一种筛选长牡蛎高糖原含量亲贝的方法及其相关的SNP引物对技术

本发明专利技术涉及一种筛选高糖原含量长牡蛎亲贝的方法及其相关的SNP引物对。通过486个个体的全基因组关联分析，鉴定出位于长牡蛎6号染色体上的39个与糖原显著相关的SNP信号。针对该区域scaffold426_295，537碱基处的1个SNP位点，开发了相应的检测方法，同时所述该位点上下游500bp的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。同时该位点TT基因型个体相比较于CC基因型个体，糖原含量显著提高6.2％。筛选该位点的TT基因型亲贝，用于指导牡蛎育种。本发明专利技术有益效果在于可以在苗种繁育前对亲贝进行基因型鉴定，筛选该位点TT基因型亲贝，提高子代糖原含量。本研究结果是基于野生群体全基因组关联分析获得的SNP标记，效果更稳定。

【技术实现步骤摘要】
一种筛选长牡蛎高糖原含量亲贝的方法及其相关的SNP引物对
本专利技术属于基因工程与遗传育种领域，涉及到一种筛选高糖原含量长牡蛎亲贝的方法及其相关的SNP引物对。
技术介绍
牡蛎是一种重要的海洋水产资源，也是世界上最重要的海水养殖贝类之一。我国的牡蛎养殖规模和产量多年都稳居世界首位，但是牡蛎出口价格偏低，难以进入国际高端市场。综合原因，主要是由于牡蛎营养品质含量偏低。所以，提高牡蛎的产品品质是提高我国养殖牡蛎的经济效益，实现产业由高产低效向高产高效模式的转型升级的重要途径。牡蛎素有海中牛奶之称，其中糖原等营养物质的含量高是牡蛎最主要的特色之一。糖原的含量影响牡蛎肥满度和产量，同时影响着牡蛎消费口感。进行糖原等营养品质性状的遗传改良，培养高糖原含量的牡蛎个体，是解决我国牡蛎产业改善高产低效现状的重要途径。现如今，水产育种研究中，对品质性状的研究还比较少。而且大都采用传统的群体选育的方法进行，其主要缺点是周期长，见效慢。而近些年来，随着基因组学和育种技术的发展，分子标记辅助选育以及全基因组选择等育种技术得到了迅猛发展，大大提高了牡蛎的遗传育种水平，同时显著的提升了品质性状的选育效率和精度。本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种筛选高糖原含量长牡蛎亲贝相关的SNP标记的引物对，其特征在于：正向引物为F：5′‑TTTTCCACCAAGGTCCGA‑3′；反向引物为R：5′‑AAGTCTGAGGGAGGAGGAAG‑3′。

【技术特征摘要】
1.一种筛选高糖原含量长牡蛎亲贝相关的SNP标记的引物对，其特征在于：正向引物为F：5′-TTTTCCACCAAGGTCCGA-3′；反向引物为R：5′-AAGTCTGAGGGAGGAGGAAG-3′。2.一种如权利要求1所述的筛选高糖原含量长牡蛎亲贝的方法，其特征在于：通过全基因组关联分析获得39个成簇SNP标记位于6号染色体scaffold426_290，451-307，883区域内；本项目选择scaffold426_295，537碱基处SNP位点进行标记开发；该位点存在T和C两个碱基形式，在苗种繁育前对亲贝进行该SNP标记位点基因型鉴定，不同基因型糖原含量高低的顺序为TT＞TC＞CC；通过筛选该位点TT基因型的亲贝，进行遗传育种，从而显著提高后代家系糖原含量；包括步骤如下：(1)所述长牡蛎基因组的提取，具体为提取长牡蛎基因组DNA，使用灭菌水或TE缓冲液稀释到10-20ng/uL；(2)所述长牡蛎基因组DNA为模板，配制反应体系基因组DNA1uL，通用PCRmix5uL，引物F和R各0.2uL，灭菌双蒸水3.6uL；所述反应体系可同比放大；(3)PCR扩增的反应程序为：(4)所述的PCR反应结束后，加入饱和荧光染料Lcgreen及内标各1uL，经过95℃-98℃退火5-10min；(5)退火后自然降温至室温，进行高分辨率熔解曲线分析，鉴定待测样本中基因型：a)利用内标的熔解曲线对所有待测样本的熔解曲线进行校正；b)对校正后的所有待测样本熔解曲线进行分群，当熔解曲线求导后为单峰且峰值对应...

【专利技术属性】
技术研发人员：孟杰，张国范，李莉，宋凯，李春燕，刘圣，史瑞辉，刘优丽，
申请(专利权)人：中国科学院海洋研究所，
类型：发明
国别省市：山东,37