,31
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