适体及其用途制造技术

提供了针对结合目标生物标志物如微囊泡表面抗原或微囊泡表面抗原的功能性片段的特异性适体和适体集合的方法和组合物。在各种实施方案中，将本发明专利技术的适体用于诊断、预后或治疗诊断方法中以筛选生物样品中确定为提供诊断、预后或治疗诊断读出结果的生物标志物(如微囊泡)的存在或水平。诊断、预后或治疗诊断可以与癌症或其他疾病和失调相关。本发明专利技术还提供了方法和组合物来帮助适体文库筛选和适体检测方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】交叉参考本申请要求2012年10月23日提交的美国临时专利申请No.61/717,566，2012年11月29日提交的61/731,419；2012年12月11日提交的61/735,915；2013年1月2日提交的61/748,437；2013年1月7日提交的61/749,773；2013年1月8日提交的61/750,331；2013年1月18日提交的61/754,471；2013年2月20日提交的61/767,131；2013年2月25日提交的61/769,064；2013年3月26日提交的61/805,365；2013年4月3日提交的61/808,144；2013年5月7日提交的61/820,419；2013年5月23日提交的61/826,957；2013年6月24日提交的61/838,762；2013年7月5日提交的61/843,256；2013年8月6日提交的61/862,809；2013年8月8日提交的61/863,828；2013年8月14日提交的61/866,014；2013年8月20日提交的61/867,978；2013年8月28日提交的61/871,107；和2013年9月6日提交的61/874,621的权益；将该申请全部以其整体按引用并入本文中。通过EFS-WEB提交的序列表按照MPEP§1730II.B.2(a)的批准和说明，以下通过USPTOEFS-WEB服务器电子提交的序列表的完整内容以其整体按引用并入本文中用于全部目的。序列表在如下确定的电子提交文档内：文件名：37901811601SeqList.txt生成日：2013年10月23日大小(字节)：82,464,193字节
本专利技术总体地涉及能够结合微囊泡表面抗原的适体的领域，所述适体可用作癌症和/或其中涉及微囊泡的其他疾病或失调的治疗剂和诊断剂。本专利技术进一步涉及用于施用能够结合微囊泡的适体的材料和方法。微囊泡可以源自表示癌症的细胞。
技术介绍
适体是通过经典的Watson-Crick碱基配对以外的相互作用对分子具有特异性结合亲和力的核酸分子。适体，与通过噬菌体展示产生的肽或单克隆抗体(“mAb”)一样，能够特异性地结合选定的靶标并调节靶标的活性，例如，通过结合，适体可以阻断其靶标发挥作用的能力。通过体外选择方法从随机序列寡核苷酸池产生，已经针对超过100种蛋白质产生了适体，所述蛋白质包括生长因子、转录因子、酶、免疫球蛋白和受体。典型的适体大小为10-15kDa(30-45个核苷酸)，以亚纳摩尔的亲和力结合其靶标，并且区别密切相关的靶标(例如，适体通常不会结合来自相同基因家族的其他蛋白质)。一系列的结构研究已经表明适体能够使用推动抗体-抗原复合物中的亲和力和特异性的相同类型结合相互作用(例如，氢键结合、静电互补、疏水性接触、空间排阻)。适体对于用作治疗剂和诊断剂具有多种理想的特征，包括高特异性和亲和力、生物学效力和卓越的药物代谢动力学特性。此外，它们给予优于抗体和其他蛋白质生物制剂的特定竞争优势，例如：速度和控制。适体通过完全在体外的过程来产生，从而允许初始前导物质(lead)的快速产生，包括治疗性前导物质。体外选择允许紧密地控制适体的特异性和亲和力，并且允许前导物质的产生，包括针对有毒和非致免疫原性靶标的前导物质。毒性和免疫原性。适体作为一类已经证明了很低或没有毒性或免疫原性。在用高水平适体(10mg/kg/日，持续90天)的大鼠或旱獭的长期给药中，通过任一种临床、细胞学或生化测量都没有观察到毒性。尽管许多单克隆抗体的功效受到对抗体自身的免疫反应的严重限制，但非常难以引发针对适体的抗体，最可能是因为适体不能经由MHC通过T-细胞来呈递，并且免疫反应通常经训练以不识别核酸片段。施用。尽管大部分目前批准的抗体治疗剂通过静脉内输注(通常2-4小时)来施用，但适体可以通过皮下注射来施用(在猴子研究中，通过皮下给药的适体生物利用度>80％(Tucker等，J.ChromatographyB.732:203-212，1999))。这种差异主要是由于相当低的溶解性并且因此对于大部分治疗性mAb需要大的体积引起的。具有良好的溶解性(>150mg/mL)和相当低的分子量(适体：10-50kDa；抗体：150kDa)，适体的每周剂量可以通过在低于0.5mL的体积内注射来递送。此外，适体的小尺寸允许其渗透至不允许抗体或抗体片段渗透的构象紧缩区域中，呈现出基于适体的治疗或预防的再另一个优势。可扩性和成本。适体是化学合成的，并且很容易按照需要放大以满足用于诊断或治疗应用的生产需求。尽管放大生产中的困难目前限制了一些生物制剂的可利用性和大规模蛋白质生产厂的资本成本是巨大的，但单一大规模寡核苷酸合成仪可以生产超过100kg/年和需要相对适度的初期投资。用于公斤规模的适体合成的现时商品成本估算为$100/g，这与高度优化的抗体的成本相当。稳定性。适体在化学上是稳定的。它们本质上适于在暴露于如热和变性剂的因素后再次获得活性，并且可以在室温下作为冻干粉长期(>1年)储存。按引用并入本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请按引用并入本文中，其程度如同每篇单独的出版物、专利或专利申请特意和单独地表示按引用并入。
技术实现思路
本专利技术的组合物和方法提供了结合目标生物标志物(如微囊泡表面抗原或微囊泡表面抗原的功能性片段)的适体。在各种实施方案中，本专利技术的适体用于诊断、预后或治疗诊断方法中以筛选生物样品中确定的微囊泡表面抗原的存在或水平，从而提供诊断、预后或治疗诊断结果输出。诊断、预后或治疗诊断可以与癌症相关。本专利技术还提供了促进适体文库筛选的方法和组合物以及适体检测方法。在一个方面中，本专利技术提供了结合微囊泡的适体，其包含与以下任一序列至少50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、96、97、98、99或100％同源的核酸序列：a)SEQIDNO.230900-230903、230908、230913-230927或表18中所述的任意前述序列的可变序列；或b)任意前述序列的功能性片段。适体可以包含SEQIDNO.230900-230903、230908、230913-230927中的任一个或其功能性片段。功能性片段可以包含保留结合适体靶标能力的任何片段，包括但不限于表18中所示的“可变序列”区域。在一些实施方案中，微囊泡从前列腺癌细胞脱落。在另一个方面中，本专利技术提供了结合微囊泡的适体，其包含本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种结合微囊泡的适体，包含与以下任一序列至少50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、96、97、98、99或100％同源的核酸序列：a)SEQ ID NO.230900‑230903、230908、230913‑230927或表18中所述的任一前述序列的可变序列；或b)任一前述序列的功能性片段。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2012.10.23 US 61/717,566;2012.11.29 US 61/731,419;1.一种结合微囊泡的适体，包含与以下任一序列至少50、55、60、65、70、75、80、85、90、
95、96、97、98、99或100％同源的核酸序列：a)SEQIDNO.230900-230903、230908、230913-
230927或表18中所述的任一前述序列的可变序列；或b)任一前述序列的功能性片段。
2.权利要求1的适体，其中所述适体包含SEQIDNO.230900-230903、230908、230913-
230927或其功能性片段中的任一个。
3.前述权利要求任一项的适体，其中所述功能性片段包括表18中所示的“可变序列”区
域。
4.前述权利要求任一项的适体，其中所述微囊泡是从前列腺癌细胞脱落的。
5.一种结合微囊泡的适体，包含与以下任一序列至少50、55、60、65、70、75、80、85、90、
95、96、97、98、99或100％同源的核酸序列：a)SEQIDNO.231018-231031或表23中所述的其
可变序列；b)SEQIDNO.231032-231051或表24中所述的其可变序列；c)SEQID
NO.231032-231535；或d)任一前述序列的功能性片段。
6.权利要求5的适体，其中所述适体包含SEQIDNO.231018-231031或其功能性片段中
的任一个。
7.权利要求5的适体，其中所述适体包含SEQIDNO.231032-231051或其功能性片段中
的任一个。
8.权利要求5-7任一项的适体，其中所述功能性片段包括表23-24任一个中所示的“可
变序列”区域。
9.权利要求5-8任一项的适体，其中所述微囊泡是从乳腺癌细胞脱落的。
10.一种结合上皮细胞粘附分子(EpCAM)蛋白的适体，包含与以下任一序列至少50、55、
60、65、70、75、80、85、90、95、96、97、98、99或100％同源的核酸序列：a)SEQIDNO.1-
230810；b)SEQIDNO.230822-230899、230904-230907、230909-230911或表11、12、13、15中
所述的其任一的可变序列；或c)任一前述序列的功能性片段。
11.权利要求10的适体，其中所述适体包括适体4($$SEQIDNO.1)、寡聚物6(SEQID
NO.230810)、寡聚物4B(SEQIDNO.183132)、CAR003(SEQIDNO.230822或SEQID
NO.230823)、CAR016(SEQIDNO.230840)或其功能性片段中的任一个。
12.权利要求10的适体，其中所述适体为来自表5、6、7、8、11、12、13、15、16的任一个或
其功能性片段。
13.权利要求10-12任一项的适体，其中所述功能性片段包括表11、12、13、15任一个中
所示的“可变序列”区域或其功能性片段。
14.权利要求10-13任一项的适体，其中所述适体在体外调节EpCAM信号转导。
15.一种结合前列腺特异性膜抗原(PSMA)的适体，包含与以下任一序列至少50、55、60、
65、70、75、80、85、90、95、96、97、98、99或100％同源的核酸序列：a)SEQIDNO.230932-
2309354或表20中所述的其可变序列；或b)任一前述序列的功能性片段。
16.前述权利要求任一项的适体，其中所述适体经进一步修饰以包含至少一个化学修
饰。
17.权利要求16的适体，其中所述修饰选自：糖位置的化学取代；磷酸位置的化学取代；
和核酸碱基位置的化学取代。
18.权利要求16的适体，其中所述修饰选自：生物素化，荧光标记的并入，修饰的核苷酸
的并入，3’加帽，与胺连接物的偶联，与高分子量、非免疫原性化合物的偶联，与亲脂性化合
物的偶联，与药物的偶联，与细胞毒性部分的偶联，以及放射性同位素标记。
19.权利要求18的适体，其中所述生物素化、荧光标记或细胞毒性部分与适体的5’端偶
联。
20.权利要求18的适体，其中所述生物素化、荧光标记或细胞毒性部分与适体的3’端偶
联。
21.权利要求18的适体，其中所述细胞毒性部分包裹在纳米颗粒中。
22.权利要求21的适体，其中所述纳米颗粒选自：脂质体、树状聚合物和梳型聚合物。
23.权利要求18的适体，其中所述细胞毒性部分包括小分子细胞毒性部分。
24.权利要求23的适体，其中所述小分子细胞毒性部分选自酰肼长春花碱、卡奇霉素、
长春花属生物碱、cryptophycin、tubulysin、多拉斯他汀-10、多拉斯他汀-15、阿里他汀E、
根霉素、埃博霉素B、埃博霉素D、紫杉烷类、美登素类及其任意变体和衍生物。
25.权利要求18的适体，其中所述放射性同位素选自钇-90、铟-111、碘-131、镥-177、
铜-67、铼-186、铼-188、铋-212、铋-213、砹-211和锕-225。
26.权利要求18的适体，其中所述细胞毒性部分是蛋白质毒素。
27.权利要求26的适体，其中所述蛋白质毒素选自白喉毒素、蓖麻毒素、相思豆毒素、白
树毒素和假单胞菌内毒素A。
28.权利要求18的适体，其中所述非免疫原性的、高分子量化合物是聚烷撑二醇。
29.权利要求28的适体，其中所述聚烷撑二醇是聚乙二醇。
30.权利要求16的适体，其中用γ-发射的放射性同位素标记所述适体。
31.权利要求16的适体，其中将活性剂与所述适体偶联。
32.权利要求31的适体，其中所述活性剂包括治疗剂或诊断剂。
33.权利要求31-32任一项的方法，其中所述治疗剂或诊断剂是选自酪氨酸激酶抑制
剂、激酶抑制剂、生物活性剂、生物分子、放射性核素、阿霉素、安沙霉素抗生素、天门冬酰胺
酶、博来霉素、白消安、顺铂、卡铂、卡氮芥、卡培他滨、苯丁酸氮芥、阿糖胞苷、环磷酰胺、喜
树碱、氮烯唑胺、更生霉素、道诺霉素、右雷佐生、多西他赛、亚德里亚霉素、依托泊苷、埃博
霉素、氟尿苷、氟达拉滨、氟尿嘧啶、吉西他滨、羟基脲、伊达比星、异环磷酰胺、伊立替康、洛
莫司汀、氮芥、巯基嘌呤、美法仑、氨甲喋呤、雷帕霉素(西罗莫司)、丝裂霉素、米托坦、米托
蒽醌、亚硝基脲、紫杉醇、帕米膦酸、喷司他丁、光神霉素、甲基苄肼、利妥昔单抗、链脲霉素，
替尼泊甙、硫鸟嘌呤、噻替派、紫杉烷、长春花碱、长春新碱、长春瑞滨、紫杉酚、考布他丁、圆
皮海绵内酯、transplatinum、抗-血管内皮生长因子化合物(“抗-VEGF”)、抗表皮生长因子
受体化合物(“抗-EGFR”)、5-氟尿嘧啶和衍生物、放射性核素、多肽毒素、凋亡诱导剂、治疗
敏化剂、酶或其活性片段及其组合的治疗剂。
34.一种药物组合物，包含治疗有效量的权利要求1-33任一项的适体或其盐，和药学上
可接受的载体或稀释剂。
35.一种治疗或改善疾病或失调的方法，包括将权利要求34的组合物施用于需要的受
试者。
36.权利要求35的方法，其中将治疗有效量的组合物施用于受试者导致：(a)相对于单
独活性剂的递送增强了活性剂至疾病部位的递送；或(b)微囊泡清除的增强，其导致适体靶
向的微囊泡的血液水平至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的降低；
或(c)适体靶向的微囊泡的生物活性至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或
90％的降低。
37.权利要求36的方法，其中所述微囊泡的生物活性包括免疫抑制或遗传信息的转移。
38.权利要求35-37任一项的方法，其中所述疾病或失调包括赘生的、增殖性或炎性疾
病或失调。
39.一种药物组合物，包含治疗有效量的权利要求26的适体或其盐，和药学上可接受的
载体或稀释剂。
40.一种试剂盒，包括任一前述权利要求的适体，或其药物组合物。
41.一种方法，包括将权利要求1-33任一项的适体与生物样品接触，并检测适体与生物
样品中微囊泡的结合的存在或不存在。
42.权利要求41的方法，其中所述生物样品包括血液或血液组分。
43.权利要求41的方法，其中在接触生物样品之前，将所述适体与基质偶联。
44.权利要求43的方法，其中所述基质包括珠子。
45.权利要求41的方法，其中所述适体与可检测标记偶联。
46.一种检测疑似含有微囊泡群体的生物样品中微囊泡群体的存在或水平的方法，包
括将所述生物样品接触一种或多种微囊泡群体特异性的结合剂和权利要求1-33任一项的
一种或多种适体，并检测由所述一种或多种结合剂和所述一种或多种适体两者识别的微囊
泡，由此检测生物样品中微囊泡群体的存在或水平。
47.权利要求46的方法，其中所述生物样品包括组织样品、细胞培养物或体液。
48.权利要求47的方法，其中所述体液包括外周血、血清、血浆、腹水、尿液、脑脊液
(CSF)、痰液、唾液、骨髓、滑液、房水、羊水、耳垢、乳汁、支气管肺泡灌洗液、精液、前列腺液、
考珀液或预射精液、女性射出液、汗液、排泄物、毛发、泪液、囊液、胸腔积液和腹水液、心包
液、淋巴、食糜、乳糜、胆汁、间质液、经血、脓液、皮脂、呕吐物、阴道分泌物、粘膜分泌物、稀
便、胰液、鼻腔灌洗液、支气管肺抽吸液、囊胚腔液或脐带血。
49.权利要求47的方法，其中所述体液包括血液、血清或血浆。
50.权利要求46的方法，其中所述一种或多种结合剂包括针对选自表3、表4的微囊泡表
面抗原的抗体或适体，及其组合。
51.权利要求46的方法，其中所述一种或多种结合剂包括针对选自表26中的靶标的微
囊泡表面抗原的抗体或适体。
52.权利要求46的方法，其中所述一种或多种结合剂包括针对选自EpCam、CD9、PCSA、
CD63、CD81、PSMA、B7H3、PSCA、ICAM、STEAP、KLK2、SSX2、SSX4、PBP、SPDEF、EGFR及其组合的微
囊泡表面抗原的抗体或适体。
53.权利要求46的方法，其中所述一种或多种结合剂包括针对选自EGFR、PBP、EpCAM、
KLK2及其组合的微囊泡表面抗原的抗体或适体。
54.权利要求46的方法，其中在接触生物样品之前，所述一种或多种结合剂与基质偶
联。
55.权利要求54的方法，其中所述一种或多种适体与可检测标记偶联。
56.权利要求46的方法，其中所述一种或多种结合剂与可检测标记偶联。
57.权利要求56的方法，其中在接触生物样品之前，所述一种或多种适体与基质偶联。
58.权利要求46的方法，其中在接触生物样品之前，所述一种或多种适体与基质偶联。
59.权利要求46的方法，其中所述一种或多种适体与可检测标记偶联。
60.权利要求46-59任一项的方法，其中检测生物样品中微囊泡群体的存在或水平提供
了疾病的诊断、预后或治疗诊断。
61.权利要求60的方法，其中所述疾病包括癌症。
62.权利要求61的方法，其中所述癌症包括急性成淋巴细胞性白血病；急性骨髓性白血
病；肾上腺皮质癌；AIDS相关癌症；AIDS相关淋巴瘤；肛门癌；阑尾癌；星形细胞瘤；非典型畸
胎样瘤/横纹肌样瘤；基底细胞癌；膀胱癌；脑干胶质瘤；脑肿瘤(包括脑干胶质瘤、中枢神经
系统非典型畸胎样瘤/横纹肌样瘤、中枢神经系统胚胎样瘤、星形细胞瘤、颅咽管瘤、成室管
膜母细胞瘤、室管膜瘤、髓母细胞瘤、髓上皮瘤、中度分化的松果体实质肿瘤、幕上原始神经
外胚层肿瘤和成松果体细胞瘤)；乳腺癌；支气管肿瘤；伯基特氏淋巴瘤；原发部位不明的癌
症；类癌瘤；原发部位不明的癌瘤；中枢神经系统非典型畸胎样瘤/横纹肌样瘤；中枢神经系
统胚胎性肿瘤；宫颈癌；儿童期癌症；脊索瘤；慢性淋巴细胞性白血病；慢性骨髓性白血病；
慢性骨髓增殖性紊乱；结肠癌；结肠直肠癌；颅咽管瘤；皮肤T细胞淋巴瘤；内分泌胰岛细胞
瘤；子宫内膜癌；成室管膜母细胞瘤；室管膜瘤；食管癌；成感觉神经细胞瘤；尤文氏肉瘤；颅
外生殖细胞瘤；性腺外生殖细胞肿瘤；肝外胆管癌；胆囊癌；胃的(胃)癌；胃肠道类癌肿瘤；
胃肠道间质细胞瘤；胃肠道间质瘤(GIST)；妊娠滋养细胞肿瘤；神经胶质瘤；毛细胞白血病；
头颈癌；心脏癌；霍奇金淋巴瘤；喉咽癌；眼内黑色素瘤；胰岛细胞瘤；卡波济氏肉瘤；肾癌；
朗格汉斯细胞组织细胞增生症；喉癌；唇癌；肝癌；肺癌；恶性纤维组织细胞瘤骨癌；髓母细
胞瘤；髓上皮瘤；黑色素瘤；Merkel细胞癌；Merkel细胞皮肤癌；间皮瘤；隐匿原发性的转移
性鳞状细胞颈癌；口腔癌；多发性内分泌肿瘤发生综合征；多发性骨髓瘤；多发性骨髓瘤/浆
细胞肿瘤；蕈样肉芽肿；骨髓发育异常综合征；骨髓增生性肿瘤；鼻腔癌；鼻咽癌；神经母细
胞瘤；非霍奇金淋巴瘤；非黑色素瘤皮肤癌；非小细胞肺癌；口癌；口腔癌；口咽癌；骨肉瘤；
其它脑和脊髓肿瘤；卵巢癌；卵巢上皮癌；卵巢生殖细胞肿瘤；卵巢低恶性潜能肿瘤；胰腺
癌；乳头状瘤病；副鼻窦癌；甲状旁腺癌；盆腔癌；阴茎癌；咽癌；中度分化的松果体实质肿
瘤；成松果体细胞瘤；垂体肿瘤；浆细胞肿瘤/多发性骨髓瘤；胸膜肺母细胞瘤；原发性中枢
神经系统(CNS)淋巴瘤；原发性肝细胞肝癌；前列腺癌；直肠癌；肾癌；肾细胞(肾)癌；肾细胞
癌；呼吸道癌；视网膜母细胞瘤；横纹肌肉瘤；唾液腺癌症；Sézary综合征；小细胞肺癌；小肠
癌；软组织肉瘤；鳞状细胞癌；鳞状细胞颈癌；胃(胃的)癌；幕上原始神经外胚层肿瘤；T细胞
淋巴瘤；睾丸癌；咽喉癌；胸腺癌；胸腺瘤；甲状腺癌；移行细胞癌；肾盂和输尿管的移行细胞
癌；滋养层细胞肿瘤；输尿管癌；尿道癌；子宫癌；子宫肉瘤；阴道癌；外阴癌；
巨球蛋白血症；或Wilm’s肿瘤。
63.权利要求61的方法，其中所述癌症包括前列腺癌。
64.权利要求61的方法，其中所述癌症包括乳腺癌。
65.一种表征疾病或失调的方法，包括：
(a)将生物测试样品接触权利要求1-33任一项的一种或多种适体；
(b)检测步骤(a)中形成的生物测试样品中所述一种和多种适体与由一种或多种适体
结合的靶标之间的复合物的存在或水平；和
(c)将步骤(b)中检测到的存在或水平与来自生物对照样品的参照水平进行比较，由此
表征疾病或失调。
66.权利要求65的方法，其中所述生物测试样品和生物对照样品各自包括组织样品、细
胞培养物或生物流体。
67.权利要求66的方法，其中所述生物流体包括体液。
68.权利要求67的方法，其中所述体液包括外周血、血清、血浆、腹水、尿液、脑脊液
(CSF)、痰液、唾液、骨髓、滑液、房水、羊水、耳垢、乳汁、支气管肺泡灌洗液、精液、前列腺液、
考珀液或预射精液、女性射出液、汗液、排泄物、毛发、泪液、囊液、胸腔积液和腹水液、心包
液、淋巴、食糜、乳糜、胆汁、间质液、经血、脓液、皮脂、呕吐物、阴道分泌物、粘膜分泌物、稀
便、胰液、鼻腔灌洗液、支气管肺抽吸液、囊胚腔液或脐带血。
69.权利要求67的方法，其中所述体液包括血液、血清或血浆。
70.权利要求66的方法，其中所述生物流体包含微囊泡。
71.权利要求65的方法，其中所述一种或多种适体结合多肽或其片段。
72.权利要求65的方法，其中所述多肽或其片段是可溶性的或膜结合的。
73.权利要求65的方法，其中所述多肽或其片段包括表3或表4中的生物标志物。
74.权利要求65或70的方法，其中所述一种或多种适体结合生物样品中的微囊泡表面
抗原。
75.权利要求65-74任一项的方法，其中所述表征包括疾病或失调的诊断、预后或治疗
诊断。
76.权利要求75的方法，其中所述疾病或失调包括癌症、恶变前病症、炎性疾病、免疫疾
病、自身免疫性疾病或失调、心血管疾病或失调、神经疾病或失调、传染病和/或疼痛。
77.权利要求75的方法，其中所述疾病或失调包括癌症。
78.权利要求77的方法，其中所述癌症包括急性成淋巴细胞性白血病；急性骨髓性白血
病；肾上腺皮质癌；AIDS相关癌症；AIDS相关淋巴瘤；肛门癌；阑尾癌；星形细胞瘤；非典型畸
胎样瘤/横纹肌样瘤；基底细胞癌；膀胱癌；脑干胶质瘤；脑肿瘤(包括脑干胶质瘤、中枢神经
系统非典型畸胎样瘤/横纹肌样瘤、中枢神经系统胚胎样瘤、星形细胞瘤、颅咽管瘤、成室管
膜母细胞瘤、室管膜瘤、髓母细胞瘤、髓上皮瘤、中度分化的松果体实质肿瘤、幕上原始神经
外胚层肿瘤和成松果体细胞瘤)；乳腺癌；支气管肿瘤；伯基特氏淋巴瘤；原发部位不明的癌
症；类癌瘤；原发部位不明的癌瘤；中枢神经系统非典型畸胎样瘤/横纹肌样瘤；中枢神经系
统胚胎性肿瘤；宫颈癌；儿童期癌症；脊索瘤；慢性淋巴细胞性白血病；慢性骨髓性白血病；
慢性骨髓增殖性紊乱；结肠癌；结肠直肠癌；颅咽管瘤；皮肤T细胞淋巴瘤；内分泌胰岛细胞
瘤；子宫内膜癌；成室管膜母细胞瘤；室管膜瘤；食管癌；成感觉神经细胞瘤；尤文氏肉瘤；颅
外生殖细胞瘤；性腺外生殖细胞肿瘤；肝外胆管癌；胆囊癌；胃的(胃)癌；胃肠道类癌肿瘤；
胃肠道间质细胞瘤；胃肠道间质瘤(GIST)；妊娠滋养细胞肿瘤；神经胶质瘤；毛细胞白血病；
头颈癌；心脏癌；霍奇金淋巴瘤；喉咽癌；眼内黑色素瘤；胰岛细胞瘤；卡波济氏肉瘤；肾癌；
朗格汉斯细胞组织细胞增生症；喉癌；唇癌；肝癌；肺癌；恶性纤维组织细胞瘤骨癌；髓母细
胞瘤；髓上皮瘤；黑色素瘤；Merkel细胞癌；Merkel细胞皮肤癌；间皮瘤；隐匿原发性的转移
性鳞状细胞颈癌；口腔癌；多发性内分泌肿瘤发生综合征；多发性骨髓瘤；多发性骨髓瘤/浆
细胞肿瘤；蕈样肉芽肿；骨髓发育异常综合征；骨髓增生性肿瘤；鼻腔癌；鼻咽癌；神经母细
胞瘤；非霍奇金淋巴瘤；非黑色素瘤皮肤癌；非小细胞肺癌；口癌；口腔癌；口咽癌；骨肉瘤；
其它脑和脊髓肿瘤；卵巢癌；卵巢上皮癌；卵巢生殖细胞肿瘤；卵巢低恶性潜能肿瘤；胰腺
癌；乳头状瘤病；副鼻窦癌；甲状旁腺癌；盆腔癌；阴茎癌；咽癌；中度分化的松果体实质肿
瘤；成松果体细胞瘤；垂体肿瘤；浆细胞肿瘤/多发性骨髓瘤；胸膜肺母细胞瘤；原发性中枢
神经系统(CNS)淋巴瘤；原发性肝细胞肝癌；前列腺癌；直肠癌；肾癌；肾细胞(肾)癌；肾细胞
癌；呼吸道癌；视网膜母细胞瘤；横纹肌肉瘤；唾液腺癌症；Sézary综合征；小细胞肺癌；小肠
癌；软组织肉瘤；鳞状细胞癌；鳞状细胞颈癌；胃(胃的)癌；幕上原始神经外胚层肿瘤；T细胞
淋巴瘤；睾丸癌；咽喉癌；胸腺癌；胸腺瘤；甲状腺癌；移行细胞癌；肾盂和输尿管的移行细胞
癌；滋养层细胞肿瘤；输尿管癌；尿道癌；子宫癌；子宫肉瘤；阴道癌；外阴癌；
巨球蛋白血症；或Wilm’s肿瘤。
79.权利要求77的方法，其中所述癌症包括前列腺癌。
80.权利要求77的方法，其中所述癌症包括乳腺癌。
81.一种试剂盒，包括用于进行权利要求41-80任一项方法的试剂。
82.试剂用于进行权利要求41-80任一项的方法的用途。
83.权利要求81的试剂盒或权利要求82的用途，其中所述试剂包括权利要求1-33任一
项的适体。
84.一种物质组合物，包含选自SEQIDNO.1-230810、230811-230899、230900-230927
或231018-241535的多种寡核苷酸，该寡核苷酸能够结合生物样品中存在的多种靶标。
85.一种物质组合物，包含选自SEQIDNO.1-230810、230811-230899、230900-230927
或231018-241535的寡核苷酸。
86.权利要求84或85的组合物，包含SEQIDNO.231018-241535中所列的至少2、3、4、5、
6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、
400、500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000、10000种
或全部寡核苷酸。
87.权利要求84或85的组合物，包含SEQIDNO.1-230810中所列的至少2、3、4、5、6、7、
8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、
500、600、700、800、900、1000、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000、10000种或全
部寡核苷酸。
88.一种物质组合物，包含表23-24任一个中所示的能够结合生物样品中存在的多种靶
标的一种或多种寡核苷酸。
89.一种物质组合物，包含表23-24任一个中所列的一种或多种寡核苷酸。
90.权利要求88或89的组合物，包含表23或表24中所列的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、
12、13、14、15、16、17、18、19或20种寡核苷酸。
91.一种用于针对测试样品表征病症的方法，包括：
将微囊泡样品接触能够结合所述微囊泡样品中存在的一种或多种靶标的多种寡核苷
酸，鉴别与样品形成复合物的一组寡核苷酸，其中该组预定为针对所述样品表征病症，由此
针对样品表征病症。
92.一种用于鉴别一组与测试样品相关的寡核苷酸的方法，包括：(a)将微囊泡样品接
触多种寡核苷酸，分离与微囊泡样品形成复合物的一组寡核苷酸，(b)测定(a)中与微囊泡
样品形成复合物的每种寡核苷酸的序列和/或拷贝数，由此鉴别一组与测试样品相关的寡
核苷酸。
93.一种诊断样品为癌性的或易患癌症的方法，包括将微囊泡样品接触与来自非癌样
品的微囊泡相比预定优先与来自癌症样品的微囊泡形成复合物的多种寡核苷酸。
94.权利要求91的方法，其中所述鉴别步骤包括进行所有或一些寡核苷酸的测序，所有
或一些寡核苷酸的扩增和/或所有或一些寡核苷酸与阵列的杂交。
95.权利要求92或93的方法，其中所述多种寡核苷酸通过正向或负向选择的一个或多
个步骤预选择，其中正向选择包括针对与测试样品相比具有基本上相似特征的样品的寡核
苷酸选择，并且其中负向选择包括针对与测试样品相比具有实质不同特征的样品的寡核苷
酸选择。
96.权利要求92的方法，其中步骤(b)包括进行高通量测序、扩增或与阵列的杂交。
97.权利要求92的方法，其中所述样品来自疑似患有癌症或易患癌症的受试者。
98.一种表征疾病或失调的方法，包括：
(a)将生物测试样品接触多种寡核苷酸；
(b)检测步骤(a)中所述多种寡核苷酸的每个成员与生物测试样品之间形成的复合物
的存在或水平；和
(c)将步骤(b)中检测到的存在或水平与参照水平进行比较，由此表征疾病或失调。
99.权利要求98的方法，其中所述生物测试样品和生物对照样品各自包括组织样品、细
胞培养物或生物流体。
100.权利要求99的方法，其中所述生物流体包括体液。
101.权利要求100的方法，其中所述体液包括外周血、血清、血浆、腹水、尿液、脑脊液
(CSF)、痰液、唾液、骨髓、滑液、房水、羊水、耳垢、乳汁、支气管肺泡灌洗液、精液、前列腺液、
考珀液或预射精液、女性射出液、汗液、排泄物、毛发、泪液、囊液、胸腔积液和腹水液、心包
液、淋巴、食糜、乳糜、胆汁、间质液、经血、脓液、皮脂、呕吐物、阴道分泌物、粘膜分泌物、稀
便、胰液、鼻腔灌洗液、支气管肺抽吸液、囊胚腔液或脐带血。
102.权利要求100的方法，其中所述体液包括血液、血清或血浆。
103.权利要求99的方法，其中所述生物流体包含微囊泡。
104.权利要求103的方法，其中在分离微囊泡前，将所述生物测试样品与多种寡核苷酸
接触。
105.权利要求103的方法，其中所述生物测试样品包含分离的微囊泡。
106.权利要求98的方法，其中所述一种或多种适体结合多肽或其片段。
107.权利要求98的方法，其中所述多肽或其片段是可溶性的或膜结合的。
108.权利要求98的方法，其中所述多肽或其片段包括表3或表4中的生物标志物。
109.权利要求98或108的方法，其中所述一种或多种适体结合生物样品中的微囊泡表
面抗原。
110.权利要求98-109任一项的方法，其中所述表征包括疾病或失调的诊断、预后或治
疗诊断。
111.权利要求110的方法，其中所述疾病或失调包括癌症、恶变前病症、炎性疾病、免疫
疾病、自身免疫性疾病或失调、心血管疾病或失调、神经疾病或失调、传染病和/或疼痛...

【专利技术属性】
技术研发人员：D·哈尔伯特，V·多门尤克，D·斯佩兹勒，T·霍尔农，F·沙弗，N·萧，
申请(专利权)人：卡里斯生命科学瑞士控股有限责任公司，
类型：发明
国别省市：瑞士;CH