使用外来体来确定表现型的方法和系统技术方案

外来体可以用于检测生物标志物，以用于诊断、治疗相关的或者预后的方法以便鉴定表现型，例如状况或疾病，如疾病的阶段或进程。细胞源的外来体可以用于概况生理学状态或确定表现型。生物标志物或得自细胞源特异性的外来体的标志物可以用于确定疾病、状况、疾病阶段以及状况阶段的治疗方案，并且还可以用于确定治疗效力。得自细胞源特异性的外来体的标志物还可以用于鉴定未知起源的疾病的状况。

Method and system for determining phenotype by using foreign bodies

Foreign bodies can be used to detect biomarkers for diagnostic, therapeutic, or prognostic methods to identify phenotypes, such as conditions or diseases, such as the stage or process of disease. The foreign bodies of cell sources can be used for general physiological state or determination of phenotype. Biomarkers, or markers derived from cell source specific foreign bodies, can be used to determine therapeutic regimens for disease, condition, disease stage, and stage of disease, and can also be used to determine therapeutic efficacy. Markers derived from cell source specific foreign bodies can also be used to identify diseases of unknown origin.

【技术实现步骤摘要】
使用外来体来确定表现型的方法和系统本申请是申请日为2009年11月12日和专利技术名称为“使用外来体来确定表现型的方法和系统”的200980154108.3号专利技术专利申请的分案申请。交叉引用本申请要求要求2008年11月12日提交的No.61/114,045、2008年11月12日提交的No.61/114,058、2008年11月13日提交的No.61/114,065、2009年2月9日提交的No.61/151,183、2009年10月2日提交的No.61/278,049、2009年10月9日提交的No.61/250,454、以及2009年10月19日提交的No.61/253,027的美国临时申请的优先权，这些文献的每一份均以引用方式全文并入本文。此外，本申请为2009年10月30日提交的美国申请No.12/609,847的相关申请，其中所述的申请要求2008年10月30日提交的美国临时申请No.61/109,742、2008年11月7日提交的No.61/112,571、2008年11月12日提交的No.61/114,045、2008年11月12日提交的No.61/114,058、2008年11月13日提交的No.61/114,065、2009年2月9日提交的No.61/151,183、2009年10月2日提交的No.61/278,049、2009年10月9日提交的No.61/250,454以及2009年10月19日提交的No.61/253,027的优先权，这些文献的每一份均以引用方式全文并入本文。
技术介绍
对疾病检测、预兆性预测、监测以及诊断决策的决定性需求为改善的检测敏感性和特异性。目前，用于状况和疾病(例如癌症)的生物标志物(蛋白质、肽、脂质、RNA、DNA以及用于疾病相关性分子改变的它们的修饰物)几乎唯独依赖于由组织获得样品以鉴定状况或疾病。用于获得分析用的所关注的组织的方法通常是入侵性的，昂贵的，并且使患者产生并发症的风险。此外，使用体液来分离或检测生物标志物通常会显著地稀释生物标志物，使得读数缺少必需的敏感性。此外，除了疾病组织，正常的组织中产生了低量或适量的大部分的生物标志物，因此，这种特异性的缺乏也是成问题的。特异性生物标志物(例如DNA、RNA和蛋白质)的鉴定可以提供用于诊断、预后或治疗(theranosis)状况或疾病的生物学特征。外来体为用于评估存在于外来体表面上的一种或多种生物标志物的良好来源。此外，鉴定外来体的具体特征(例如尺寸、表面抗原、细胞源)本身可以提供诊断、预后或治疗的读数。由癌细胞、其他疾病细胞或在某些生理学过程时(例如妊娠)分泌的外来体促使为诊断以及个体治疗决定提供帮助。已经在多种体液中发现了外来体，例如血浆、乳汁、支气管肺泡灌洗液和尿。外来体还作为蛋白质、RNA、DNA、病毒和朊病毒的运送载体而参与细胞之间的交流。本专利技术为现有技术的测定方法提供了改善。本专利技术为测定敏感性和特异性得到改善的产物和方法，从而可以用于疾病的检测、预兆性预测、疾病的监测、疾病的分段、治疗决策以及生理学状态的鉴定。产物和方法包括对外来体的细胞源特异性进行选择、它们的蛋白质组成、RNA组成、DNA组成、脂质的概况、相关的代谢物和/或这些分析物的后生修饰进行分析。此外，本专利技术还提供了确定外来体的生物标志物和生物学特征的方法，而未经过现有技术的浓缩或纯化样品中的外来体。专利技术概述本专利技术公开了用于通过分析外来体来表征表现型的方法和组合物。表征受试者或个体的表现型可以包括但不限于诊断疾病或状况，预后疾病或状况，确定疾病阶段或状况阶段、药剂的效力、生理学状况、器官衰竭或器官排斥、疾病或状况的进展、疾病或状况的治疗相关性结合、或者特定的生理学或生物学状态。所述的方法可以包括确定得自受试者的生物学样品中的外来体的生物学特征，以及基于所述的生物学特征表征所述的受试者的表现型。表征还可以基于确定生物学样品中的外来体的量。表现型的表征可以以至少70％、80％或90％敏感性、特异性或这二者的方式进行。所述的外来体可以在确定外来体生物学特征之前分离或浓缩。生物学特征可以包括表达的水平、存在情况、缺乏情况、突变情况、拷贝数的变化、截短的情况、复制、插入、修饰、序列的变化或者生物标志物的分子结合情况。生物学特征还可以包含分离的外来体的定量、外来体半衰期变化的临时评价、循环外来体的半衰期、外来体新陈代谢的半衰期或者外来体的活性。所述的外来体可以为细胞源特异性的外来体。所述的外来体可以衍生自肿瘤或癌细胞。外来体的细胞源可以为肺、胰腺、胃、肠、膀胱、肾、卵巢、睾丸、皮肤、结肠直肠、乳腺、前列腺、脑、食道、肝脏、胎盘或胚胎细胞。可以评估外来体的一种或多种生物标志物以用于表征表现型。所述的生物标志物可以为核酸、肽、蛋白质、脂质、抗原、碳水化合物或蛋白聚糖，例如DNA或RNA。所述的RNA可以为mRNA,miRNA,snoRNA,snRNA,rRNAs,tRNAs,siRNA,hnRNA或shRNA。所述的生物标志物可以为选自图1的抗原，或者选自图3-60中所列的表中的生物标志物。可以对一种或多种生物标志物进行评估，并且可以用于表征表现型。所述的生物学特征可以包括选自miR-9,miR-629,miR-141,miR-671-3p,miR-491,miR-182,miR-125a-3p,miR-324-5p,miR-148b和miR-222中的一种或多种miRNA。所述的生物学特征可以用于表征表现型，例如前列腺癌。其他生物标志物可以选自：CD9,PSCA(前列腺干细胞抗原),TNFR,CD63,MFG-E8,EpCam,Rab,CD81,STEAP,PCSA(前列腺细胞表面抗原),PSM(或PSMA,前列腺特异性膜抗原),5T4,CD59,CD66,CD24和B7H3。与检测较少的生物标志物相比，检测较多的生物标志物可以提供更高的敏感性或特异性。此外，还提供了倍增或多重分析多种外来体的方法。倍增多种外来体可以包括使所述的多种外来体形成多种颗粒，其中多种颗粒的子集的每一个颗粒都与不同的捕获剂偶联，从而捕获所得的多种外来体的子集；以及检测所捕获的外来体的一种或多种生物标志物。此外，还可以使用阵列来进行倍增，其中所述的捕获剂与阵列(并非颗粒或珠)相连。此外，本专利技术还提供了分离的外来体。该分离的外来体可以包括任意一种或多种本文所公开的生物标志物，例如生物标志物的特异性结合物。此外，还提供了包含一种或多种分离的外来体的组合物。该组合物可以包含相当富集的外来体的群体。外来体的群体对于一种或多种特异性的生物标志物、对于具体的生物学特征而言是基本均质的，或者衍生自特定的细胞类型。此外，还提供了用于评估一种或多种外来体(例如用于分离、隔离或检测一种或多种外来体)的检测系统、微流体装置和试剂盒。特别地，本专利技术涉及以下各项：1.一种表征受试者中的表现型的方法，该方法包括：i)确定得自所述的受试者的生物学样品中的一种或多种外来体的生物学特征；以及ii)根据所述的生物学特征来表征所述受试者中的表现型，其中根据所述的生物学特征的所述表现型的所述表征具有至少70％敏感性。2.一种表征受试者中的表现型的方法，该方法包括：i)确定得自所述的受试者的生物学样本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种鉴定外来体的至少一种适配体的方法，该方法包括：a)将核酸文库与靶物外来体相接触；b)特异性地与所述靶物外来体结合的所述核酸文库的成员与不与所述靶物外来体结合的所述核酸文库的成员分隔；以及c)将分隔的与所述靶物外来体结合的所述核酸文库的成员扩增，从而鉴定所述外来体的至少一种适配体。

【技术特征摘要】
2008.11.12 US 61/114,045;2008.11.12 US 61/114,058;1.一种鉴定外来体的至少一种适配体的方法，该方法包括：a)将核酸文库与靶物外来体相接触；b)特异性地与所述靶物外来体结合的所述核酸文库的成员与不与所述靶物外来体结合的所述核酸文库的成员分隔；以及c)将分隔的与所述靶物外来体结合的所述核酸文库的成员扩增，从而鉴定所述外来体的至少一种适配体。2.权利要求1所述的方法，还包括重复步骤a)-c)至少一次，其中步骤c)中扩增的核酸在接下来步骤a)的重复中用作输入核酸文库。3.权利要求1或2所述的方法，其中所述核酸文库在步骤a)之前针对目标肽进行预富集。4.权利要求3所述的方法，其中所述目标肽是外来体表面蛋白。5.权利要求3所述的方法，其中所述目标肽是癌症标志物、普通的外来体标志物或组织特异性标志物。6.权利要求1所述的方法，其中所述至少一种适配体包括DNA、RNA或两者。7.权利要求1所述的方法，还包括分离与所述靶物外来体结合的至少一个所述核酸文库的成员。8.权利要求1所述的方法，还包括在步骤a)之前分离所述靶物外来体。9.权利要求8所述的方法，其中所述靶物外来体使用体积排阻色谱、密度梯度离心、差速...

【专利技术属性】
技术研发人员：C·库斯利驰，G·波斯特，M·克拉斯，
申请(专利权)人：卡里斯生命科学瑞士控股有限责任公司，
类型：发明
国别省市：瑞士,CH