基于核酸质谱技术检测结直肠癌驱动基因及易感SNP的方法技术

本发明专利技术涉及基因检测领域，具体涉及一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌驱动基因及易感SNP的方法。本发明专利技术通过对结直肠癌全基因组测序分析以及对GWAS研究中亚洲人群阳性样本分析，筛选与亚洲人群罹患肺癌风险显著相关的、功能独立的25个CRC热点突变位点和22个SNP位点用于评估个体罹患CRC的风险。本发明专利技术通过核酸质谱技术对SNP和热点变异位点进行检测，相比于TaqMan‑PCR和二代平台测序，该检测方法具有简便、灵活性强，高通量大、成本低等特点。本发明专利技术除可用于CRC的早期评估和大规模筛查，为CRC的患病风险评估、诊断提供重要参考依据，以实现对结直肠癌疾病的早期预警，同时还可以根据检测结果对CRC患者进行个性化治疗。

Detection of colorectal cancer driven genes and susceptible SNP based on nucleic acid mass spectrometry

【技术实现步骤摘要】
基于核酸质谱技术检测结直肠癌驱动基因及易感SNP的方法
本专利技术属于基因检测领域，具体涉及一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌驱动基因及其易感SNP的方法
技术介绍
结直肠癌(Colorectalcancer,CRC)是世界上最常见的恶性肿瘤之一，过去十年来，CRC的发病率和死亡率急剧上升，已成为中国显着的公共卫生问题。虽然结直肠癌的治疗在近年有了长足的进步，但总体疗效并没有很大的改善，手术后的5年生存率在50％左右。而结直肠癌的早期患者治疗效果较好，5年生存率可在90％以上。导致CRC发病的因素主要包括环境和遗传。许多环境因素如营养，缺少运动，肥胖，吸烟和饮酒都是CRC的病因。关于遗传因素，全基因组关联研究(GWAS)已确定多个与CRC易感性相关的遗传基因座，尽管研究已经表明环境因素是结直肠癌发生的始发因素，但个体的遗传特征决定了对于CRC的易感性。因此，通过对CRC易感的SNP进行检测，可以提前预知CRC患病的风险，对CRC的早期诊断和有效预防具有重大的指导意义。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌驱动基因及易感SNP的方法，其特征在于，该方法包括如下步骤：(1)筛选出用于评估个体罹患结直肠癌风险相关的SNP位点和结直肠癌相关驱动基因突变位点；(2)设计步骤(1)中结直肠癌易感SNP位点、与结直肠癌相关驱动基因突变位点的特异性扩增引物和单碱基延伸引物；(3)将步骤(2)中的扩增引物分组，各组中所含的各SNP位点和基因突变位点的上下游引物等摩尔混合，得到相应的扩增引物混合液，每组扩增引物混合液的最终工作浓度为0.5μM；(4)对应于步骤(3)中扩增引物分组的方式，将步骤(2)中的单碱基延伸引物分组，得到单碱基延伸引物混合液；(5)以待测样本DNA为模板，利用...

【技术特征摘要】
1.一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌驱动基因及易感SNP的方法，其特征在于，该方法包括如下步骤：(1)筛选出用于评估个体罹患结直肠癌风险相关的SNP位点和结直肠癌相关驱动基因突变位点；(2)设计步骤(1)中结直肠癌易感SNP位点、与结直肠癌相关驱动基因突变位点的特异性扩增引物和单碱基延伸引物；(3)将步骤(2)中的扩增引物分组，各组中所含的各SNP位点和基因突变位点的上下游引物等摩尔混合，得到相应的扩增引物混合液，每组扩增引物混合液的最终工作浓度为0.5μM；(4)对应于步骤(3)中扩增引物分组的方式，将步骤(2)中的单碱基延伸引物分组，得到单碱基延伸引物混合液；(5)以待测样本DNA为模板，利用步骤(3)中的扩增引物分别进行PCR扩增反应，获得目标位点的PCR产物片段；(6)虾碱式磷酸酶消除步骤(5)反应体系中剩余的dNTP；(7)利用各组相对应的单碱基延伸引物对步骤(6)消化后的产物进行单碱基延伸反应，获得延伸产物；(8)脱盐树脂纯化延伸产物；(9)MassARRAY平台对结直肠癌风险相关性的SNPs位点和结直肠癌相关驱动基因的热点变异位点进行基因分型检测，通过对不同基因型质量大小的分析，确定是否存在基因变异。2.根据权利要求1所述的一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌驱动基因及其易感SNP的方法，其特征在于，所述步骤(1)中可用来评估个体罹患结直肠癌风险相关性的SNP位点在NCBI中的SNP数据库的rs号分别为rs7014346、rs10808555、rs7837328、rs1062044、rs12522693、rs4845882、rs6695837、rs12953717、rs3802842、rs11614913、rs2298881、rs961253、rs4939827、rs7229639、rs11196172、rs6983267、rs895819、rs4444235、rs10505477、rs17836917、rs1801133和rs1342387。3.根据权利要求1所述的一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌驱动基因及其易感SNP的方法，其特征在于，所述步骤(1)中用于评估个体罹患结直肠癌风险的基因突变位点的蛋白变异位点分别为：KRAS基因的蛋白变异位点为p.G12SRC、p.G12DAV、p.G13SRC、p.G13DV和p.A146T，NRAS基因的蛋白变异位点为p.G12DAV、p.Q61K和p.Q61PL，BRAF基因的蛋白变异位点为p.V600E，PI3K3CA基因的蛋白变异位点为p.E542K、p.E545KQ和p.H1047RL，APC基因的蛋白变异位点为p.R213*、p.R232*、p.R876*、p.R1114*和p.R1450*，CTNNB1基因的蛋白变异位点为p.T41PA和p.S45F，SMAD4基因的蛋白变异位点为p.R361C和p.R361H，FBXW7基因的蛋白变异位点为p.R465C、p.R465H、p.R505SC和p.S582L。4.根据权利要求1所述的一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌驱动基因及其易感SNP的方法，其特征在于，所述易感SNP位点的PCR特异性扩增引物序列对和延伸引物分别为：针对rs1062044的SEQIDNO.1、SEQIDNO.2和SEQID.3、针对rs6695837的SEQIDNO.4、SEQIDNO.5和SEQIDNO.6、针对rs12522693的SEQIDNO.7、SEQIDNO.8和SEQIDNO.9、针对rs17836917的SEQIDNO.10、SEQIDNO.11和SEQIDNO.12、针对rs4939827的SEQID.NO13、SEQIDNO.14和SEQIDNO.15、针对rs7229639的SEQIDNO.16、SEQIDNO.17和SEQIDNO.18、针对rs12953717的SEQIDNO.19、SEQIDNO.20和SEQIDNO.21、针对rs10808555的SEQIDNO.22、SEQIDNO.23和SEQIDNO.24、针对rs7014346的SEQIDNO.25、SEQIDNO.26和SEQIDNO.27、针对rs10505477的SEQIDNO.28、SEQIDNO.29和SEQIDNO.30、针对rs6983267的SEQIDNO.31、SEQIDNO.32和SEQIDNO.33、针对rs7837328的SEQIDNO.34、SEQIDNO.35和SEQIDNO.36、针对rs4444235的SEQIDNO.37、SEQIDNO.38和SEQIDNO.39、针对rs3802842的SEQIDNO.40、SEQIDNO.41和SEQIDNO.42、针对rs961253的SEQIDNO.43、SEQIDNO.44和SEQIDNO.45、针对rs11196172的SEQIDNO.46、SEQIDNO.47和SEQID48、针对Rs11614913的SEQIDNO.49、SEQIDNO.50和SEQIDNO.51、针对rs1342387的SEQIDNO.52、SEQIDNO.53和SEQIDNO.54、针对Rs895819的SEQIDNO.55、SEQIDNO.56和SEQIDNO.57、针对rs2298881的SEQIDNO.58、SEQIDNO.59和SEQIDNO.60、针对rs1801133的SEQIDNO.61、SEQIDNO.62和SEQIDNO.63、针对rs4845882的SEQIDNO.64、SEQIDNO.65和SEQIDNO.66；所述结直肠癌驱动基因热点变异位点的特异性扩增引物序列对和延伸引物分别为：针对p.G12SRC的SEQIDNO.67、SEQIDNO.68和SEQIDNO.69、针对p.G12DAV的SEQIDNO.70、SEQIDNO.71和SEQIDNO.72、针对p.G13SRC的SEQIDNO.73、SEQIDNO.74和SEQIDNO.75、针对p.G13DV的SEQIDNO.76、SEQIDNO.77和SEQIDNO.78、针对p.A146T的SEQIDNO.79、SEQIDNO.80和SEQIDNO.81、针对p.G12DAV的SEQIDNO.82、SEQIDNO.83和SEQIDNO.84、针对p.Q61K的SEQIDNO.85、SEQIDNO.86和SEQIDNO.87、针对p.Q61PRL的SEQIDNO.88、SEQIDNO.89和SEQIDNO.90、针对p.V600E的SEQIDNO.91、SEQ...

【专利技术属性】
技术研发人员：雷菁，赵双双，尚小云，张轶，刁波，
申请(专利权)人：武汉赛云博生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：湖北,42