一种筛选高糖原含量长牡蛎亲贝的方法及其相关的SNP引物对技术

本发明专利技术涉及一种筛选高糖原含量长牡蛎亲贝的方法及其相关的SNP引物对。通过486个个体的全基因组关联分析，鉴定出位于长牡蛎6号染色体上的67个与糖原含量显著相关的SNP信号。针对该区域scaffold1243_53489碱基处的1个SNP位点，开发了其相应的检测方法，结果表明利用该方法可以简单迅速检测该SNP位点。同时该位点CC基因型个体相比较于TT基因型个体。筛选CC基因型的亲贝，指导牡蛎育种。所述长牡蛎该位点上下游500kb的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。本发明专利技术有益效果在于苗种繁育前对亲贝进行基因型鉴定，提高子代糖原含量。本研究结果获得SNP标记可信度更高，效果更稳定。

【技术实现步骤摘要】
一种筛选高糖原含量长牡蛎亲贝的方法及其相关的SNP引物对
本专利技术属于基因工程与遗传育种领域，涉及到一种筛选长牡蛎糖原含量相关的SNP标记的引物对及其应用。
技术介绍
牡蛎是一种重要的海洋水产资源，也是世界上最重要的海水养殖贝类之一。我国的牡蛎养殖规模和产量多年都稳居世界首位，但牡蛎出口的平均价格仅为其他国家牡蛎产品的1/3。这说明我国牡蛎大多只能自产自销，难以进入高端市场。提高我国养殖牡蛎的经济效益，实现产业由高产低效向高产高效模式的转型升级，提高牡蛎的产品品质是亟需解决的问题。而糖原等营养物质的含量高是牡蛎最主要的特色之一。糖原的含量不仅影响牡蛎肥满度和产量，同时作为鲜味主要呈味物质，影响着牡蛎消费口感，直接决定了牡蛎产品品质。进行糖原等营养品质性状的遗传改良是解决我国牡蛎产业高产低效现状的重要途径。水产动物育种研究起步晚，目前主要集中于对生长性状的研究，方法大多采用传统的选择，杂交，周期长，见效慢。对长牡蛎的品质性状研究还不多见。近些年来，基因组学发展，分子标记辅助选育以及全基因组选择等育种技术也得到了迅猛发展，大大提高了牡蛎的遗传育种水平，不但使糖原等复杂品质性状的育种成为本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种筛选高糖原含量长牡蛎亲贝相关的SNP引物对，其特征在于：正向引物为F：5’‑TAGTATTAAGGCACATGCCG‑3’；反向引物为R：5’‑ATGATGTTTACTTGTTTGCTTG‑3’。

【技术特征摘要】
1.一种筛选高糖原含量长牡蛎亲贝相关的SNP引物对，其特征在于：正向引物为F：5’-TAGTATTAAGGCACATGCCG-3’；反向引物为R：5’-ATGATGTTTACTTGTTTGCTTG-3’。2.一种如权利要求1所述的筛选高糖原含量长牡蛎亲贝的方法，其特征在于：通过全基因组关联分析获得一个SNP标记，其位于长牡蛎基因组scaffold1243_53,489kb碱基处；该位点存在T和C两个碱基形式，在苗种繁育前对亲贝进行该SNP标记位点基因型鉴定，不同基因型糖原含量的顺序为CC>TC>TT，通过筛选该位点CC基因型的亲贝，提高后代群体的糖原含量，包括步骤如下：(1)所述长牡蛎基因组的提取，具体为提取长牡蛎基因组DNA，使用灭菌水或TE缓冲液稀释到10-20ng/uL；(2)所述长牡蛎基因组DNA为模板，配制反应体系：基因组DNA1uL，通用PCRmix5uL，引物F和R各0.2uL，灭菌双蒸水3.6uL；所述反应体系可同比放大；(3)PCR扩增的反应程序为：(4)所述的PCR反应结束后，加入饱和荧光染料Lcgreen及内标各1uL，经过95℃-98℃退火5-10min；(5)退火后自然降温至室温，进行高分辨率熔解曲线分析，鉴定待测样a)利用内标的熔解曲线对所有待测样本的熔解曲线进行校正；b)对校正后的所有待测样本熔解曲线进行分群，当熔解曲线求导后为单峰且峰值对应横坐标温度大于77.5℃时SNP基因型为CC...

【专利技术属性】
技术研发人员：张国范，李莉，孟杰，宋凯，李春燕，刘圣，史瑞辉，刘优丽，
申请(专利权)人：中国科学院海洋研究所，
类型：发明
国别省市：山东,37